Avogadro/C2/Build-molecules/Tamil

Time	Narration
00:01	அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:07	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல்,
00:11	அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல்
00:15	Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல்
00:17	Force field ஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல்
00:21	Bond length, Bond angleமற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல்,
00:25	Fragment Library ஐ காட்டுதல்
00:27	DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல்.
00:31	இங்கு நான் பயன்படுத்துவது: Linux OS version 14.04, Avogadro version 1.1.1 மற்றும் இணைய இணைப்பு
00:44	இந்த டுடோரியலைப் புரிந்துகொள்ள அடிப்படை வேதியியல் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். Avogadro 1.1.1ஐப் பதிவிறக்க திரையில் தோன்றும் இணைப்பிற்கு செல்க.
00:53	ஏற்கனவே நான் அதைப் பதிவிறக்கி விட்டேன்.
00:56	Avogadro வை திறக்க Dash Home இல் கிளிக் செய்யவும்.
01:00	search barல் Avogadro என டைப் செய்யவும்.
01:02	Avogadro ஐகானை கிளிக் செய்து அதனைத் திறக்கவும்
01:08	முதலில் Chemical Structure Database இல் இருந்து Xylene மூலக்கூறை பதிவிறக்கலாம்.
01:15	ஒரு மூலக்கூறை உள்ளே சேர்ப்பதற்கு இணைய இணைப்பு தேவை.
01:19	File மெனுவை கிளிக் செய்து Importக்கு செல்லவும்
01:23	ஒரு சப்மெனு தோன்றுகிறது.
01:25	Fetch by chemical name என்பதைத் தேர்வு செய்யவும்.
01:28	Chemical name dialog box தோன்றும்.
01:30	பயிற்சிக்காக நான் Xylene என டைப் செய்கிறேன்.
01:36	OK பட்டனை கிளிக் செய்க.
01:38	இப்போது Panel இல் Xylene மூலக்கூறு உள்ளது
01:42	Panel இல் இந்த மூலக்கூறை rotate செய்யலாம்.
01:45	Toolbar இல் Navigation tool ஐ கிளிக் செய்யவும்.
01:49	Cursor ஐ மூலக்கூறின் மேல் வைக்கவும்.
01:52	இடது மவுஸ் பட்டனை கிளிக் செய்து drag செய்யலாம்..
01:56	Direction அம்புக்குறிகள் drag செய்யப்படிருப்பதை காட்டுகிறது.
02:00	Translate செய்வதற்கு ரைட் கிளிக் செய்து drag செய்யவும்.
02:06	மவுசின் Scroll wheel ஐப் பயன்படுத்தி Zoom in மற்றும் Zoom out செய்யலாம்.
02:10	இனி, ஒரு மூலக்கூறை புதிதாக எப்படி உருவாக்குவது என்று காண்போம்.
02:14	Toolbar இல் Draw tool ஐகானைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்
02:19	Draw settings மெனுவிற்கு கீழே Element drop down button மற்றும் Bond Order drop down button மற்றும் Adjust Hydrogens check box ஆகியவற்றைக் காணமுடியும்.
02:30	மூலக்கூறின் வரைபடத்தில் ஹைட்ரஜன்கள் வேண்டாம் எனில் Adjust Hydrogens check box ஐ அன்செக் செய்க.
02:37	Element drop down list தனிமங்களின் பட்டியலைக் காட்டுகிறது.
02:42	மொத்த Periodic table ஐயும் தனி விண்டோவில் பார்ப்பதற்கு Other பட்டனை கிளிக் செய்க.
02:48	Close பட்டன் ஐ கிளிக் செய்து விண்டோவை மூடவும்.
02:51	Panel இல் நாம் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை வரைவோம்.
02:55	Element drop down list இல் இருந்து Carbon என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:59	Bond Order drop down list இல் இருந்து Single என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:03	Panel இல் கிளிக் செய்யவும்.
03:05	ஆறு Carbon அணுக்கள் கொண்ட அறுகோணத்தை Drag and Drop செய்து வரையலாம்.
03:10	இரட்டை பிணைப்பை காட்டுவதற்கு Bond Order drop down list இல் இருந்து Double என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:16	ஒன்றுவிட்ட பிணைப்புகளை கிளிக் செய்து Benzene அமைப்பை பெறலாம்.
03:21	Aniline மூலக்கூறை வரைந்து முடிப்போம்.
03:24	Aniline மூலக்கூறை பெற Element drop down list இல் Nitrogenஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:29	Single Bond Order drop down list இல் இருந்து Singleஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்
03:33	ஏதேனும் ஒரு Carbon அணுவை கிளிக் செய்து Drag செய்யவும்.
03:39	இப்போது Build மெனுவிற்கு சென்று Add Hydrogensஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:45	இப்போது Panel இல் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை உருவாக்கியுள்ளோம்.
03:49	நிலையான இணக்கத்தைப் பெறுவதற்கு, இந்த Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பு optimize செய்யப்பட வேண்டும்.
03:56	Toolbar இல் Auto Optimization Tool ஐ கிளிக் செய்யவும்.
04:02	Auto Optimization Settings இடது பக்கத்தில் தோன்றும்.
04:06	Force Field drop down list ஐ கிளிக் செய்து MMFF94 ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்
04:13	சிறிய ஆர்கானிக் மூலக்கூறுகளை optimize செய்ய இந்த MMFF94 பொதுவாக பயன்படுத்தப்படுகிறது.
04:20	Start பட்டனை ஐ கிளிக் செய்யவும்
04:23	optimization முடிய சில நொடிகள் ஆகலாம்.
04:28	Stop ஐ கிளிக் செய்து Optimization Settings ஐ மூடலாம்.
04:33	இப்போது Aniline மூலக்கூறின் Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளக்கலாம்.
04:40	Toolbar இல் Click to Measure ஐகானை கிளிக் செய்யவும்
04:44	Bond length ஐ அளப்பதற்கு இரண்டு அடுத்தடுத்த Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும்.
04:49	Bond Angle ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த மூன்று Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும்.
04:55	dihedral angles ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த நான்கு Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும்.
05:02	அளக்கப்பட்ட மதிப்புகள் Panel இன் கீழ்ப்புறம் தோன்றும்.
05:07	இந்த அமைப்பு வரைபடத்தை சேமிக்க File மெனுவில் இருந்து save as ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:13	Save Molecule As உரையாடல் தோன்றும்.
05:17	File name என்ற இடத்தில் Aniline.cml என்று டைப் செய்யவும்.
05:21	location ஐ Desktop என்று தேர்வு செய்து Save செய்யவும்.
05:28	New icon ஐ கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும்.
05:32	Avogadro software, Fragment library யை பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளை உருவாக்கும் வசதியை கொண்டுள்ளது,
05:38	Build menu விற்கு செல்லவும்.
05:40	Insert இல் Fragment option ஐ தேர்வுசெய்யவும்.
05:45	Insert Fragment dialog box தோன்றும்.
05:49	பல்வேறு மூலக்கூறுகளின் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள .cml fileகள் உள்ள folderகளை காணமுடியும்.
05:55	உதாரணமாக alkens folder ஐத் திறப்போம்.
06:00	folder ஐ double click செய்து அதில் இருக்கும் fileகளைக் காணலாம்..
06:04	2-methyl-buta-1,3-diene.cml என்பதை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
06:10	Insert பட்டனைக் கிளிக் செய்யவும்.
06:13	Close பட்டனைக் கிளிக் செய்து மூடவும்.
06:17	2-methyl-1,3-butadiene இன் அமைப்பு இப்போது panel ல் காட்டப்படுகிறது.
06:22	இது பொதுவாக Isoprene என அழைக்கபடுகிறது.
06:26	Isoprene ஐ வைத்து பல இயற்கை மூலக்கூறுகளின் அமைப்பை வரைய முடியும்.
06:30	இந்த மூலக்கூறு selectmode இல் இருக்கிறது.
06:33	இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும்.
06:39	உதாரணமாக Isopreneஐ வைத்து Vitamin A மற்றும் natural rubber இன் மூலக்கூறு அமைப்பு உருவாக்கப்பட்டிருப்பதைக் காட்டுகிறேன்.
06:47	Vitamin A, natural rubber
06:51	ஒரு மூலையில் Isopreneஐ Translate செய்கிறேன்.
06:56	Build menu க்கு சென்று Insert ஐ திறந்து Fragment ஐ தேர்வுசெய்யவும்.
07:02	கீழே Macrocycles folder க்கு scroll செய்து double click செய்து திறக்கவும்.
07:08	porphin fragment ஐதேர்ந்தெடுத்து Insert ஐ கிளிக் செய்யவும்.
07:14	dialog boxஐ மூடவும்.
07:16	porphyrin fragment ஐ பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளான Chlorophyll மற்றும் Vitamin B12 ஐ நாம் உருவாக்கலாம்.
07:25	Chlorophyll
07:27	Vitamin B12
07:30	Avogadro வை பயன்படுத்தி DNA மற்றும் peptides முதலிய சிக்கலான மூலக்கூறுகளை எளிதாக உருவாக்கலாம்.
07:37	New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும்.
07:41	ஒரு DNA மூலக்கூறை உள்ளே சேர்க்க Build மெனுவிற்கு சென்று Insert ஐ தேர்வு செய்து சப் மெனுவில் DNA/RNA ஐ கிளிக் செய்க .
07:51	Insert Nucleic Acids dialog box தோன்றுகிறது.
07:55	DNA/RNA Builder drop down இல் இருந்து DNA ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
08:00	நான்கு nucleic acid base கள் buttonகளாக காட்டப்படுகிறது.
08:05	பட்டன்களில் கிளிக் செய்து nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யவும்.
08:10	நீங்கள் விரும்பிய nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யலாம்.
08:14	செயல்விளக்கத்திற்காக நான் A T G C A T G C என்ற sequence ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
08:26	nucleic acid களின் தேர்வு வரிசைப்படி Sequence text box இல் தோன்றும்.
08:32	Bases Per Turn drop down இல் A மற்றும் 5.0 ஐ தேர்வு செய்யவும். இது ஒரு helix இல் இருக்கும் base pairகளின் எண்ணிக்கையைக் குறிக்கிறது.
08:41	Strands இல் Single என்று தேர்ந்தெடுத்து Insert பட்டனை கிளிக் செய்யவும்.
08:47	Close பட்டனை கிளிக் செய்து dialog boxஐ மூடவும்.
08:51	இப்போது panelஇல் single stranded DNA மூலக்கூறு உள்ளது.
08:56	இந்த அமைப்பை zoom செய்து panelஇன் மத்தியில் கொண்டுவரவும்.
09:01	DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும்.
09:09	Insert மெனுவில் உள்ள Peptide option ஐ வைத்து Peptide sequence ஐ எளிதாக உருவாக்கலாம்.
09:16	மறுபடியும் New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும்.
09:21	Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptideஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்
09:26	Insert Peptide எ தோன்றுகிறது.
09:29	Peptide sequence க்கு தேவையான amino acid களை amino acid பட்டனை கிளிக் செய்து தேர்வு செய்யவும்.
09:36	செயல்விளக்கத்திற்கு நான் Glycine(Gly) -Valine(Val) -Proline(Pro) and Cystine(Cys) என்ற sequence ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன்.
09:45	தேர்வு செய்யப்பட வரிசை Sequence text box இல் தோன்றுகிறது.
09:50	Insert Peptide பட்டனை கிளிக் செய்யவும்.
09:53	Insert Peptide dialog box ஐ மூடவும்.
09:57	Panel இல் Peptide சங்கிலி தோன்றுகிறது.
10:00	Panel இல் Peptide மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும்.
10:07	உங்களுக்கு தேவையான அமினோஅமிலங்களை தேர்வு செய்து peptide sequence ஐ உருவாக்கலாம்.
10:13	இப்போது நாம் அனைத்தையும் நினைவு கூறலாம்.
10:15	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது
10:18	database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல்,
10:21	அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல்
10:24	Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல்
10:26	Force fieldஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல்
10:30	Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல்,
10:35	Fragment Library ஐ காட்டுதல்
10:37	DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல்
10:41	தன்னறிவுச்சோதனைக்காக திரையில் தோன்றும் amino acid residues களைப் பயன்படுத்தி protein sequence ஐ உருவாக்குங்கள்.
10:49	UFF Force field ஐ பயன்படுத்தி வடிவமைப்பை optimize செய்க.
10:53	வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும்.
10:58	A U G C Nucleic acidகளைப் பயன்படுத்தி RNA sequence ஐ உருவாக்குக
11:04	வடிவமைப்பை MMFF94 force field ஐ பயன்படுத்தி optimize செய்க.
11:10	வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும்.
11:14	இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
11:18	உங்களிடம் நல்ல bandwidth இல்லை எனில் இதை download செய்து பார்த்துக்கொள்ளலாம்.
11:23	நாங்கள் spoken tutorialகளை பயன்படுத்தி workshop நடத்தி சான்றிதழ் அளிக்கிறோம். நீங்கள் இந்த இமெயில் முகவரியில் எங்களை தொடர்பு கொள்ளலாம்.
11:30	இந்திய அரசின் NMEICT, MHRD இந்த spoken tutorial திட்டத்திற்க்கு தேவையான நிதியுதவியை அளிக்கிறது.
011:36	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். நன்றி.

Contributors and Content Editors

Balasubramaniam, Priyacst