Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Gujarati

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 15:44, 3 May 2017 by Jyotisolanki (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Manipulating Sequences પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે એક રેન્ડમ DNA સિક્વેન્સ નિર્માણ કરવા માટે Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીશું.
00:13 સ્પષ્ટ જગ્યાએ DNA સિક્વેન્સ કાપો.
00:17 એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એક કરવું જે કે concatenate છે.
00:22 સિકવેન્સની લંબાઈ શોધતા.
00:26 પ્રત્યેક બેસની સંખ્યા અથવા સ્ટ્રીંગના ભાગની ગણતરી કરવી.
00:31 એક વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગને શોધવું.
00:35 sequence object ને મ્યુટેબ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતરિત કરવું.
00:40 આ ટ્યુટોરીયલનું અનુસરણ કરવા માટે અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત Python પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ.
00:51 જો નથી તો આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલને જુઓ.
00:56 આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું.* Ubuntu OS version 14.10
01:03 Python version 2.7.8
01:07 Ipython interpreter version 2.3.0
01:12 Biopython version 1.64.
01:16 ચાલો હું ટર્મિનલ ખોલું અને ipython interpreter ને શરુ કરીએ.
01:21 એકસાથે Ctrl, Alt અને t કી દાબીને ટર્મિનલ ખોલો.
01:26 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "ipython" અને Enter દબાવો.
01:31 સ્ક્રીન પર Ipython પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે.
01:35 Biopython,નો ઉપયોગ આપણે કોઈપણ વિશિષ્ટ લંબાઈના રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક sequence object નિર્માણ કરી શકીએ છીએ.
01:44 હવે 20 બેસના DNA સિક્વેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ નિર્માણ કરવું.
01:50 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import random", Enter દબાવો.
01:56 આગળ Bio પેકેજ માં Seq મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો.
02:01 અનેકવાર Seq ને seek. તરીકે ઉચ્ચારણ કરવામાં આવે છે.
02:06 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : From Bio dot Seq import Seq. Enter દબાવો.
02:15 DNA સિક્વેન્સમાં અક્ષરો સ્પષ્ટ કરવા માટે Bio.Alphabet મોડ્યૂલ વાપરીએ.
02:22 ટાઈપ કરો: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. Enter દબાવો.
02:32 રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો.
02:38 વેરિયેબલ dna1 માં સિકવેન્સ સંગ્રહ કરો.
02:42 કૃપા કરીને નોંધ લો : આ કમાંડ ડબલ કોટ્સના જગ્યાએ બે સિંગલ કોટ્સ વાપરો .એન્ટર દબાવો.
02:50 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna1. Enter દબાવો.
02:55 આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ માટે sequence object દેખાડે છે.
03:00 જો તમને નવું સિકવેન્સ જોઈએ તો ઉપર પ્રમાણે કમાંડ મેળવવા માટે અપ-એરો કી દબાવો. એન્ટર દબાવો.
03:11 આઉટપુટ માટે વેરિયેબલ નામ ટાઈપ કરો dna1. એન્ટર દબાવો.
03:17 આઉટપુટ દેખાડે છે કે એક નવું DNA સિકવેન્સ જે પ્રથમ કરતા જુદું છે.
03:23 Sequence Objects: વિષે
03:25 sequence objects સામાન્ય રીતે Python strings જેમ સામાન્ય કાર્ય કરે છે.
03:30 પાયથન સ્ટ્રીંગ માટે જે સામાન્ય કન્વેનશનસ તમે કરો છો તે અનુસરો.
03:35 પાયથન માં આપણે સ્ટ્રીંગમાં 1 ના બદલે 0 થી શરુ થનાર અક્ષરો ગણીએ.
03:41 સિકવેન્સમાં પ્રથમ અક્ષરની સ્તિથી શૂન્ય છે.
03:45 ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
03:47 અનેક વખતે તમને સિકવેન્સના ફક્ત એક ભાગથી કરું કરવાની જરૂરિયાત છે.
03:52 હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે સ્ટ્રીંગના ભાગને કેવી રીતે એક્સટ્રેક્ટ કરી તેમને સંગ્રહ કરીને જોઈએ.
03:58 ઉદાહરણ તરીકે આપણે DNA સિકવેન્સને બે સ્થિતિપર slice કરીશું.
04:04 પ્રથમ 6 અને 7 બેસના વચ્ચે.
04:08 આ સિકવેન્સ માં છઠા બેસ પર સિકવેન્સના શરૂઆતથી એક fragment એક્સટ્રેક્ટ કરશે.
04:15 બીજો ભાગ બેસીસ 11 અને 12 ના વચ્ચે રહેશે.
04:20 બીજું ફ્રેગમેન્ટ સિકવેન્સના 12 માં બેસ થી છેલ્લા બેસ શુધી રહેશે.
04:26 પ્રોપટ પર પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ એક્સ્ટ્રક્ટ કરવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો.
04:31 String1 equal to dna1 brackets માં 0 semicolon 6.
04:39 પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ સંગ્રહ કરવા માટે string1 આ વેરિયેબલ છે.
04:43 સામાન્ય પાયથન માં બચેલા કમાંડ અનુસરણ કરાવાય છે.
04:47 આ કૌંસ મુકેલ શરત અને રદ સ્થિતિ છે જે કોલનથી જુદું થાય છે.
04:53 શરઆતની સ્થિતિ વ્યાપક છે પણ રદ ની સ્થિતિ વિશેષ છે. એન્ટર દબાવો.
05:01 આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો. : "string1", Enter દબાવો.
05:04 આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ દેખાડે છે.
05:10 સિકવેન્સ માં વિજુ સ્ટ્રીંગ એક્સટ્રેક્ટ કરવા માટે અપ એરો કી દબાવીને આપેલ પ્રમાણે કમાંડ ટાઈપ કરો.
05:17 વેરિયેબલમાં નામ ને બદલીને string2 કરો અને સ્થિતિ 11 અને 20 કરો.
05:24 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : "string2". Enter દબાવો.
05:30 હવે આપણી પાસે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે બે ફ્રેગમેન્ટ પણ છે.
05:34 ચાલો એકત્ર કરીએ જેવી રીતે એક નવા ફ્રેગમેન્ટ તૈયાર કરવા માટે બે સ્ટ્રીંગ ને ઉમેરવું.
05:42 વેરિયેબલ dna2. માં નવા સિકવેન્સ સંગ્રહ કરીએ.
05:46 ટાઈપ કરો : dna2 equal to string1 plus string2. Enter દબાવો.
05:53 નોંધ લો કે : આપણે ઈનકમપેટીબલ મૂળાક્ષરસિકવેન્સ ઉમેરી શકતા નથી.
05:59 માટે આપણે એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે DNA સિકવેન્સ અને પ્રોટીન સિકવેન્સ એકસાથે જોડી શકતા નથી.
06:07 બંને સિકવેન્સને સમાન અક્ષરના ગુણધર્મ, હોવા જરૂરી નથી.
06:12 આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો.
06:17 આઉટપુટ એક એક નવું સિકવેન્સ બતાડે છે જે string1 અને string2. નું સંયોજન છે.
06:23 નવા સિકવેન્સની લંબાઈ શોધવા માટે આપણે len ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું.
06:29 ટાઈપ કરું : "len" within parenthesis "dna2". Enter દબાવો.
06:34 આઉટપુટ 15 બેસેસ લંબાઈ તરીકે સિકવેન્સ દેખાડે છે.
06:39 આપણે સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત પ્રત્યેક બેસેસની સંખ્યા પણ ગણી શકીએ છીએ.
06:44 આ કરવા માટે આપણે count() ફંકશન વાપરીશું.
06:47 ઉદાહરણ તરીકે - સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા ગણવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો : dna2 dot count within parenthesis within double quotes alphabet A.
07:02 એન્ટર દબાવો.
07:04 આઉટપુટ સિકવેન્સ dna2. માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા દેખાડે છે.
07:10 વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગ શોધવા માટે આપણે find() ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું.
07:16 ટાઈપ કરો : dna2 dot find within parenthesis within double quotes "GC". અને એન્ટર દબાવો.
07:26 આઉટપુટ સ્ટ્રીંગ માં GC ના દેખાવના પ્રથમ ઉદાહરણની સ્થિતિ દર્શાવે છે.
07:32 સામાન્ય પણે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકતા નથી.
07:35 સિકવેન્સ એડિટ કરવા માટે આપણને તે mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતર કરવું પડશે.
07:41 આ કરવા માટે ટાઈપ કરો: dna3 equal to dna2 dot to mutable ખુલ્લું અને બંધ.એન્ટર દબાવો.
07:52 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. એન્ટર દબાવો.
07:55 હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકાય છે.
07:59 હવે સિકવેન્સમાં બેસ ફરી સ્થિત કરીએ.
08:01 ઉદાહરણ તરીકે - alanine માં 5 મી સ્થિતિ પર ઉપસ્થિત બેસ ફરી સ્થિત કરવા માટે ટાઈપ કરો : dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A. એન્ટર દબાવો.
08:19 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. અને એન્ટર દબાવો.
08:24 આઉટપુટ જુઓ 5 ની જગ્યા પર cytosine ને alanine થી બદલ્યું છે.
08:31 સ્ટ્રીંગના ભાગને બદલાવ માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો .
08:35 Dna3 કૌંસ માં 6 semicolon 10 equal to double quotes માં ATGC. એન્ટર દબાવો .
08:45 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. એન્ટર દબાવો.
08:52 આઉટપુટ દેખાડે છે 6 થી 9 સ્થિતિ પરથી 4 બેસેસ ATGC સાથે બદલ્યું છે.
09:01 એકવખત તમે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરો પછી તેને ફરી “read only” ફોર્મમાં રૂપાંતરિત કરો.
09:07 આપેલ ટાઈપ કરો dna4 equal to dna3 dot to seq ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ . એન્ટર દબાવો.
09:19 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna4. એન્ટર દબાવો.
09:25 ચાલો સારાંશ લઈએ.
09:27 આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા : DNA સિકવેન્સ નિર્માણ કરતા.
09:32 વિશિષ્ટ જગ્યા DNA સિકવેન્સ ના ભાગ કરતા.
09:36 એક નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એકત્ર કરતા જે concatenate છે.
09:43 આપણે len, count અને find ફંકશન્સ કેવી રીતે વાપરવું તે પણ શીખ્યા.
09:49 સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટમાં રૂપાંતરિત કરવું અને સ્ટ્રીંગના ભાગ અથવા બેસ ને બદલતા.
09:57 અસાઇનમેન્ટ તરીકે 30 બેસેસના રેન્ડમ DNA sequence બનાવો.
10:02 Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીને GC ટકાવારી અને સિકવેન્સના અણુનો વજનની ગણતરી કરો.
10:09 તમારું પૂર્ણ અસાઇમેન્ટ આપેલ પ્રમાણે હોવું જોઈએ.
10:13 આઉટપુટ , ટકાવારી તરીકે GC કંટેટ દેખાડે છે.
10:18 આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ ના અણુનો વજન દેખાડે છે.
10:23 આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
10:26 જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
10:30 અમે વર્કશો આયોજિત કરીને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
10:32 કૃપા કરીને અમને સંપર્ક કરો.
10:35 સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે
10:43 IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya