UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Gujarati
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 19:34, 17 January 2018 by Shivanigada (Talk | contribs)
Time | Narration |
00:01 | Structure Analysis પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
00:05 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું. હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા, નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા. |
00:16 | અને જુદા જુદા rotamers મેળવવા residuesમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા. |
00:21 | આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જોઈએ. જો તેમ નથી , તેના સંબંધિત ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે , અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો. |
00:30 | અહીં હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 ,Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla firefox બ્રાઉઝર 42.0 , અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન. |
00:46 | અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે. |
00:49 | command line દ્વારા , Squalene Synthase.નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો. તે એક Transferace enzyme જેનું pdb code છે 3w7f. |
01:00 | command line ઉપર , ટાઈપ કરો Open space 3w7f. Enter દબાવો. |
01:09 | panel ઉપર enzymeનું મોડેલ દ્રશ્યમાન થાય છે. |
01:12 | Presets menu દ્વારા ડિસ્પ્લેને Interactive 1માં બદલો. |
01:18 | પ્રોટીન બે નકલો રૂપે દ્રશ્યમાન થાય છે. |
01:21 | બંને નકલોમાંથી કોઈ એકને નાબૂદ કરવા , ટાઈપ કરો delete colon dot a , Enter દબાવો. |
01:29 | સોલ્વન્ટ(દ્રાવક) મોલેક્યુલ્સને સ્ટ્રક્ચરમાંથી નાબૂદ કરવા , ટાઈપ કરો delete solvent , Enter દબાવો. |
01:37 | આ સ્ટ્રક્ચરમાં , ligand છે farnesyl thiopyrophosphate. |
01:43 | Label the ligand residuesને commands દ્વારા લેબલ આપો. ટાઈપ કરો rlabel space ligand , Enter દબાવો. |
01:53 | અહીં બે farnesyl thiopyrophosphate: છે જેઓ સ્ટ્રક્ચરમાં ટુકાં રીતે FPS તરીકે છે. |
02:01 | સ્ટ્રક્ચર્સ sticks ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. |
02:05 | સ્ટ્રક્ચરને રોટેટ કરો અને ઝૂમ-ઈન કરો. |
02:08 | એવી કેટલીક સાઈડ-ચેઇન્સ છે, જે FPS ના phosphate oxygensને hydrogen bondsનું દાન કરે છે. |
02:15 | સાઈડ-ચેઇન રેસિડ્યુઝમાં એટમ્સ ઉપર કર્સર મુકો. |
02:21 | Serine 21 રેસિડ્યુનું સ્થાન મેળવો . |
02:23 | હવે, ચાલો Serine 21ના oxygen અને સૌથી નજીકના FPS.ના phosphate oxygen વચ્ચેનું અંતર માપીએ. |
02:32 | અંતર માપવા ,Serine 21 રેસિડયુના oxygen ને સિલેક્ટ કરો. |
02:37 | CTRL કીને દબાવી રાખો તે દરમ્યાન Serine 21.ની સાઈડ ચેઇન oxygenને ક્લિક કરો. |
02:43 | CTRL અને Shift કીઝને એકસાથે દબાવી રાખો તે દરમ્યાન , FPSના સૌથી નજીકના phosphate oxygen ઉપર બે વાર ક્લિક કરો. |
02:52 | context menu માંના Show Distance ને સિલેક્ટ કરો. |
02:56 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બંને એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર દ્રશ્યમાન થયું છે. હવે પસંદગીને સાફ કરો. |
03:04 | આજ પ્રમાણે , Tyrosine ની સાઈડ ચેઇન oxygen અને તે જ FPS.ના phosphate oxygen વચ્ચેનું પણ અંતર માપો. |
03:15 | hydrogen bonds સાથે અંતર એકધારું જ રહે છે. |
03:20 | દાતા અને સ્વીકારનાર સાથેના Hydrogen bonds ના અંતરો જે 2.2 to 2.5 Angstroms હોય તેને મજબૂત તરીકે , 2.5 to 3.2 ને મધ્યમ અને 3.2 to 4.0ને નબળા તરીકે વર્ગીકૃત કરવામાં આવેલ છે. |
03:36 | હવે , Select મેનુ દ્વારા ligandને સિલેક્ટ કરો. |
03:40 | રેસિડયુ વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી FPS ઉપર ક્લિક કરો. |
03:46 | FPS દ્વારા બનતા hydrogen bonds ને શોધવાનો સૌથી સરળ માર્ગ છે :Tools મેનુમાંથી Find Hydrogen bond વિશેષતાનો ઉપયોગ કરવો . |
03:55 | Structure Analysis વિકલ્પમાં FindHbond ઉપર ક્લિક કરો. |
04:01 | એક H-Bond Parameters ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
04:05 | colored box ઉપર ક્લિક કરી hydrogen bondનો રંગ નક્કી કરો. |
04:09 | થોડી જાડી લાઈન માટે લાઈનની પહોળાઈ 3.0 નક્કી કરો. |
04:13 | Label Hydrogen bond with distanceની સામે રહેલ ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો. |
04:21 | Only find H-bonds with at least one end selected. ઉપર ક્લિક કરો. |
04:26 | અને Write information to reply log ઉપર ક્લિક કરો. |
04:31 | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
04:33 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ . Hydrogen bonds હવે pseudo bonds તરીકે આપણે દર્શાવેલ રંગ અને લાઈનની પહોળાઈ સાથે દેખાય છે. |
04:42 | આ બોન્ડ્સ વિશેની માહિતીઓ Reply log ઉપર જોઈ શકાય છે. |
04:45 | Favorites menu દ્વારા Reply log ને ખોલો. |
04:49 | પ્રત્યેક hydrogen bond વિશેની માહિતી અહીં આપેલ છે. |
04:53 | ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો. |
04:55 | જો તમે સ્ટ્રક્ચરમાંથી hydrogen bonds' ને કાઢી નાખવા માનતા હોવ તો ,કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો : The Tilda symbol તે પછી hbond Enter દબાવો. |
05:07 | વિકલ્પની નીચે આવેલા Tools મેનુમાં બીજી અન્ય વિશેષતા રહેલ છે . |
05:13 | તે છે Findclashes/contacts.એક dialog box ખુલે છે. |
05:19 | આ વિશેષતા નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સ(ક્રિયા-પ્રતિક્રિયાઓ) જેવી કે Clashes અને Contactsને ઓળખી આપે છે. |
05:26 | Clashes એવા પ્રતિકૂળ ઈન્ટરેક્શન્સ છે જ્યાં એટમ્સ એકબીજાની ખુબ જ નજીક હોય છે. |
05:33 | Contacts સીધા ઈન્ટરેક્શન્સ છે : પોલર અને નોન-પોલર , અનુકૂળ અને પ્રતિકૂળ(કલેશીસને સમાવતા) |
05:43 | ચાલો બીજા બધા એટમ્સ સાથે FPS રેસિડયુઝના contactsને ઓળખીએ. |
05:48 | FPS રેસિડયુને Select મેનુ દ્વારા સિલેક્ટ કરીએ. |
05:52 | Find Clashes/Contacts ડાયલોગ બોક્સમાં Designate ઉપર ક્લિક કરો. |
05:58 | તે 48 atoms designated.બતાવે છે. |
06:02 | “All other atoms”ની સામે આવેલા રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
06:06 | Clash/Contact Parameters ને ડિફોલ્ટ Contact.માં સેટ કરો. |
06:11 | Treatment of Clash/Contact Atoms, ની નીચે આવેલા ચેક બોક્સમાંથી આ મુજબ ક્લિક કરો : Select Draw pseudo-bonds If endpoint atom hidden And Write information to reply log |
06:27 | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
06:32 | FPS રેસિડ્યુઝના બધા જ કોન્ટેક્ટ્સ દેખાય છે. |
06:37 | Reply Log.ને ખોલો. Atom-atom contacts અહીં સૂચિત થાય છે. |
06:44 | dialog boxને બંધ કરો. |
06:46 | હવે ચાલો થોડા clashes.ને દ્રશ્યમાન કરીએ. |
06:49 | ચાલો આ રેસિડયુ Tyrosine 248 ઉપર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરીએ. |
06:54 | command line ઉપર ટાઈપ કરો : focus space colon 248, Enter દબાવો. |
07:03 | પસંદગીને સાફ કરો. |
07:06 | હવે Tyrosine 248 residue.ને સિલેક્ટ કરો. |
07:10 | CTRL કી ને પકડી રાખી હોય તે દરમ્યાન,Tyrosine 248.માં કોઈ પણ એટમને ક્લિક કરો. |
07:15 | સંપૂર્ણ મોલેક્યુલને સિલેક્ટ કરવા keyboard ઉપર up arrow ને દબાવો. |
07:20 | હવે આપણે સાઈડ-ચેઇન Tyrosine 248ને ઈન્ટરેક્ટીવલી રોટેટ કરીશું અને Clashes માટે ચેક કરીશું. |
07:27 | Tyrosine 248ના રેસિડ્યુઝને 4 Angstromsની અંદર દ્રશ્યમાન કરો. |
07:32 | તે દ્રશ્યમાન કરવા command line ઉપર ટાઈપ કરો :disp space colon 248 space z less than four. (disp :248 z<4) , Enter દબાવો. |
07:45 | clashesને દ્રશ્યમાન કરવા , Tools મેનુમાંથી FindClashes/Contacts વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો. |
07:53 | Designate ઉપર ક્લિક કરો. |
07:55 | “All other atoms”ની સામે આવેલા બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
07:59 | Clash/Contact Parameters ને Clashમાં સેટ કરો. Treatment of Clash/Contact Atoms ને Select , Draw pseudobonds , If end point atom hidden. |
08:11 | અને Frequency of Checking ને Continuouslyમાં સેટ કરો. |
08:15 | ડાયલોગ બોક્સને છુપાવી દો. |
08:18 | Tyrosine 248ની સાઈડ-ચેઇનને ઈન્ટરેક્ટીવલી રોટેટ કરવા; |
08:22 | CTRL કી દબાવી રાખી હોય ત્યારે આ ribbon સાથે જોડાયેલ બોન્ડ ઉપર બે વાર ક્લિક કરો. |
08:29 | context menuમાંથી rotate bond વિકલ્પને પસંદ કરો. |
08:33 | એક Build structure ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
08:36 | પોઇન્ટરને dial ઉપર ડ્રેગ કરી બોન્ડને રોટેટ કરો. |
08:41 | વૈકલ્પિક રીતે , કાળા એરોહેડસને ખૂણાના માપ બદલવા ક્લિક કરો. |
08:47 | panelને ધ્યાનથી જુઓ. જેવી સાઈડ-ચેઇન ખસે છે , નવા pseudo-bonds બને છે અથવા અદ્રશ્ય થાય છે. |
08:55 | બોન્ડને તેની અસલ જગ્યાએ પાછું રાખવા : Bond નીચેની ઇન્ટરી ઉપર ક્લિક કરો. Revertને પસંદ કરો. |
09:03 | ફરી વખત બોન્ડ ઉપર ક્લિક કરો પછી બોન્ડ રોટેટ ન થઇ શકે તે કરવા તેને Deactivate કરો. |
09:09 | dialog boxને બંધ કરો. |
09:11 | Tools મનુમાં રહેલ વિકલ્પોનો ઉપયોગ કરી આપણે Tyrosine 248ના બધા rotamersને સરખાવી શકીએ. |
09:18 | પ્રથમ તો Tryrosine 248.ને સિલેક્ટ કરો. |
09:22 | Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Structure editing સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
09:26 | Rotamers વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
09:29 | Rotamer ડાયલોગ બોક્સમાં , rotamer libraryમાંથી Dunbrackને સિલેક્ટ કરો. |
09:36 | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
09:38 | પેનલ ઉપર rotamers, wire તરીકે પ્રસ્તુત થાય છે. |
09:43 | અન્ય બીજો ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. rotamerને દ્રશ્યમાન કરવા ડાયલોગ બોક્સમાં લાઇન્સ ઉપર ક્લિક કરો. panelને ધ્યાનથી જુઓ. |
09:52 | આપણે rotamers માટે Clash અને hydrogen bondsને પણ શોધી શકીએ છીએ. |
09:58 | Columns ઉપર ક્લિક કરો ,પછી Add. Clashes સિલેક્ટ કરો. |
10:03 | ડાયલોગ બોક્સમાં OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
10:06 | હવે હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને ઉમેરવા : Columns ઉપર ક્લિક કરો , Add, and select hydrogen bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
10:15 | Hydrogen bonds ડાયલોગ બોક્સમાં OK ઉપર ક્લિક કરો. |
10:19 | ડાયલોગ બોક્સને ધ્યાનથી જુઓ , બે નવી કૉલમ્સ ઉમેરાયેલી છે. |
10:24 | હવે પ્રત્યેક rotamer કેટલાક Clashes બનાવે છે પણ hydrogen bonds નથી બનાવતા. |
10:30 | જુદા-જુદા રેસિડયુમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરી rotamersને શોધવાનો પ્રયત્ન કરો. |
10:35 | ચાલો સારાંશ જોઈએ . આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા - સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું. |
10:43 | હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા, નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા. |
10:48 | clashes અને contactsને મેળવવા રેસિડ્યુઝમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા અને જુદા જુદા rotamersની સરખામણી કરી. |
10:56 | અભ્યાસ માટે , Squalene Synthase ખોલો , pdb code 3w7f . |
11:03 | Tyrosine 41 રેસિડયુમાં Clashes અને Contactsને મેળવવા બોન્ડ્સને રોટેટ કરો. અને rotamersને સરખાવો. |
11:11 | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો. |
11:17 | અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો. |
11:27 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
11:37 | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર. |