Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Hindi

Time	Narration
00:01	'Manipulating Sequences' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:06	इस ट्यूटोरियल में हम 'Biopython' टूल्स उपयोग करेंगे: * एक यादृच्छिक DNA सीक्वेंस बनाने के लिए
00:13	निर्दिष्ट स्थानों पर एक DNA सीक्वेंस को स्लाइस यानि टुकड़े करने में
00:17	एक नयी सीक्वेंस बनाने के लिए दो सीक्वेंसेस को एकसाथ जोड़ने में यानि कि श्रेणीबद्ध करने में
00:22	सीक्वेंस की लम्बाई ज्ञात करने में
00:26	अलग-अलग 'बेसेस' या 'स्ट्रिंग' के भाग की संख्या को गिनने में
00:31	एक विशेष बेस या स्ट्रिंग के भाग को ज्ञात करने में
00:35	एक 'सीक्वेंस-ऑब्जेक्ट' को एक परिवर्तनीय सीक्वेंस ऑब्जेक्ट में बदलने में
00:40	इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स
00:47	और बुनियादी Python प्रोग्रामिंग से परिचित होना चाहिए।
00:51	यदि नहीं तो दिए गए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स को देखें।
00:56	इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'Ubuntu OS' वर्जन 14.10
01:03	'Python' वर्जन 2.7.8
01:07	'Ipython interpreter' वर्जन 2.3.0
01:12	'Biopython' वर्जन 1.64.
01:16	अब मैं 'टर्मिनल' खोलती हूँ और 'ipython इंटरप्रेटर' शुरू करती हूँ।
01:21	'Ctrl, Alt' और 'T' कीज़ एकसाथ दबाएं।
01:26	प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'ipython' और एंटर दबाएं।
01:31	'Ipython' प्रॉम्प्ट स्क्रीन पर दिखता है।
01:35	Biopython उपयोग करके हम किसी भी निर्दिष्ट लम्बाई की एक यादृच्छिक DNA सीक्वेंस के लिए एक 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट' बना सकते हैं।
01:44	अब 20 बेसेस के एक DNA सीक्वेंस के लिए एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट उत्पन्न करते हैं।
01:50	प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'import random' एंटर दबाएं।
01:56	आगे 'Bio पैकेज से 'Seq' मॉड्यूल इम्पोर्ट करते हैं।
02:01	प्रायः 'Seq' को 'seek' की तरह उच्चारित किया जाता है।
02:06	प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'From Bio dot Seq import Seq' एंटर दबाएं।
02:15	हम DNA सीक्वेंस में ऐल्फबेट्स यानि अक्षरों को निर्दिष्ट करने के लिए 'Bio.Alphabet' मॉड्यूल उपयोग करेंगे।
02:22	टाइप करें: 'from Bio dot Alphabet import generic underscore dna' एंटर दबाएं।
02:32	उस यादृच्छिक DNA सीक्वेंस की एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाने के लिए निम्न कमांड टाइप करें।
02:38	उस कमांड को वेरिएबल 'dna1' में संचित करें।
02:42	कृपया ध्यान दें: इस कमांड में एक डबल क्वोट के बजाय दो सिंगल क्वोट्स उपयोग करें। एंटर दबाएं।
02:50	आउटपुट के लिए टाइप करें 'dna1', एंटर दबाएं।
02:55	आउटपुट उस यादृच्छिक DNA सीक्वेंस के लिए 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट दिखाता है।
03:00	यदि आप एक नयी सीक्वेंस चाहते हैं तो उपरोक्त की तरह उसी कमांड के लिए अप-एरो की दबाएं। एंटर दबाएं।
03:11	आउटपुट के लिए वेरिएबल नाम 'dna1' टाइप करें। एंटर दबाएं।
03:17	आउटपुट एक नयी DNA सीक्वेंस दिखाता है जो पहले वाली से अलग है।
03:23	'Sequence Objects' के बारे में:
03:25	‘सीक्वेंस ऑब्जेक्ट्स' आमतौर पर सामान्य 'Python स्ट्रिंग्स' की तरह कार्य करते हैं।
03:30	अतः सामान्य नियमों का अनुसरण करें जैसे कि आप Python स्ट्रिंग्स के लिए करते हैं।
03:35	Python में हम 1 के बजाय 0 से शुरू करके स्ट्रिंग में कैरेक्टर्स को गिनते हैं।
03:41	सीक्वेंस में पहला कैरेक्टर 0 स्थिति है।
03:45	टर्मिनल पर वापस आएं।
03:47	प्रायः आपको सीक्वेंस के केवल एक भाग के लिए भी कार्य करने की ज़रुरत हो सकती है।
03:52	अब देखते हैं कि स्ट्रिंग के भागों को कैसे एक्सट्रैक्ट करते हैं और उन्हें सीक्वेंस ऑब्जेक्ट्स की तरह कैसे संचित करते हैं।
03:58	उदाहरण के लिए हम DNA सीक्वेंस को दो स्थितियों पर 'स्लाइस' करेंगे।
04:04	पहले 6 और 7 बेसेस के बीच।
04:08	यह सीक्वेंस की शुरुआत से छठे बेस तक एक फ्रैग्मेंट एक्सट्रैक्ट करेगा।
04:15	दूसरा स्लाइस 11 और 12 बेसेस के बीच होगा।
04:20	दूसरा फ्रैग्मेंट सीक्वेंस के बारहवें बेस से अंत तक तक होगा।
04:26	पहला फ्रैग्मेंट एक्सट्रैक्ट करने के लिए प्रॉम्प्ट पर निम्न कमांड टाइप करें।
04:31	'String1 equal to dna1 within brackets 0 semicolon 6'.
04:39	'string1' पहला फ्रैग्मेंट संचित करने के लिए वेरिएबल है।
04:43	कमांड का अनुसरण करें जैसे सामान्य Python में करते हैं।
04:47	इन ब्रैकेट्स में बंद कोलन से अलग की गयी आरंभ और रोकी हुई स्थितियां हैं।
04:53	यह स्थितियाँ शुरुआत को शामिल करती हैं किन्तु स्टॉप को शामिल नहीं करती हैं। एंटर दबाएं।
05:01	आउटपुट देखने के लिए टाइप करें: 'string1' एंटर दबाएं।
05:04	आउटपुट सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की तरह पहला फ्रैग्मेंट दिखाता है।
05:10	सीक्वेंस से दूसरी स्ट्रिंग को एक्सट्रैक्ट करने के लिए अप-एरो की दबाएं और निम्न की तरह कमांड एडिट करें:
05:17	वेरिएबल का नाम बदलकर 'string2' और स्थितियाँ बदलकर '11' और '20' करें।
05:24	आउटपुट के लिए टाइप करें: 'string2' एंटर दबाएं।
05:30	अब हमारे पास दूसरा फ्रैग्मेंट भी सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की तरह ही है।
05:34	अब श्रेणीबद्ध करते हैं यानि कि दो 'स्ट्रिंग' को एकसाथ जोड़कर एक नया फ्रैग्मेंट बनाते हैं।
05:42	वेरिएबल 'dna2' में नया सीक्वेंस संचित करें।
05:46	टाइप करें: 'dna2 equal to string1 plus string2'. एंटर दबाएं।
05:53	कृपया ध्यान दें: हम असंगत ऐल्फाबेट्स की सीक्वेंसेस को नहीं जोड़ सकते।
05:59	यानि कि हम एक नयी सीक्वेंस बनाने के लिए DNA सीक्वेंस एक प्रोटीन सीक्वेंस को श्रेणीबद्ध नहीं कर सकते हैं।
06:07	दो सीक्वेंसेस का ऐल्फाबेट एटट्रिब्यूट समान होना चाहिए।
06:12	आउटपुट देखने के लिए टाइप करें: 'dna2' एंटर दबाएं।
06:17	आउटपुट एक नयी सीक्वेंस दिखाता है जो 'string1' और 'string2' का संयोजन है।
06:23	नयी सीक्वेंस की लम्बाई ज्ञात करने के लिए हम 'len' फंक्शन उपयोग करेंगे।
06:29	टाइप करें: 'len' ब्रैकेट्स में 'dna2'. एंटर दबाएं।
06:34	आउटपुट 15 बेसेस लम्बा सीक्वेंस दिखाता है।
06:39	हम सीक्वेंस में उपस्थित अलग अलग बेसेस की संख्या को भी गिन सकते हैं।
06:44	ऐसा करने के लिए हम 'count()' फंक्शन उपयोग करेंगे।
06:47	उदाहरण के लिए सीक्वेंस में उपस्थित alanines की संख्या को गिनने के लिए, निम्न कमांड टाइप करें 'dna2 dot count' ब्रैकेट्स में डबल क्वोट्स में अक्षर A.
07:02	एंटर दबाएं।
07:04	आउटपुट सीक्वेंस 'dna2' में उपस्थित alanines की संख्या को दिखाता है।
07:10	एक विशिष्ट बेस या स्ट्रिंग का भाग ज्ञात करने के लिए हम 'find()' फंक्शन उपयोग करेंगे।
07:16	टाइप करें: 'dna2 dot find' ब्रैकेट्स में डबल क्वोट्स में 'GC'. एंटर दबाएं।
07:26	आउटपुट स्ट्रिंग में 'GC' की उपस्थिति के प्रथम इंस्टैंस की स्थिति दिखाता है।
07:32	सामान्यतः एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को एडिट नहीं किया जा सकता है।
07:35	एक सीक्वेंस को एडिट करने के लिए हमें इसे परिवर्तनीय सीक्वेंस ऑब्जेक्ट में बदलना है।
07:41	ऐसा करने के लिए टाइप करें: 'dna3 equal to dna2 dot to mutable' ब्रैकेट खोलें और बंद करें। एंटर दबाएं।
07:52	आउटपुट के लिए टाइप करें: 'dna3' एंटर दबाएं।
07:55	अब सीक्वेंस ऑब्जेक्ट एडिट किया जा सकता है।
07:59	अब बेस को सीक्वेंस से बदलते हैं।
08:01	उदाहरण के लिए- पाँचवे स्थान पर उपस्थित बेस को alanine (एलानीन) से बदलने के लिए, टाइप करें: 'dna3 ब्रैकेट्स में 5 इक्वल्स टू डबल क्वोट में अक्षर A. एंटर दबाएं।
08:19	आउटपुट के लिए टाइप करें: 'dna3' एंटर दबाएं।
08:24	आउटपुट देखें। पाँचवें स्थान पर 'cytosine' 'alanine' से बदल गया है।
08:31	'स्ट्रिंग' के एक भाग को बदलने के लिए निम्न कमांड टाइप करें।
08:35	'Dna3 ब्रैकेट्स में 6 सेमीकोलन 10 इक्वल टू डबल क्वोट्स में 'ATGC'. एंटर दबाएं।
08:45	आउटपुट के लिए टाइप करें: 'dna3' एंटर दबाएं।
08:52	आउटपुट दिखाता है कि 6 से 9 तक की स्तिथियों पर 4 बेसेस नए बेसेस 'ATGC' से बदले गए हैं।
09:01	एक बार जब आपने अपना सीक्वेंस ऑब्जेक्ट एडिट कर लिया है तो इसे वापस 'read only' फॉर्म में बदलें।
09:07	निम्न टाइप करें: 'dna4 equal to dna3 dot to seq ब्रैकेट खोलें और बंद करें' एंटर दबाएं।
09:19	आउटपुट के लिये टाइप करें: 'dna4' एंटर दबाएं।
09:25	इसे सारांशित करते हैं।
09:27	इस ट्यूटोरियल में हमने निम्न करना सीखा: * एक यादृच्छिक DNA सीक्वेंस बनाना
09:32	निर्दिष्ट स्थानों पर एक DNA सीक्वेंस स्लाइस करना
09:36	एक नयी सीक्वेंस बनाने के लिए दो सीक्वेंसेस को एकसाथ जोड़ना यानि कि श्रेणीबद्ध करना।
09:43	हमने यह भी सीखा: कि 'len, count' और 'find' फंक्शन्स को कैसे उपयोग करते हैं
09:49	एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को परिवर्तनीय सीक्वेंस ऑब्जेक्ट में कैसे बदलते हैं और स्ट्रिंग के भाग या बेस का स्थान कैसे बदलते हैं।
09:57	नियत कार्य में 30 बेसेस का एक यादृच्छिक 'DNA सीक्वेंस' बनाएं।
10:02	Biopython टूल्स उपयोग करके GC परसेंटेज और सीक्वेंस के मोलिक्यूलर वेट यानि आणविक भार की गणना करें।
10:09	आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न प्रकार दिखेगा।
10:13	आउटपुट परसेंटेज की तरह 'GC' कंटेंट दिखाता है।
10:18	आउटपुट DNA सीक्वेंस का मोलिक्यूलर वेट यानि आणविक भार दिखाता है।
10:23	यह वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है।
10:26	अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं।
10:30	हम कार्यशालाएं आयोजित करते हैं और प्रमाणपत्र देते हैं।
10:32	कृपया हमसे संपर्क करें।
10:35	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा समर्थित है।
10:43	आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Shruti arya