CellDesigner/C2/Getting-Started-with-CellDesigner/Gujarati

Time	Narration
00:01	‘’’ Getting started with CellDesigner ‘’’ પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:05	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું : સેલડિઝાઈનર Menu અને Tool બાર્સ.
00:13	સેલડિઝાઈનરમાં કાર્યકારવાની જગ્યામાં રહેલા જુદા જુદા areas .
00:17	સેલડિઝાઈનરના Components જેમાં સમાવેશ થાય છે : Species અને Reactions .
00:23	એક સામાન્ય નેટવર્ક કેવી રીતે બનાવવું તે પણ આપણે જોઈશું.
00:27	નેટવર્કસેવ કેવી રીતે કરવું તે
00:29	એક આકૃતિની નિકાસ કેવી રીતે કરવી
00:30	નેટવર્કને કેવી રીતે ઝૂમ કરવું.
00:33	CellDesigner એ જિન-રેગ્યૂલેટ્રી અને બાયોકેમિકલ નેટવર્ક દોરવા માટેનું એક પ્રક્રિયા આધારિત રેખાકૃતિ સંપાદક(પ્રોસેસ ડાયેગ્રામ એડિટર)છે.
00:40	પ્રક્રિયા આધારિત રેખાકૃતિ કિટાનોએ સૂચવેલ છે. આ રેખાકૃતિઓ Systems Biology Markup Language (SBML) દ્વારા સંગ્રહિત કરવામાં આવે છે.
00:50	હું વિન્ડોવ્સ એક્સપી અને સેલડિઝાઈનર 4.2 વાપરી રહી છું. સેલડિઝાઈનર લીનક્સ અને મેક ઓએસ એક્સ ઉપર પણ કામ કરે છે.
01:00	સેલડિઝાઈનરને ખોલવા કરવા, ડેસ્કટોપ ઉપર રહેલા સેલડિઝાઈનર શોર્ટકટના આઇકોન ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
01:07	આ સેલડિઝાઈનરને ખોલશે,હવે ચાલો આનું નિરીક્ષણ કરીએ.
01:12	Menu બાર ઉપર તમે વિવિધ મેનુ વિકલ્પો જોઈ શકો છો, જેવાકે File, Edit, Component ,View, Database અને બીજા અન્ય.
01:24	Main Menu ની નીચે તમે વિવિધ Toolbars જોઈ શકો છો.
01:30	આ Toolbars છે જે editing, species, reactions, compartments વગેરે.
01:38	જેમ જેમ આગળ જઈશું આપણે એમાંના થોડા ક વિશે શીખીશું.
01:42	ચાલો સેલડિઝાઈનરના કાર્ય કરવાની જગ્યાના વિવિધ વિસ્તારો વિશે શીખીએ.
01:48	જેવું કે તમે અહીં જુઓ છો અહીં 5 વિસ્તાર છે.
01:52	જે જમણા હાથ તરફ છે તે છે Draw વિસ્તાર(Area).
01:55	આ એ જગ્યા છે જ્યાં આપણે નેટવર્કો આલેખિત કરીશું.
01:58	જે પણ આકારો તમે Draw વિસ્તાર માં જુઓ છો, દાખલ તરીકે - લંબચોરસ,લંબગોળ અથવા રેખાખંડ , એને Component કહેવાય છે.
02:08	Component એ એક સામાન્ય શબ્દ છે જે species, reactions અથવા compartment સૂચવે છે.
02:14	સેલડિઝાઈનર વેબસાઈટ પરથી કોઈ પણ આ બધા ચિહ્નો અને તેના અર્થ ની યાદી જોઈ શકે છે- જે છે www.celldesigner.org
02:29	હું Documents ઉપર ક્લિક કરીશ.
02:33	હવે ચાલો સ્ટાર્ટઅપ ગાઈડ ઉપર ક્લિક કરીએ. જે પણ બીજા ટેબ ઉપર છે.
02:40	હું સીધી પૃષ્ઠ આંક 82 ઉપર જઈશ.
02:45	અહીં તમે વિવિધ ચિહ્નો અને તેના અર્થ જોઈ શકો છો.
02:51	ચાલો પાછા સેલડિઝાઈનર વિન્ડો ઉપર જઈએ.
02:55	Draw વિસ્તારની નીચે છે List વિસ્તાર.
02:59	અહીં તમે મોડેલના કમ્પોનંટ્સ(ઘટકો) અને ફંક્શન્સ(ક્રિયાઓ)ની સૂચિ દર્શાવી તથા તેમાં ફેરફાર કરી શકો છો.
03:06	Notes વિસ્તારનો ઉપયોગ component ની નોંધ બતાવવા અને તેમાં ફેરફાર કરવા વપરાય છે.
03:12	ડાબા હાથ તરફ, એક Tree વિસ્તાર છે જે ઘટકોને એક વૃક્ષની રચનારૂપે સૂચિત કરે છે.
03:21	તેના નીચે Layer વિસ્તાર છે જે મોડેલના બધા સ્તરો પ્રદર્શિત કરે છે.
03:27	આ વિસ્તારોના માપ આપણે બોર્ડરલાઇનને ખેંચીને નાના-મોટા કરી શકીએ છીએ .
03:33	હું આ બોર્ડરલાઈન ઉપર મારુ કર્સર મુકું છું. તમે બે માથા વાળો એરો જોઈ શકો છો. વિસ્તારને મેક્સિમાઈઝ અને મિનિમાઈઝ કરવા માટે ડ્રેગ કરો.
03:45	List અને Notes વિસ્તારોના સ્થળ બદલવા
03:50	View વિકલ્પમાં જાઓ >> List ને ક્લિક કરો અને Right ને પસંદ કરો.
03:56	તે યાદીને જમણી તરફ બદલી કાઢશે. નીચેની તરફ હોવું એ ડિફોલ્ટ છે.
04:00	ચાલો આપણે પાછા સ્લાઈડ ઉપર જઈએ.
04:05	આ એક સામાન્ય નેટવર્ક છે જે આપણે બનાવીશું.
04:10	આ નેટવર્કમાં પ્રોટીન A, પ્રોટીન C નાં કેટાલિસિસ (ઉદ્દીપન) અંતર્ગત પ્રોટીન B ની સ્ટેટ ટ્રાન્ઝીશન (સંક્રમણ અવસ્થા) માંથી પસાર થાય છે.
04:21	પ્રોટીન B બદલામાં પ્રોટીન Dની સ્ટેટ ટ્રાન્ઝીશન માંથી પસાર થાય છે.
04:27	આ ટ્રાન્ઝીશન પ્રોટીન E દ્વારા ઈન્હિબિટેડ(અવરોધાય) થાય છે.
04:32	ચાલો આ નેટવર્ક બનાવીએ.
04:34	હું પાછી સેલડિઝાઈનર વિન્ડો ઉપર જઈશ.
04:39	હવે File અને ત્યારબાદ New પર ક્લિક કરો.
04:43	New Document નામનો એક નાનો ડાયલોગ બોક્સ ખુલશે.
04:48	આ name વિભાગ છે.
04:50	હું ટાઈપ કરીશ simple network .
04:53	અહીં કોઈ ઊંચાઈ અને પહોળાઈ જોઈએ એ મુજબ બદલી શકે છે. જોકે હું જે ડિફોલ્ટ ઊંચાઈ અને પહોળાઈ છે તે જ રાખું છું.
05:03	"OK " ક્લિક કરીએ. તમે ઉપર Draw વિસ્તારના ડાબી બાજુએ ખૂણામાં નામ જોઈ શકો છો.
05:12	હવે, Edit ઉપર જાઓ,અને Grid snap અને Grid visible ને એનેબલ(કાર્યરત) કરો.
05:21	એક ગ્રીડ(જાળી) તમને Draw વિસ્તારમાં દ્રશ્યમાન થશે.
05:25	Grid snap કમ્પોનંટ્સને ગ્રીડ સાથે યોગ્ય રીતે સંરેખિત કરશે.
05:29	એકવાર નેટવર્ક તૈયાર થઇ જાય પછી તમે Grid visible' ને ના પસંદ કરી શકો છો.
05:34	કમ્પોનંટ્સ ઉમેરવાનું શરુ કરતા પહેલા,ચાલો હું તમને સ્પીશિસ અને રિએક્શન્સના થોડાક ઉદાહરણો બતાવું.
05:42	ચાલો પહેલા જોઈએ સ્પીશિસ.
05:45	અહીં જે ચિહ્નો છે તે છે generic protein, receptor, ion channel, truncated protein, gene, RNA વગેરે.
05:58	હવે રિએક્શન્સ(પ્રતિક્રિયાઓ) જોઈએ જેમાં પ્રથમ છે State transition, Heterodimer association, Dissociation, Catalysis, Inhibition વગેરે.
06:11	આપણે Species ટૂલ બારમાનો પ્રથમ આઇકોન તેને ક્લિક કરીને પસંદ કરીશું. આ આઇકોન પ્રોટીન માટે છે.
06:22	Draw વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ક્લિક કરો જ્યાં તમારે આ સ્પીશિસ મૂકવું છે.
06:28	હું તેને Draw ' વિસ્તારની ડાબી બાજુએ મુકીશ.
06:33	એન નાનો ડાયલોગ બોક્સ ખુલશે જે સ્પીશિસના નામ માટે પૂછશે.
06:39	હું તે નવા સ્પીશિસને A નામ આપીશ અને OK ક્લિક કરીશ..
06:46	List વિસ્તારમાં થયેલો ફેરફાર પણ જુઓ.
06:50	તમે જોઈ શકો છો કે આપણે Draw વિસ્તારમાં નવું સ્પીશિસ ઉમેર્યું. તે જ રીતે હું B ઉમેરીશ.
06:58	તમારે કમ્પોનન્ટને એડિટ (બદલવા) અથવા મુવ(ખસેડતા) કરતા પહેલા તેને સિલેક્ટ કરવો પડશે.
07:03	કમ્પોનન્ટને પસંદ કરવા તેને ક્લિક કરો. પૂરું ધ્યાન રાખજો કે સિલેક્ટ કરેલ આઇકોન ON હોય તમે કરો તે પહેલા.
07:12	મારે A ની બાજુમાં B મૂકવું છે. તેથી B ઉપર ક્લિક કરી તેને સિલેક્ટ કરીએ.
07:17	હવે તેને ડ્રેગ અને A પછી મુકો.
07:21	હવે આપણે જોઈશું કે કમ્પોનન્ટનું માપ કેવી રીતે બદલવું.
07:24	હું A ઉપર ક્લિક કરીશ.. આપણે તેના ઉપર નાના ચોકઠાંઓ જોઈ શકીએ છીએ.
07:29	આ માપ બદલવાના હેન્ડલર્સ(હાથાઓ) છે.
07:32	હું આ કિનારી ઉપર કર્સર મૂકી તેને ડ્રેગ કરીશ.
07:36	આપણે A નું માપ બદલાયેલ જોઈ શકીએ છીએ.
07:39	કમ્પોનન્ટનું માપ બદલવાની બીજી અન્ય રીત પણ છે જે આપણે પછી બીજા ટ્યૂટોરિઅલમાં જોઈશું.
07:46	તમે તેને પહેલા જેવી પરિસ્થિતિમાં પાછું લાવી શકો છો Ctrl-Z દબાવીને.
07:52	જો પાછું મોટું કરવું હોય તો Ctrl-Y ક્લિક કરો.
07:54	તમે આ સીધા undo અને re-do ના આઇકોન્સ ક્લિક કરીને પણ કરી શકો છો.
08:03	હવે ચાલો રિએક્શન્સ ઉમેરીએ.
08:06	રિએક્શન એ બે વસ્તુઓ વચ્ચે થતી પારસ્પરિક ક્રિયા છે.
08:09	આ છે સ્ટેટ ટ્રાન્સીશન રિએક્શન(અવસ્થા સંક્રમણ પ્રતિક્રિયા)
08:12	તો હું Reaction ટૂલ બાર માના State transition ના આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:18	A અને B ની કોઈ પણ કિનારી ઉપર ક્લિક કરો.
08:23	આમ તમે જોઈ શકો છો કે રિએક્શન બાતવતું તીર A અને B ને જોડે છે.
08:30	જે કમ્પોનન્ટ પહેલા પસંદ કરેલ છે તેને રિએક્ટન્ટ તરીકે મનાય છે.
08:35	તેથી હંમેશા રિએક્ટન્ટસને પહેલા પસંદ કરવું યાદ રાખો.
08:39	ડિફોલ્ટ રિએક્શનનો આઈડી re1 તરીકે આવે છે.
08:43	હવે ચાલો સ્પીશિસ C ઉમેરીએ અને તેને યોગ્ય જગ્યાએ સ્લાઈડમાં અગાઉ જોયું એ પ્રમાણે મૂકીએ.
08:54	હું Reaction ટૂલ બારમાંથી આ આઇકોનને સિલેક્ટ કરું છું. તે Catalysis માટે છે.
09:00	હું C ની કિનારી ઉપર ક્લિક કરીશ., અને State transition રિએક્શનના આ ચોરસ ચિહન ઉપર.
09:08	હવે હું સ્પીશિસ D ઉમેરીશ અને તેને B ની બાજુમાં મુકીશ.
09:15	ચાલો હવે B થી D માટે State transition રિએક્શન ઉમેરીએ ડિફોલ્ટ રિએક્શન આઈડી re2 છે.
09:26	હવે હું સ્પીશિસ E ઉમેરીશ અને તેને તેની યોગ્ય જગ્યા એ મુકીશ અગાઉ સ્લાઈડમાં જોયું તે પ્રમાણે.
09:35	હવે હું આ Reaction ટૂલ બારમાના આ આઇકોનને પસંદ કરીશ, જે Inhibition reaction ને દર્શાવે છે.
09:44	હું હવે Eની કિનારીને ક્લિક કરીશ. અને આ State transitionના આ ચોરસ ચિહનને. જે આ બંને બિંદુઓને જોડશે.
09:54	હવે આપણે આ સામાન્ય નેટવર્ક જોઈ શકીએ છીએ.
09:57	ચાલો આપણું કામ સેવ કરીએ.
10:00	File ઉપર જાઓ. Save as ઉપર ક્લિક કરો.
10:04	હું તેને “Simple Network” નામ આપીશ.
10:06	આ આપણા કામને .xml ફોર્મેટથી સેવ કરશે. Save. ક્લિક કરો.
10:12	હવે આપણે શીખીશું કે કોઈ આકૃતિને કેવી રીતે સમાવવી. તે કરવા, File > Export Image માં જાઓ.
10:22	તમે આકૃતિને વિવિધ બંધારણોમાં સેવ કરી શકો છો જેવાકે pdf, png, jpeg વગેરે..
10:29	હું તેને jpeg આકૃતિ તરીકે સેવ કરીશ. Save ઉપર ક્લિક કરીએ.
10:35	ચાલો જોઈએ કે નેટવર્કને ઝૂમ( ઝીણવટ પૂર્વક) કરીને કેવી રીતે જોઈ શકાય!
10:38	આપણી પાસે ચાર વિકલ્પો છે ઝૂમ માટે - Zoom In, Zoom Out, Zoom Fit. Zoom Reset .
10:47	હું Zoom In આઇકોન ઉપર બે વખત ક્લિક કરીશ.। આપણે મોટી થયેલી આકૃતિ જોઈ શકીએ છીએ.
10:54	હવે Zoom Reset ઉપર ક્લિક કરીએ નેટવર્ક તેની અગાઉની સામાન્ય સ્થિતિમાં પાછું આવી જાય છે.
11:02	તો આની સાથે આપણે આ Getting started with CellDesigner ટ્યૂટોરિઅલના અંતે પોહચી ગયા.
11:08	સારાંશમાં, આપણે સેલડિઝાઇનરના Menu અને Tool Bar વિષે શીખ્યા.
11:14	સેલડિઝાઇનર માં જુદાજુદા વિસ્તારો. કમ્પોનંટ્સ જેવાકે "સ્પીશિસ" અને "રિએક્શન્સ".
11:20	આપણે એક સામાન્ય નેટવર્ક બનાવ્યું સ્પીશિસ અને કમ્પોનંટ્સની મદદથી.
11:26	આપણે ઝૂમ કરવાનું,નેટવર્કસેવ કરવાનું તથા આકૃતિના નિકાસ વિષે પણ શીખ્યા.
11:32	અસાઈન્મેન્ટ તરીકે CellDesigner 4.2 ના મદદથી એક નેટવર્ક બનાવો.
11:39	આ નેટવર્કમાં, કેટલિસ્ટ પ્રોટીન C ની હાજરીમાં, A અને B પ્રોટીનનો સહયોગ થઈને કોમપ્લેક્ષ (Complex1) નિર્માણ થાય છે.
11:51	આ કોમ્પ્લેક્સ ખરાબ થઇ જાય જ્યારે તેમાં કેટલિસ્ટ પ્રોટીન D રહેલ હોય.
11:58	તમને આ પ્રમાણેનું નેટવર્ક મળવું જોઈએ.
12:01	આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ વિડિયો જુઓ તે તમને સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ વિશે માહિતી આપે છે. જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
12:13	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે. વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો.
12:28	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે.
12:41	આ ઉપર વધુ માહિતી "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે .
12:53	ભાષાંતર કરનાર હું છું શિવાની ગડા. અમારી સાથે જોડાવા માટે આભાર।

Contributors and Content Editors

Shivanigada