Jmol-Application/C4/Proteins-and-Macromolecules/Malayalam

One

Time	Narration
00:01	Proteins and Macromolecules.' എന്ന ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:06	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കുന്നതു:
00:09	Protein Data Bank (PDB)' ൽനിന്നുള്ള protein ന്റെ Load സ്ട്രക്ചഴ്സ്‌.
00:13	'pdb' ഡേറ്റാബേസിൽ നിന്ന് 'PDB' ഫയലുകൾ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക
00:18	വിവിധ ഫോർമാറ്റിൽ പ്രോട്ടീനുകളുടെ സെകണ്ടറി സ്ട്രക്ചർ ഡിസ്‌പ്ലൈ ചെയ്യുക.
00:24	hydrogen bonds disulfide bonds' ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക
00:29	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ ഫോളോ ചെയ്യാൻ, Jmol Application window ലെ ബേസിക് ഓപ്പറേഷൻസ് ഫെമിലിയർ ആയിരിക്കണം.
00:37	ഇല്ലെങ്കിൽ, ഞങ്ങളുടെ വെബ്സൈറ്റിൽ ലഭ്യമായ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ കാണുക.
00:42	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ റെക്കോർഡ് ചെയ്യാൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നതു:
00:46	Ubuntu OS വേർഷൻ 12.04
00:50	Jmol വേർഷൻ 12.2.2
00:54	Java വേർഷൻ 7
00:57	Mozilla Firefox Browser 22.0.
01:02	വലിയ ബയോ മോളിക്യൂൾസ് ന്റെ Structure Analysis.
01:06	Proteins Macromolecules
01:10	Nucleic acids, DNA and RNA
01:13	Jmol Application. ഉപയോഗിച്ച് Crystal structures polymers ചെയ്യാം
01:19	ഇവിടെ, ഒരു പുതിയ Jmol window" തുറന്നിരിക്കുന്നു.
01:24	3D structure" ബയോമോല്യൂളുകൾ ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് നേരിട്ട് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യാവുന്നതാണ്.
01:29	അങ്ങനെ ചെയ്യാൻ, File മെനുവിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക, 'Get PDB ലേക്ക്‌ സ്ക്രോൾ ഡൗൺ ചെയ്യുക
01:36	screen" നിൽ ഒരു Input 'ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
01:40	നാം Input ബോക്സിലെ protein നുള്ള നാലു ലെറ്റർ PDb കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യണം.
01:48	Protein Data Bank (PDB) വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് ഈ കോഡ് ലഭിക്കും.
01:53	ഇത് Protein Data Bank ന്റെ വെബ് പേജാണ്.
01:57	proteins and nucleic acids 'തുടങ്ങിയ ബയോമോല്യൂളുകൾ സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങൾ ഇതിന് ഉണ്ട്.
02:04	ഉദാഹരണമായി, PDB എന്ന വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്നും Pancreatic Enzyme Insulin എന്നതിന് PDB code" കണ്ടുപിടിക്കാൻ ശ്രമിക്കാം.
02:13	search boxക്സിൽ "human insulin" എന്ന പ്രോട്ടീൻ പേര് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. കീ ബോർഡിൽ Enter 'കീ അമർത്തുക.
02:24	ഇപ്പോൾ ഡിസ്‌പ്ലൈ ആയിരിക്കുന്ന വെബ് പേജിൽ സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.
02:28	Human Insulin PDB codes എന്ന പേരിലറിയപ്പെടുന്ന സ്ട്രക്ചഴ്സ്‌ സ്ക്രീനിൽ ഡിസ്‌പ്ലൈ ആവുന്നു.
02:36	ഉദാഹരണമായി, 4EX1. എന്ന ഒരു കോഡുള്ള Human Insulin തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
02:44	പ്രോട്ടീൻ പേര് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
02:47	സ്ട്രക്ചർന്റെ എല്ലാ വിവരങ്ങളും ഉള്ള ഒരു window തുറക്കുന്നു.
02:52	ഇന്ഫോര്മേഷന്സ്
02:54	Primary Citation
02:56	Molecular Description
02:58	'Structure Validation എന്നിവ ഈ പേജിൽ ലഭ്യമാണ്.
03:02	നമുക്ക് പ്രോട്ടീനുകളുടെ സ്ട്രക്ചഴ്സ്‌ ". pdb' ഫയലായും നമുക്ക് ഉ 3D mode ൽ Jmol ആയിരിക്കും
03:12	page'ന്റെ മുകളില് വലതുകോണിലുള്ള Download Files ലിങ്ക് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
03:20	ഡ്രോപ്പ്-ഡൌൺ മെനുവിൽ നിന്നും PDB file (gz) 'ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:28	സ്ക്രീനില് ഒരു ഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.
03:32	Save file' ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:35	OK ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
03:39	protein സ്ട്രക്ചർ 4EX1.pdb.gz Downloads" ഫോൾഡറിൽ സേവ് ചെയ്യും.
03:51	അതുപോലെ, നിങ്ങൾക്ക് വിവിധ പ്രോട്ടീനുകളുടെ '.pdb' ഫയലുകൾ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യാവുന്നതാണ്, അവ പ്രത്യേക ഫയലുകൾ 'save" ചെയ്യുക.
04:02	ഇപ്പോൾ Insulin എന്നതിന്റെ '3D' സ്ട്രക്ചർ കാണാനായി Jmol വിൻഡോയിലേക്ക മാറാം.
04:09	നിങ്ങൾ ഇന്റർനെറ്റിൽ കണക്റ്റുചെയ്തിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് Jmol panel' നിന്ന്‌ നേരിട്ട് പ്രോട്ടീൻ സ്ട്രക്ചർ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യാം.
04:15	ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ 4 ലെറ്റർ ഉള്ള PDB code “4EX1” ടൈപ്പ് ചെയ്തിട്ട് OK' ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
04:25	നിങ്ങൾ ഇന്റർനെറ്റിൽ കണക്റ്റുചെയ്തിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ടൂൾ ബാറിൽ Open a File ഐക്കണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:34	പാനലിൽ ഒരു ഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു
04:38	Downloads ഫോൾഡറിലേക്ക് പോയി 4EX1.pdb.gz ഫയലിന്റെ ലൊക്കേഷൻ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക.
04:47	Downloads' ഫോൾഡർ തിരഞ്ഞെടുത്ത് Open ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
04:52	4EX1.pdb.gz' ഫയൽ തുറന്ന് "Open" ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:00	'3D' Structure of Insulin opens on screen.
05:05	പാനലിലെ ഡിഫാൾട്ട് ഡിസ്പ്ലേ പ്രോട്ടീൻ എന്നത് "ball and stick" ആണ്
05:12	പാനലിലെ പ്രോട്ടീൻ മാതൃക ഹൈഡ്രജൻ ആറ്റങ്ങളില്ലാതെ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.
05:17	ഹൈഡ്രജൻ ആറ്റങ്ങളുമായി മോഡൽ കാണിക്കാൻ 'modelkit" മെനു തുറക്കുക.
05:23	add hydrogens' ഓപ്ഷനിൽ സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് അതിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:28	പാനലിലെ മോഡൽ ഇപ്പോൾ ഹൈഡ്രജൻ ആറ്റങ്ങളുമായി ഡിസ്‌പ്ലൈ ചയ്തരിക്കുന്നു.
05:33	protein' സ്ട്രക്ചർ വാട്ടർ മോളിക്യൂൾസ് ലൂടെ കാണിക്കുന്നു.
05:38	വാട്ടർ മോളിക്യൂൾസ് ഹൈഡ് ചെയ്യാൻ, കാണിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ സ്റെപ്സ് ഫോളോ ചെയ്യുക
05:43	ആദ്യം, പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറന്ന് Select ചെയ്യുക
05:48	സബ്-മെനുവിൽ നിന്നും 'Hetero' തിരഞ്ഞെടുത്ത് All Water ഓപ്ഷനിലും ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:55	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക, 'Style >> ലെ 'Scheme' എന്നതിലേക്ക് പോയി 'CPK spacefill ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:05	ഇത് എല്ലാ വാട്ടർ മോളിക്യൂളുകളും 'CPK Spacefill ' ഡിസ്പ്ലമായി കൺവെർട് ചെയ്യും.
06:11	വീണ്ടും പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറന്ന് 'Style' , Atoms എന്നത് ലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് Off ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:22	ഇപ്പോൾ പാനലിൽ, നമുക്ക് Insulin വാട്ടർ മോളിക്യൂളുകളില്ലാത്ത സ്ട്രക്ചറുണ്ട്.
06:27	അടുത്തതായി, നമുക്ക് protein ൻറെ വിവിധ രൂപങ്ങളിൽ ഡിസ്‌പ്ലൈ ചെയ്യുന്ന രീതി പഠിക്കാം.
06:35	pop-up menu ഓപ്പൺ ചെയ്യുക.
06:37	Select ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
06:39	Protein 'ന് താഴേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് All ഓപ്ഷനിലും ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:44	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു വീണ്ടും തുറന്ന് 'Style", എന്നിട്ട് "Scheme.' എന്നിവയിലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.
06:50	CPK Spacefill', Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace etc മുതലായ ഓപ്ഷനുകളോടെയാണ് സബ്-മെനു തുറക്കുന്നത്
07:02	സബ്-മെനുവിൽ നിന്നും 'Cartoon' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
07:07	ഈ ഡിസ്പ്ലേ പ്രോട്ടീൻ സെക്കൻഡറി സ്ട്രക്ചർ കാണിക്കുന്നു helices, random coils, strands, sheets 'etc. തുടങ്ങിയവ.
07:17	കൂടുതൽ ഡിസ്‌പ്ലൈ ഓപ്ഷനുകൾക്ക്-
07:19	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറന്ന് Style ലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക, തുടർന്ന്' Structures.
07:25	ഇവിടെ പ്രോട്ടീനിലെ സെക്കൻഡറി സ്ട്രക്ചർ ഡിസ്‌പ്ലൈ ചെയ്യുന്നതിന് നമുക്ക് കൂടുതൽ ഓപ്ഷനുകൾ കാണാം.
07:31	ഉദാഹരണത്തിന്, 'Strands' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
07:35	ഈ പ്രോട്ടീൻ ഇപ്പോൾ പാനലിലെ 'Strands' 'എന്ന പേരിൽ കാണിക്കുന്നു.
07:40	ഡിസ്‌പ്ലൈയൂഡേ കളർ മാറ്റുന്നതിന്: പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക. 'Color' താഴേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക. 'Atoms' തിരഞ്ഞെടുത്ത് 'Blue' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
07:52	പാനലിൽ നിറങ്ങളുടെ മാറ്റം ശ്രദ്ധിക്കുക.
07:56	സ്ട്രക്ചർ വീണ്ടും 'Ball-and-stick' 'ഡിസ്പ്ലേയിലേക്ക് മാറ്റാൻ:
07:59	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക, 'Style , പിന്നെ 'Scheme തിരഞ്ഞെടുത്ത് 'Ball and stick" ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
08:08	"protein model ലിൽ' 'hydrogen bonds, 'di-sulpfide bonds" കളും ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യാവുന്നതാണ്.
08:14	hydrogen bonds" ഡിസ്‌പ്ലൈ ചെയ്യാൻ: പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറന്ന് Style" ലേക്കും പിന്നീട്' Hydrogen Bonds 'ഓപ്ഷൻ ലേക്കും സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.
08:25	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനുവിലെ "The Hydrogen Bonds" ഓപ്ഷന് ചില ഫീഛേഴ്സ് ഉണ്ട്
08:30	Calculate , Set Hydrogen Bonds Side Chain,
08:35	Set Hydrogen Bonds in the Backbone" ബോണ്ടുകളുടെ തിക്‌നെസ്സ് മാറ്റാനും ഓപ്ഷനുകൾ ഉണ്ട്.
08:42	hydrogen bonds മോഡലിൽ കാണിക്കാൻ 'Calculate ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
08:47	'hydrogen bonds' വെളുപ്പും ചുവപ്പും ഡാഷുകൾ ആയി ചെയ്യപ്പെടുന്നു.
08:53	hydrogen bonds" കളുടെ തിക്‌നെസ്സ് മാറ്റുന്നതിന്,' pop-up-menu"വിലെ "0.10 A" ഓപ്ഷനില് ക്ലിക് ചെയ്യുക.
09:02	ഇപ്പോൾ, പാനലിൽ, നമുക്ക് തിക്കർ "hydrogen bonds" കാണാം.
09:06	നമുക്ക് ഹൈഡ്രജൻ ബോണ്ടുകളുടെ കളർ മാറ്റാം.
09:11	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനുവിൽ നിന്ന് 'Color' , പിന്നെ 'Hydrogen Bonds എന്നിവിടങ്ങളിലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക, തുടർന്ന് 'orange ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
09:20	പാനലിൽ, ഓറഞ്ച് കളറിൽ എല്ലാ 'hydrogen bonds' 'ഉണ്ട്.
09:25	Disulfide bonds sulphur ആറ്റങ്ങൾ എന്നിവയാണ് മഞ്ഞ നിറത്തിൽ കാണപ്പെടുന്നത്.
09:31	ഡിഫൈൽഫൈഡ് ബോൻഡുകൾ മോഡിഫയ് ചെയ്യാൻ , പോപ്പ്-അപ്പ് മെനുവിലെdisulfide bonds' ഓപ്ഷൻ തുറക്കുക.
09:38	size, color തുടങ്ങിയവ പോലെ നിങ്ങൾ മാറ്റാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന സവിശേഷതകളിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
09:44	അതുപോലെതന്നെ, വ്യത്യസ്ത enzymes ' .pdb' 'ഫയലുകൾ തുറന്ന് അവരുടെ' 3D 'സ്ട്രക്ചഴ്സ്‌ കാണുക.
09:51	നമുക്ക് ചുരുക്കം . ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിച്ചത്:
09:57	സ്‌ Protein Data Bank (PDB). ൽനിന്ന്പ്രോട്ടീൻ സ്ട്രക്ചഴ് 'Load' ചെയ്യാൻ
10:00	ഡേറ്റാബേസിൽ നിന്ന് 'pdb' ഫയലുകൾ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക.
10:05	'PDB code" ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഇൻസുലിൻന്റെ ' '3D structure'
10:10	Protein വാട്ടർ മോളിക്യൂളുകളില്ലാത്തസ്ട്രുക്ചാർ
10:14	വിവിധ ഫോർമാറ്റുകളിലെ സെക്കൻഡറി സ്ട്രക്ചർ ഡിസ്‌പ്ലൈ ചെയ്യുക
10:17	hydrogen bonds disulfide bonds' ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക.
10:22	നിങ്ങൾക്ക് ഒരു അസൈൻമെന്റ്-
10:24	PDB' 'ഡാറ്റാബേസിലെ' 'Human Hemoglobin' 'ന്റെ' .pdb ഫയൽ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക.
10:31	cartoon ഡിസ്പ്ലേയിൽ സെക്കണ്ടറി സ്ട്രക്ചർ കാണിക്കുക.
10:35	പ്രോട്ടീൻ യൂണിറ്റുകൾ "porphyrin" ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക.
10:39	PDB code.' എന്നതിനായി ഇനിപ്പറയുന്ന ലിങ്ക് കാണുക.
10:42	ഈ URL ൽ ലഭ്യമായ വീഡിയോ കാണുക. http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial
10:46	Spoken Tutorial" പ്രൊജക്റ്റ് സമ്മറൈസ് ചെയ്യുന്നു.
10:50	നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്.
10:55	സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം:
10:57	സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു.
11:01	ഓൺ-ലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫികറ്റുകൾ നല്കുന്നു.
11:06	കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ദയവായി ഇതിലേക്ക് എഴുതുക: contact@spoken-tutorial.org
11:13	Spoken Tutorial പ്രോജക്റ്റ് Talk to a Teacher പദ്ധതിയുടെ ഭാഗമാണ്.
11:18	ഇത് സപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നതു നാഷണൽ മിഷൻ ഓൺ എഡ്യൂക്കേഷൻ ത്രൂ ഐസിടി, എംഎച്ച്ആർഡി, ഗവർമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ.
11:25	ഈ മിഷനെ കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഈ ലിങ്കിലുണ്ട്: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro'.
11:31	ഇത് IIT Bombay യിൽ നിന്ന് വൈശാഖ് ആണ്.പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

Prena, Vijinair