Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Telugu

Time	Narration
00:01	అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన్ Jmol పై ఈ ట్యుటోరియల్కు స్వాగతం.
00:08	ఈ ట్యుటోరియల్ లో, మనము Jmol panel పై Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను Load చేయటం,
00:16	ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క డిస్ప్లే ను మార్చటం,
00:20	amino acid residues ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటం,
00:25	ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయటం మరియు
00:30	protein కొరకు Ramachandran plot ను చూడటం నేర్చుకుంటాము.
00:35	ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు ప్రాథమిక జీవరసాయన శాస్త్రం గురించి మరియు
00:41	Jmol అప్లికేషన్ విండో నుండి ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి అవగాహన ఉండాలి.
00:46	దయచేసి, Jmol అప్లికేషన్ సిరీస్ లో Proteins and Macromolecules ట్యుటోరియల్ ను చుడండి.
00:53	అది ఈ క్రింది లింక్ లో అందుబాటులో ఉంది.
00:57	ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేయడానికి, నేను Ubuntu ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్ వర్షన్ 12.04
01:05	Jmol వర్షన్ 12.2.2
01:08	Java వర్షన్ 7 మరియు Mozilla Firefox browser 22.0 లను ఉపయోగిస్తున్నాను.
01:16	Jmol window ను తెరచి, hexokinase ఎంజైమ్ యొక్క నిర్మాణం ను load చేయండి.
01:22	నేను internet కు కనెక్ట్ అయ్యాను. కాబట్టి, నేను నిర్మాణాన్ని PDB website నుంచి నేరుగా load చేస్తాను.
01:28	అలాచేయుటకు ఫైల్ మెనుని తెరచి, స్క్రోల్ చేసి, Get PDB ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
01:37	ఒక Input dialogue-box తెరపై కనిపిస్తుంది. Hexokinase యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB కోడ్ ను అనగా 3IDH ను టెక్స్ట్ బాక్స్ లో టైప్ చేయండి.
01:50	ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank నుండి పొందవచ్చు.
01:55	మీకు ఒక వేళ ఇంటర్నెట్ కనెక్షన్ లేకుంటే, టూల్ బార్ లోని, Open a file ఐకాన్ ను ఉపయోగించి, ఇప్పటికే ఉన్న pdb ఫైల్ ను తెరవండి.
02:06	OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
02:09	glucokinase అని కూడా పిలవబడే hexokinase యొక్క 3D నిర్మాణం స్క్రీన్ పైన తెరుచుకుంటుంది.
02:16	File మెనూ ను ఉపయోగించి, Console విండో ను తెరవండి.
02:21	Console పై చూపినట్లుగా, Human Pancreatic Glucokinase ఉపరితలంతో పాటుగా Glucose కొరకు నిర్మాణం ప్యానెల్ పై ఉంది.
02:31	console ను మూసివేయండి.
02:34	మనం ప్యానల్ పై, hexokinase యొక్క ball and stick మోడల్ ను కలిగి ఉన్నాము.
02:40	ప్యానెల్ పై గల protein model నుండి నీటి అణువులను తొలగించండి.
02:44	ఈ తొలగించు పద్దతి Jmol ట్యుటోరియల్, Proteins and macromolecules నందు పూర్తిగా వివరించబడింది.
02:53	hexokinase ఎంజైమ్ గురించి చెప్పాలంటే,
02:56	Hexokinase 465 అమినో ఆసిడ్స్ గల ఒక monomeric protein.
03:02	అది రెండు domains ను కలిగి ఉంటుంది. ఒక పెద్ద డొమైన్ మరియు ఒక చిన్న డొమైన్.
03:07	ఈ enzyme యొక్క active-site, ఈ రెండు డొమైన్ ల మధ్య, cleft నందు ఉంటుంది.
03:14	hexokinase యొక్క ఆక్టివ్-సైట్, 204 వద్ద Aspergine, 231 వద్ద Aspergine మరియు 256 వద్ద Glutamic acid అనే మూడు అమినో యాసిడ్ రెసిడ్యూస్ లను కలిగి ఉంటుంది.
03:30	ఈ ఎంజైమ్ కు Alpha-D-Glucose అనేది substrate
03:34	ఇప్పుడు Jmol ప్యానెల్ కు తిరిగి వెళ్దాం.
03:38	మనం Substrate, Cofactors లేదా Amino acid residues వంటి ఎంజైమ్స్ యొక్క విభాగాలను ఆక్టివ్ సైట్ వద్ద సెలెక్ట్ చేయవచ్చు మరియు హైలైట్ చేయవచ్చు.
03:49	ఒక నిర్దిష్ఠ విభాగమును ఎంచుకొనుటకు - రైట్-క్లిక్ చేసి, పాప్-అప్ ను తెరవండి.
03:55	Select ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి,
03:57	Proteins సబ్-మెనూ నుండి By Residue name ను ఎంచుకోండి.
04:04	ఇక్కడ మనం జాబితా చేయబడిన విడివిడి amino acid residues లను కలిగిఉన్నాము.
04:10	దాన్ని ఎంచుకోవడానికి అమినో యాసిడ్ యొక్క పేరు పై క్లిక్ చేయండి.
04:14	అలాగే, అమినో యాసిడ్స్ Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged మొదలైనటునవంటి హెడింగ్స్ క్రిందన సమూహం చేయబడ్డాయి.
04:26	Hetero లో జాబితా చేయబడినవి, అయాన్ లోహం potassium మరియు substrate glucose.
04:34	substrate binding site ను సులభంగా గుర్తించడానికి, enzyme యొక్క ప్రదర్శనను మనం సవరించవచ్చు.
04:41	ప్రోటీన్ యొక్క పరమాణువుల, రంగును మరియు ప్రదర్శనను మార్చుదాం.
04:46	పాప్-అప్ మెనూని తెరచి, ఆపై Select కు వెళ్ళి, Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All పై క్లిక్ చేయండి.
04:55	మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనూని తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేసి, ఆపై Scheme కు వెళ్ళి, Sticks పై క్లిక్ చేయండి.
05:05	ఇప్పుడు మనం ప్యానెల్ పై, ప్రోటీన్ ను sticks ప్రదర్శనలో కలిగి ఉన్నాము.
05:11	ఇప్పుడు రంగును మార్చుటకు, పాప్-అప్ మళ్ళీ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి Blue ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
05:23	స్క్రీన్ పైన మనం, hexokinase యొక్క నమూనాను నీలం రంగులో మరియు sticks ప్రదర్శనలో కలిగి ఉన్నాము.
05:30	Alfa-D-Glucose ఉపరితలం, క్లెఫ్ట్ లో ball and stick లో ప్రదర్శనను గమనించండి.
05:38	substrate ను హైలైట్ చేయుటకు, పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, Select కు వెళ్ళి, ఆపై Hetero మరియు GLC-ALFA-D-GLUCOSE పై క్లిక్ చేయండి.
05:52	పాప్-అప్ మెనూ ను మళ్ళీ తెరచి, Style >> Scheme వరకు స్క్రోల్ చేసి Sticks ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
06:00	రంగును మార్చుటకు, మళ్ళీ పాప్-అప్ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి, White పై క్లిక్ చేయండి.
06:12	ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క నమూనా substrate యొక్క స్థానంతో స్పష్టంగా హైలైట్ చేయబడింది.
06:20	అమినో యాసిడ్స్ ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటానికి మనం వాటి రంగును మార్చవచ్చు.
06:26	అలాచేయటానికి, మనం Console విండో లో కమాండ్స్ ను టైప్ చెయ్యాలి.
06:32	ముందు చెప్పినట్లుగా, యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద చేరియున్న అమినో యాసిడ్స్, 204 స్థానం వద్ద Aspergine, 231 స్థానం వద్ద Aspergine మరియు 256 స్థానం వద్ద Glutamic acid.
06:50	File menu ను ఉపయోగించి, console window ను తెరచి, Console పై క్లిక్ చేయండి.
06:57	నేను కన్సోల్ విండో ను మాగ్నిఫై చేయుటకు Kmag స్క్రీన్ మాగ్నిఫైర్ ను ఉపయోగిస్తున్నాను.
07:03	$ ప్రాంప్ట్ వద్ద select స్క్వేర్ బ్రాకెట్ లో aspergine కొరకు Asn బ్రాకెట్ మూసి, స్థానం గా 204 ను, సెమికోలన్ color atoms orange అని టైప్ చేసి,
07:25	ఎంటర్ నొక్కండి.
07:27	aspargine residue యొక్క పరమాణువులు ఇపుడు ఆరెంజ్ రంగులో ఉండటం గమనించండి.
07:33	కీ బోర్డ్ నుండి up-arrow బటన్ పై క్లిక్ చేసి, edit పై క్లిక్ చేయండి.
07:39	అమినో యాసిడ్ స్థానం ను 231 కు మార్చి, పరమాణువుల రంగును ఎరుపుకు మార్చండి.
07:48	ఎంటర్ నొక్కండి.
07:51	అప్-యారో కీ ని మళ్ళీ నొక్కి, అమినో ఆసిడ్ యొక్క పేరును GLU కు అంటే అది glutamic acid మరియు స్థానాన్ని 256 కు మార్చండి.
08:06	మరియు పరమాణువుల రంగును ఆకుపచ్చ కు మార్చి, ఎంటర్ నొక్కండి.
08:13	మన ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క 3D model, substrate తో పాటు యాక్టీవ్-సైట్ హైలైట్ చేయబడి ఉన్నది.
08:23	అదేవిధంగా, ఇక్కడ చూపిస్తున్న మోడల్ లో potassium పరమాణువు కూడా ఉదా రంగులో హైలైట్ చేయబడిఉంది.
08:30	మనం jmol లో ఒక నిర్ధిష్ట ప్రోటీన్ కొరకు ramachandran plots ను కూడా చూపవచ్చు.
08:36	console పై, డాలర్ ప్రాంప్ట్ వద్ద plot ramachandran అని టైప్ చేసి,
08:45	ఎంటర్ నొక్కండి.
08:47	తెరపై, మనం hexokinase కొరకు ఒక ramachandran plot ను కలిగి ఉన్నాము.
08:54	డేటా బేస్ నుండి pdb files ను ఉపయోగించి, వివిధ ఎంజైమ్స్ ను load చేయటానికి ప్రయత్నించండి.
09:00	ద్వితీయ నిర్మాణము యొక్క ప్రదర్శనను మార్చండి.
09:04	సారాంశం చూద్దాం. మనం నేర్చుకున్నవి. Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను PDB కోడ్ ను ఉపయోగించి Load చేయటం,
09:14	ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క ప్రదర్శనను మార్చడం,
09:17	యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద amino acid residues ను హైలైట్ చేయడం,
09:21	ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయడం,
09:25	ప్రోటీన్స్ కొరకు ramachandran ప్లాట్ ను చూపడం.
09:30	అసైన్మెంట్ గా, Jmol ప్యానెల్ పై Lysozyme ఎంజైమ్ యొక్క dot pdb ఫైల్ ను లోడ్ చేయండి.
09:38	ఎంజైమ్ చుట్టూ ఉన్న ఉపరితలాన్ని హైలైట్ చేయండి.
09:42	యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద అమినో యాసిడ్స్ ను హైలైట్ చేయండి.
09:46	సూచన: Lysozyme యొక్క pdb ఫైల్ ను PDB database నుండి పొందండి.
09:52	ఈ URL వద్ద ఉన్న వీడియో ను చూడండి.
09:56	అది Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ కు సారాంశం ను ఇస్తుంది.
10:00	ఒకవేళ మీకు మంచి బ్యాండ్ విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దానిని డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు.
10:04	స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్,
10:07	వర్క్ షాప్ లను నిర్వహిస్తుంది మరియు ప్రశంసాపత్రాలను అందిస్తుంది.
10:10	మరిన్ని వివరాలకు మాకు వ్రాయండి.
10:14	Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ అనేది, Talk to a Teacher అనే ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం.
10:19	దీనికి NMEICT, MHRD సహకారం అందిస్తుంది.
10:25	దీని పై మరిన్ని వివరాలు ఈ క్రింది లింక్ పై అందుబాటులో ఉన్నవి.
10:30	దీనిని తెలుగులోనికి అనువదించినది స్వామి మరియు నేను ఉదయలక్ష్మి మీకు ధన్యవాదములు.

Contributors and Content Editors

Madhurig, PoojaMoolya, Simhadriudaya