UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Gujarati

Time	Narration
00:01	કાઇમેરાનાં આ Build Structures પરના ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:05	આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે શીખીશું : નાના મોલેક્યુલ્સના સ્ટ્રક્ચર્સ બનાવવાનું ,peptidesઅને DNA ફ્રેગમેન્ટ્સ વિષે જોઈશું.
00:13	સ્ટ્રકચરમાં સુધારા કરવાનું, ઊર્જાને મિનિમાઈઝ કરવી અને મોડેલ્સને જોડવાનું.
00:19	આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે Chimera Interface ના જાણકાર હોવા જરૂરી છો, જો ન હોવ તો અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:30	આ ટ્યુટોરીઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu OS version. 14.04 ,Chimera version 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0 . અને એક કાર્યરત Internet કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું.
00:48	અહીં મેં એક Chimera graphics window ખોલી છે.
00:52	ચાલો હવે Build Structure નો ઉપયોગ કરી એક કેમિકલ સ્ટ્રકચરની રચના કરવાનું શરુ કરીએ.
00:58	Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Structure editing વિકલ્પ સુધી સ્ક્રોલ કરો.
01:04	સબ-મેનુમાંથી, Build Structure ઉપર ક્લિક કરો.
01:08	સ્ક્રીન ઉપર એક Build Structure ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
01:12	ડાયલોગ બોક્સમાં ટોચ ઉપર આવેલ Start Structure બટન ઉપર ક્લિક કરો.
01:18	અહીં આપણી પાસે એકદમ શરૂઆતથી સ્ટ્રક્ચર બનાવવાના વિકલ્પો રહેલ છે.
01:23	આપણે અગાઉથી ઉપલબ્ધ રહેલ સ્ટ્રકચરમાં ફેરફારો પણ કરી શકીએ, ટોર્શન્સ(મૃદુતા) એડજસ્ટ કરી શકીએ, મોડેલ્સ જોઈન કરી શકીએ વગેરે..
01:33	ચાલો તો Start Structure વિકલ્પને પસંદ કરીએ.
01:37	અહીં, સ્ટ્રકચરને શરુ કરવાના ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે.
01:41	આપણે atom, fragmentને ઉમેરી શકીએ, Pubchem ડેટાબેઝમાંથી સ્ટ્રક્ચરને મેળવી શકીએ.
01:48	peptide, DNA, RNA વગેરેને બનાવો.
01:53	નાના મોલેક્યુલ્સને બનાવવા, atom રેડિયો બટનને ક્લિક કરો. Atom parameters વિભાગ ખુલે છે.
02:01	મૂળભૂત રીતે સ્ટ્રક્ચર helium એટમ તરીકે શરુ થાય છે.
02:05	helium એટમને પેનલના કેન્દ્રમાં રાખવા માટે, Center of the view રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:12	આપણી પાસે X , Y અને Z કોઓર્ડિનેટસને ઇનપુટ કરવાના પણ વિકલ્પો રહેલ છે.
02:17	Select placed atom ઉપર ક્લિક કરો.
02:21	named ટેક્સ્ટ બોક્સમાં સેશનનું નામ Sample1 ટાઈપ કરો.
02:26	Color new atoms by element ઉપર ક્લિક કરો.
02:30	Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો .
02:33	પેનલ ઉપર એક માત્ર Helium એટમ દૃશ્યમાન થશે.
02:37	હવે આપણે આ એટમને બીજા અન્ય મોલેક્યુલમાં Modify Structure વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી ફેરવી શકીએ.
02:44	મૈન ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી Modify Structure વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.
02:49	ચાલો હવે heliumને methane મોલેક્યુલમાં ફેરવવાનો પ્રયત્ન કરીએ.
02:53	ચાલો હવે selection માં helium એટમને રાખીએ.
02:57	Build Structure ડાયલોગ બોક્સમાં;
03:00	એલિમેન્ટને carbonમાં બદલો , bonds ને 4 અને જીઓમેટ્રીને tetrahedralમાં બદલો.
03:08	સંતુલન(valency) જાળવવા હાઇડ્રોજન્સને જરૂરત મુજબ જોડવામાં આવે છે.
03:13	મૂળભૂત રીતે પેરામિટર્સમાંના કેટલાક પહેલેથી જ સિલેક્ટ કરેલા હોય છે, તેને તેમજ જ છોડી દો.
03:20	Apply button ઉપર ક્લિક કરો.
03:23	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. Helium એટમ બદલાયને હવે Methane મોલેક્યુલ થઇ ગયું છે.
03:29	Select મેનુનો ઉપયોગ કરી પસંદગીને નાબૂદ કરો.
03:33	આ મોલેક્યુલને હજી આગળ Methyl amineમાં બદલવા , કોઈ પણ હાઇડ્રોજન એટમને સિલેક્ટ કરો.
03:39	CTRL કીને પકડી રાખો અને methane સ્ટ્રક્ચર પરના કોઈ એક હાઇડ્રોજન ઉપર ક્લિક કરો.
03:46	Hydrogen એટમ હવે સિલેક્ટ થયું છે.
03:49	Modify Structure ડાયલોગ બોક્સમાં ; એલિમેન્ટને બદલી nitrogen, bonds ને 3 , જીઓમેટ્રીને trigonal કરો.
03:59	Apply button બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:02	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. અમીનો એસિડ હવે methane મોલેક્યુલમાં ઉમેરાયું છે.
04:07	Select મેનુ દ્વારા આ પસંદગીને નાબૂદ કરો.
04:10	જો તમે સ્ટ્રક્ચરમાંથી કોઈ પણ એટમ અથવા બોન્ડને ડીલીટ કરવા ઇચ્છતા હોવ તો ; તે એટમ અથવા બોન્ડને સિલેક્ટ કરો , Build Structure ડાયલોગ બોક્સમાંના delete બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:22	સ્ટ્રકચરને મૂળ સ્વરૂપમાં પાછું ફેરવવા , Tools મેનુ દ્વારા હાઇડ્રોજન્સને ઉમેરો.
04:28	માઉસના વચ્ચેના બટન દ્વારા આ મોડેલને ડ્રેગ કરી તેને પેનલના ખૂણે રાખો.
04:35	Build Structure ડાયલોગ બોક્સમાં; ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ ઉપર ક્લિક કરો અને Start Structure optionને સિલેક્ટ કરો.
04:43	હવે fragment radio button ઉપર ક્લિક કરો.
04:47	વિવિધ cyclic કમ્પાઉન્ડ્સ(સંયોજનો)ની એક ફ્રેગમેન્ટ લાઈબ્રેરી અહીં સૂચિત થાય છે.
04:52	5-membered rings ઉપર ક્લિક કરો.
04:55	સુચીમાંથી ફ્રેગમેન્ટને પસંદ કરો.
04:58	હું imidazoleને પસંદ કરીશ .
05:01	Apply button ઉપર ક્લિક કરો.
05:04	સ્ક્રીન ઉપર Imidazole મોલેક્યુલ દૃશ્યમાન થાય છે.
05:09	imidazole મોલેક્યુલને methyl amine મોડેલની નજીક ખસેડો.
05:13	Active model સ્ટેટસ બાર ઉપરના model number zero માટેના બોક્સને અનચેક કરો.
05:19	આ amine modelને સ્ક્રીન ઉપર ઇનએક્ટિવ કરી દેશે.
05:23	માઉસના વચ્ચેના બટન દ્વારા imidazoleને amine modelના નજીક ખસેડો.
05:29	Build structure ડાયલોગ બોક્સમાંના Join Models વિકલ્પના ઉપયોગથી આપણે બે મોડેલ્સને પેનલ ઉપર જોડી પણ શકીએ.
05:37	જ્યાં તમે બોન્ડને ઘાટ આપવા માંગતા હોવ તે પ્રત્યેક મોડેલમાંથી એક hydrogen એટમને સિલેક્ટ કરો.
05:44	Hold CTRL અને Shift કીને પકડી રાખો અને તે જ સમયે હાઇડ્રોજન ઉપર કોઈક કરો.
05:52	હવે hydrogens સિલેક્ટ થયા છે.
05:55	other bond વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:58	બોન્ડ્સને સંબંધિત માહિતી આ ડાયલોગ બોક્સ ઉપર દૃશ્યમાન થાય છે.
06:03	Apply button ઉપર ક્લિક કરો.
06:05	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , બંને મોડલ્સ જોડાઈ ગયા છે.
06:10	આ session ને File menu દ્વારા બંધ કરો.
06:15	graphics વિન્ડોને પાછું મેળવવા માટે વિન્ડોમાં નીચે આવેલ lighting bolt icon ઉપર ક્લિક કરો.
06:22	ત્યારબાદ ચાલો હવે peptide ચૈન બનાવીએ.
06:25	Build Structure ડાયલોગ બોક્સમાં , Start Structure.ને સિલેક્ટ કરો.
06:30	peptide રેડિયો બટનને ક્લિક કરો.
06:33	Peptide Sequence ટેક્સ્ટ બોક્સમાં , અમીનો એસિડ્સ માટેનો એક અક્ષરનો કોડ ટાઈપ કરો.
06:39	ચાલો કોઈ પણ એક અમીનો એસિડ સિક્વન્સને ટાઈપ કરીએ.
06:43	ટાઈપ કરો ACDEFGH .N થી C ટર્મિનસ સુધી રેસિડ્યુઝ ઉમેરાઈ ગયા છે.
06:52	સેશન નેમ તરીકે Sample2. ટાઈપ કરો.
06:56	Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
06:59	Add Peptide Sequence ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
07:03	આ ડાયલોગ બોક્સ phi અને psi ખૂણાઓને સ્પષ્ટ કરવા માટે છે.
07:08	મૂળભૂત રીતે phi અને psi ખૂણાઓ -57 અને -47 દૃશ્યમાન થયેલ હોય છે.
07:15	આ મૂલ્યો peptide fragment માટે alpha-helix structureને સુસંગત રહેલ છે.
07:21	જો તમે આ મૂલ્યો સેટ કરવા માંગતા હોવ તો તમે તે જાતે કરી શકો છો.
07:29	હાલ પૂરતું આપણે phi\psi મૂલ્યોને બદલ્યા વગર જ છોડી દઈશું.
07:30	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
07:33	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. તો હવે આપણી પાસે helix તરીકે દૃશ્યમાન થતી peptide ચૈન છે.
07:39	સ્ટ્રકચરની એનર્જી ન્યુનત્તમ કરવા , command text box ઉપર ટાઈપ કરો minimize.એન્ટર દબાવો.
07:48	મોડલના નામ સાથેનો એક Dock Prep ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
07:53	મૂળભૂત રીતે કેટલાક પેરામીટર્સ પહેલેથી જ સિલેક્ટ થયેલા હોય છે.
07:57	હાલ પૂરતું આપણે કશું પણ બદલીશું નહીં. OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
08:02	આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરવા માટે બીજું અન્ય ડાયલોગ બોક્સ ખોલે છે.
08:07	કેટલાક પેરામીટર્સ પગાઉથી સિલેક્ટ થયેલ છે. OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
08:13	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરાઈ ગયા છે.
08:18	અન્ય ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે, force field packageને પસંદ કરો.
08:24	મૂળભૂત રીતે સ્ટાન્ડર્ડ રેસિડ્યુઝ માટે AMBER ff14SB સિલેક્ટ થયેલું હોય છે.
08:31	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
08:34	તે સ્ટ્રકચરને ન્યુનત્તમ કરવા થોડીક જ મિનિટો લેશે.
08:38	હવે આપણી પાસે સ્ક્રીન ઉપર સૌથી વધારેલ પસંદ થયેલ બનાવટ સાથેનું સ્ટ્રક્ચર રહેલ છે.
08:45	File મેનુ દ્વારા આ સેશનને બંધ કરો અને Graphics વિન્ડોને ખોલો.
08:51	Build stucture ટૂલ દ્વારા, આપણે બે પેચવાળું (double helical) DNA/RNA બનાવી શકીએ.
08:57	helical DNA/RNA રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:01	Sequence ટેક્સ્ટ બોક્સમાં , DNA fragment માટેનો એક અક્ષરનો nucleotide code ટાઈપ કરો.
09:08	તેને પ્રદર્શિત કરવા હું ટાઈપ કરીશ : ATGCATGC.
09:16	DNA ઉપર ક્લિક કરો , B-form ઉપર ક્લિક કરો.
09:22	Sample3 તરીકે નામને એડિટ કરો.
09:25	Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:28	double helix તરીકે પ્રદર્શિત થતું DNAનું મોડલ પેનલ ઉપર દેખાય છે.
09:34	તેને presets મેનુ દ્વારા એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં બદલો.
09:39	સારાંશ જોઈએ , આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા નાના મોલેક્યુલ્સના સ્ટ્રક્ચર્સ કેવી રીતે બનાવવા ,peptidesઅને DNA ફ્રેગમેન્ટ્સ વિષે જોયું.
09:49	સ્ટ્રકચરને બદલ્યું.
09:51	એનર્જી ને ન્યુનત્તમ કર્યું અને મોડલ્સને જોડ્યા.
09:55	અભ્યાસ માટે , biphenyl moleculeને રચવા બે benzene મોલેક્યુલ્સને જોડો.
10:02	તમારી પોતાની પસંદગી પ્રમાણેના amino acid sequenceસાથેના peptide ફ્રેગમેન્ટની રચના કરો .
10:08	કોઈ પણ nucleotide sequence ધરાવતા RNA fragmentની રચના કરો.
10:13	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
10:21	અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. અમને સંપર્ક કરો.
10:28	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
10:35	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada