UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Hindi

Time	Narration
00:01	Chimera का उपयोग करके 'Picking and Selection' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है
00:06	इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे परमाणुओं और 'residues' के लिए लेबल्स दिखाना
00:12	'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और 'residues' को चुनना
00:17	'residues' का रंग और प्रदर्शन बदलना
00:21	परमाणुओं को जोड़ना, मिटाना या बदलना, बॉन्ड्स को घुमाना
00:27	डिस्प्ले विंडो पर एक से अधिक मॉडल खोलें. मॉडल को चुने और मूव करें
00:34	इस ट्यूटोरियल का अनुसरण करने के लिए आपको स्नातक स्तर की 'Biochemistry' का ज्ञान होना चाहिए
00:40	या 'structural biology' से परिचित होना चाहियें, सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेब साईट पर जाएँ
00:47	इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं 'Ubuntu Operating System' वर्जन 14.04 का उपयोग कर रही हूँ
00:52	'Chimera' वर्जन 1.10.2
00:57	'Mozilla firefox' ब्राउज़र 35.0
01:01	और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन
01:04	यहाँ मैंने एक 'Chimera window' खोली है
01:07	'rapid access window' पर, अभी उपयोग किये डेटा की सूची से '1zik ' पर क्लिक करें
01:15	'graphics window' पर 'Leucine zipper' का एक मॉडल खुलता है
01:20	किसी संरचना के अलग अलग अवयवों जैसे कि: रेज़िडियु, परमाणु, बॉन्ड्स आदि में 'Chimera' में उपलब्ध टूल्स प्रयोग करके संशोधन किया जा सकता है
01:31	पहला स्टेप चुनाव करना होता है
01:34	चुनने के भिन्न भिन्न तरीके होते हैं: मेनू बार में 'Select' मेनू का प्रयोग करके
01:40	'graphics' विंडो से 'Picking'
01:43	कमांड लाइन पर कमांड टाइप करके, या 'Favorites' मेनू में उपस्थित 'Model Panel' और 'Sequence' विकप्ल चुनकर
01:53	chimera विंडो पर वापस जाएँ
01:55	'Leucine zipper' मोटिफ 'leucine' रेज़िडियु का पीरिऑडिक दोहराव से बनता है
02:02	अब मैं दर्शाउंगी कि इस संरचना में उपस्थित 'leucine' को किस प्रकार हाईलाइट करना है
02:08	प्रीसेट मेनू से 'interactive 2' विकल्प चुनें
02:12	'Select' मेनू से 'Residue' विकप्ल चुनिए
02:20	सब-मेनू में बहुत से विकल्प हैं
02:23	एमिनो एसिड केटेगरी मेनू में एमिनो एसिड्स इस प्रकार वर्गित हैं: 'aliphatic', 'aromatic', 'hydrophobic', 'polar' इत्यादि
02:34	इस संरचना में उपस्थित एमिनो एसिड रेज़ीडियुज़ की सूची मानक एमिनो एसिड मेनू में उपलब्ध है 'leucine' पर क्लिक करें
02:42	सारे 'leucine' रेज़ीडियुज़ अब हाईलाइट हो जाते हैं
02:46	'actions' मेनू पर क्लिक करें और 'color' चुनें
02:49	मैं रंगों की सूची से पीला चुनुंगी, सभी 'leucines' अब पीले रंग में प्रदर्शित हैं
02:57	चुनाव को हटाने के लिए 'Select' मेनू पर क्लिक करें, उसके बाद 'Clear selection' विकप्ल पर क्लिक करें
03:03	‘Leucine’ 'hydrophobic' होने के कारण प्रोटीन के 'hydrophobic' कोष में भरा होता है
03:09	प्रीसेट विकल्प का प्रयोग करके प्रदर्शन को रिबंस में बदलें, 'Interactive 1’ पर क्लिक करें
03:17	स्क्रीन से रेज़िडियु चुनने के लिए: कर्सर को संरचना के ऊपर घुमायें
03:22	पहचान सकने वाली जानकारी के साथ एक 'pop-up balloon' दिखाई देता है
03:26	इसमें 'residue' का नाम, नंबर और चेन जैसी जानकारी होती है
03:32	जब आप कर्सर चलाते हैं तो 'balloon' अद्रश्य हो जाता है
03:36	कर्सर को चेन A के पहले 'residue' पर लायें, वह 'arginine' है
03:41	कीबोर्ड की CTRL की (key) को दबाएँ रखें और माउस के बाएं बटन को क्लिक करें CTRL की को छोड़ें
03:49	डिफ़ॉल्ट रूप से चुनाव हरे रंग में रूपरेखित होता है
03:57	यदि आप एक से ज्यादा चुनना चाहते हैं; कीबोर्ड की CTRL और shift दोनों की को दबाएँ रखें
04:04	जो 'residues' आप चुनना चाहते हैं उस पर क्लिक करें
04:10	कीबोर्ड से CTRL और shift दोनों कीज़ को छोड़ें
04:14	अब आपने रेज़िडियु को संशोधन के लिए चुन लिया है
04:18	'Actions' मेनू पर क्लिक करें
04:23	उदहारण के लिए, परमाणुओं को दर्शाने के लिए 'atoms/bonds' चुनें 'Show' पर क्लिक करें
04:30	चुने हुए रेज़ीडियुज़ अब परमाणुओं के प्रदर्शन में दिखाई देतें है, चुनाव को क्लियर करें
04:36	हम 'Picking' से संरचना में उपस्थित परमाणुओं या बॉन्ड्स में परिवर्तन कर सकते हैं
04:42	कर्सर को एक ऑब्जेक्ट जैसे एक परमाणु या बॉन्ड पर रखें
04:47	यह अपनी लेबल की जानकारी एक 'atomspec balloon' में दिखायेगा
04:52	परमाणु के लिए 'Atomspec balloon' में ऐसी जानकारी होती है जैसे: 'Residue' का नाम, नंबर, चेन और परमाणु का नाम
05:01	परमाणु को चुनने के लिए कीबोर्ड की CTRL की(key) को दबाएँ रखें
05:06	CTRL की को दबाये रखते समय उस परमाणु पर क्लिक करें जिसे आप बदलना चाहते हों
05:11	परमाणु अब हाईलाइट हो जाता है, परमाणु में संशोधन करने के लिए CTRL की को दबाकर रखते हुए परमाणु पर डबल क्लिक करें
05:20	'context menu' विकल्पों के साथ खुलता है
05:24	CTRL की छोड़ें |
05:30	'Build Structure' विंडो खुलती है
05:33	चुने हुए परमाणु को बदलते हैं अर्थात नाइट्रोजन को मिथायल ग्रुप में
05:38	'Build Structure' विंडो मे ‘element’ में ‘carbon’, ‘bonds’ में 4 और ‘apply’ बटन पर क्लिक करें
05:49	पेनल को देखें
05:51	मिथायल ग्रुप अब मौजूदा संरचना में जुड़ गया है विंडो बंद कर दें
05:57	बॉन्ड्स को घुमाने का भी एक विकल्प है
06:00	जिस बॉन्ड को आप घुमाना चाहते हैं उसके ऊपर कर्सर को घुमायें
06:04	बॉन्ड से सम्बंधित जानकारी 'atomspec balloon' में दिखाई देती है
06:09	बॉन्ड चुनने के लिए कर्सर को बॉन्ड पर रखें
06:13	माउस के बाएं बटन को क्लिक करें
06:18	CTRL की को दबाकर रखते हुए बॉन्ड पर डबल क्लिक करें
06:26	कीबोर्ड पर CTRL की को छोड़ें
06:29	'context-menu' खुलता है, 'rotate bond' विकल्प पर क्लिक करें
06:35	स्क्रीन पर 'Build Structure' डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
06:39	डायलॉग बॉक्स में उपस्थित रोटेटिंग टूल को क्लिक और रोटेट करें
06:46	पैनल को देखें, चुना गया बॉन्ड अब घूम रहा है
06:51	जब आप वांछित कोण पर पहुँच जाएँ तो घुमाना बंद कर दें, डायलॉग बॉक्स बंद करें
06:57	हम चेन्स को हाईलाइट करने के लिए टूल मेनू के 'Sequence' विकल्प का भी उपयोग कर सकते हैं
07:05	टूल्स मेनू में नीचे जाएँ और 'Sequence' विकल्प पर क्लिक करें
07:10	सब-मेनू से 'Sequence' चुने
07:13	'Show model sequence' डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
07:17	उसके बाद 'show' पर क्लिक करें
07:23	स्क्रीन पर एमिनो एसिड सीक्वेंस के साथ एक अन्य डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
07:28	‘amino acid residues' सिंगल अक्षर की तरह प्रस्तुत होते हैं
07:34	चुनने के लिए सीक्वेंस पर क्लिक करें
07:37	'Chain A' अब हाईलाइट हो जाती है
07:41	विंडो बंद करने के लिए ‘Quit’ पर क्लिक करें
07:44	पीले विकल्प पर क्लिक करें|
07:50	चुनाव को हटाएँ
07:55	हम 'Chimera window' पर एक से ज्यादा संरचनाएं खोल सकते हैं
07:59	दूसरी संरचना खोलने के लिए: फाइल मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ
08:03	'Fetch by ID' पर क्लिक करें
08:06	'Fetch structure by ID' डायलॉग बॉक्स खुलता है
08:11	फिर 4 अक्षर 'PDB code' टाइप करें उदहारण के लिए, 'human insulin' निकालने के लिए, 4ex1 टाइप करें
08:23	fetch बटन पर क्लिक करें
08:25	पैनल पर दो प्रोटीन संरचनायें एक दुसरे के ऊपर आ जाती हैं
08:29	दो क दुसरे पर आई संरचनाओं को अलग करने के लिए: हमें एक मॉडल को चयनपुर्वक पैनल पर लाना होता है
08:36	'favorites' मेनू उपयोग करके 'Command line' खोलें
08:39	'Command line' विंडो के निचले हिस्से में दिखाई देती है
08:43	मॉडल ज़ीरो को अनचेक करने के लिए क्लिक करें, जो 'leucine zipper' को प्रदर्शित करता है
08:48	कर्सर को 'insulin' संरचना पर लायें: माउस का मध्य बटन दबाएँ
08:54	फिर मॉडल को पैनल पर इच्छित जगह तक लाने के लिए खींचें माउस बटन को छोड़ें
09:01	मॉडल को चयनपुर्वक स्क्रीन से हटाने के लिए: 'Favorites' मेनू का उपयोग करके मॉडल पैनल खोलें
09:08	'Model Panel' डायलॉग बॉक्स दिखता है
09:11	जिस मॉडल को आप हटाना चाहते हैं उसे 'model ID' पर क्लिक करके चुनें
09:16	जैसे कि मैं स्क्रीन से 'insulin' मॉडल हटाना चाहती हूँ
09:21	क्लोज विकल्प पर क्लिक करें
09:26	'insulin' का मॉडल स्क्रीन से हट गया है
09:32	मॉडल पैनल विंडो को बंद करें
09:34	हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं
09:37	जो हमने सिखा है उसे सारांशित करते हैं
09:40	इस ट्यूटोरियल में हमने परमाणुओं’ और 'residues' को लेबल करना सीखा
09:46	'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और रेज़ीडियुज़ को चुनना
09:51	'residues' का रंग और प्रदर्शन बदलना
09:55	परमाणुओं को जोड़ना , मिटाना या बदलना , बॉन्ड्स को घुमाना
10:00	मॉडल को चुनना और मूव करना
10:06	नियत कार्य के लिए chimera विंडो पर 'human insulin', 'pdb code 4ex1' की संरचना खोलें,
10:14	सभी 'hydrophobic' एमिनो एसिड्स 'residues' को नीले रंग में रंगें
10:19	सभी 'polar residues' को लाल रंग में रंगें
10:23	आपका पूरा नियत कार्य निम्न प्रकार दिखना चाहिए
10:29	निम्न लिंक पर उपलब्ध वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है कृपया इसको डाउनलोड करके देखें
10:36	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें
10:45	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा वित्तपोषित है इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है
10:55	आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ, हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद

Contributors and Content Editors

Sakinashaikh, Shruti arya