UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Gujarati

Time	Narration
00:01	કાઇમેરાના ઉપયોગ દ્વારા Picking and Selection ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે atoms અને residuesના લેબલ્સ બતાવતા શીખીશું.
00:12	atoms અને residues ને Select menu દ્વારા અથવા Picking દ્વારા સિલેક્ટ કરવા.
00:17	residuesના રંગ અને દેખાવ બદલવા.
00:21	atoms ઉમેરવા,કાઢવા અથવા બદલવા , બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા.
00:27	ડિસ્પ્લે વિન્ડોમાં એક કરતા વધુ મોડેલ ખોલવા. મોડેલને સિલેક્ટ અને મુવ કરવા.
00:34	આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમને Undergraduate Biochemistryનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે
00:40	અથવા તમે structural biologyના જાણકાર હોવા જોઈએ . તેને સંબંધિત ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે , અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:47	આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu Linux OS આવૃત્તિ 14.04,
00:52	Chimera આવૃત્તિ 1.10.2,
00:57	Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 35.0.
01:01	અને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું.
01:04	અહીં મેં Chimera window ખોલી છે.
01:07	rapid access window ઉપર,તાજેતરમાં ઉપયોગમાં લીધેલ ડેટાની સૂચિમાંથી 1zik ઉપર ક્લિક કરો.
01:15	Leucine zipperનું મોડેલ graphics window ઉપર ખુલે છે.
01:20	સ્ટ્રકચરના અલગ-અલગ કમ્પોનંટ્સ(ઘટકો) જેવાકે : residues, atoms, bonds વગેરેમાં Chimeraમાં ઉપલબ્ધ રહેલ ટૂલ્સ દ્વારા બદલાવ કરી શકાય છે.
01:31	પ્રથમ પગલું છે સિલેક્શન.
01:34	સિલેક્શન કરવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગ છે :   મેનુ બારમાંના Select મેનુનો ઉપયોગ કરી.
01:40	graphics window માંથી Picking કરી .
01:43	કમાન્ડ લાઈનમાં કમાન્ડ ટાઈપ કરી . અથવા Favorites મેનુમાં રહેલ Model Panel અને Sequence વિકલ્પને પસંદ કરી  .
01:53	કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર પાછા જઈએ.
01:55	Leucine zipper મોટિફ(થીમ), leucine રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે.
02:02	હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ leucine રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા.
02:08	પ્રિસેટ મેનુમાંથી interactive 2 વિકલ્પને પસંદ કરો.
02:12	આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. Select મેનુમાંથી Residue વિકલ્પને પસંદ કરો.
02:20	સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે.
02:23	અમીનો એસિડ કેટેગરી મેનુ અમીનો સમૂહ ધરાવે છે જેમકે : aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar વગેરે.
02:34	મૂળભૂત અમીનો એસિડ મેનુ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ અમીનો એસિડ રેસિડ્યુઝની સૂચિ ધરાવે છે.leucine ઉપર ક્લિક કરો .
02:42	બધા leucine રેસિડ્યુઝ હવે પ્રકાશિત થતા દેખાય છે.
02:46	actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , color સિલેક્ટ કરો.
02:49	હું રંગોની સૂચિમાંથી પીળો  રંગ સિલેક્ટ કરીશ.બધા જ leucines હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે.
02:57	પસંદગીને નાબૂદ કરવા , Select મેનુને ક્લિક કરો. પછી Clear selection વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
03:03	Leucine એ એક hydrophobic હોવાથી તે પ્રોટીનના hydrophobic કોરમાં પેક થઇ જાય છે.
03:09	હવે પ્રિસેટ વિકલ્પ દ્વારા દેખાવને રિબિનસમાં બદલીએ.Interactive 1 ઉપર ક્લિક કરીએ.
03:17	સ્ક્રીન ઉપરથી residue ચૂંટવા : સ્ટ્રક્ચર ઉપર કર્સરને લઇ જઈ ફરાવો.
03:22	ઓળખાણ આપતી માહિતી સાથે એક pop-up balloon દૃશ્યમાન થાય છે.
03:26	તે માહિતી જેવી કે residue name , residue number અને Chain ધરાવે છે.
03:32	કર્સર ખસેડતા જ આ balloon ગાયબ થઇ જાય છે.
03:36	chain A ઉપરના પ્રથમ residueઉપર કર્સરને લઇ આવો , જે છે arginine.
03:41	કિબોર્ડ ઉપર CTRL કીને પ્રેસ કરી પકડી રાખો અને ડાબા માઉસ બટનને ક્લિક કરો. CTRL કી ને છોડી દો.
03:49	residueની આઉટલાઈન(રૂપરેખા) હાઈલાઈટ થાય છે. મૂળભૂત રીતે આ આઉટલાઇનની પસંદગી લીલા રંગની થયેલ હોય છે.
03:57	જો તમે એક કરતા વધુ residueને સિલેક્ટ કરવા માંગતા હોવ તો ; કીબોર્ડ ઉપર CTRL અને  shift આ બંને કીઝને પ્રેસ કરી પકડી રાખો.
04:04	પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ residuesને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો.
04:10	કિબોર્ડ ઉપરના CTRL અને Shift કીઝને હવે છોડી દો.
04:14	તો હવે તમે રેસિડ્યુઝને પીક કરી દીધા છે તેમાં બદલાવ કરવા.
04:18	Actions મેનુમાંથી વિકલ્પ પસંદ કરો. Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
04:23	ઉદાહરણ તરીકે એટમ્સને ડિસ્પ્લે માટે , atoms/bondsને પસંદ કરો. Show ઉપર ક્લિક કરો.
04:30	સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો.
04:36	Picking દ્વારા આપણે સ્ટ્રક્ચરમાં રહેલા એટમ્સ અથવા બોન્ડ્સમાં પણ બદલાવ કરી શકીએ છીએ.
04:42	કર્સરને કોઈ પદાર્થ જેવા કે એક એટમ અથવા બોન્ડ ઉપર મુકો.
04:47	તે atomspec balloonમાં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે.
04:52	એટમ માટેના Atomspec balloon આ પ્રમાણે માહિતી ધરાવે છે જેવી કે : Residue name, number, chain અને atom name.
05:01	એટમને સિલેક્ટ કરવા, કિબોર્ડ ઉપર CTRL કીને દબાવી પકડી રાખો.
05:06	જ્યારે તમે CTRL કીને પકડી રાખી હોય દરમ્યાન તમે એટમને બદલવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો.
05:11	હવે તે એટમ હાઈલાઈટ થાય છે. તે એટમમાં ફેરફાર કરવા માટે CTRL કી પકડી રાખી તેના ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
05:20	વિકલ્પો સાથે નું એક context menu ખુલે છે.
05:24	Modify-atom વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. CTRL કીને છોડી દો.
05:30	એક Build Structure વિન્ડો ખુલે છે.
05:33	સિલેક્ટ કરેલા એટમ Nitrogenને methyl groupમાં બદલીએ.
05:38	Build Structure વિન્ડોમાં , એલિમેન્ટ તરીકે carbon, બોન્ડ્સને 4 તરીકે પસંદ કરો અને apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:49	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
05:51	વર્તમાન સ્ટ્રક્ચરમાં હવે methyl group ઉમેરાયેલું દેખાય છે. વિન્ડો બંધ કરો.
05:57	બોન્ડ્સને ફેરવવાનું વિકલ્પ પણ છે.
06:00	તમારે જે બોન્ડને ફેરવવું છે તેના ઉપર કર્સરને લઇ જઈ પકડી રાખો.
06:04	આ બોન્ડ વિશેની માહિતી atomspec balloonમાં દેખાય છે.
06:09	બોન્ડને સિલેક્ટ કરવા, કર્સરને તે બોન્ડ ઉપર રાખો.
06:13	CTRL કીને પ્રેસ કરી પકડી રાખો. ડાબું માઉસ બટન ક્લિક કરો.
06:18	સિલેક્ટ કરેલ બોન્ડ હાઈલાઈટ થતો દેખાય છે.CTRL કીને પકડી રાખી હોય તે દરમ્યાન બોન્ડ ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
06:26	કિબોર્ડ ઉપર CTRL કી ને છોડી દો.
06:29	એક context-menu ખુલે છે. rotate bond વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:35	સ્ક્રીન ઉપર Build Structure ડાયલોગ બોક્સ દ્યશ્યમાન થાય છે.
06:39	ડાયલોગ બોક્સમાં હાજર રહેલ રોટેટિંગ ટૂલ ઉપર ક્લિક કરી ફેરવો.
06:46	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. સિલેક્ટ કરેલ બોન્ડ હવે ફરતો દેખાય છે.
06:51	તમે નક્કી કરેલા ખૂણાએ જ્યારે તે પોહચી જાય ત્યારે તેને ફેરવવાનું બંધ કરો. ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
06:57	પસંદગીને નાબૂદ કરો. ચેઇન્સને હાઈલાઈટ કરવા આપણે ટૂલ્સમાંના Sequence વિકલ્પનો પણ ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ.
07:05	ટૂલ્સ મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Sequence વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
07:10	સબ-મેનુ માંથી Sequence ને પસંદ કરો.
07:13	એકShow model sequence ડાયલોગ બોક્સ દ્યશ્યમાન થાય છે.
07:17	જો તમે chain A ને સિલેક્ટ કરવા માંગતા હોવ તો chain A ઉપર ક્લિક કરો. પછી show ઉપર ક્લિક કરો.
07:23	ડિસ્પ્લે સ્ક્રીન ઉપર અમીનો એસિડ સિક્વન્સિસ સાથેનો અન્ય ડાયલોગ બોક્સ દ્રશ્યમાન થાય છે.
07:28	amino acid residuesએક અક્ષરના સંક્ષેપ તરીકે પ્રસ્તુત થાય છે.
07:34	સિક્વન્સને સિલેક્ટ કરવા તેને ક્લિક કરો .
07:37	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ, Chain A હવે હાઈલાઈટ થયેલ છે.
07:41	વિન્ડોને બંધ કરવા quit ઉપર ક્લિક કરો.
07:44	Actions menu ઉપર જાઓ , Color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. yellow વિકલ્પને ક્લિક કરો.
07:50	Chain A હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો.
07:55	Chimera windowમાં આપણે એક કરતા વધુ સ્ટ્રક્ચર પણ ખોલી શકીએ છીએ.
07:59	બીજું સ્ટ્રક્ચર ખોલવા : ફાઈલ મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો.
08:03	Fetch by ID ઉપર ક્લિક કરો.
08:06	Fetch structure by ID ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
08:11	PDB વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો. પછી ચાર અક્ષરનો  PDB code ટાઈપ કરો. ઉદાહરણ તરીકે human insulinને મેળવવા , ટાઈપ કરો 4ex1.
08:23	fetch બટનને ક્લિક કરો.
08:25	પેનલ ઉપર બે પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર્સ ઓવરલેપ થયેલ દેખાય છે.
08:29	ઓવરલેપ થયેલ બંને સ્ટ્રક્ચર્સને છુટા પાડવા : આપણે એક મોડેલને બરાબર સિલેક્ટ કરી પેનલ ઉપર ખસેડવું પડશે.
08:36	favorites મેનુનો ઉપયોગ કરી Command line ખોલો.
08:39	વીન્ડોના નીચે Command line દ્યશ્યમાન થાય છે.
08:43	model zeroને અનચેક કરવા ક્લિક કરો , જે leucine zipper પ્રસ્તુત કરે છે .
08:48	કર્સરને insulin સ્ટ્રક્ચર ઉપર લાવો : માઉસનું વચ્ચેનું બટન પકડી રાખો.
08:54	પછી તમે નક્કી કરેલ સ્થાને પેનલમાં insulin મોડેલને ડ્રેગ કરી ખસેડો. માઉસ બટનને છોડી દો.
09:01	કોઈ મોડેલને સિલેક્ટ કરી તેને સ્ક્રીનમાંથી કાઢી નાખવું હોય તો : Favorites મેનુનો ઉપયોગ કરી મોડેલ પેનલ ખોલો.
09:08	એક Model Panel ડાયલોગ બોક્સ દૃશ્યમાન થાય છે.
09:11	model IDને ક્લિક કરી જે મોડેલને તમે કાઢવા માંગતા હોવ તેને સિલેક્ટ કરો.
09:16	ઉદાહરણ તરીકે મારે insulin મોડેલને સ્ક્રીન ઉપરથી કાઢી નાખવું છે.
09:21	model IDને ક્લિક કરો. close વિકલ્પને ક્લિક કરો.
09:26	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.insulinનું મોડેલ હવે સ્ક્રીન ઉપરથી કાઢી નખાયું છે.
09:32	મોડેલ પેનલ વિન્ડો બંધ કરો.
09:34	તો અહીં આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.
09:37	ચાલો આપણે આ ટ્યૂટોરિઅલમાં શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ.
09:40	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે atoms અને residuesના લેબલ્સ બતાવતા શીખ્યા.
09:46	atoms અને residues ને Select menu દ્વારા અથવા Picking દ્વારા સિલેક્ટ કરતા શીખ્યા.
09:51	residuesના રંગ અને દેખાવ બદલ્યા.
09:55	atoms ઉમેરવા,નાબૂદ કરવા અથવા બદલવા , બોન્ડ્સને રોટેટ(ગોળ ફેરવવા)કરતા શીખ્યા.
10:00	ડિસ્પ્લે વિન્ડોમાં એક કરતા વધુ મોડેલ ખોલતા અને મોડેલને સિલેક્ટ અને મુવ કરતા શીખ્યા.
10:06	અભ્યાસ માટે human insulinનું સ્ટ્રક્ચર ખોલો, કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર pdb code 4ex1 દ્વારા.
10:14	બધા જ hydrophobic અમીનો એસિડ residuesના રંગ બદલી ભૂરા કરો.
10:19	બધા polar residuesના રંગ બદલી લાલ કરો.
10:23	પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે.
10:29	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
10:36	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો.
10:45	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટ માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
10:55	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા બદલ આભાર.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Shivanigada