Jmol-Application/C4/Proteins-and-Macromolecules/Telugu

Time	Narration
00:01	Proteins and Macromolecules. పై ఈ ట్యుటోరియల్ కు స్వాగతం.
00:06	ఈ ట్యుటోరియల్ లో మనము
00:09	ప్రోటీన్ డేటా బ్యాంక్ (PDB) నుండి ప్రోటీన్ యొక్క నిర్మాణాల ను లోడ్ చేయడం
00:13	PDB డేటాబేస్ నుండి pdb ఫైళ్లను డౌన్లోడ్ చేయడం
00:18	వివిధ ఫార్మాట్లలో ప్రోటీన్ల యొక్క రెండవ నిర్మాణాన్ని ప్రదర్శించండం
00:24	hydrogen bonds మరియు disulfide bonds లను హైలైట్ చేయడం నేర్చుకుంటాము:
00:29	ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు Jmol Application window పై ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి తెలిసి ఉండాలి.
00:37	లేకపోతే, మా వెబ్సైట్లో అందుబాటులో ఉన్న ట్యుటోరియల్స్ ను చూడండి.
00:42	ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేసేందుకు, నేను
00:46	ఉబుంటు OS వర్షన్ 12 .04
00:50	Jmol వర్షన్ .2.2.2
00:54	Java వర్షన్ 7
00:57	Mozilla Firefox Browser 22.0 ను ఉపయోగిస్తున్నాను:
01:02	పెద్ద జీవాణువులు(biomolecules) అనగా
01:06	Proteins మరియు Macromolecules
01:10	Nucleic acids, DNAమరియు RNA
01:13	structures మరియు polymers ల యొక్కStructure Analysis ను Jmol Applicationను ఉపయోగించి చేయవచ్చు.
01:19	ఇక్కడ, నేను ఒక కొత్త Jmol windowను తెరిచాను.
01:24	బయోమోలోక్యూల్స్ యొక్క 3D నిర్మాణం ను డేటాబేస్ నుండి ప్రత్యక్షంగా డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు.
01:29	అలా చేయటానికి, File మెనుపై క్లిక్ చేసి, Get PDB. కు స్క్రోల్ చేయండి.
01:36	screen పై ఒక Input డైలాగ్-బాక్స్ కనిపిస్తుంది.
01:40	మనము Input బాక్స్లో protein యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB code ను టైప్ చేయాలి.
01:48	ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank (PDB) వెబ్సైట్ నుండి పొందవచ్చు.
01:53	ఇది Protein Data Bank యొక్క వెబ్ పేజీ.
01:57	ఇది proteins మరియు nucleic acids వంటి జీవాణువులు గురించి సమాచారం కలిగి ఉంది.
02:04	ఉదాహరణకు, PDB వెబ్సైట్ నుండి Pancreatic Enzyme Insulin యొక్కPDB కోడ్ కనుగొనేందుకు ప్రయత్నిద్దాం.
02:13	search box లో, ప్రోటీన్ యొక్క పేరు గా human insulin ను టైప్ చేసి, ఎంటర్ నొక్కండి.
02:24	ఇప్పుడు, ప్రదర్శించబడిన వెబ్-పేజీలో, క్రిందికి స్క్రోల్ చేయండి.
02:28	PDB codes తో పాటు Human Insulin యొక్క తెలిసిన నిర్మాణాల జాబితా తెరపై కనిపిస్తుంది.
02:36	ఉదాహరణగా, మనము Human Insulin ను 4EX1 కోడ్ తో ఎంచుకుందాం.
02:44	ప్రోటీన్ పేరు మీద క్లిక్ చేయండి.
02:47	నిర్మాణం యొక్క అన్ని వివరాలతో ఒక window ప్రారంభమవుతుంది.
02:52	సమాచారం-
02:54	Primary Citation
02:56	Molecular Description మరియు
02:58	Structure Validation లు ఈ వెబ్ సైట్ లో అందుబాటులో ఉన్నాయి.
03:02	మనము ప్రోటీన్ల యొక్క నిర్మాణాలను .pdb ఫైల్స్ గా సేవ్ చేయవచ్చు మరియు వాటిని Jmol లో3D mode లో చూడవచ్చు.
03:12	page యొక్క కుడి ఎగువ భాగాన ఉన్నDownload Files లింకుపై క్లిక్ చేయండి.
03:20	డ్రాప్-డౌన్ మెను నుండి, PDB ఫైల్ (gz) ఎంపికను ఎంచుకోండి.
03:28	తెరపై డైలాగ్-బాక్స్ తెరుచుకుంటుంది.
03:32	Save file ఎంపికను ఎంచుకోండి.
03:35	OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
03:39	protein యొక్క నిర్మాణం Downloads ఫోల్డర్లో 4EX1.pdb.gz గా సేవ్ చేయబడుతుంది.
03:51	అదేవిధంగా, మీరు వివిధ ప్రోటీన్ల అవసరమైన pdb ఫైళ్ళను డౌన్లోడ్ చేయవచ్చ మరియు వాటిని వేర్వేరు ఫైళ్ళలో save చేయవచ్చు.
04:02	ఇప్పుడు, Insulin యొక్క 3D నిర్మాణం యొక్క దృశ్యాలను చూడడానికి Jmol విండోకు మారుదాం.
04:09	మీరు ఇంటర్నెట్ కు అనుసంధానించబడి ఉంటే, మీరు నేరుగా Jmol panel లో ప్రోటీన్ నిర్మాణాన్ని డౌన్లోడ్ చేసుకోవచ్చు.
04:15	టెక్స్ట్ బాక్స్లో 4 అక్షరాల PDB కోడ్, 4EX1 ను టైప్ చేసి,OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
04:25	మీరు ఇంటర్నెట్ కు కనెక్ట్ చేసిలేకపోతే, టూల్బార్లో Open a File ఐకాన్ పై క్లిక్ చేయండి.
04:34	ప్యానెల్లో ఒక డైలాగ్-బాక్స్ తెరుస్తుంది.
04:38	4EX1.pdb.gz ఫైలు యొక్క స్థానానికి అనగా Downloads ఫోల్డర్ కు నావిగేట్ చేయండి
04:47	Downloads ఫోల్డర్ ను ఎంచుకుని, Open బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
04:52	4EX1.pdb.gz ఫైల్ ను ఎంచుకొని, Open బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
05:00	ఇన్సులిన్ యొక్క 3D నిర్మాణం తెరపై తెరుచుకుంటుంది.
05:05	ప్యానెల్లోని ప్రోటీన్ యొక్క డిఫాల్ట్ ప్రదర్శన ball and stick.
05:12	ప్యానెల్లో ప్రోటీన్ యొక్క నమూనా హైడ్రోజన్ పరమాణువులు లేకుండా చూపబడింది.
05:17	హైడ్రోజన్ పరమాణువులతో మోడల్ ను చూపించడానికి, modelkit మెనూని తెరవండి.
05:23	add hydrogens ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి, దానిపై క్లిక్ చేయండి.
05:28	ప్యానెల్లో మోడల్ ఇప్పుడు హైడ్రోజన్ అణువులతో ప్రదర్శించబడుతుంది.
05:33	protein నిర్మాణం కూడా నీటి అణువులతో చూపబడింది.
05:38	నీటి అణువులను దాచడానికి, చూపిన విధంగా దశలను అనుసరించండి.
05:43	మొదట, పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి select ను ఎంచుకోండి.
05:48	ఉప మెను నుండి, Hetero ను ఎంచుకుని, All Water ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
05:55	మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనుని తెరవండి.Style >> Scheme కు వెళ్ళి, CPK spacefill ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
06:05	ఇది నీటి అణువులను అన్నింటిని CPK Spacefill గా మారుస్తుంది.
06:11	పాప్-అప్ మెనుని మళ్ళి తెరచి, Style కు వెళ్ళి, Atoms వరకు స్క్రోల్ చేసి, Off ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
06:22	ఇప్పుడు ప్యానెల్లోని, Insulin ఎటువంటి నీటి అణువుల నిర్మాణం లేకుండా ఉంటుంది.
06:27	తరువాత, వివిధ ఫార్మాట్లలో protein యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణం ప్రదర్శించడం నేర్చుకుందాం.
06:35	పాప్-అప్ మెను ను తెరవండి.
06:37	Select ఎంపికకి వెళ్ళండి.
06:39	Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
06:44	పాప్-అప్ మెనుని మళ్ళీ తెరచి, Style, తరువాత Scheme. కి స్క్రోల్ చేయండి, తరువాత Scheme
06:50	CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace వంటి ఎంపికలతో ఒక ఉప మెను తెరవబడుతుంది.
07:02	ఉప మెను నుండి Cartoon ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
07:07	ఇది ప్రోటీన్ యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణం ను helices, random coils, strands, sheets etc. గా ప్రదర్శిస్తుంది.
07:17	మరిన్ని ప్రదర్శన ఎంపికలు కోసం-
07:19	పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి, Style, తరువాత Structures కు స్క్రోల్ చేయండి.
07:25	ఇక్కడ, ప్రోటీన్ యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణాన్ని ప్రదర్శించడానికి మరిన్ని ఎంపికలు ఉన్నాయి.
07:31	ఉదాహరణకు, Strands ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
07:35	ప్రోటీన్ ఇప్పుడు ప్యానెల్ పై Strands గా ప్రదర్శించబడుతుంది.
07:40	ప్రదర్శన రంగు మార్చడానికి: పాప్-అప్-మెనుని తెరవండి.Color వద్దకు స్క్రోల్ చేయండి.Atoms ఎంచుకొని, Blue ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
07:52	ప్యానెల్లో రంగులో మార్పును గమనించండి.
07:56	నిర్మాణం మార్చడానికి, Ball-and-stick ప్రదర్శన కు వెళ్ళండి.
07:59	పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి, Style, తరువాత Scheme ఆపై Ball and stick ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
08:08	protein model లో hydrogen bonds మరియు di-sulpfide bonds హైలైట్ చేయవచ్చు.
08:14	Hydrogen Bonds ప్రదర్శించడానికి:పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి, Style వెళ్ళి తరువాత Hydrogen Bondsఎంపికకు స్క్రోల్ చేయండి.
08:25	పాప్-అప్ మెనులోని Hydrogen Bonds ఎంపిక ఈ క్రింది లక్షణాలను కలిగి ఉన్నది
08:30	Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain,
08:35	Set Hydrogen Bonds in the Backbone మరియు మందమును మార్చుటకు ఎంపికలను కూడా కలిగి ఉన్నది.
08:42	మోడల్ లో hydrogen bonds ను చూపించడానికి Calculate ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
08:47	hydrogen bonds తెలుపు మరియు ఎరుపు రంగులో పొడవైన డాష్లుగా ప్రదర్శించబడతాయి.
08:53	hydrogen bonds యొక్క మందాన్ని మార్చడానికి, pop-up-menu నుండి 0.10 A ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
09:02	ఇప్పుడు, ప్యానెల్లో, మనం మందమైన hydrogen bonds ను చూడవచ్చు.
09:06	మనము హైడ్రోజన్ బంధాల రంగును కూడా మార్చవచ్చు.
09:11	పాప్-అప్ మెను నుండి, Color తరువాత, Hydrogen Bonds కు స్క్రోల్ చేయండి, ఆపై orange ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
09:20	ప్యానెల్లో, మనకు నారింజ రంగులో అన్ని hydrogen bonds ఉన్నాయి.
09:25	పసుపురంగు రంగులో Disulfide bonds మరియు sulphur అణువులను నమూనాలో చూపించాం.
09:31	డైషల్ఫైడ్ బంధాలను సవరించడానికి, పాప్-అప్ మెన్యులో ఎంపిక disulfide bonds ను తెరవండి.
09:38	size, color మొదలైనవాటిలో మీరు మార్చదలచిన లక్షణాలపై క్లిక్ చేయండి.
09:44	అదే విధంగా, విభిన్నenzymes యొక్క .pdb ఫైళ్ళను తెరిచి, వాటి 3D నిర్మాణాలను వీక్షించండి.
09:51	ఈ ట్యుటోరియల్ ను సంగ్రహించుదాం. ఈ ట్యుటోరియల్ లో మనము నేర్చుకున్నాము:
09:57	ప్రోటీన్ డేటా బ్యాంక్ (PDB) నుండి ప్రోటీన్ నిర్మాణాల లోడ్.
10:00	డేటాబేస్ నుండి .pdb ఫైల్స్ డౌన్లోడ్.
10:05	PDB కోడ్ (4EX1) ను ఉపయోగించి ఇన్సులిన్ యొక్క 3D structure ను వీక్షించండం.
10:10	నీటి అణువులు లేకుండా, Protein నిర్మాణం చూడడం.
10:14	ద్వితీయ నిర్మాణమును వివిధ రూపాలలో ప్రదర్శించడం
10:17	hydrogen bonds మరియు disulfide bonds లను హైలైట్ చేయడం నేర్చుకున్నాము.
10:22	మీ కోసం ఒక అసైన్మెంట్
10:24	PDB డేటాబేస్ నుండి Human Hemoglobin యొక్క .pdb ఫైల్ ను డౌన్లోడ్ చెయ్యండి.
10:31	cartoon ప్రదర్శనలో ద్వితీయ నిర్మాణం చూపించండి.
10:35	ప్రోటీన్ యొక్క పోర్ఫిరిన్ యూనిట్లను హైలైట్ చేయండి.
10:39	PDB code కోసం ఈ క్రింది లింక్ను చూడండి.
10:42	ఈ URL లో అందుబాటులో ఉన్న వీడియోను చూడండి.http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial
10:46	ఈ వీడియో స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ సారాంశాన్ని ఇస్తుంది.
10:50	మీకు మంచి బ్యాండ్విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దీన్ని డౌన్లోడ్ చేసి చూడవచ్చు.
10:55	స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్:
10:57	స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్స్ ఉపయోగించి వర్క్ షాప్స్ నిర్వహిస్తుంది.
11:01	ఆన్ లైన్ పరీక్షలో ఉత్తీర్ణులైనవారికి సర్టిఫికేట్లను ఇస్తుంది.
11:06	దయచేసి మమ్మల్ని సంప్రదించండి. contact@spoken-tutorial.org
11:13	స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్' ప్రాజెక్ట్ టాక్ టు ఎ టీచర్ ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం.
11:18	స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ కు భారతదేశం ప్రభుత్వం యొక్క NMEICT-MHRD నిధులు సమకూరుస్తుంది.
11:25	ఈ మిషన్ పై మరింత సమాచారం ఈ లింక్ వద్ద అందుబాటులో ఉంది.http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro.
11:31	దీనిని అందించినది స్నేహలత. అనువదించినది స్వామి ధన్యవాదములు.

Contributors and Content Editors

Madhurig, Simhadriudaya