Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Gujarati

Time	Narration
00:01	Manipulating Sequences પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે એક રેન્ડમ DNA સિક્વેન્સ નિર્માણ કરવા માટે Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીશું.
00:13	* સ્પષ્ટ જગ્યાએ DNA સિક્વેન્સ કાપો.
00:17	* એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એક કરવું જે કે concatenate છે.
00:22	* સિકવેન્સની લંબાઈ શોધતા.
00:26	* પ્રત્યેક બેસની સંખ્યા અથવા સ્ટ્રીંગના ભાગની ગણતરી કરવી.
00:31	* એક વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગને શોધવું.
00:35	* sequence object ને મ્યુટેબ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતરિત કરવું.
00:40	આ ટ્યુટોરીયલનું અનુસરણ કરવા માટે અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત Python પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ.
00:51	જો નથી તો આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલને જુઓ.
00:56	આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું.
01:03	* Python version 2.7.8
01:07	* Ipython interpreter version 2.3.0
01:12	* Biopython version 1.64.
01:16	ચાલો હું ટર્મિનલ ખોલું અને ipython interpreter ને શરુ કરીએ.
01:21	એકસાથે Ctrl, Alt અને t કી દાબીને ટર્મિનલ ખોલો.
01:26	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "ipython" અને Enter દબાવો.
01:31	સ્ક્રીન પર Ipython પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે.
01:35	Biopython,નો ઉપયોગ આપણે કોઈપણ વિશિષ્ટ લંબાઈના રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક sequence object નિર્માણ કરી શકીએ છીએ.
01:44	હવે 20 બેસના DNA સિક્વેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ નિર્માણ કરવું.
01:50	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import random", Enter દબાવો.
01:56	આગળ Bio પેકેજ માં Seq મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો.
02:01	અનેકવાર Seq ને seek. તરીકે ઉચ્ચારણ કરવામાં આવે છે.
02:06	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : From Bio dot Seq import Seq. Enter દબાવો.
02:15	DNA સિક્વેન્સમાં અક્ષરો સ્પષ્ટ કરવા માટે Bio.Alphabet મોડ્યૂલ વાપરીએ.
02:22	ટાઈપ કરો: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. Enter દબાવો.
02:32	રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો.
02:38	વેરિયેબલ dna1 માં સિકવેન્સ સંગ્રહ કરો.
02:42	કૃપા કરીને નોંધ લો : આ કમાંડ ડબલ કોટ્સના જગ્યાએ બે સિંગલ કોટ્સ વાપરો .એન્ટર દબાવો.
02:50	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna1. Enter દબાવો.
02:55	આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ માટે sequence object દેખાડે છે.
03:00	જો તમને નવું સિકવેન્સ જોઈએ તો ઉપર પ્રમાણે કમાંડ મેળવવા માટે અપ-એરો કી દબાવો. એન્ટર દબાવો.
03:11	આઉટપુટ માટે વેરિયેબલ નામ ટાઈપ કરો dna1. એન્ટર દબાવો.
03:17	આઉટપુટ દેખાડે છે કે એક નવું DNA સિકવેન્સ જે પ્રથમ કરતા જુદું છે.
03:23	Sequence Objects: વિષે
03:25	sequence objects સામાન્ય રીતે Python strings જેમ સામાન્ય કાર્ય કરે છે.
03:30	પાયથન સ્ટ્રીંગ માટે જે સામાન્ય કન્વેનશનસ તમે કરો છો તે અનુસરો.
03:35	પાયથન માં આપણે સ્ટ્રીંગમાં 1 ના બદલે 0 થી શરુ થનાર અક્ષરો ગણીએ.
03:41	સિકવેન્સમાં પ્રથમ અક્ષરની સ્તિથી શૂન્ય છે.
03:45	ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
03:47	અનેક વખતે તમને સિકવેન્સના ફક્ત એક ભાગથી કરું કરવાની જરૂરિયાત છે.
03:52	હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે સ્ટ્રીંગના ભાગને કેવી રીતે એક્સટ્રેક્ટ કરી તેમને સંગ્રહ કરીને જોઈએ.
03:58	ઉદાહરણ તરીકે આપણે DNA સિકવેન્સને બે સ્થિતિપર slice કરીશું.
04:04	પ્રથમ 6 અને 7 બેસના વચ્ચે.
04:08	આ સિકવેન્સ માં છઠા બેસ પર સિકવેન્સના શરૂઆતથી એક fragment એક્સટ્રેક્ટ કરશે.
04:15	બીજો ભાગ બેસીસ 11 અને 12 ના વચ્ચે રહેશે.
04:20	બીજું ફ્રેગમેન્ટ સિકવેન્સના 12 માં બેસ થી છેલ્લા બેસ શુધી રહેશે.
04:26	પ્રોપટ પર પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ એક્સ્ટ્રક્ટ કરવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો.
04:31	String1 equal to dna1 brackets માં 0 semicolon 6.
04:39	પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ સંગ્રહ કરવા માટે string1 આ વેરિયેબલ છે.
04:43	સામાન્ય પાયથન માં બચેલા કમાંડ અનુસરણ કરાવાય છે.
04:47	આ કૌંસ મુકેલ શરત અને રદ સ્થિતિ છે જે કોલનથી જુદું થાય છે.
04:53	શરઆતની સ્થિતિ વ્યાપક છે પણ રદ ની સ્થિતિ વિશેષ છે. એન્ટર દબાવો.
05:01	આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો. : "string1", Enter દબાવો.
05:04	આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ દેખાડે છે.
05:10	સિકવેન્સ માં વિજુ સ્ટ્રીંગ એક્સટ્રેક્ટ કરવા માટે અપ એરો કી દબાવીને આપેલ પ્રમાણે કમાંડ ટાઈપ કરો.
05:17	વેરિયેબલમાં નામ ને બદલીને string2 કરો અને સ્થિતિ 11 અને 20 કરો.
05:24	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : "string2". Enter દબાવો.
05:30	હવે આપણી પાસે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે બે ફ્રેગમેન્ટ પણ છે.
05:34	ચાલો એકત્ર કરીએ જેવી રીતે એક નવા ફ્રેગમેન્ટ તૈયાર કરવા માટે બે સ્ટ્રીંગ ને ઉમેરવું.
05:42	વેરિયેબલ dna2. માં નવા સિકવેન્સ સંગ્રહ કરીએ.
05:46	ટાઈપ કરો : dna2 equal to string1 plus string2. Enter દબાવો.
05:53	નોંધ લો કે : આપણે ઈનકમપેટીબલ મૂળાક્ષરસિકવેન્સ ઉમેરી શકતા નથી.
05:59	માટે આપણે એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે DNA સિકવેન્સ અને પ્રોટીન સિકવેન્સ એકસાથે જોડી શકતા નથી.
06:07	બંને સિકવેન્સને સમાન અક્ષરના ગુણધર્મ, હોવા જરૂરી નથી.
06:12	આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો.
06:17	આઉટપુટ એક એક નવું સિકવેન્સ બતાડે છે જે string1 અને string2. નું સંયોજન છે.
06:23	નવા સિકવેન્સની લંબાઈ શોધવા માટે આપણે len ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું.
06:29	ટાઈપ કરું : "len" within parenthesis "dna2". Enter દબાવો.
06:34	આઉટપુટ 15 બેસેસ લંબાઈ તરીકે સિકવેન્સ દેખાડે છે.
06:39	આપણે સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત પ્રત્યેક બેસેસની સંખ્યા પણ ગણી શકીએ છીએ.
06:44	આ કરવા માટે આપણે count() ફંકશન વાપરીશું.
06:47	ઉદાહરણ તરીકે - સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા ગણવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો : dna2 dot count within parenthesis within double quotes alphabet A.
07:02	એન્ટર દબાવો.
07:04	આઉટપુટ સિકવેન્સ dna2. માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા દેખાડે છે.
07:10	વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગ શોધવા માટે આપણે find() ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું.
07:16	ટાઈપ કરો : dna2 dot find within parenthesis within double quotes "GC". અને એન્ટર દબાવો.
07:26	આઉટપુટ સ્ટ્રીંગ માં GC ના દેખાવના પ્રથમ ઉદાહરણની સ્થિતિ દર્શાવે છે.
07:32	સામાન્ય પણે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકતા નથી.
07:35	સિકવેન્સ એડિટ કરવા માટે આપણને તે mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતર કરવું પડશે.
07:41	આ કરવા માટે ટાઈપ કરો: dna3 equal to dna2 dot to mutable ખુલ્લું અને બંધ.એન્ટર દબાવો.
07:52	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. એન્ટર દબાવો.
07:55	હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકાય છે.
07:59	હવે સિકવેન્સમાં બેસ ફરી સ્થિત કરીએ.
08:01	ઉદાહરણ તરીકે - alanine માં 5 મી સ્થિતિ પર ઉપસ્થિત બેસ ફરી સ્થિત કરવા માટે ટાઈપ કરો : dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A. એન્ટર દબાવો.
08:19	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. અને એન્ટર દબાવો.
08:24	આઉટપુટ જુઓ 5 ની જગ્યા પર cytosine ને alanine થી બદલ્યું છે.
08:31	સ્ટ્રીંગના ભાગને બદલાવ માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો .
08:35	Dna3 કૌંસ માં 6 semicolon 10 equal to double quotes માં ATGC. એન્ટર દબાવો .
08:45	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. એન્ટર દબાવો.
08:52	આઉટપુટ દેખાડે છે 6 થી 9 સ્થિતિ પરથી 4 બેસેસ ATGC સાથે બદલ્યું છે.
09:01	એકવખત તમે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરો પછી તેને ફરી “read only” ફોર્મમાં રૂપાંતરિત કરો.
09:07	આપેલ ટાઈપ કરો dna4 equal to dna3 dot to seq ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ . એન્ટર દબાવો.
09:19	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna4. એન્ટર દબાવો.
09:25	ચાલો સારાંશ લઈએ.
09:27	આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા : DNA સિકવેન્સ નિર્માણ કરતા.
09:32	* વિશિષ્ટ જગ્યા DNA સિકવેન્સ ના ભાગ કરતા.
09:36	* એક નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એકત્ર કરતા જે concatenate છે.
09:43	આપણે len, count અને find ફંકશન્સ કેવી રીતે વાપરવું તે પણ શીખ્યા.
09:49	* સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટમાં રૂપાંતરિત કરવું અને સ્ટ્રીંગના ભાગ અથવા બેસ ને બદલતા.
09:57	અસાઇનમેન્ટ તરીકે 30 બેસેસના રેન્ડમ DNA sequence બનાવો.
10:02	Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીને GC ટકાવારી અને સિકવેન્સના અણુનો વજનની ગણતરી કરો.
10:09	તમારું પૂર્ણ અસાઇમેન્ટ આપેલ પ્રમાણે હોવું જોઈએ.
10:13	આઉટપુટ , ટકાવારી તરીકે GC કંટેટ દેખાડે છે.
10:18	આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ ના અણુનો વજન દેખાડે છે.
10:23	આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
10:26	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
10:30	અમે વર્કશો આયોજિત કરીને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
10:32	કૃપા કરીને અમને સંપર્ક કરો.
10:35	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે
10:43	IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya