UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali

Time	Narration
00:01	Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05	এখানে আমরা শিখব: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
00:13	কাঠামো সংশোধন, শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
00:19	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান।
00:30	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:48	এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:52	এখন Build Structure টুল দ্বারা রাসায়নিক কাঠামো বানানো শুরু করি।
00:58	Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
01:04	সাব-মেনু থেকে Build Structure এ ক্লিক করুন।
01:08	স্ক্রিনে একটি Build Structure ডায়লগ বাক্স খোলে।
01:12	ডায়ালগ বাক্সের উপরে স্থিত Start Structure বোতামে ক্লিক করুন।
01:18	এখানে স্ক্র্যাচ থেকে কাঠামো বানানোর বিকল্প রয়েছে।
01:23	আমরা বিদ্যমান কাঠামোর সংশোধন, বন্ড সমন্বয়, টর্সন সমন্বয়, মডেল জোড়া ইত্যাদিও করতে পারি।
01:33	Start Structure বিকল্প চয়ন করি।
01:37	এখানে, কাঠামো শুরু করার অনেক বিকল্প রয়েছে।
01:41	আমরা পরমাণু, ফ্রাগমেন্ট জোড়া, Pubchem ডেটাবেস থেকে কাঠামো আনতে পারি।
01:48	পেপটাইড, DNA, RNA ইত্যাদি বানান।
01:53	ছোট অণু বানাতে, atom radio বোতামে ক্লিক করুন। Atom parameters বিভাগ খোলে।
02:01	ডিফল্টরূপে, কাঠামো হিলিয়াম পরমাণু সহ শুরু হয়।
02:05	প্যানেলের কেন্দ্রে হিলিয়াম পরমাণু স্থাপন করতে Center of the view রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
02:12	আমাদের X, Y এবং Z স্থানাঙ্ক ইনপুট করার বিকল্প রয়েছে।
02:17	Select placed atom এ ক্লিক করুন।
02:21	named টেক্সট বাক্সে, সেশনের নাম হিসাবে Sample1 লিখুন।
02:26	Color new atoms by element এ ক্লিক করুন।
02:30	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
02:33	প্যানেলে একটি হিলিয়াম পরমাণু দেখায়।
02:37	এখন Modify Structure বিকল্প দ্বারা এই পরমাণু অন্য কোন অণুতে বদলাতে পারি।
02:44	মেন ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Modify Structure বিকল্প চয়ন করুন।
02:49	হিলিয়াম অণু মিথেন অণুতে বদলানোর চেষ্টা করি।
02:53	হিলিয়াম পরমাণুকে selection মোডে রাখি।
02:57	Build Structure ডায়ালগ বাক্সে,
03:00	Element কে Carbon, Bonds কে 4 এবং Geometry কে tetrahedral এ বদলান।
03:08	যোজ্যতা সমন্বয়ের জন্য হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়িত।
03:13	ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার ইতিমধ্যেই চয়নিত, এটি এভাবে ছেড়ে দিন।
03:20	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:23	প্যানেল লক্ষ্য করুন। হিলিয়াম এখন মিথেন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়।
03:29	Select মেনু ব্যবহার করে চয়ন মুছে ফেলুন।
03:33	এই অণু মিথাইল অ্যামিনে আরো সংশোধন করতে, যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন।
03:39	CTRL কী ধরে রেখে মিথেন কাঠামোতে যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণুতে ক্লিক করুন।
03:46	হাইড্রোজেন পরমাণু এখন চয়নিত।
03:49	Modify Structure ডায়ালগ বাক্সে, Element কে nitrogen, Bonds কে 3, Geometry কে trigonal এ বদলান।
03:59	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
04:02	প্যানেল লক্ষ্য করুন। অ্যামিনো গ্রুপ এখন মিথেন অণুতে জুড়িত।
04:07	Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন।
04:10	আপনি কাঠামো থেকে কোনো পরমাণু বা বন্ড মুছতে চাইলে- পরমাণু বা বন্ড চয়ন করুন, Build Structure ডায়ালগ বাক্সে delete বোতামে ক্লিক করুন।
04:22	মূল কাঠামোতে ফিরতে, Tools মেনু দ্বারা হাইড্রোজেন যুক্ত করুন।
04:28	কেন্দ্র মাউস বোতাম দ্বারা, মডেলটি ড্রেগ করে প্যানেলের কোণায় রাখুন।
04:35	Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, ড্রপ ডাউন মেনুতে ক্লিক করুন এবং Start Structure বিকল্প চয়ন করুন।
04:43	এখন fragment রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
04:47	বিভিন্ন সাইক্লিক যৌগের একটি ফ্র্যাগমেন্ট লাইব্রেরী এখানে তালিকাভুক্ত।
04:52	5-membere rings এ ক্লিক করুন।
04:55	তালিকা থেকে ফ্র্যাগমেন্ট চয়ন করুন।
04:58	আমি imidazole চয়ন করব।
05:01	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
05:04	Imidazole অণু পর্দায় দেখায়।
05:09	imidazole অণু methyl amine মডেলের কাছাকাছি সরান।
05:13	Active model status বারে, মডেল সংখ্যা শূন্যের জন্য বাক্সটি আনচেক করুন।
05:19	এটি অ্যামাইন মডেলকে স্ক্রীনে নিষ্ক্রিয় করবে।
05:23	কেন্দ্রের মাউস বোতাম দ্বারা imidazole কে অ্যামাইন মডেলের কাছাকাছি সরান।
05:29	আমরা Build structure ডায়ালগ বাক্সে Join Models বিকল্প দ্বারা প্যানেলে দুটি মডেল জুড়তে পারি।
05:37	প্রতিটি মডেল থেকে একটি হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন যেখানে বন্ড বানাতে চান।
05:44	একই সময়ে CTRL এবং Shift কী ধরে রাখুন, হাইড্রোজেনে ক্লিক করুন।
05:52	এখন হাইড্রোজেন চয়নিত।
05:55	other bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
05:58	বন্ড সম্পর্কিত তথ্য ডায়ালগ বাক্সে দেখায়।
06:03	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
06:05	প্যানেল লক্ষ্য করুন, দুটি মডেল জুড়ে গেছে।
06:10	File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন।
06:15	graphics উইন্ডোতে ফিরে যেতে উইন্ডোর নীচে lighting bolt আইকনে ক্লিক করুন।
06:22	এরপর, একটি পেপটাইড চেন বানাই।
06:25	Build Structure ডায়ালগ বাক্সে Start Structure চয়ন করুন।
06:30	peptide radio বোতামে ক্লিক করুন।
06:33	Peptide Sequence টেক্সট বক্সে, অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য একক অক্ষরের কোড লিখুন।
06:39	এখন কিছু এলোমেলো অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম লিখি।
06:43	লিখুন: ACDEFGH। রেসিডিউ N থেকে C টার্মিনাসে জুড়ে গেছে।
06:52	স্যাম্পলের নাম হিসাবে Sample2 লিখুন।
06:56	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
06:59	Peptide Sequence ডায়লগ বাক্স খুলুন।
07:03	এই ডায়লগ বাক্স phi এবং psi কোণ নির্দিষ্ট করতে।
07:08	ডিফল্টরূপে, -57 এবং -47 এর phi এবং psi কোণ দেখায়।
07:15	এই ভ্যালু পেপটাইড ফ্র্যাগমেন্টের জন্য আলফা-হেলিক্স কাঠামো ভিত্তিক।
07:21	আপনি ভ্যালু সেট করতে চাইলে এটি নিজে নিজে করতে পারেন।
07:26	এখনকার জন্য, আমরা phi\psi ভ্যালু অপরিবর্তিত রেখেছি।
07:30	OK বোতামে ক্লিক করুন।
07:33	প্যানেল লক্ষ্য করুন। আমাদের পেপটাইড চেন হিসাবে helix রয়েছে।
07:39	কাঠামোর শক্তি হ্রাস করতে, command টেক্সট বাক্সে লিখুন minimize. এন্টার টিপুন।
07:48	মডেলের নাম সহ একটি Dock Prep ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:53	ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
07:57	এখন, আমরা কোনো পরিবর্তন করব না। OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:02	এটি কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে আরেকটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
08:07	কয়েকটি প্যারামিটার ইতিমধ্যে চয়নিত। OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:13	প্যানেল লক্ষ্য করুন। কাঠমোতে হাইড্রোজেন জুড়ে গেছে।
08:18	আরেকটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। force field প্যাকেজ চয়ন করুন।
08:24	ডিফল্টরূপে, স্ট্যান্ডার্ড রেসিডিউয়ের জন্য AMBER ff14SB চয়নিত।
08:31	OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:34	কাঠামো হ্রাস করতে কিছু সময় লাগবে।
08:38	এখন, প্যানেলে, সবচেয়ে পছন্দসই কনফিগারেশন সহ একটি কাঠামো রয়েছে।
08:45	File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন এবং Graphics উইন্ডো খোলে।
08:51	Build stucture টুল দ্বারা, আমরা একটি ডবল হেলিকাল DNA/RNA বানাতে পারি।
08:57	helical DNA/RNA রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
09:01	Sequence টেক্সট বাক্সে, DNA ফ্যাগমেন্টের জন্য এক অক্ষরের নিউক্লিওটাইড কোড লিখুন।
09:08	বর্ণনের জন্য আমি লিখব ATGCATGC.
09:16	DNA তে ক্লিক করুন, B-form এ ক্লিক করুন।
09:22	নামটি Sample3 হিসাবে এডিট করুন।
09:25	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
09:28	DNA এর একটি মডেল প্যানেলে double helix হিসাবে প্রদর্শিত।
09:34	Presets মেনু দ্বারা পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
09:39	সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
09:49	কাঠামো সংশোধন,
09:51	শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
09:55	অনুশীলনী হিসাবে biphenyl অণু বানাতে দুটি বেঞ্জিন অণু যোগ করুন।
10:02	পছন্দের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ একটি পেপটাইড ফ্রাগমেন্ট বানান।
10:08	একটি রেন্ডম নিউক্লিওটাইড ক্রম সহ একটি RNA ফ্রাগমেন্ট বানান।
10:13	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:21	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
10:28	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
10:35	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta