Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Tamil
From Script | Spoken-Tutorial
Time | Narration |
00:01 | புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள் (Macromolecules) குறித்த ஸ்போகன் டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கபோவது |
00:09 | Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரதங்களின் அமைப்புகளை ஏற்றுதல் |
00:13 | PDB தரவுத்தளத்தில் இருந்து .pdb fileகளை தரவிறக்குதல் |
00:18 | புரதங்களின் இரண்டாம் அமைப்பை பல்வேறு formatகளில் காட்டுதல் |
00:24 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டைசல்பைடு பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்துதல். |
00:29 | இந்த டுடோரியலை தொடர Jmol அப்ளிகேஷன் விண்டோவில் அடிப்படை செயல்பாடுகள் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். |
00:37 | இல்லையெனில் அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு எங்கள் வலைத்தளத்தைக் காணவும். |
00:42 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய நான் பயன்படுத்துவது |
00:46 | உபுண்டு இயங்குதளம் பதிப்பு. 12.04 |
00:50 | Jmol பதிப்பு 12.2.2 |
00:54 | Java பதிப்பு 7 |
00:57 | மொசில்லா ஃபயர்பாக்ஸ் ப்ரெளசர் 22.0. |
01:02 | பின்வருவனபோன்ற பெரிய உயிர்மூலக்கூறுகளின் (biomolecules) அமைப்பு பகுப்பாய்வை Jmol அப்ளிகேஷனை பயன்படுத்தி செய்ய முடியும் |
01:06 | புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள் |
01:10 | நியூக்ளிக் அமிலங்கள், DNA மற்றும் RNA |
01:13 | படிக அமைப்புகள் (Crystal structures) மற்றும் பல்லுறுப்பிகள் (polymers) . |
01:19 | ஒரு புதிய Jmol விண்டோவை திறந்துவைத்துள்ளேன். |
01:24 | தரவுத்தளத்திலிருந்து நேரடி தரவிறக்கம் மூலம் உயிர்மூலக்கூறுகளின் முப்பரிமாண அமைப்புகளை காணமுடியும். |
01:29 | அதைசெய்ய, File menu மீது க்ளிக் செய்து, Get PDB க்கு வரவும் |
01:36 | திரையில் ஒரு input dialog box தோன்றுகிறது. |
01:40 | குறிப்பிட்ட புரதத்தின் நான்கு இலக்க PDB code ஐ input box ல் டைப் செய்ய வேண்டும். |
01:48 | இந்த code ஐ 'Protein Data Bank (PDB) இணையத்தளத்தில்' இருந்து பெற முடியும் |
01:53 | இது Protein Data Bank ன் இணையதளம் ஆகும் |
01:57 | புரதங்கள் மற்றும் நியூக்ளிக் அமிலங்கள் போன்ற உயிர்மூலக்கூறுகளின் தகவல்களை கொண்டுள்ளது |
02:04 | உதாரணமாக: PDB தளத்திலிருந்து கணைய என்சைம் இன்சுலின் (Pancreatic Enzyme Insulin) க்கான PDB code ஐ பெற முயற்சிப்போம். |
02:13 | search box ல் புரதத்தின் பெயரை Human Insulin என டைப் செய்து விசைப்பலகையில் Enter விசையை அழுத்துக. |
02:24 | இப்போது தோன்றும் இணையப்பக்கத்தில் கீழே வரவும். |
02:28 | அறியப்பட்ட Human Insulin அமைப்புகளின் பட்டியல் PDB code களுடன் திரையில் தோன்றுகிறது. |
02:36 | உதாரணமாக, code 4EX1 உடன் உள்ள Human Insulin ஐ தேர்ந்தெடுப்போம் |
02:44 | புரதத்தின் பெயர் மீது க்ளிக் செய்க. |
02:47 | அந்த அமைப்பின் அனைத்து தகவல்களுடன் ஒரு விண்டோ திறக்கிறது. |
02:52 | அந்த தகவல்களாவன |
02:54 | Primary Citation |
02:56 | Molecular Description மற்றும் |
02:58 | Structure Validation ஆகியவை இந்த பக்கத்தில் உள்ளன. |
03:02 | புரதங்களின் அமைப்புகளை .pdb fileகளாக சேமித்து அவற்றை Jmol ல் முப்பரிமாண அமைப்பில் காண முடியும் |
03:12 | பக்கத்தின் மேல் வலது மூலையில் உள்ள Download Files இணைப்பு மீது க்ளிக் செய்க. |
03:20 | கீழிறங்கு பட்டியலில், PDB file (gz) தேர்வை தேர்ந்தெடுக்கவும் |
03:28 | திரையில் ஒரு dialog box திறக்கிறது. |
03:32 | Save file தேர்வை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
03:35 | OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
03:39 | புரத அமைப்பு Downloads folder ல் 4EX1.pdb.gz ஆக சேமிக்கப்படும். |
03:51 | அதேபோல, பல்வேறு புரதங்களின் தேவையான .pdb fileகளை தரவிறக்கி அவற்றை தனித்தனி fileகளில் சேமிக்கலாம். |
04:02 | இப்போது இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பை காண Jmol விண்டோவுக்கு வருவோம். |
04:09 | உங்களிடம் இணைய இணைப்பு இருந்தால் புரத அமைப்பை Jmol panel ல் நேரடியாக தரவிறக்க முடியும். |
04:15 | நான்கு இலக்க PDB code “4EX1” ஐ உரைப்பெட்டியில் டைப் செய்து OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
04:25 | உங்களிடம் இணைய இணைப்பு இல்லையெனில், tool bar ல் உள்ள Open a File ஐகான் மீது க்ளிக் செய்க. |
04:34 | panel ல் dialog box திறக்கிறது. |
04:38 | 4EX1.pdb.gz file உள்ள இடம் அதாவது Downloads folder க்கு செல்க. |
04:47 | Downloads folder ஐ தேர்ந்தெடுத்து open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
04:52 | 4EX1.pdb.gz file ஐ தேர்ந்தெடுத்து open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
05:00 | திரையில் இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பு திறக்கிறது. |
05:05 | panel ல் புரதத்தின் முன்னிருப்பு display, ball and stick ஆகும் |
05:12 | panel ல் புரத்தின் மாதிரி ஹைட்ரஜன் அணுக்கள் இல்லாமல் காட்டப்படுகிறது. |
05:17 | ஹைட்ரஜன் அணுக்களுடன் மாதிரியைக் காட்ட modelkit menu ஐ திறக்கவும். |
05:23 | add hydrogens தேர்வுக்கு வந்து அதன் மீது க்ளிக் செய்க. |
05:28 | இப்போது ஹைட்ரஜன் அணுக்களுடன் இந்த மாதிரி panel ல் காட்டப்படுகிறது. |
05:33 | நீர் மூலக்கூறுகளுடன் புரத அமைப்பும் காட்டப்படுகிறது. |
05:38 | நீர் மூலக்கூறுகளை மறைக்க , காட்டப்படும் படிகளை பின்பற்றவும். |
05:43 | முதலில் pop-up menu ஐ திறந்து பின் Select க்கு செல்க |
05:48 | துணை-menu ல், Hetero ஐ தேர்ந்தெடுத்து “All Water தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
05:55 | மீண்டும் pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று, Scheme ல் CPK spacefill தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
06:05 | இது அனைத்து நீர் மூலக்கூறுகளையும் CPK Spacefill display ஆக மாற்றும். |
06:11 | மீண்டும் pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று Atoms ல் Off தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
06:22 | இப்போது panel ல் நீர் மூலக்கூறுகள் ஏதும் இல்லாமல் இன்சுலின் அமைப்பை கொண்டுள்ளோம். |
06:27 | இப்போது, பல்வேறு formatகளில் புரதத்தின் இரண்டாம் அமைப்பை காட்ட கற்போம். |
06:35 | pop-up menu ஐ திறக்கவும். |
06:37 | Select தேர்வுக்கு சென்று. |
06:39 | Protein ல் All தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
06:44 | pop-up menu ஐ மீண்டும் திறந்து 'Style ல் Scheme க்கு வரவும் |
06:50 | பின்வரும் தேர்வுகளுடன் ஒரு துணை-menu திறக்கிறது CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, மேலும் பல |
07:02 | துணை-menu ல் Cartoon தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
07:07 | புரதங்களின் இரண்டாம் அமைப்புகளை திருகுகள், சீரற்ற சுருள்கள், இழைகள், தாள்கள் போன்றவைகளாக இந்த display காட்டுகிறது. |
07:17 | மேலும் display தேர்வுகளுக்கு, |
07:19 | pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று பின் Structures செல்க. |
07:25 | இங்கே புரதத்தின் இரண்டாம் அமைப்பை காட்ட பல தேர்வுகள் உள்ளன. |
07:31 | உதாரணமாக Strands தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
07:35 | புரதம் இப்போது இழைகளாக panel ல் காட்டப்படுகிறது. |
07:40 | display ன் நிறத்தை மாற்ற, Pop-up-menu ஐ திறக்கவும். Color க்கு வந்து Atoms ஐ தேர்ந்தெடுத்து Blue தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
07:52 | panel ல் நிற மாற்றத்தை கவனிக்கவும். |
07:56 | Ball-and-stick display க்கு அமைப்பை மீண்டும் மாற்ற, |
07:59 | pop-up menu ஐ திறந்து, Style ஐ தேர்ந்தெடுத்து பின், Scheme ல் Ball and stick தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
08:08 | இந்த புரத மாதிரியில் ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டை-சல்பைடு( di-sulpfide) பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் முடியும். |
08:14 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளை காட்ட: pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று பின் Hydrogen Bonds தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
08:25 | Pop-up menu ல் Hydrogen Bonds தேர்வு பின்வரும் அம்சங்களை கொண்டுள்ளது: |
08:30 | Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain. |
08:35 | Set Hydrogen Bonds Backbone. மேலும் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற தேர்வுகளும் உள்ளன. |
08:42 | மாதிரியில் ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளை காட்ட Calculate தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
08:47 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் வெள்ளை சிவப்பு கோடுகளாக காட்டப்படுகின்றன. |
08:53 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற, pop-up-menu ல் 0.10 Angstrom தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
09:02 | இப்போது panel ல் தடிமனான ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளைக் காணலாம். |
09:06 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் நிறத்தை மாற்றவும் முடியும். |
09:11 | Pop-up-menu ல் Color க்கு வந்து பின் Hydrogen Bonds ல் orange தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
09:20 | panel ல், அனைத்து ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளையும் ஆரஞ்ச் நிறத்தில் கொண்டுள்ளோம். |
09:25 | மாதிரியில் டைசல்பைடு பிணைப்புகள், மற்றும் சல்பர் (sulphur) அணுக்கள் மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகின்றன. |
09:31 | டைசல்பைடு பிணைப்புகளை மாற்ற pop menu ல் disulfide bonds தேர்வை திறக்கவும் |
09:38 | நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் அம்சங்களான அளவு, நிறம் போன்றவற்றின் மீது க்ளிக் செய்க. |
09:44 | அதேபோல வெவ்வேறு என்சைம் (enzyme) களின் .pdb fileகளை திறந்து அவற்றின் முப்பரிமாண அமைப்புகளை காண முயற்சிக்கவும். |
09:51 | சுருங்கசொல்ல. இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது |
09:57 | Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரத அமைப்புகளை ஏற்றுதல் |
10:00 | தரவுத்தளத்திலிருந்து .pdb fileகளை தரவிறக்குதல் |
10:05 | PDB code ஐ பயன்படுத்தி இன்சுலினின் முப்பரிமாண அமைப்பை காணுதல் |
10:10 | நீர் மூலக்கூறுகள் இல்லாமல் புரத அமைப்பை காணுதல் |
10:14 | வெவ்வேறு formatகளில் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுதல் |
10:17 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டைசல்பைடு பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்துதல். |
10:22 | இங்கே உங்களுக்கான பயிற்சி. |
10:24 | PDB தரவுத்தளத்திலிருந்து Human Hemoglobin ன் .pdb file ஐ தரவிறக்குக |
10:31 | cartoon display ல் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுக |
10:35 | புரதத்தின் “porphyrin” unitகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் |
10:39 | PDB code க்கு பின்வரும் இணைப்பைக் காணவும் |
10:42 | இந்த இணைப்பில் உள்ள காணொளியைக் காணவும் http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial |
10:46 | இது ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டம் பற்றி சுருங்க சொல்கிறது |
10:50 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கிக் காணவும் |
10:55 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு ஸ்போகன் டுடோரியல்களைப் பயன்படுத்தி செய்முறை வகுப்புகள் நடத்துகிறது |
11:01 | இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்களும் அளிக்கிறது. |
11:06 | மேலும் தகவல்களுக்கு contact@spoken-tutorial.org க்கு மின்னஞ்சல் எழுதவும். |
11:13 | ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடங்கள் டாக் டு எ டீச்சர் திட்டத்தின் முனைப்பாகும். |
11:18 | இதற்கு ஆதரவு இந்திய அரசு துவக்கிய MHRD இன் ஐசிடி மூலம் தேசிய கல்வித்திட்டத்தின் வழியே கிடைக்கிறது. |
11:25 | இந்த திட்டம் பற்றிய மேலதிக தகவல்கள் கீழுள்ள இணைப்பில் கிடைக்கும் http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro |
11:31 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |