CellDesigner/C3/Build-and-Modify-Process-Diagram/Gujarati

Title of the Script : ‘’’Build and Modify Process Diagram’’’

Author : બેલા ટોની

Keywords : Process Diagram, Macros, Alanine Biosythesis, Generic Protein, Aminotransferase

Time	Narration
00:01	નમસ્તે મિત્રો. CellDesigner’ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ 'Build and Modify Process Diagram'માં તમારું સ્વાગત છે.
00:08	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં , આપણે શીખીશું : Macrosનો ઉપયોગ, Draw વિસ્તારમાં Componentsને move કરવું, speciesની ફરતે reaction line જોડવી.
00:18	reaction lineને સંરેખિત(Align) અને વિસ્તૃત(extend) કરવી, Product અને Reactant ને ઉમેરવા.
00:23	આ ટ્યૂટોરિઅલ માટે , હું Ubuntu Linux OS version 14.04 , CellDesigner version 4.3 અને Java version 1.7 વાપરી રહી છું.
00:35	આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate Biochemistryના અને CellDesigner ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો.
00:43	જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત CellDesigner tutorials અમારી વેબસાઈટ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’
00:51	ચાલો તો શરુ કરીએ.
00:53	તમે અહીં જે જોઈ રહ્યા છો તે Alanine Biosynthesis માટેનું એક કન્વેનશનલ (પ્રણાલીગત) ડાયાગ્રામ(આકૃતિ) છે.
00:58	હવે આપણે CellDesignerની મદદથી આ પ્રોસેસ ડાયાગ્રામને બનાવીશું.
01:02	Ctrl+Alt+T કીઝ એકસાથે દબાવી terminal ને ખોલીએ.
01:09	હવે ટાઈપ કરીએ ./runCellDesigner4.3 અને Enter દબાવીએ.
01:20	CellDesigner વીન્ડો તમારા કોમ્પ્યુટર સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
01:24	હવે નવી ફાઈલ CTRL+N દબાવી ખોલીએ અને તેને  Build and Modify Process Diagramનામ આપીએ.
01:34	width અને length જે ડિફોલ્ટ છે તે જ રાખીશું અને Ok બટન ઉપર ક્લિક કરીશું.
01:39	હવે આપણે જોઈએ કે ‘Macros’ શું છે!
01:42	Macros એ વારંવાર વપરાતા Components sets છે જે ડાયાગ્રામને સરળતાપૂર્વક બનાવવા ઉપયોગી નીવડે છે.
01:47	ટૂલબાર ઉપર, Catalysis માટે Macros આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ અને પછી Draw વિસ્તાર ઉપર ક્લિક કરીએ.
01:57	હવે આપણી પાસે draw વિસ્તારમાં Macros-Catalysis reaction આવી ગયું છે.
02:02	ચાલો હવે બધા કમ્પોનંટ્સને Draw વિસ્તારની બીજી બાજુએ ખસેડતા શીખીએ.
02:08	તે માટે 'Edit' menu ઉપર ક્લિક કરો અને પછી 'Select All' ક્લિક કરો.
02:16	વિલ્કપ વૈકલ્પિક રીતે Ctrl + A ' કીઝ પણ ક્લિક કરી શકો છો.
02:21	બધા Components હવે પ્રકાશિત છે.
02:24	હવે પ્રકાશિત થયેલા Components ઉપર કશે પણ ક્લિક કરીએ અને યોગ્ય સ્થાન ઉપર ડ્રેગ કરીએ .
02:30	ચાલો આગળ વધીએ.
02:32	Draw વિસ્તાર ઉપર કશે પણ ક્લિક કરી પ્રકાશિત કમ્પોનંટ્સને અનચેક કરીએ.
02:37	પાછા Draw વિસ્તારમાં  , Generic Protein S1 ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.
02:43	પછી 'Change Identity' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરીએ.
02:47	'class' બોક્સમાં , Protein ને Simple Moleculeમાં બદલીએ.
02:53	Name માં ટાઇપ કરો : 2-keto-isovalerate.
02:58	ત્યાર બાદ ‘Apply’ બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:02	ડાયલોગ બોક્સમાં ‘The Same Species Exists’ માટે  ‘No’ ઉપર ક્લિક કરો.
03:10	જો તમે આ બદલાવને સ્પીશિશના બધા જ કમ્પોનંટ્સ ઉપર જોવા માંગતા હોવ તો ‘Yes’ ઉપર ક્લિક કરો. અહીં,હું ‘No’ ક્લિક કરીશ.
03:20	નોંધ લો કે Generic Protein S1, એ simple molecule બન્યું છે જેનું નામ છે 2-keto-isovalerate છે.
03:30	નામનો સમાવેશ કરવા હું મોલેક્યુલને ડ્રેગ કરીશ.
03:34	end-pointના કેન્દ્રમાં રાઈટ-ક્લિક કરો , Generic protein-S1 જે એક product છે.
03:42	identity ને Simple Molecule માં બદલો અને name આપો Valine.
03:50	Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:52	draw વિસ્તારમાં તમારીએ પાસે Valine આવી ગયું છે.
03:36	ત્યાર બાદ, catalyst S2.ને ફરીનામ આપો, તેના ઉપર રાઈટ ક્લિક કરો અને Edit Proteinને સિલેક્ટ કરો.
04:06	‘name’ ક્ષેત્રમાં , ટાઈપ કરો Aminotransferase.
04:11	Update ઉપર ક્લિક કરીએ અને ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરીએ.
04:16	નામનો સમાવેશ કરવા મોલેક્યુલના ખૂણાને ડ્રેગ કરો.
04:21	ત્યાર બાદ, ચાલો હવે આ જોડાયેલા રિએક્શનનું સ્થાન બદલીએ .
04:25	'end-point' species ના કેન્દ્ર ઉપર ક્લિક કરો જે છે Valine અને પસંદ કરેલ યોગ્ય સ્થાન ઉપર ડ્રેગ કરી ત્યાં તેને ડ્રોપ કરો.
04:33	Aminotransferase સાથે પણ તે પુનરાવર્તિત કરો.
04:37	નોંધ લો કે ‘end-point’ Species જ્યાં પણ જાય છે તેની સાથે જોડાયેલ રિએક્શન તેને અનુસરે છે.
04:44	હવે આપણે શીખીશું કે speciesની ફરતે reaction line કેવી રીતે જોડવી.
04:49	Reaction line એ Speciesની ફરતે કોઈ પણ 16 કનેક્શન પોઈન્ટ્સ ને જોડાઈ શકે છે.
04:56	હું તમને બતાઉં તે કેવી રીતે કરવું.
04:59	CTRL+N દબાવી નવી વીન્ડોવ ખોલીએ.
05:04	આ ક્ષેત્રને નામ આપીએ : Connection points
05:08	width and height જે ડિફોલ્ટ છે તે જ રાખો અને Ok ઉપર ક્લિક કરો .
05:14	Draw વિસ્તાર ઉપર , બે generic proteins ડ્રો કરો અને તેમને નામ આપો Protein 1 અને Protein 2.
05:23	main menuમાં ,State Transition આઇકોન ઉપર ક્લિક કરો.
05:28	પછી Draw વિસ્તાર ઉપર , ‘start-point' Species,Protein 1 ઉપર માઉસ ફેરવો.
05:36	હવે નોંધ લો કે બધા 16 કનેક્શન પોઈન્ટ્સ તમને ભૂખરા રંગમાં પ્રકાશિત થતા દેખાય છે.
05:42	નોંધ લો કે આ કનેક્શન પોઈન્ટ્સમાંથી કોઈ પણ એક પોઇન્ટ ઉપર જ્યારે કર્સર આવે છે, ત્યારે તે પોઇન્ટ ભૂરા રંગમાં ફેરવાઈ જશે.
05:49	ચાલો હવે કોઈ એક કનેક્શન પોઇન્ટ ઉપર ક્લિક કરીએ.
05:53	આ જ પ્રમાણે , ‘end-point' Species જે Protein 2 છે તેના ઉપર માઉસ ફેરવો.
06:00	ફરી,જેમ અગાઉ સમજાવ્યું તે મુજબ, તમને યોગ્ય લાગતા કનેક્શન પોઇન્ટ ઉપર ક્લિક કરો.
06:05	તમારા પસંદ કરેલ કનેક્શન પોઈન્ટ્સ વચ્ચે એક State Transition રિએક્શન લાઈન સર્જાય છે.
06:12	ત્યાર બાદ, આપણે ચાલો  Reaction lineને સંરેખિત(align) કરીએ.
06:16	Protein 1 and Protein 2 વચ્ચે રહેલ State transition reaction line ઉપર ક્લિક કરીએ.
06:21	નોંધ લો reaction line ઉપરના બે process nodes પ્રકાશિત થાય છે.
06:27	જો આપણે આ બંને process nodesમાંથી એક ઉપર માઉસ ફેરવીએ છીએ, તો એક ‘plus’ ચિહન દૃશ્યમાન થાય છે.
06:34	કોઈ એક process nodes ઉપર ક્લિક કરીએ.
06:37	હવે પોઇન્ટર ને પસંદિત connection point ઉપર ડ્રેગ કરી સ્થાપિત કરો.
06:43	પ્રકાશિત કમ્પોનંટ્સને અનચેક કરવા ડ્રો વિસ્તારમાં ગમે ત્યાં ક્લિક કરો.
06:49	reaction lineને વિસ્તારવા કે લંબાવવા ,  ક્લિક કરો.
06:54	હવે start-point અથવા end-point Species ઉપર રહેલા બંને માંથી એક process nodes ઉપર ક્લિક કરો.
07:01	હવે reaction line ને, પસંદ કરેલા યોગ્ય કનેક્શન પોઇન્ટ સુધી લંબાવવા માઉસને ડ્રેગ કરો.
07:07	અહીંથી આપણે , આપણે Process diagram સાથે આગળ વધીશું.
07:12	ચાલો આપણે Build and Modify Process Diagram વીન્ડો ઉપર પાછા જઈએ.
07:16	ચાલો આ અહીં દેખાતા(વર્તમાન) રિએક્શન ઉપર એક Reactant અને એક Product ઉમેરીએ .
07:21	ટૂલ બારમાંથી બે  simple molecules ક્લિક કરી તેને draw વિસ્તાર ઉપર સ્થાપિત કરીએ.
07:27	તેઓને નામ આપીએ : Glutamate અને 2-Oxoglutarate.
07:36	હવે તેને ડ્રેગ કરીને Simple molecules: 2-keto-isovalerate અને Valineને અડીને સ્થાપિત કરીએ.
07:44	અગાઉ સમજાવ્યું એ મુજબ , draw વિસ્તાર ઉપર આ કમ્પોનંટ્સને સંરેખિત(align) કરીએ.
07:49	અગાઉ જે સમજાવ્યુ છે તે મુજબ , મેં કમ્પોનંટ્સને સંરેખિત કરી દીધા છે.
07:55	ટૂલબાર ઉપરથી, આઇકોન ‘Add Product’ ઉપર ક્લિક કરો.
08:00	હવે માઉસને 2-keto-isovalerate અને Valine વચ્ચે રહેલા State Transition રિએક્શન ઉપર ફેરવો.
08:07	હવે પ્રકાશિત થયેલા process node ઉપર ક્લિક કરો.
08:10	ત્યાર બાદ માઉસને 2-Oxoglutarate ઉપર ફેરવો.
08:17	16 પ્રકાશિત થયેલ process nodesમાંથી કોઈ પણ એક ઉપર ક્લિક કરો.
08:21	નોંધ લો કેState Transition અને 2-Oxoglutarateની વચ્ચે એક reaction line દૃશ્યમાન થાય છે.
08:29	હવે તે જ પ્રમાણે ‘Add Reactant’ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરો.
08:34	Glutamate ઉપર માઉસ ફેરવો અને 16 પ્રકાશિત થયેલ process nodesમાંથી કોઈ એક ઉપર ક્લિક કરો.
08:40	ત્યાર બાદ , State Transition રિએક્શન ઉપર માઉસ ફેરવો અને process node ઉપર ક્લિક કરો.
08:49	ધ્યાનથી જુઓ ,State Transition અને Glutamateની વચ્ચે એક reaction line દૃશ્યમાન થાય છે.
08:55	હવે એક Reactant અને એક Productની સાથેનું એક સંપૂર્ણ Catalysis રિએક્શન આપણી પાસે આવી ગયું છે .
09:01	હું આ reactionને સંરેખિત કરીશ જેથી પ્રોસેસ ડાયાગ્રામમાં બીજા componentsનો સમાવેશ થઇ શકે.
09:09	ટૂલબાર માંથી આ આઇકોન્સનો ઉપયોગ કરો : State Transition  Simple Molecule Generic Protein અને Catalysis
09:18	આ એક સંપૂર્ણ Process Diagram છે.
09:22	તેને બરાબર જોવા માટે , main menu બારમાં View ઉપર જાઓ અને Zoom Fit ઉપર ક્લિક કરો.
09:32	હવે તમે આ સંપૂર્ણ  Process Diagram જુઓ.
09:36	ચાલો હવે સારાંશ જોઈએ. આ ‘’’Build and Modify Process Diagram’’’ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે આ શીખ્યા : Macrosનો ઉપયોગ,
09:42	draw વિસ્તારમાં કમ્પોનંટ્સ ને Move કરવું, speciesની ફરતે કેનેક્શન લાઇનને જોડવી.
09:48	રિએક્શન લાઈનને સંરેખિત કરવી અને વિસ્તારવી,  Product અને  Reactant ઉમેરવા.
09:54	અભ્યાસ માટે : CellDesignerના ટૂલ્સનો  ઉપયોગ કરી Methionine Biosynthesis માટે નો પ્રોસેસ ડાયાગ્રામ બનાવો # GTP/GD માટે Macros શોધો # ’Curve’ રિએક્શન લાઈન કેવી રીતે બનાવાય તે શોધો.
10:11	આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે જાણવા
10:14	આ લિંક :www.spoken-tutorial.org ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ વિષે માહિતી આપે છે.
10:19	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
09:24	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે.
09:29	જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.
10:34	વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org]
10:40	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના એ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટ એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
10:54	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. આભાર.

Contributors and Content Editors

Pratik kamble, Shivanigada