CellDesigner/C2/Getting-Started-with-CellDesigner/Bengali

Time	Narration
00:01	Getting started with CellDesigner এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05	এখানে আমরা শিখব: CellDesigner সম্পর্কে, CellDesigner এ মেনু এবং টুল বার সম্পর্কে।
00:13	সেল ডিজাইনার ওয়ার্কস্পেসে বিভিন্ন ক্ষেত্র সম্পর্কে।
00:17	সেল ডিজাইনার কম্পোনেন্ট সম্পর্কে যাতে Species এবং Reactions রয়েছে।
00:23	আমরা এও শিখব একটি সাধারণ নেটওয়ার্ক কিভাবে বানায়।
00:27	নেটওয়ার্ক সংরক্ষণ করা।
00:29	ইমেজ এক্সপোর্ট করা।
00:30	নেটওয়ার্ক জুম করা।
00:33	সেল ডিজাইনার জিন-রেগুলেটরী এবং বায়োকেমিক্যাল নেটওয়ার্ক আঁকতে একটি প্রসেস ডায়াগ্রাম এডিটর।
00:40	প্রসেস ডায়াগ্রাম kitano দ্বারা প্রস্তাবিত হয়েছে, এই ডায়াগ্রাম Systems Biology Markup Language (SBML) দ্বারা সংরক্ষণ করা হয়।
00:50	আমি উইন্ডোজ XP এবং সেলডিসাইনার সংস্করণ 4.2 ব্যবহার করছি। সেলডিজার লিনাক্স এবং ম্যাক OS X এও কাজ করে।
01:00	CellDesigner খুলতে ডেস্কটপে সেল ডিজাইনারের শর্টকাট আইকনে ডবল ক্লিক করুন।
01:07	এটি সেল ডিজাইনার খুলবে, এখন এটি সম্পর্কে শিখি।
01:12	Menu বারে আপনি বিভিন্ন মেনু বিকল্প যেমন File, Edit, Component ,View, Database এবং অন্যান্য পাবেন।
01:24	Main Menu তে আপনি বিভিন্ন Toolbars দেখবেন।
01:30	এখানে এডিটিং, স্পিসিস, রিঅ্যাকশন, কম্পার্টমেন্টের জন্য Toolbars রয়েছে।
01:38	আমরা এগোনোর সাথে এর মধ্যে কিছু সম্পর্কে শিখব।
01:42	সেল ডিজাইনার ওয়ার্ক স্পেসের বিভিন্ন অংশ সম্পর্কে শিখি।
01:48	যেমনকি আপনি দেখেন সেখানে 5 টি ক্ষেত্র রয়েছে।
01:52	ডানদিকে Draw ক্ষেত্র রয়েছে।
01:55	এটি সেই স্থান যেখানে আমরা নেটওয়ার্ক অঙ্কন করব।
01:58	Draw ক্ষেত্রে প্রদর্শিত যে কোনো আকৃতি যেমন- আয়তক্ষেত্র, একটি ওভাল বা একটি লাইন সেগমেন্টকে কম্পোনেন্ট বলে।
02:08	species, reactions বা compartment এর জন্য কম্পোনেন্ট একটি সাধারণ শব্দ।
02:14	যে কেউ সেলডিসাইনার ওয়েবসাইট www.celldesigner.org থেকে এই সকল সিম্বল এবং তাদের অর্থের সূচী দেখতে পারে।
02:29	আমি Documents এ ক্লিক করব।
02:33	এখন স্টার্টআপ গাইডে ক্লিক করুন। এটি আরেকটি ট্যাবেও রয়েছে।
02:40	আমি সরাসরি পৃষ্ঠা সংখ্যা 82 তে যাবো।
02:45	এখানে আপনি বিভিন্ন সিম্বল এবং তাদের অর্থ দেখতে পারেন।
02:51	এখন সেল ডিজাইনার উইন্ডোতে ফিরে আসি।
02:55	Draw ক্ষেত্রের নীচে List ক্ষেত্র রয়েছে।
02:59	এখানে যে কেউ মডেলের কম্পোনেন্ট এবং ফাংশনের তালিকা দেখতে এবং এডিট করতে পারে।
03:06	Notes ক্ষেত্রের ব্যবহার কম্পোনেন্টের নোট দেখতে এবং এডিট করতে ব্যবহৃত হয়।
03:12	বাম দিকে, Tree ক্ষেত্র রয়েছে যা ট্রি স্ট্রাকচারে থাকা কম্পোনেন্ট সূচীবদ্ধ করে।
03:21	এর নীচে Layer ক্ষেত্র রয়েছে যা মডেলের সকল লেয়ার দেখায়।
03:27	বর্ডার লাইন টেনে এনে ক্ষেত্রের আকার বদলানো যেতে পারে।
03:33	আমি কার্সার বর্ডার লাইনে রাখব। আপনি ডবল হেডেড অ্যারো দেখবেন। ক্ষেত্র বাড়াতে বা কমাতে এটি টানুন।
03:45	লিস্ট এবং নোটস ক্ষেত্রে স্থিতি বদলাতে
03:50	View বিকল্পে যান. List এ ক্লিক করুন এবং Right চয়ন করুন।
03:56	এটি লিস্ট বদলে ডানদিকে আনে। ডাউন হল ডিফল্ট।
04:00	এখন স্লাইডে ফিরে যাই।
04:05	এটি একটি সরল নেটওয়ার্ক যা আমরা বানাবো।
04:10	এই নেটওয়ার্কে প্রোটিন C এর catalysis এ, প্রোটিন A প্রোটিন B এর state transition হয়ে যায়।
04:21	এর বদলে প্রোটিন B প্রোটিন D এর state transition হয়ে যায়।
04:27	এই transition প্রোটিন E দ্বারা বাধিত হয়।
04:32	এখন এই নেটওয়ার্ক বানাই।
04:34	আমি CellDesigner উইন্ডোতে ফিরে যাবো।
04:39	এখন File এবং তারপর New তে ক্লিক করুন।
04:43	New Document নামে একটি ছোট ডায়লগ বাক্স খুলবে।
04:48	এটি হল name ফীল্ড।
04:50	আমি simple network লিখব।
04:53	এখানে আবশ্যকতা অনুযায়ী উচ্চতা এবং প্রস্থ বদলানো যেতে পারে। যদিও আমি ডিফল্ট উচ্চতা এবং প্রস্থ রাখব।
05:03	OK তে ক্লিক করুন। আপনি Draw ক্ষেত্রের উপরে বামদিকে থাকা নাম দেখতে পাবেন।
05:12	এখন, Edit এ যান এবং Grid snap এবং Grid visible সক্ষম করুন।
05:21	ড্র ক্ষেত্রে একটি গ্রিড দেখায়।
05:25	Grid snap কম্পোনেন্টগুলিকে গ্রিডের সাথে সঠিকভাবে সারিবদ্ধ করবে।
05:29	নেটওয়ার্ক পূর্ণ হলে আপনি Grid visible অচয়নিত করতে পারেন।
05:34	কম্পোনেন্ট যোগ করার পূর্বে আপনাকে স্পিসিস এবং রিঅ্যাকশনের কিছু উদাহরণ দেখাই।
05:42	প্রথমে আমরা স্পিসিস দেখি।
05:45	এখানে দেওয়া সঙ্কেত জেনেরিক প্রোটিন, রিসেপটর, আয়ন চ্যানেল, truncated প্রোটিন, জিন, RNA ইত্যাদি রয়েছে।
05:58	এখন রিঅ্যাকশন দেখি, প্রথমে রয়েছে State transition, Heterodimer association, Dissociation, Catalysis, Inhibition ইত্যাদি।
06:11	আমরা Species টুলবারে প্রথমে আইকনে ক্লিক করব। এই আইকন প্রোটিনের জন্য।
06:22	Draw area যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন যেখানে আপনি এই species রাখতে চান।
06:28	আমি এটি Draw area এর বামদিকে রাখবো।
06:33	একটি ছোট ডায়লগ বাক্স খুলবে এবং species এর নাম জিজ্ঞাসা করবে।
06:39	আমি নতুন species এর নাম A রাখবো এবং OK তে ক্লিক করব।
06:46	লিস্ট এলাকার পরিবর্তনও দেখুন।
06:50	যেমনকি আপনি দেখতে পারেন আমরা Draw area তে একটি নতুন স্পিসিস জুড়েছি। একইভাবে আমি B জুড়ব।
06:58	যে কোনো কম্পোনেন্ট এডিট বা সরানোর আগে আপনাদের এটি চয়ন করতে হবে।
07:03	কম্পোনেন্ট চয়ন করতে তাতে ক্লিক করুন। নিশ্চিত করুন এটি করার আগে সিলেক্ট আইকন অন হোক।
07:12	আমি A এর পাশে B রাখতে চাই। তাই B তে ক্লিক করে এটি চয়ন করুন।
07:17	এটি টেনে এনে A এর পাশে রাখুন।
07:21	এখন কম্পোনেন্টের আকার বদলানো দেখবো।
07:24	আমি A তে ক্লিক করব। আমরা এতে ছোট স্কোয়ার দেখি।
07:29	এই আকার বদলাতে হ্যান্ডেল রয়েছে।
07:32	আমি এই প্রান্তে কার্সার রেখে টানি।
07:36	আমরা দেখি যে A এর আকার বদলে গেছে।
07:39	কম্পোনেন্টের আকার বদলানোর আরেকটি উপায় রয়েছে যা পরবর্তী টিউটোরিয়ালে শিখব।
07:46	আপনি Ctrl + Z টিপে আগের কাজ পূর্বাবস্থায় নিয়ে যেতে পারেন।
07:52	আপনি redo করতে চাইলে Ctrl + Y টিপুন।
07:54	আপনি সরাসরি undo এবং redo এর আইকনে ক্লিক করেও এটি করতে পারেন।
08:03	এখন reactions যোগ করি।
08:06	রিঅ্যাকশন হল দুটি অবজেক্টের ইন্টারেকশন।
08:09	এটি একটি State transition রিঅ্যাকশন।
08:12	আমি Reaction টুলবারে State transition আইকনে ক্লিক করব।
08:18	A এর যে কোনো পাশে এবং তারপর B তে ক্লিক করুন।
08:23	এইভাবে, আপনি দেখেন যে রিঅ্যাকশন অ্যারো এখন A এবং B কে জোড়ে।
08:30	প্রথমে চয়নিত কম্পোনেন্টকে reactant হিসাবে ধরা হয়।
08:35	তাই সর্বদা প্রথমে reactants চয়ন করতে মনে রাখবেন।
08:39	ডিফল্ট রিঅ্যাকশন আইডি re1 হিসাবে আসে।
08:43	এখন C স্পিসিস জুড়ি এবং প্রথমে স্লাইডে দেখানো অনুযায়ী সঠিক স্থানে রাখি।
08:54	আমি Reaction টুলবার থেকে এই আইকন চয়ন করছি। এটি Catalysis এর জন্য।
09:00	আমি C এর প্রান্তে এবং State transition রিঅ্যাকশনের square symbol এ ক্লিক করব।
09:08	এখন আমি স্পিসিস D জুড়বো এবং এটি B এর পাশে রাখবো।
09:15	এখন B থেকে D পর্যন্ত একটি State transition রিঅ্যাকশন জুড়ুন। ডিফল্ট রিঅ্যাকশন id হল re2.
09:26	আমি স্পিসিস E জুড়বো এবং পূর্ববর্তী স্লাইডে দেখানো অনুযায়ী যথাযথ স্থানে রাখবো।
09:35	এখন Reaction টুলবার থেকে এই আইকন চয়ন করব, যা Inhibition reaction প্রদর্শন করে।
09:44	আমি E এর প্রান্তে এবং State transition রিঅ্যাকশনের এই বর্গাকার সিম্বলে ক্লিক করব। এটি দুটি বিন্দু জুড়বে।
09:54	এখন একটি সরল নেটওয়ার্ক দেখি।
09:57	আপনার কাজটি সংরক্ষণ করুন।
10:00	File এ যান. Save as এ ক্লিক করুন।
10:04	এটিকে Simple Network নাম দেবো।
10:06	এটি আমাদের কাজ .xml ফরম্যাটে সংরক্ষণ করবে। Save এ ক্লিক করুন।
10:12	এখন একটি ইমেজ এক্সপোর্ট করা শিখি। এটি করতে, File>Export Image এ যান।
10:22	আপনি ইমেজ pdf, png, jpeg ইত্যাদি বিভিন্ন ফরম্যাটে সংরক্ষণ করতে পারেন।
10:29	আমি এটি jpeg ইমেজ হিসাবে সংরক্ষণ করব। Save এ ক্লিক করুন।
10:35	এখন নেটওয়ার্ক জুম করা দেখি।
10:38	আমাদের জুমের 4 টি বিকল্প রয়েছে - জুম ইন, জুম আউট, জুম ফিট, জুম রিসেট।
10:47	আমি দুইবার Zoom In আইকনে ক্লিক করব। আমরা ম্যাগ্নিফাইড ইমেজ দেখি।
10:54	এখন Zoom Reset এ ক্লিক করব। নেটওয়ার্ক মূল আকারে ফিরে আসে।
11:02	Getting started with CellDesigner এর টিউটোরিয়াল এখানেই শেষ হয়।
11:08	সংক্ষেপে, আমরা সেল ডিজাইনারে মেনু এবং টুল বার সম্পর্কে শিখেছি।
11:14	সেল ডিজাইনারের বিভিন্ন ক্ষেত্র সম্পর্কে। স্পিসিস এবং রিঅ্যাকশন যেমন কম্পোনেন্ট সম্পর্কে।
11:20	আমরা স্পিসিস এবং রিঅ্যাকশন কম্পোনেন্ট দ্বারা সরল নেটওয়ার্ক বানানো শিখেছি।
11:26	এছাড়া জুম করা, নেটওয়ার্ক সংরক্ষণ করা এবং একটি ইমেজ এক্সপোর্ট করাও শিখেছি।
11:32	অনুশীলনী হিসাবে CellDesigner 4.2 এর সাহায্যে একটি নেটওয়ার্ক বানান।
11:39	এই নেটওয়ার্কে, ক্যাটালিস্ট প্রোটিন C এর উপস্থিতিতে A এবং B প্রোটিন যুক্ত হয়ে একটি কমপ্লেক্স বানায়।
11:51	এই কমপ্লেক্স ক্যাটালিস্ট D এর উপস্থিতিতে ডিগ্রেড হয়ে যায়।
11:58	আপনাকে এইরকম একটি নেটওয়ার্ক পেতে হবে।
12:01	প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
12:13	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে। অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে contact@spoken-tutorial.org তে লিখুন।
12:28	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। এটি ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।
12:41	এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
12:53	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta