Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Tamil

Time	Narration
00:01	Sequenceகளை கையாளுவது குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் Biopython toolகளை பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுத்துவோம்: random DNA sequenceஐ உருவாக்க.
00:13	குறிப்பிட்ட இடங்களில், DNA sequenceஐ slice செய்ய.
00:17	ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க,
00:22	Sequenceன் நீளத்தை கண்டுபிடிக்க.
00:26	தனிப்பட்ட baseகள் அல்லது, stringன் பகுதியின் எண்ணிக்கையை எண்ண.
00:31	குறிப்பிட்ட base அல்லது ஒரு stringன் பகுதியை கண்டுபிடிக்க.
00:35	ஒரு sequence objectஐ, ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்ற.
00:40	இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics ,
00:47	மற்றும் அடிப்படை Python programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.
00:51	இல்லையெனில், கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடோரியல்களை பார்க்கவும்.
00:56	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 14.10
01:03	Python பதிப்பு 2.7.8
01:07	Ipython interpreter பதிப்பு 2.3.0
01:12	Biopython பதிப்பு 1.64.
01:16	Terminalஐ திறந்து, ipython interpreterஐ தொடங்குகிறேன்.
01:21	Ctrl, Alt மற்றும் t keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.
01:26	Promptல் டைப் செய்க: ipython", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
01:31	Ipython prompt, திரையில் தோன்றும்.
01:35	Biopythonஐ பயன்படுத்தி, ஒரு குறிப்பிட்ட நீளத்தை உடைய ஒரு random DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கலாம்.
01:44	இப்போது, 20 baseகள் உடைய ஒரு DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கலாம்.
01:50	Promptல் டைப் செய்க: import random", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
01:56	அடுத்து, Bio packageல் இருந்து,Seq moduleஐ import செய்யவும்.
02:01	Seq, seek எனவும் உச்சரிக்கப்படுகிறது.
02:06	Promptல் டைப் செய்க: From Bio dot Seq import Seq'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:15	DNA sequenceல், alphabetகளை குறிப்பிட, Bio.Alphabet moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
02:22	டைப் செய்க: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:32	Random DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க பின்வரும் commandஐ டைப் செய்யவும்.
02:38	Variable dna1ன் உள், sequence ஐ சேமிக்கவும்.
02:42	கவனிக்கவும்: இந்த commandல், ஒரு இரட்டை மேற்கோளுக்கு பதிலாக இரண்டு ஒற்றை மேற்கோள்களை பயன்படுத்தவும். பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:50	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:55	Random DNA sequenceக்கான, sequence objectஐ, output காட்டுகிறது.
03:00	உங்களுக்கு புது sequence வேண்டுமெனில், மேலுள்ள அதே commandஐ பெற, up-arrow keyஐ அழுத்தவும். பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
03:11	Outputக்கு, variableன் பெயரை, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
03:17	முதல் ஒன்றிலிருந்து மாறுபட்ட ஒரு புது DNA sequenceஐ, output காட்டுகிறது.
03:23	Sequence Objectகள் பற்றி காண்போம்:
03:25	Sequence Objectகள், வழக்கமாக, சாதாரண Python stringகள் போல் செயல்படும்.
03:30	அதனால், Python stringகளுக்கு செய்வது போல், வழக்கமான மரபுகளை பின்பற்றவும்.
03:35	Pythonல், stringல் உள்ள characterகளை, 1க்கு பதிலாக, 0ல் இருந்து எண்ணுகிறோம்.
03:41	Sequenceல் உள்ள முதல் character, zero position ஆகும்.
03:45	Terminalக்கு திரும்பவும்.
03:47	பலநேரம், sequenceன் ஒரு பகுதியுடன் மட்டுமே, நீங்கள் வேலை செய்வதாக இருக்கும்.
03:52	இப்போது, stringன் பகுதிகளை extract செய்து, மேலும், அவற்றை, sequence objectகளாக, சேமிக்கக் கற்போம்.
03:58	உதாரணத்திற்கு, DNA sequenceஐ இரண்டு positionகளில் slice செய்வோம்.
04:04	முதலில், baseகள் 6 மற்றும் 7க்கு இடையே.
04:08	இது, sequenceன் தொடக்கத்திலிருந்து, 6ஆவது baseற்குள், ஒரு fragmentஐ extract செய்யும்.
04:15	இரண்டாவது slice, baseகள் 11 மற்றும் 12க்கு இடையே இருக்கும்.
04:20	இரண்டாவது fragment, 12ஆவது baseல் இருந்து, sequenceன் இறுதி வரை இருக்கும்.
04:26	முதல் fragmentஐ extract செய்ய, promptல், பின்வரும் commandஐ டைப் செய்யவும்.
04:31	String1 equal to dna1 bracketகளில் 0 colon 6.
04:39	முதல் fragmentஐ , string1 variable, சேமிக்கிறது.
04:43	வழக்கமான pythonல் உள்ளது போல், அடுத்து வரும் commandகள் பின்பற்றப்படுகின்றன.
04:47	இந்த bracketகளினுள் இருக்கும், start மற்றும் stop positionகள், ஒரு colonஆல் பிரிக்கப்பட்டிருக்கின்றன.
04:53	இந்த இடங்கள், start positionஐ சேர்த்தும், stop positionஐ சேர்க்காமலும் இருக்கும். Enterஐ அழுத்தவும்.
05:01	Outputஐ காண, டைப் செய்க: "' string1'".
05:04	Output, முதல் fragmentஐ, sequence objectஆக காட்டும்.
05:10	Sequenceல் இருந்து, இரண்டாவது stringஐ extract செய்ய, up-arrow keyஐ அழுத்தி, பின்வருமாறு commandஐ edit செய்யவும்:
05:17	Variableன் பெயரை string2க்கும், positionகளை, 11 மற்றும் 20க்கு மாற்றவும்.
05:24	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'string2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
05:30	இப்போது, 2ஆவது fragmentஉம், ஒரு sequence objectஆக நம்மிடம் இருக்கிறது.
05:34	இப்போது, இணைப்போம், அதாவது, இரண்டு stringகளையும் ஒன்றாகச் சேர்த்து, ஒரு புது fragmentஐ வடிவமைப்போம்.
05:42	Variable dna2ன் உள், புது sequence ஐ சேமிக்கவும்.
05:46	டைப் செய்க: "'dna2 equal to string1 plus string2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
05:53	கவனிக்கவும்: மாறுபாடான alphabetகளுடன், sequenceகளை நாம் சேர்க்க முடியாது.
05:59	அதாவது, ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க, ஒரு DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஐயும், நாம் இணைக்க முடியாது.
06:07	இரண்டு sequenceகளும், ஒரே alphabet பண்பை கொண்டிருக்க வேண்டும்.
06:12	Outputஐ காண, டைப் செய்க: "'dna2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:17	string1 மற்றும் string2ன், கலவையை கொண்டுள்ள ஒரு புது sequenceஐ output காட்டும்.
06:23	புது sequenceன் நீளத்தை கண்டுபிடிக்க, len functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
06:29	டைப் செய்க: "len" parenthesisகளில் "dna2". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:34	15 baseகள் நீளமுள்ள sequenceஐ output காட்டுகிறது.
06:39	Sequenceல் இருக்கும், தனிப்பட்ட baseகளின் எண்ணிக்கையையும் நாம் எண்ண முடியும்.
06:44	அதற்கு, count() functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
06:47	உதாரணத்திற்கு, sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க, பின்வரும் command ஐ டைப் செய்யவும்: dna2 dot count parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A.
07:02	Enterஐ அழுத்தவும்.
07:04	dna2 sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை, output காட்டுகிறது.
07:10	ஒரு குறிப்பிட்ட base அல்லது, stringன் பகுதியை கண்டுபிடிக்க, find() functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
07:16	டைப் செய்க: dna2 dot find parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் "GC". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
07:26	Stringல், GC தோற்றத்தின் முதல் instanceன் positionஐ output குறிக்கிறது.
07:32	சாதாரணமாக, ஒரு sequence objectஐ edit செய்ய முடியாது.
07:35	ஒரு sequenceஐ edit செய்ய, அதை ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்ற வேண்டும்.
07:41	அதற்கு, டைப் செய்க: dna3 equal to dna2 dot to mutable open மற்றும் close parenthesis. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
07:52	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'".
07:55	இப்போது, sequence objectஐ edit செய்யலாம்.
07:59	Sequenceல் இருந்து, ஒரு baseஐ இடம் மாற்றுவோம்.
08:01	உதாரணத்திற்கு- 5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ வைக்க, டைப் செய்க: dna3 bracketகளில் 5 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:19	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:24	Output ஐ கவனிக்கவும். position 5ல் இருக்கும் cytosineக்கு பதிலாக alanine வைக்கப்படுகிறது.
08:31	Stringன் ஒரு பகுதியை இடம் மாற்ற, பின்வருமாறு commandஐ டைப் செய்யவும்.
08:35	Dna3 bracketகளில் 6 semicolon 10 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் ATGC. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:45	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:52	Position 6ல் இருந்து 9 வரை உள்ள, 4 baseகளுக்கு பதிலாக, ATGC என்ற புது baseகள் வைக்கப்பட்டிருப்பதை output காட்டுகிறது.
09:01	உங்கள் sequence objectஐ edit செய்த பிறகு, அதை “read only” formக்கு மாற்றவும்.
09:07	பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க: dna4 equal to dna3 dot to seq open மற்றும் close parenthesis. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
09:19	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna4'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
09:25	சுருங்கசொல்ல,
09:27	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: random DNA sequenceஐ உருவாக்குதல்
09:32	குறிப்பிட்ட இடங்களில், DNA sequenceஐ slice செய்தல்
09:36	ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை இணைத்தல்,
09:43	மேலும்: len, count மற்றும் find functionகளை பயன்படுத்துதல்,
09:49	ஒரு sequence objectஐ, ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்றவும், ஒரு stringன் base அல்லது பகுதியை இடம் மாற்றவும் கற்றுக் கொண்டோம்.
09:57	பயிற்சியாக, 30 baseகள் உடைய, ஒரு random DNA sequenceஐ உருவாக்கவும்.
10:02	Biopython toolகளை பயன்படுத்தி, sequenceன் GC percentage மற்றும் molecular weightஐ கணக்கிடவும்.
10:09	நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வருமாறு இருக்கும்.
10:13	Output, GCன் contentஐ, percentageஆக காட்டுகிறது.
10:18	Output, DNA sequenceன், molecular weightஐ காட்டுகிறது.
10:23	இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
10:26	உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும்.
10:30	நாங்கள் செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம்.
10:32	எங்களை தொடர்பு கொள்ளவும்.
10:35	இந்திய அரசாங்கத்தின் National Mission on Education through ICT, MHRD, இதற்து ஆதரவு அளிக்கிறது.
10:43	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Priyacst