Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Marathi

Time	Narration
00:01	Manipulating Sequences वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.
00:06	या ट्युटोरियलमध्ये आपण एक यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स निर्माण करण्यासाठी Biopython टूल्स वापरणार आहोत.
00:13	विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्सला भागणे.
00:17	एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटेनेट आहे.
00:22	सीक्वेन्सची लांबी शोधणे.
00:26	प्रत्येक बेसेसची संख्या किंवा स्ट्रिँगचे भाग मोजणे.
00:31	एक विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधणे.
00:35	sequence object ला म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे.
00:40	ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला अंडरग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत Python प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.
00:51	जर नसल्यास, दिलेल्या लिंक वरील Python ट्यूटोरियल्स पहा.
00:56	हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी Ubuntu OS वर्जन 14.10
01:03	Python वर्जन 2.7.8
01:07	Ipython interpreter वर्जन 2.3.0
01:12	Biopython वर्जन 1.64 वापरत आहे.
01:16	मी टर्मिनल उघडून ipython interpreter ला सुरवात करते.
01:21	एकाच वेळी Ctrl, Alt आणि t किज दाबा.
01:26	प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "ipython" आणि एंटर दाबा.
01:31	स्क्रीन वर Ipython प्रॉंप्ट दिसेल.
01:35	Biopython वापरुन, आपण कोणत्याही विशिष्ट लांबीची यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी एक sequence object निर्माण करू शकतो.
01:44	आता 20 बेसेसच्या DNA सीक्वेन्स साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट निर्माण करू.
01:50	प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "import random", एंटर दाबा.
01:56	पुढे, Bio पॅकेज मधून Seq मॉड्यूल इम्पोर्ट करा.
02:01	अनेकदा Seq ला seek म्हणून उच्चारले जाते.
02:06	प्रॉंप्ट वर टाइप करा: From Bio dot Seq import Seq. एंटर दाबा.
02:15	DNA सीक्वेन्स मध्ये अक्षरे निर्देशीत करण्यासाठी Bio.Alphabet मॉड्यूल वापरुया.
02:22	टाइप करा: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. एंटर दाबा.
02:32	यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करण्यासाठी खालील कमांड टाइप करा.
02:38	वेरियबल dna1 मध्ये सीक्वेन्स संचित करा.
02:42	कृपया लक्ष द्या: ह्या कमांड मध्ये, डबल कोट्सच्या एवजी दोन सिंगल कोट्स वापरा. एंटर दाबा
02:50	आउटपुट साठी, टाइप करा: dna1. एंटर दाबा.
02:55	आउटपुट, यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी sequence object दाखवते.
03:00	जर तुम्हाला नवीन सीक्वेन्स पाहिजे असेल, तर वरीलप्रमाणे कमांड मिळविण्यासाठी अप-एरो की दाबा. एंटर दाबा.
03:11	आउटपुट साठी, वेरियबलचे नाव टाइप करा dna1. एंटर दाबा.
03:17	आउटपुट दाखवते की एक नवीन DNA सीक्वेन्स जे पहिल्या पेक्षा वेगळे आहे.
03:23	Sequence Objects: बद्दल
03:25	sequence objects सहसा Python strings सारखे सामान्य कार्य करते.
03:30	पायथन स्ट्रिंग साठी जे सामान्य कनवेन्शन्स तुम्ही करतात तेच अनुसरा.
03:35	पायथन मध्ये, आपण स्ट्रिँग मधील 1 च्या एवजी 0 पासून सुरू होणारे अक्षरे मोजू.
03:41	सीक्वेन्स मधील प्रथम अक्षराची स्थिती शून्य आहे.
03:45	टर्मिनल वर परत जा.
03:47	अनेकदा तुम्हाला सीक्वेन्सच्या फक्त एका भागाशी कार्य करण्याची आवश्यकता आहे.
03:52	आता, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट्स म्हणून स्ट्रिँगच्या भागांना कसे एक्सट्रॅक्ट करून त्यांना संचित करू ते पाहु.
03:58	उदाहरणार्थ, आपण DNA सीक्वेन्सला दोन स्थितींवर भागू.
04:04	प्रथम, 6 आणि 7 बेसेसच्या दरम्यान.
04:08	हे सीक्वेन्स मधील 6व्या बेस वर सीक्वेन्सच्या सुरवाती पासून एक फ्रॅग्मेंटला एक्सट्रॅक्ट करेल.
04:15	दुसरा भाग बेसेस 11 आणि 12 च्या दरम्यान असेल.
04:20	दुसरा फ्रॅग्मेंट सीक्वेन्सच्या 12व्या बेस पासून ते शेवट पर्यंत असेल.
04:26	प्रॉंप्ट वर, प्रथम फ्रॅग्मेंट एक्सट्रॅक्ट करण्यासाठी खालील कमांड टाइप करा.
04:31	String1 ईक्वल टू dna1 कंसात 0 सेमिकॉलन 6.
04:39	प्रथम फ्रॅग्मेंट संचित करण्यासाठी string1 हे वेरियबल आहे.
04:43	सामान्य पायथन मध्ये उर्वरित कमांड अनुसरण करतात.
04:47	ह्या कंसात ठेवलेले सुरवाती आणि रद्द स्थिती आहेत जे कोलन ने विभागली जाते.
04:53	सुरवातची स्थिती इंक्लूसिव (समावेशक) आहेत पण रद्दचि स्थिती एक्सक्लूसिव(विशेष) आहेत. एंटर दाबा.
05:01	आउटपुट पाहण्यासाठी, टाइप करा: "string1", एंटर दाबा.
05:04	आउटपुट, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून पहिला फ्रॅग्मेंट दाखवते.
05:10	सीक्वेन्स मधून दुसरी स्ट्रिँग एक्सट्रॅक्ट करण्यासाठी, अप-एरो की दाबून खालील प्रमाणे कमांड एडिट करा.
05:17	वेरियबलचे नाव बदलून string2 करा आणि स्थिती 11 आणि 20 करा.
05:24	आउटपुट साठी, टाइप करा: "string2". एंटर दाबा.
05:30	आता आपल्याकडे सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून 2 रा फ्रॅग्मेंट देखील आहे.
05:34	आपण एकत्र जुळवू, जसे की, एक नवीन फ्रॅग्मेंट तयार करण्यासाठी दोन स्ट्रिंग्सना जोडु.
05:42	वेरियबल dna2 मध्ये नवीन सीक्वेन्स संचित करूया.
05:46	टाइप करा: dna2 equal to string1 plus string2. एंटर दाबा.
05:53	कृपया लक्षात घ्याः आपण विजोड मूळाक्षरांसह सीक्वेन्सेस जोडू शकत नाही.
05:59	म्हणून, आपण एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी DNA सीक्वेन्स आणि प्रोटीन सीक्वेन्स एकत्र जुळवू शकत नाही.
06:07	दोन्ही सीक्वेन्सेसना समान अक्षरांचे गुणधर्म असणे आवश्यक आहे.
06:12	आउटपुट पाहाण्यसाठी, टाइप करा: "dna2". एंटर दाबा.
06:17	आउटपुट एक नवीन सीक्वेन्स दाखवते जे string1 आणि string2 चे एकीकरण आहे.
06:23	नवीन सीक्वेन्सची लांबी काढण्यास, आपण len फंक्शन वापरुया.
06:29	टाइप करा: "len" कंसात "dna2". एंटर दाबा.
06:34	आउटपुट, 15 बेसेस लांब म्हणून सीक्वेन्स दाखवते.
06:39	आपण सीक्वेन्स मधील उपस्थित प्रत्येक बेसेसची संख्या देखील मोजू शकतो.
06:44	हे करण्यासाठी, आपण count() फंक्शन वापरुया.
06:47	उदाहरणार्थ – सीक्वेन्स मधील उपस्थित alanines ची संख्या मोजण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा: dna2 dot count कंसात डबल कोट्स मध्ये alphabet A.
07:02	एंटर दाबा.
07:04	आउटपुट, सीक्वेन्स dna2 मधील उपस्थित alanines ची संख्या दाखवते.
07:10	विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधण्यासाठी, आपण find() फंक्शन वापरुया.
07:16	टाइप करा: dna2 dot find कंसात डबल कोट्स मध्ये "GC". एंटर दाबा.
07:26	आउटपुट, स्ट्रिँग मधील GC चा देखावा पहिल्या टप्प्याच्या स्थितीत दर्शवितात.
07:32	साधारणपणे सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले जाऊ शकत नाही.
07:35	सीक्वेन्स एडिट करण्यासाठी, आपल्याला ते म्यूटबल (अस्थिरता) सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतर करावे लागेल.
07:41	हे करण्यासाठी, टाइप करा: dna3 equal to dna2 dot to mutable कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा.
07:52	आउटपुट साठी, टाइप करा: dna3. एंटर दाबा.
07:55	आता सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले जाऊ शकते.
07:59	आता सीक्वेन्स मधून बेस पुनर्स्थित करू.
08:01	उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा: dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A. एंटर दाबा.
08:19	आउटपुट साठी, टाइप करा: dna3. एंटर दाबा.
08:24	आउटपुट पहा. 5 च्या स्थिती वर cytosine ला alanine शी पुनर्स्थित केले आहे.
08:31	स्ट्रिँगचे भाग पुनर्स्थित करण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा.
08:35	Dna3 कंसात 6 सेमिकॉलन 10 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये ATGC. एंटर दाबा.
08:45	आउटपुट साठी, टाइप करा: dna3. एंटर दाबा.
08:52	आउटपुट दाखवते की 6 ते 9 स्थितीतून 4 बेसेस, नवीन बेसेस ATGC सह पुनर्स्थित केले आहेत.
09:01	एकदा का तुम्ही सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले, तर त्याला परत “read only” फॉर्म मध्ये रुपांतरित करा.
09:07	खालील टाइप करा dna4 ईक्वल टू dna3 dot to seq कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा.
09:19	आउटपुट साठी, टाइप करा: dna4. एंटर दाबा.
09:25	थोडक्यात.
09:27	ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स निर्माण करणे शिकलो.
09:32	विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्स भागणे.
09:36	एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटीनेट आहे.
09:43	आपण len, count आणि find फंक्शन्स कसे वापरणे हे देखील शिकलो.
09:49	सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला, म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे आणि स्ट्रिँगचे भाग किंवा बेस पुनर्स्थित करणे.
09:57	असाइनमेंट साठी, 30 बेसेसचा यदृशिक DNA sequence निर्माण करा.
10:02	Biopython टूल्स वापरुन, GC पर्सेंटेज आणि सीक्वेन्सच्या आण्विक वजनाची गणना करा.
10:09	तुमची पूर्ण झालेली असाइनमेंट खालील प्रमाणे असेल.
10:13	आउटपुट, पर्सेंटेज म्हणून GC कॉंटेंट दाखवते.
10:18	आउटपुट, DNA सीक्वेन्स चे आण्विक वजन दाखवते.
10:23	स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.
10:26	जर तुमच्याकडे चांगली बॅंडविड्त नसेल तर तुम्ही वीडियो डाउनलोड करूनही पाहु शकता.
10:30	कार्यशाळा चालविते, विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.
10:32	कृपया आम्हाला संपर्क करा.
10:35	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.
10:43	मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Ranjana