Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Bengali

Time	Narration
00:01	Introduction to Biopython এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05	এখানে আমরা Biopython এর গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে শিখব।
00:10	লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে ডাউনলোড এবং সংস্থাপন তথ্য
00:15	এবং Biopython টুলস ব্যবহার করে প্রোটিন ক্রমে DNA ক্রমের ট্রান্সলেশন।
00:22	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে নিম্ন সম্পর্কে জানতে হবে-
00:25	স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স।
00:29	এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং।
00:31	প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।
00:35	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 12.04
00:41	Python সংস্করণ 2.7.3
00:44	Ipython সংস্করণ 0.12.1 এবং
00:48	Biopython সংস্করণ 1.58.
00:51	Biopython কম্পিউটেশনাল বায়োলজির জন্য মডিউলের সংগ্রহ।
00:57	এটি বায়োইনফরম্যাটিক্সের জন্য প্রয়োজনীয় সবচেয়ে মৌলিক কাজগুলি করতে পারে।
01:03	Biopython টুল্স নিম্ন কাজে ব্যবহৃত হয়:
01:05	Parsing অর্থাৎ বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাট যেমন FASTA, Genbank ইত্যাদি থেকে তথ্য এক্সট্র্যাক্ট করা।
01:14	ডাটাবেস ওয়েবসাইট যেমন NCBI, ExPASY ইত্যাদি থেকে তথ্য ডাউনলোড করা।
01:22	বায়োইনফরম্যাটিক অ্যালগরিদম যেমন BLAST রান করা।
01:26	এটির ক্রমে সাধারণ অপারেশনগুলি করার টুল্স রয়েছে।
01:31	উদাহরণস্বরূপ - কমপ্লিমেন্টস, ট্রান্সক্রিপশন, ট্রান্সলেশন ইত্যাদি পেতে।
01:38	এলাইনমেন্টের সাথে ডিলিং করতে কোড।
01:40	এবং কাজগুলি আলাদা আলাদা প্রক্রিয়ায় ভাগ করার কোড।
01:46	ডাউনলোড সম্পর্কিত তথ্য:
01:48	Biopython প্যাকেজ, Python বিতরণের অংশ নয়; এটি আলাদা ডাউনলোড করা প্রয়োজন।
01:54	বিস্তারিত তথ্যের জন্য নিম্নলিখিত লিঙ্কে যান।
01:59	Linux সিস্টেমে সংস্থাপন:
02:02	Synaptic Package Manager দ্বারা Python, Ipython এবং Biopython সংস্থাপন করুন।
02:08	পূর্বে দরকারী সফ্টওয়্যার নিজেই সংস্থাপিত হবে।
02:13	অতিরিক্ত প্যাকেজ গ্রাফিক আউটপুট এবং প্লটের জন্য সংস্থাপন করা আবশ্যক।
02:18	Ctrl, Alt এবং T কী টিপে একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।
02:24	আমি সিস্টেমে Python, Ipython এবং Biopython আগেই সংস্থাপিত করেছি।
02:30	Ipython ইন্টারপ্রেটার শুরু করতে লিখুন ipython এবং এন্টার টিপুন।
02:35	স্ক্রীনে IPython প্রম্পট দেখায়।
02:38	Biopython এর সংস্থাপন যাচাই করতে প্রম্পটে লিখুন: import Bio, এন্টার টিপুন।
02:48	আপনি কোন এরর ম্যাসেজ না পেলে এর মানে Biopython সংস্থাপিত হয়ে গেছে।
02:54	আমি মনে করিয়ে দেই, Python ল্যাঙ্গুয়েজ কেস সেন্সিটিভ।
02:59	কীওয়ার্ড, ভ্যারিয়েবল বা ফাংশন লেখার সময় সতর্ক থাকুন।
03:04	উদাহরণস্বরূপ, উপরোক্ত লাইনে import এর i ছোট হাতের অক্ষরে এবং Bio এর B বড় হাতের অক্ষরে রয়েছে।
03:12	এখানে আমরা DNA ক্রম ট্রান্সলেশন করতে Biopython মডিউল ব্যবহার করব।
03:19	এতে নিম্ন ধাপগুলি থাকে।
03:22	প্রথমে, কোডিং DNA strand এর জন্য sequence object বানাই।
03:27	এরপর DNA স্ট্রান্ডের mRNA এর উপর কোডিং ট্রান্সক্রিপশন।
03:32	শেষে, mRNA এর প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেশন।
03:37	উদাহরণস্বরূপ আমরা এই স্লাইডে দেখানো কোডিং DNA স্ট্র্যান্ড ব্যবহার করব।
03:42	এটি ছোট প্রোটিন ক্রমের জন্য কোড বানায়।
03:46	প্রথমে উপরোক্ত কোডিং DNA স্ট্র্যান্ডের জন্য একটি sequence object বানাতে হবে।
03:52	টার্মিনালে ফিরে আসি।
03:55	একটি sequence object বানাতে, Bio প্যাকেজ থেকে Seq মডিউল ইম্পোর্ট করুন।
04:02	Seq মডিউল sequence object সংরক্ষণ এবং প্রক্রিয়ার মেথড দেয়।
04:08	প্রম্পটে লিখুন: from Bio dot Seq import Seq এবং Enter টিপুন।
04:17	এরপর, স্ট্র্যান্ডে স্পষ্টরূপে অক্ষর উল্লেখ করুন যখন sequence object বানান।
04:24	অর্থাৎ উল্লিখিত করতে হবে, অক্ষরের ক্রম নিউক্লিয়টাইড বা অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য কোড করে কিনা।
04:32	এটি করতে, Alphabet প্যাকেজ থেকে IUPAC মডিউল ব্যবহার করব।
04:38	প্রম্পটে লিখুন: from Bio dot Alphabet import IUPAC, এন্টার টিপুন।
04:48	আমরা Seq এবং IUPAC মডিউল লোড করতে import এবং from স্টেটমেন্ট ব্যবহার করেছি।
04:56	sequence object কে cdna নামক ভ্যারিয়েবলে সংরক্ষণ করুন।
05:01	সাধারণ স্ট্রিং এর মত প্রম্পটে লিখুন: cdna equal to Seq.
05:08	ক্রম ডাবল উদ্ধৃতি এবং বন্ধনীতে রাখুন।
05:13	আমরা জানি ক্রম DNA ফ্রাগমেন্ট। তাই আর্গুমেন্ট হিসাবে unambiguous DNA অ্যালফাবেট অবজেক্ট লিখুন।
05:21	আউটপুটের জন্য লিখুন: cdna এন্টার টিপুন।
05:26	আউটপুট sequence object এর মত DNA sequence দেখায়।
05:30	এখন কোডিং DNA স্ট্র্যান্ডকে সম্পর্কিত mRNA তে ট্রান্সক্রাইব করি।
05:35	আমরা Seq মডিউলের বিল্ট-ইন transcribe পদ্ধতি ব্যবহার করব।
05:39	নিম্নলিখিত কোড লিখুন।
05:41	আউটপুট ভ্যারিয়েবল mrna তে সংরক্ষণ করুন।
05:45	প্রম্পটে লিখুন: mrna equal to cdna dot transcribe বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ লিখুন, এন্টার টিপুন।
05:55	আউটপুটের জন্য লিখুন: mrna এন্টার টিপুন।
06:01	আউটপুট দেখুন। transcribe মেথড DNA ক্রমে Thiamin কে Uracil দ্বারা বদলায়।
06:09	এরপর এই mRNA সংশ্লিষ্ট প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেশন করতে, translate মেথড ব্যবহার করুন।
06:16	নিম্ন কোড লিখুন: protein equal to mrna dot translate বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ করুন। এন্টার টিপুন।
06:27	উল্লিখিত না হলে translate মেথড স্ট্যান্ডার্ড জেনেটিক কোড ব্যবহার করে RNA বা DNA ক্রম ট্রান্সলেট করে।
06:36	আউটপুট একটি অ্যামাইনো অ্যাসিড ক্রম দেখায়।
06:40	আউটপুট ট্রান্সলেট করা ক্রমে stop codons এর উপস্থিতি সংক্রান্ত তথ্য দেখায়।
06:47	প্রোটিন ক্রমের শেষে এস্টেরিস্ক দেখুন। এটি stop codon নির্দেশ করে.
06:53	উপরের কোডে transcription এর জন্য কোডিং DNA স্ট্র্যান্ড ব্যবহার করেছি।
06:59	Biopython এ, transcribe মেথড কেবল কোডিং DNA স্ট্র্যান্ডে কাজ করে।
07:04	যদিও, বাস্তবিক বায়োলজিক্যাল সিস্টেমে, ট্রান্সক্রিপশন প্রক্রিয়া টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ড সহ শুরু হয়।
07:11	টেমপ্লেট স্ট্রান্ড দিয়ে শুরু করলে, টার্মিনালে দেখানো reverse complement মেথড ব্যবহার করে এটি কোডিং স্ট্র্যান্ডে বদলান।
07:20	কোডিং স্ট্র্যান্ডের জন্য উপরের বাকি কোডগুলি অনুসরণ করুন।
07:24	Biopython এ মেথড ব্যবহার করে DNA ক্রমকে প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেট করেছি।
07:31	এই কোড দ্বারা যে কোনো আকারের DNA ক্রম প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেট করা যেতে পারে।
07:37	সংক্ষেপে, এখানে আমরা শিখেছি :
07:41	Biopython এর গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য।
07:43	Linux OS এ ডাউনলোড এবং সংস্থাপনের তথ্য।
07:48	দেওয়া DNA স্ট্র্যান্ডের জন্য sequence object বানানো।
07:52	DNA ক্রমের mRNA তে Transcription
07:56	mRNA এর প্রোটিন ক্রমে Translation
08:00	এখন, অনুশীলনী-
08:02	দেওয়া DNA ক্রমকে প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেট করুন।
08:06	আউটপুট দেখুন।
08:08	প্রোটিন ক্রম অভ্যন্তরীণ stop codon রাখে।
08:11	যেমন কি হয়, stop codon ফ্রেমে DNA প্রথম পর্যন্ত ট্রান্সলেট করুন।
08:17	আপনার সম্পন্ন কাজটির নিম্ন কোড থাকা উচিত।
08:20	আমরা translate() মেথডে to underscore stop আর্গুমেন্ট ব্যবহার করেছি। আউটপুট লক্ষ্য করুন।
08:27	stop codon নিজে ট্রান্সলেট করা হয় না।
08:31	stop চিহ্ন আপনার প্রোটিন ক্রমের শেষে অন্তর্ভুক্ত করা হয় না।
08:36	এই ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।
08:39	আপনার কাছে ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
08:43	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
08:50	অধিক জানতে আমাদের সাথে যোগাযোগ করুন।
08:53	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।
08:59	এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
09:03	আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta