UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Bengali

Time	Narration
00:01	Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05	এখানে আমরা শিখব: কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা। হাইড্রোজেন বন্ড দেখানো, নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা।
00:16	বিভিন্ন rotamers পেতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো।
00:21	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:30	এখানে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:46	এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:49	কমান্ড লাইন দ্বারা Squalene Synthase এর একটি কাঠামো খুলুন। এটি pdb কোড 3w7f সহ একটি Transferace এনজাইম।
01:00	কমান্ড লাইনে লিখুন, Open space 3w7f, Enter টিপুন।
01:09	এনজাইমের একটি মডেল প্যানেলে দেখায়।
01:12	Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 1 এ বদলান।
01:18	প্রোটিন দুটি কপি হিসাবে দেখায়।
01:21	যে কোনো একটি কপি মুছে ফেলতে লিখুন delete colon dot a, এন্টার টিপুন।
01:29	কাঠামো থেকে দ্রাবক অণু মুছে ফেলতে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।
01:37	এই কাঠামোতে, ligand হল farnesyl thiopyrophosphate.
01:43	কমান্ড দ্বারা ligand রেসিডিউ লেবেল করুন। লিখুন rlabel স্পেস ligand, এন্টার টিপুন।
01:53	দুটি farnesyl thiopyrophosphate রয়েছে যা এই কাঠামোতে শর্টে FPS.
02:01	কাঠামো sticks ডিসপ্লেতে দেখায়।
02:05	কাঠামোটি ঘোরান এবং জুম ইন করুন।
02:08	অনেক সাইড চেন রয়েছে যা হাইড্রোজেন বন্ড FPS এর phosphate oxygens এ দান করতে পারে।
02:15	কার্সারকে সাইড চেন রেসিডিউতে পরমাণুতে রাখুন।
02:21	Serine 21 রেসিডিউতে যান।
02:23	এখন, Serine 21 এর অক্সিজেন এবং নিকটতম FPS এর phosphate oxygen এর দূরত্ব পরিমাপ করি।
02:32	দূরত্ব পরিমাপ করতে Serine 21 রেসিডিউয়ের অক্সিজেন চয়ন করুন।
02:37	CTRL কী টিপে Serine 21 এর সাইড চেন অক্সিজেনে ক্লিক করুন।
02:43	CTRL এবং Shift কী একসাথে টিপে, FPS এর নিকটবর্তী ফসফেট অক্সিজেনে ডাবল ক্লিক করুন।
02:52	কনটেক্সট মেনু থেকে Show Distance চয়ন করুন।
02:56	প্যানেলটি দেখুন। দুটি পরমাণুর মাঝের দূরত্ব দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
03:04	একইভাবে, Tyrosine এর সাইড চেন অক্সিজেন এবং FPS এর একই ফসফেট অক্সিজেনের মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করুন।
03:15	হাইড্রোজেন বন্ড সহ দূরত্ব একই রকম দেখায়।
03:20	হাইড্রোজেন বন্ড ডোনার এবং এক্সেপ্টার দূরত্বের ভিত্তিতে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়: 2.2 থেকে Angstroms হলে শক্তিশালী, 2.5 থেকে 3.2 মধ্যম, 3.2 থেকে 4.0 দুর্বল।
03:36	এখন, Select মেনু দ্বারা ligand চয়ন করুন।
03:40	রেসিডিউ বিকল্পে স্ক্রোল করুন, সাব-মেনু থেকে FPS এ ক্লিক করুন।
03:46	FPS দ্বারা গঠিত হাইড্রোজেন বন্ড খোঁজার সহজ উপায় হল Tools মেনু থেকে Find Hydrogen bond বিশেষতা ব্যবহার করা।
03:55	Structure Analysis বিকল্পে FindHbond এ ক্লিক করুন।
04:01	H-Bond Parameters ডায়ালগ খোলে।
04:05	রঙিন বাক্সে ক্লিক করে হাইড্রোজেন বন্ডের রঙ নিশ্চিত করুন।
04:09	লাইনের প্রস্থ মোটা লাইনের জন্য 3.0 করুন।
04:13	Label Hydrogen bond with distance এর সামনের চেক বাক্সে ক্লিক করুন।
04:21	Only find H-bonds with at least one end selected এ ক্লিক করুন।
04:26	Write information to reply log এ ক্লিক করুন।
04:31	OK বোতামে ক্লিক করুন।
04:33	প্যানেলটি দেখুন। হাইড্রোজেন বন্ড নির্দিষ্ট রঙ এবং লাইনের প্রস্থ সহ pseudo বন্ড হিসাবে দেখায়।
04:42	বন্ডের বিবরণ Reply log এ দেখা যাবে।
04:45	Favorites মেনু ব্যবহার করে Reply log খুলুন।
04:49	প্রতিটি হাইড্রোজেন বন্ড সম্পর্কে তথ্য এখানে দেওয়া হয়েছে।
04:53	ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
04:55	আপনি কাঠামো থেকে হাইড্রোজেন বন্ধ সরাতে চাইলে, কমান্ড লাইনে লিখুন: Tilda চিহ্নের পর hbond, এন্টার টিপুন।
05:07	Structure Analysis বিকল্পে Tools মেনুতে আরেকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
05:13	এটি হল Findclashes/contacts. একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।
05:19	এই বৈশিষ্ট্য নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন যেমন Clashes এবং Contacts সনাক্ত করে।
05:26	Clashes প্রতিকূল ইন্টারঅ্যাকশন হয় যেখানে পরমাণু একে অপরের খুব কাছাকাছি হয়।
05:33	Contacts সকল সরাসরি ইন্টারঅ্যাকশন হয়: পোলার এবং নন-পোলার, অনুকূল এবং প্রতিকূল (clashes সহ)
05:43	এখন সকল অন্যান্য পরমাণু সহ FPS রেসিডিউয়ের contacts সনাক্ত করুন।
05:48	Select মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন।
05:52	Find Clashes/Contacts ডায়লগ বাক্সে Designate এ ক্লিক করুন।
05:58	এটি 48 atoms designated দেখায়।
06:02	All other atoms এর সামনের রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
06:06	Clash/Contact Parameters প্যারামিটার ডিফল্ট Contact এ নির্ধারণ করুন।
06:11	Treatment of Clash/Contact Atoms এ, নিম্ন চেক বাক্সে ক্লিক করুন: Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden এবং Write information to reply log.
06:27	OK বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।
06:32	FPS এর সকল কন্টাক্ট দেখায়।
06:37	Reply Log খুলুন। Atom-atom contacts এখানে তালিকাভুক্ত।
06:44	ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
06:46	এখন কিছু clashes দেখাই।
06:49	এখন Tyrosine 248 রেসিডিউতে ফোকাস করুন।
06:54	কমান্ড লাইনে লিখুন: focus space colon 248 এন্টার টিপুন।
07:03	চয়ন clear করুন।
07:06	এখন Tyrosine 248 রেসিডিউ চয়ন করুন।
07:10	CTRL কী টিপে থেকে Tyrosine 248 এ যে কোনো একটি পরমাণুতে ক্লিক করুন।
07:15	সমগ্র অণু চয়ন করতে কীবোর্ডে আপ অ্যারো কী টিপুন।
07:20	এখন আমরা সাইড চেন Tyrosine 248 ইন্টারঅ্যাক্টিভভাবে ঘোরাবো এবং Clashes এর জন্য চেক করব।
07:27	Tyrosine 248 এর 4 Angstroms এর ভিতরে রেসিডিউ দেখান।
07:32	কমান্ড লাইনে লিখুন ডিসপ্লে disp স্পেস কোলন 248 স্পেস z less than four(disp :248 z<4) Enter টিপুন।
07:45	clashes দেখাতে, Tools মেনু থেকে FindClashes/Contacts বিকল্প চয়ন করুন।
07:53	Designate এ ক্লিক করুন।
07:55	All other atoms এর সামনের বোতামে ক্লিক করুন।
07:59	Clash এর জন্য Clash/Contact Parameters সেট করুন। Treatment of Clash/Contact Atoms কে Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden সৎ করুন।
08:11	Frequency of Checking কে Continuously সেট করুন।
08:15	ডায়ালগ বাক্স সরান।
08:18	ইন্টারেক্টিভভাবে Tyrosine 248 এর সাইড চেন ঘোরাতে।
08:22	CTRL কী টিপে থেকে ribbon এর সাথে যুক্ত বন্ডে ডাবল ক্লিক করুন।
08:29	কনটেক্সট মেনু থেকে rotate bond বিকল্প চয়ন করুন।
08:33	Build structure ডায়ালগ খোলে।
08:36	ডায়ালে পয়েন্টার ড্রেগ করে বন্ড ঘোরান।
08:41	বিকল্পভাবে, এঙ্গেল ভ্যালু এডিট করতে কালো অ্যারো হেডে ক্লিক করুন।
08:47	প্যানেলটি দেখুন। যেই সাইড চেন ঘোরে নতুন pseudo-bonds তৈরী হয় বা অদৃশ্য হয়ে যায়।
08:55	বন্ডকে মূল স্থানে ফিরিয়ে আনতে Bond এ এন্ট্রিতে ক্লিক করুন। Revert চয়ন করুন।
09:03	বন্ড অধিক সময় পর্যন্ত না ঘোরাতে আবার bond এ ক্লিক করুন এবং তারপর Deactivate এ ক্লিক করুন।
09:09	ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
09:11	Tools মেনুতে বিকল্প দ্বারা Tyrosine 248 এর সকল rotamers তুলনা করতে পারি।
09:18	প্রথমে Tryrosine 248 চয়ন করুন।
09:22	Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing এ স্ক্রোল করুন।
09:26	Rotamers বিকল্পে ক্লিক করুন।
09:29	Rotamer ডায়ালগ বাক্সে, rotamer library থেকে Dunbrack চয়ন করুন।
09:36	OK বোতামে ক্লিক করুন।
09:38	প্যানেলে rotamers, wire এর মত দেখায়।
09:43	আরেকটি ডায়ালগ খোলে। rotamer দেখাতে ডায়ালগ বাক্সে লাইনে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।
09:52	আমরা rotamers এর জন্য Clash এবং hydrogen bonds ও সনাক্ত করতে পারি।
09:58	Columns এ ক্লিক করুন তারপর Add. Clashes চয়ন করুন।
10:03	ডায়ালগ বাক্সে OK তে টিপুন।
10:06	এখন হাইড্রোজেন বন্ড জুড়তে Columns এ ক্লিক করুন, Add এ স্ক্রোল করুন এবং hydrogen bonds চয়ন করুন।
10:15	Hydrogen bonds ডায়লগ বাক্সে OK তে ক্লিক করুন।
10:19	ডায়ালগটি দেখুন, দুটি নতুন কলাম জুড়েছে।
10:24	প্রতিটি rotamer কিছু Clashes বানায় কিন্তু hydrogen bonds বানায় না।
10:30	ভিন্ন ভিন্ন রেসিডিউতে বন্ড ঘুরিয়ে rotamers খোঁজার চেষ্টা করুন।
10:35	সংক্ষিপ্তকরণ করি. এখানে আমরা শিখেছি- কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা।
10:43	Hydrogen bonds দেখানো। নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা.
10:48	clashes এবং contacts খুঁজতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং ভিন্ন rotamers তুলনা করা।
10:56	অনুশীলনীর জন্য Squalene Synthasepdb code 3w7f এর একটি কাঠামো খুলুন।
11:03	Clashes এবং Contacts নির্ধারণ করতে Tyrosine 41 রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং rotamers তুলনা করা।
11:11	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
11:17	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
11:27	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
11:37	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta