Avogadro/C4/File-Extensions/Malayalam

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 File Extensionsഎന്ന ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:05 ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ,നമ്മൾ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കെമിസ്ട്രി പ്രോഗ്രാമിനുള്ള input ഫയലുകൾ തയ്യാറാക്കാൻ പഠിക്കും: 'GAMESS, Gaussian, MOPAC, NWChem' 'തുടങ്ങിയവ.
00:18 GAMESS Gaussianഎന്നീ സോഫ്റ്റ്വെയറുകളിൽ നിന്നുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് Molecular orbitals calculated IR spectrum എന്നിവ കാണുക.
00:28 ഇവിടെ 'ഉബുണ്ടു ലിനക്സ്' 'OS പതിപ്പ് ഉ 14.04,

'അവോഗാഡ്രോ' പതിപ്പ് 1.1.1. എന്നിവ പയോഗിക്കുന്നു.

00:38 ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന് നിങ്ങൾ Avogadro ഇന്റർഫേസ് പരിചിതരാകണം.
00:43 ഇല്ലെങ്കിൽ, പ്രസക്തമായ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾക്കായി, ഞങ്ങളുടെ വെബ്സൈറ്റ് സന്ദർശിക്കുക.
00:49 ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിനായി ആവശ്യമായ ഉദാഹരണ ഫയലുകൾ കോഡ് ഫയലുകളായി നൽകിയിരിക്കുന്നു.
00:55 ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് ഡെസ്ക്ടോപ്പിൽ ഒരു ഫോൾഡറിൽ സേവ് ചെയുക
01:00 ഇവിടെ Avogadro വിൻഡോ തുറന്നു.
01:04 Build മെനുവിൽ നിന്ന്' Insert fragment ലൈബ്രറി ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ബസെൻ മോളിക്യൂൾ Load ചെയുക .
01:12 ടൂൾ ബാറിൽ നിന്ന്Auto-optimization toolഉപയോഗിച്ച് ജോമേറ്ററി ഒപ്ടിമൈസ് ചെയുക
01:20 Extensionsമെനുവിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
01:23 Avogadro ഉപയോഗിച്ചു്,quantum codeപോലുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ നമുക്ക് തയ്യാറാക്കാം. ഉദാഹരണം:

GAMESS

Gaussian

MOLPRO

MOPAC

'Q-CHEM' മുതലായവ

01:36 Gaussian ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക. ഒരു ഗ്രാഫിക്കല് ​​ഡേറ്റാ ഇന്പുട്ട് ഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.
01:43 Gaussian പ്രോഗ്രാമിനായി ഇൻപുട്ട് ഫയൽ എങ്ങനെ സൃഷ്ടിക്കാമെന്ന് കാണിച്ചു തരിക.
01:49 ഡയലോഗ് ബോക്സിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ആവശ്യമായ ഫീച്ചറുകൾ പൂരിപ്പിക്കേണ്ടതുണ്ട്.
01:55 Avogadroനു മോളിക്യൂലർ ഓർബിറ്റൽസ് കണക്കുകൂട്ടാൻ കഴിയില്ല.
01:59 ബെൻസീൻ മോളിക്യൂളിലെ മോളിക്യൂളാർ ഓർബിറ്റലുകൾ കാണാൻ നമുക്ക് ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടാക്കാം.
02:05 Gaussian ഇൻപുട്ട് ഡയലോഗ് ബോക്സിൽBenzene hyphen MOഎന്ന പേരിൽ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
02:11 Calculation ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ നിന്ന്' Frequenciesതിരഞ്ഞെടുക്കുക.

Processors as 1.

Theory as B3LYP.

6-31G(d) as Basis set.

Charge zero.

Multiplicity 1.

Output as Standard.

Format as cartesian

checkpoint ചെക്ക് ബോക്സ് ചെക് ചെയുക

02:40 ഡയലോഗ് ബോക്സിന്റെ ചുവടെയുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ previewകാണാൻ സാധിക്കും
02:45 നിങ്ങൾ ഓപ്ഷനുകൾ മാറ്റിയതോടെ ഇത് അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യും.
02:49 Generate ബട്ടണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
02:52 Save input Deckഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.
02:56 സൃഷ്ടിക്കപ്പെട് Gaussian input ഫയൽdot com എക്സ്റ്റൻഷൻ ഉപയോഗിച്ച് സേവ് ചെയ്യും
03:02 ഫയൽ നെയിം Benzene. എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. ലൊക്കേഷൻ Desktop എന്നായി തിരഞ്ഞെടുക്കുക. Save ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
03:10 ഈ ഫയൽ ഡെസ്ക്ടോപ്പിൽ 'Benzene.com' 'എന്ന പേരിൽ സേവ് ചെയുകgedit ഉപയോഗിച്ച് ഫയൽ തുറക്കുക.
03:18 ഇപ്പോള്,Gaussianസോഫ്റ്റ്വെയര് പ്രോഗ്രാമിനുള്ള ഇന്പുട്ട് ഫയലായി ഈ ഫയല് ഉപയോഗിക്കാം.
03:24 Gaussianസോഫ്റ്റ്വെയർ എന്നതിനെക്കുറിച്ച്.
03:28 കമ്പ്യൂട്ടർ കെമിസ്ട്രികൾക്കുള്ള ഒരു കമ്പ്യൂട്ടർ പ്രോഗ്രാമാണ് Gaussian
03:32 Gaussian Inc.നിർമ്മിച്ച കൊമേർഷ്യൽ ലൈസൻസുള്ള സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ആണ്. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഈ ലിങ്ക് ൽ ലഭ്യമാണ്. http://www.gaussian.com/
03:41 'അവോഗാഡ്റോ വിൻഡോയിലേക്ക് മടങ്ങുക. ഡയലോഗ് ബോക്സ് ക്ലോസ് ചെയ്യുക.
03:46 ഇപ്പോൾ 'GAMESS' 'പ്രോഗ്രാമിനായി ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയൽ തയ്യാറാക്കുന്നത് എങ്ങനെയെന്ന് നമുക്ക് നോക്കാം.
03:51 ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കുക. Toolsമെനുവിൽ നിന്നും “New” എന്നതിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
03:56 Draw tool ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ജല തന്മാത്ര നിർമ്മിക്കുക.Oxygen ലേക്ക് element മാറ്റുക.
04:01 panel ൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.auto-optimization toolഉപയോഗിച്ച് ജിയോമെട്രി ഒപ്റ്റിമൈസുചെയ്യുക.
04:08 Extensions മെനുവിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക. സബ് -മെനുവിൽ നിന്നും GAMESS, Input generator തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
04:16 A 'GAMESS' ഇൻപുട്ട് ഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.Basic setup Advanced setup എന്നീ രണ്ട് ടാബുകളുണ്ട്.
04:24 നമ്മൾGaussian ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ ചെയ്തതുപോലെ, ആവശ്യമുള്ള വിവരങ്ങൾ പൂരിപ്പിക്കുക.
04:29 Basic Setup നു കീഴിൽ നമ്മൾCalculate എന്ന ഫീൽഡിൽEquilibrium Geometry തെരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.
04:36 wave function.നിർണ്ണയിക്കാനുള്ള അപ്പ്രോക്സിമഷൻ മെത്തേഡ് RHF, Restricted Hartee Fock
04:44 വാട്ടർ ഒരു മോളിക്യുൽ ആയയതിനാൽ,Basis set. ആയി 6-31G(d,p) തെരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.
04:52 എല്ലാ ഇലക്ട്രോണുകളും പെയർ ആയതിനാൽ gas ഫേസ് , singlet ആണ്
04:58 വെള്ളം ഒരു ന്യൂട്രൽ തന്മാത്രയാണ്, അതിനാൽ chargeneutralആയിരിക്കും.
05:02 Advanced Setup ഒപ്റ്റിമൈസേഷനെ നിയന്ത്രിക്കുന്നതിന് ചില കൂടുതൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ചേർക്കാൻ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
05:08 ഫങ്ഷനുകളുടെ ഗണം മാറ്റണമെങ്കിൽBasis ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:12 Data.യിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:14 Titleഎന്ന് water-MO ആയി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:18 Point Group 'CnV' എന്നായി മാറ്റുക.
05:21 Order of Principal Axis '2' ആക്കുക
05:24 ഇപ്പോൾ, നമ്മൾ സ്ഥിരസ്ഥിതി നിർവചനങ്ങൾ പാലിക്കുന്നു.
05:29 Generate.ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.Save Input deck തുറക്കുന്നു.
05:34 ഡിഫാൾട് ആയി ഫയൽ എക്സ്റ്റെൻഷൻ 'dot inp' ആണ്.
05:38 ഫയൽ നാമം Waterഎന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:42 ഫയൽ ലൊക്കേഷൻ Desktopആയി തിരഞ്ഞെടുക്കുകSaveബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:48 'GAMESS' ഇൻപുട്ട് ഫയൽ Water.inp Desktopൽ സംരക്ഷിച്ചു.
05:55 GAMESSനെക്കുറിച്ച്
05:57 GAMESSഎന്നത് സൂചിപ്പിക്കുന്നത് General Atomic and Molecular Electronic Structure System

(GAMESS) ഇത് ഒരു ab initio quantum chemistry പാക്കേജ് ആണ്

06:08 അക്കാദമിക്, ഇൻഡസ്ട്രിയൽ യൂസേഴ്സ് നു ഇത് യാതൊരു വിധത്തിലും ലഭിക്കുന്നില്ല.
06:14 ഇൻസ്റ്റാളും ഡൌൺലോഡും സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങൾ ഇനിപ്പറയുന്ന ലിങ്കിലാണ് നൽകുന്നത്.

http://www.msg.ameslab.gov/gamess/download.html

06:20 ഇപ്പോൾGAMESS Gaussianഎന്നീ പ്രോഗ്രാമുകൾക്കായി ഞങ്ങൾ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിച്ചിട്ടുണ്ട്.
06:26 ഈ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ബന്ധപെട്ട പ്രോഗ്രാമുകളിൽ ലോഡ് ചെയ്യാൻ തയ്യാറാണ്.
06:31 കാഴ്ചക്കാർ ശ്രദ്ധിക്കൂ: Gaussian ഒരു വാണിജ്യ സോഫ്റ്റ്വെയറാണ്. ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുന്നതിനായി ഇന്റർഫേസ് കാണിക്കാൻ എനിക്ക് കഴിയില്ല.
06:41 മുമ്പ് സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ 'GAMESS' ഫ്രീ സോഫ്റ്റ്വെയറാണ്.
06:45 താത്പര്യക്കാർക്ക് തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ നിന്നും 'GAMESS' ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യാൻ കഴിയും. ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുക.

http://www.msg.ameslab.gov/gamess/download.htm

06:53 എനിക്ക് ഡെസ്ക്ടോപ്പിലെ ചില ഫയലുകളും ഗാസിയനും GAMESS ഉം ഉണ്ട്.
06:58 ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിനൊപ്പം ഞാൻ ഫയലുകളും കോഡ് ഫയലുകളും നൽകിയിട്ടുണ്ട്.
07:03 'Avgadro' ൽ ഈ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ നമുക്ക് നോക്കാം.
07:07 ഒരു പുതിയ അവോഗാഡ്രോ വിൻഡോ തുറക്കുക.
07:10 ടൂൾ ബാറിൽ openഐക്കണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
07:13 ഫയൽ സ്ഥാനത്തേക്ക് നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക. Benzene.log തിരഞ്ഞെടുക്കുക
07:18 ഫയൽ തുറക്കുന്നു, പാനലിലെ benzeneസ്ട്രക്ച്ചർ കാണാൻ കഴിയും.
07:24 Gaussian. ഉപയോഗിച്ച് Benzene.log ജനറേറ്റ് ചെയ്തു.
07:28 molecular orbitals C-C and C-H ബോണ്ട് സ്ട്രെച്ചിങ് എന്നിവ സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങൾ അടങ്ങുന്നു.
07:36 ചിലപ്പോൾ ലോഗ് ഫയൽ ഓർബിറ്റൽ വിവരങ്ങൾ കാണിക്കില്ല.
07:40 അങ്ങനെയുള്ള അവസരത്തിൽ കോഡ്ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന '.fchk' ഫയൽ തുറക്കുക.
07:47 ഓർബിറ്റൽസ് കാണുന്നതിന്, ലിസ്റ്റ് ൽ നിന്ന് 'orbital' എന്ന ലിങ്കിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
07:54 orbitals' ഡിസ്പ്ലേ മാറ്റാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നുവെങ്കിൽ,

ഡിസ്പ്ലേ തരങ്ങളിൽ ഉപരിതല ഓപ്ഷനുകൾക്ക് സമീപമുള്ള spannerചിഹ്നത്തിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.

08:02 Surface Settingഡയലോഗ് ബോക്സിൽ opacity മാറ്റാൻ sliderഉപയോഗിക്കാം. panelനിരീക്ഷിക്കുക.
08:10 Render ഡ്രോപ്പ്-ഡൌൺfill, lines points.

എന്നീ മൂന്ന് ഓപ്ഷനുകളുണ്ട്.

08:17 ഡിഫാൾട് orbitals fill.ആയി നൽകപ്പെടുന്നു.
08:21 ലോബുകളുടെ നിറം മാറ്റാനുള്ള ഒരു ഓപ്ഷനും ഉണ്ട്.
08:25 positive negative ഓപ്‌ഷനുകൾ എന്നതിന് സമീപമുള്ള Color ടാബുകളിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
08:30 Select Colorഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.
08:33 തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന് ഏത് നിറത്തിലും ക്ലിക്കുചെയ്യുക. 'ok' ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
08:38 പാനൽ നിരീക്ഷിക്കുക. അന്ധ്രങ്ങളുടെ നിറങ്ങൾ മാറിക്കഴിഞ്ഞു. ഡയലോഗ് ബോക്സ് ക്ലോസ് ചെയ്യുക.
08:45 സ്ട്രക്ച്ചർ ൽ നിന്ന് നിന്ന് അരിബാഗുകൾ നീക്കംചെയ്യാൻ,Surfaces ' ഓപ്ഷൻ അൺ ചെക് ചെയുക
08:51 vibrational frequencies. കാണാൻ Vibrationsടാബിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക. '
08:56 Vibration വിന്ഡോ ൽ, ലിസ്റ്റിലെ ഏത് ഫ്രീക്വൻസിയിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
09:01 വിൻഡോയുടെ ചുവടെയുള്ള Start Animationബട്ടണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
09:06 പാനൽ നിരീക്ഷിക്കുക. C-C C-Hബോണ്ടുകൾ വ്യാപിപ്പിക്കുന്നതിന് ആനിമേഷൻ അനിവാര്യമാണ്.
09:13 നമുക്ക് ഈ സ്ട്രക്ച്ചർ നായി IR- സ്പെക്ട്രം കാണാൻ കഴിയും.
09:17 Show Spectra. ക്ലിക് ചെയുക
09:20 Spectra Visualizationവിൻഡോ തുറക്കുന്നു. ബെൻസ്നെയിലെ കാൽ ക്‌ളേറ്റ് ചെയ്ത IR spectrum കാണിക്കുന്നു.
09:27 ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കുക. GAMESSപ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് വാട്ടർ മോളിക്യൂളിൽ സൃഷ്ടിക്കപ്പെട്ടlog ഫയൽ തുറക്കുക.
09:35 log ഫയൽ വാട്ടർ മോളിക്യുലാർ ഓർബിറ്റൽ ഇൻഫോർമേഷൻ എന്നിവയുടെ സ്ട്രക്ച്ചർ കാണിക്കുന്നു
09:41 ലിസ്റ്റ് ൽ നിന്ന്orbital ന്റെ പേര് ക്ലിക്കുചെയ്യുക. പാനലിൽ orbital പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.
09:47 സംഗ്രഹിക്കാം.
09:49 ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിച്ചത്:GAMESS and Gaussian,പോലുള്ള computational chemistry പ്രോഗ്രാമുകള്ക്ക് വേണ്ടിയുള്ള ഇന്പുട്ട് ഫയലുകള് തയ്യാറാക്കുക,
09:58 benzene water മോളിക്യുൾക്കുവേണ്ടിയുള്ള Molecular orbitals കാണുക
10:04 Gaussian.ൽ സൃഷ്ടിക്കപ്പെട്ട ലോഗ് ഫയലുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന തന്മാത്രകൾക്കായി കണക്കുകൂട്ടിയ IR spectrum കാണുക.
10:11 അസൈൻമെന്റിനായി, നൽകിയിരിക്കുന്ന കോഡ് ഫയലുകളിൽ നിന്ന് benzene മോളിക്യൂൾ ന്റെ ലോഗ് ഫയൽ തുറക്കുക
10:18 Molecular Orbitalഎന്ന ലിസ്റ്റിൽ നിന്ന് ഏതെങ്കിലും ഡിസ്പ്ലേ ചെയ്യുക.
10:22 ലോബുകളുടെ പ്രദർശനവും വർണ്ണവും മാറ്റുക. 'JPEG' ഫോർമാറ്റിൽ ഇമേജ് സേവ് ചെയുക
10:29 ഈ വീഡിയോ 'സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പദ്ധതിയെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് അത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാം.
10:35 സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഞങ്ങൾ വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുകയും സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു. ഞങ്ങളെ ബന്ധപ്പെടുക.
10:42 സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്റ്റ്NMEICT, MHRD ഗോവെർമെൻറ് ഓഫ് ഇന്ത്യ എന്നിവരുടെ പിന്തുണയോടെ നടപ്പാക്കുന്നു
10:48 ഇത് ഐ.ഐ.ടി ബോംബേ യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്.

പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

Vijinair