Biopython/C2/Blast/Marathi
From Script | Spoken-Tutorial
Time | Narration |
00:01 | Biopython टूल्स वापरून BLAST वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत. |
00:06 | या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत: Biopython टूल्स वापरून query sequence साठी "BLAST" रन करणे. |
00:13 | आणि, पुढील विश्लेषण करीता BLAST आउटपुट पार्स करणे. |
00:17 | ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यास तुम्हाला अंडरग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत Python प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे. |
00:27 | दिलेल्या लिंक वरील Python ट्यूटोरियल्स पहा. |
00:31 | हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी Ubuntu ऑपरेटिंग सिस्टम वर्जन 14.10 |
00:37 | Python वर्जन 2.7.8 |
00:41 | Ipython interpreter वर्जन 2.3.0 |
00:46 | Biopython वर्जन 1.64 आणि काम करणारे इंटरनेट कनेक्शन वापरत आहे. |
00:52 | Basic Local Alignment Search Tool साठी BLAST एक्रोनिम आहे. |
00:57 | sequence ची माहिती तुलना करण्याकरिता ते algorithm आहे. |
01:02 | हा प्रोग्राम nucleotide किंवा protein च्या सीक्वेन्सेसना जे डेटाबेस मध्ये सीक्वेन्स आहे त्यांची तुलना करतो आणि जे एकसारखे आहेत त्यांच्या आकडेवारी महत्वाची गणना करतो. |
01:14 | BLAST रन करण्यास दोन वेग वेगळे मार्ग आहेत: |
01:17 | तुमच्या मशीन वर स्थित असलेला लोकल BLAST किंवा इंटरनेट मधून NCBI सर्वर्स द्वारे BLAST ला रन करणे. |
01:24 | Biopython मध्ये कार्यरत BLAST दोन स्टेप्स आहेत. |
01:28 | प्रथम, तुमच्या query sequence साठी रन BLAST आणि काही आउटपुट मिळवा. |
01:33 | दुसरा, पुढील विश्लेषण करिता BLAST आउटपुट पार्स करणे. |
01:38 | आपण न्यूक्लियटाइड सीक्वेन्स साठी टर्मिनल उघडून BLAST रन करूया. |
01:43 | Ctrl, Alt आणि T किज दाबून टर्मिनल उघडा. |
01:48 | प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: ipython आणि एंटर दाबा. |
01:52 | ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, मी तुम्हाला NCBI BLAST सर्विस वापरुन इंटरनेटवर BLAST कसे रन करायचे हे दाखवेल. |
02:01 | पॅकेज इम्पोर्ट करण्यासाठी प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा: from Bio.Blast Import NCBIWWW . एंटर दाबा. |
02:14 | पुढे, इंटरनेट वर BLAST रन करण्यासाठी, प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा. |
02:20 | आपण NCBIWWW मॉड्यूल मध्ये qblast function वापरुया. |
02:25 | qblast function तीन qblast function घेते: |
02:29 | ह्याचा पहिला आर्ग्युमेंट blast program आहे जे शोधण्यास वापर होतो. |
02:33 | दुसरा, निर्देशीत करतो कि डेटाबेस शोधायचा आहे. |
02:38 | तिसरा आर्ग्युमेंट तुमचा query sequence आहे. |
02:43 | query sequence साठी इनपुट GI नंबर किंवा FASTA फाइल सारखे असु शकते. किंवा, ते sequence record object सारखे देखील असु शकते. |
02:53 | ह्या प्रात्यक्षिकेसाठी, मी nucleotide sequence साठी GI number वापरत आहे. |
02:58 | GI number हे insulin च्या nucleotide sequence साठी आहे. |
03:03 | qblast function इतर पर्याय आर्ग्यूमेंट्सची संख्या देखील घेते. |
03:09 | हे आर्ग्युमेंट्स विविध पॅरमीटर्सला सारखे आहेत जे तुम्ही BLAST वेब पेज वर सेट करू शकता. |
03:15 | qblast function xml फॉर्मॅट मध्ये BLASTपरिणामांना परत करेल. |
03:20 | टर्मिनल वर परत जाऊ. |
03:22 | आपल्याला योग्य Blast प्रोग्राम वापरायचे आहेत,जे क्वेरी सीक्वेन्स nucleotide किंवा protein sequence वर अवलंबुन आहे की नाही. |
03:30 | आपली क्वेरी nucleotide आहे, आपण blastn प्रोग्राम वापरुया आणि "nt" nucleotide डेटाबेसला संदर्भित करेल. |
03:39 | ह्या बद्दल माहिती NCBI BLAST वेबपेज वर उपलब्ध आहे. |
03:45 | blast output xml फाइलच्या फॉर्म मध्ये वेरियबल result मध्ये संचित केले आहेत. |
03:51 | एंटर दाबा. |
03:53 | तुमच्या इंटरनेटच्या गतीवर अवलंबुन, BLAST चा शोध पूर्ण करण्यासाठी ह्याला काही मिनिटे लागू शकतात. |
03:59 | पुढील प्रक्रिया करण्यापूर्वी डिस्कवर xml फाईल सेव्ह करण्यासाठी हे महत्वाचे आहे. |
04:05 | xml file सेव्ह कारण्यस खालील ओळी टाइप करा. |
04:09 | ह्या कोडच्या ओळी होम फोल्डर मध्ये blast.xml म्हणून रिज़ल्टचे शोध सेव्ह करेल. |
04:18 | तुमच्या होम फोल्डर मध्ये नॅविगेट करून फाइलला शोधा. |
04:21 | फाइल वर क्लिक करा आणि फाइलचे कॉंटेंट्स तपासा. |
04:30 | जर तुम्हाला query म्हणून FASTA फाइल वापरायचे असेल तर टेक्स्ट फाइल मध्ये दाखवलेले कोड वापरा. |
04:36 | जर तुम्हाला क्वेरी म्हणून FASTA फाइल मधून sequence record object वापरायचे असेल, तर येथे कोड आहे. |
04:42 | टर्मिनल वर परत जाऊ. |
04:44 | पुढील स्टेप डेटा एक्सट्रॅक्ट करण्यास फाइलला पार्स करा. |
04:48 | पारसिंग मध्ये प्रथम स्टेप इनपुट साठी xml फाइल उघडणे आहे. |
04:53 | प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा. एंटर दाबा. |
04:57 | पुढे, "Bio.Blast" पॅकेज मधून NCBIXML मॉड्यूल इम्पोर्ट करा. |
05:05 | एंटर दाबा. |
05:07 | Blast आउटपुट पार्स करण्यास खालील ओळी टाइप करा. |
05:11 | तुम्हाला BLAST आउटपुट मधून एक्सट्रॅक्ट करण्यास BLAST record मध्ये सर्व माहिती समाविष्ट आहे. |
05:18 | एका विशिष्ट थ्रेशहोल्ड पेक्षा जास्त असलेला आपल्या blast report मधले सर्व हिट्स बद्दल काही माहिती प्रिंट करू. |
05:27 | खालील कोड टाइप करा. |
05:30 | match साठी अत्यंत महत्वपूर्ण, expect स्कोअर 0.01 पेक्षा कमी असणे आवश्यक आहे. |
05:37 | प्रत्येक hsp साठी, जे उच्च स्कोरिंग पैर आहे, आपल्याला title, length, hsp score, gaps आणि expect value मिळते. |
05:49 | आपण strings ना देखील प्रिंट करू ज्यात query समाविष्ट आहे, अलाइंड( एका सरळ रेषेत) डेटाबेस सीक्वेन्स आणि स्ट्रिँग, match आणि mismatch पोझिशन्स निर्दिष्ट करते. |
06:02 | आउटपुट मिळण्यास दोनदा एंटर की दाबा. |
06:05 | आउटपुट पहा. |
06:09 | प्रत्येक अलाइनमेंट साठी, आपल्याकडे length, score, gaps, evalue आणि strings आहे. |
06:16 | तुम्ही Bio.Blast पॅकेज मध्ये उपलब्ध इतर फंक्शन्स वापरुन आवश्यक माहिती extract (काढू) करू शकता. |
06:24 | आपण ह्या ट्यूटोरियलच्या अंतिम टप्प्यात आहोत. |
06:26 | थोडक्यात,ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण, GI नंबर वापरून query nucleotide sequence साठी "BLAST" रन करणे. |
06:36 | आणि Bio.Blast.Record मॉड्यूल वापरुन BLAST आउटपुट पार्स करणे शिकलो. |
06:43 | असाइनमेंट साठी, तुमच्या पसंतीच्या protein सीक्वेन्स साठी BLAST Search रन करा. |
06:50 | आउटपुट फाइल सेव्ह करून फाइल मधील समाविष्ट डेटा पार्स करा. |
06:55 | ह्या फाइल मध्ये दाखवल्याप्रमाणे, तुमच्या पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे. |
07:01 | कोड पहा. आपली क्वेरी protein सीक्वेन्स आहे, आपण BLAST सर्च साठी blastp प्रोग्राम आणि "nr", म्हणजे , नॉन-रिडंडेंट प्रोटीन डेटाबेस वापरले आहेत. |
07:16 | स्क्रीनवर दिसणार्या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल. |
07:20 | कृपया डाउनलोड करून पहा. |
07:22 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते. |
07:30 | अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा. |
07:33 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे. |
07:40 | यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे. |
07:45 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद. |