Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Marathi

Time	Narration
00:01	Introduction to Biopython वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.
00:05	या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत Biopython चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये.
00:10	* लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.
00:15	* आणि Biopython टूल्स वापरुन प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये DNA सीक्वेन्सचे ट्रान्स्लेशन.
00:22	ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला-
00:25	* अंडर ग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत Python प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.
00:31	दिलेल्या लिंक वरील Python ट्यूटोरियल्स पहा.
00:35	हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी Ubuntu OS वर्जन 12.04
00:41	* Python वर्जन 2.7.3
00:44	* Ipython वर्जन 0.12.1 आणि
00:48	* Biopython वर्जन 1.58 वापरत आहे.
00:51	Biopython हे कम्प्युटेशनल बायोलॉजी (जीवशास्त्र) साठी मॉड्यूल्सचे एक संग्रह आहे.
00:57	हे बायोइन्फर्मेटिक्स साठी आवश्यक सर्वात बेसिक ते अड्वॅन्स्ड कार्य करू शकतात.
01:03	Biopython टूल्स खालील गोष्टींसाठी वापरले जातात:
01:05	* Parsing म्हणजे विविध फाइल फॉरमॅट्स मधून माहिती एक्सट्रॅक्ट करणे, जसे की FASTA, Genbank इत्यादी.
01:14	* डेटाबेस वेबसाइट्स मधून डेटा डाउनलोड करणे जसे की NCBI, ExPASY इत्यादी.
01:22	* Bioinformatic algorithms रन करणे जसे की BLAST.
01:26	त्यांच्याकडे सीक्वेन्सेस वर सामान्य ऑपरेशन्स कार्य करण्यासाठी टूल्स आहेत.
01:31	उदाहरणार्थ- प्राप्त करण्यासाठी complements, transcription, translation इत्यादी.
01:38	अलाइनमेंट्सशी डील करण्यासाठी कोड.
01:40	आणि वेगळ्या प्रक्रीये मध्ये कार्य विभाजित करण्यासाठी कोड
01:46	डाउनलोड संबंधित माहिती:
01:48	Biopython पॅकेज हे Python वितरणाचा भाग नाही; ते स्वतंत्रपणे डाउनलोड करणे आवश्यक आहे.
01:54	तपशील करीता, खालील लिंक पहा.
01:59	Linux सिस्टम वर प्रतिष्ठापन:
02:02	'सिॅप्टिक पॅकेज मॅनेजर' वापरुन Python, Ipython आणि Biopython पॅकेजस प्रतिष्ठापित करा.
02:08	पूर्वापेक्षित सॉफ्टवेअर स्वयंचलितपणे प्रतिष्ठापित होईल.
02:13	graphic outputs आणि plots साठी अतिरिक्त पॅकेजेस प्रतिष्ठापित करणे आवश्यक आहे.
02:18	Ctrl, Alt आणि T किज दाबून टर्मिनल उघडा.
02:24	मी आधीच माझ्या सिस्टम वर Python, Ipython आणि Biopython प्रतिष्ठापित केले आहे.
02:30	"ipython" टाइप करून Ipython इंटर्प्रेटर सुरू करून एंटर दाबा.
02:35	स्क्रीन वर IPython प्रॉंप्ट दिसेल.
02:38	Biopython चे प्रतिष्ठापन तपासण्यासाठी – प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "import Bio", एंटर दाबा.
02:48	जर तुम्हाला कोणतीही एरर मेसेज मिळत नसेल, तर ह्याचा अर्थ Biopython प्रतिष्ठापीत झाले आहे.
02:54	येथे, मी तुम्हाला आठवण करून देते, Python भाषा केस सेन्सेटिव्ह आहे.
02:59	कीवर्ड्स, वेरियबल्स किंवा फंक्शन्स टाइप करतांना काळजी घ्या.
03:04	उदाहरणार्थ, वरील ओळ मध्ये import मधील “i” लोअरकेस आणि Bio मधील “B” अप्परकेसमध्ये आहे.
03:12	या ट्युटोरियलमध्ये, आपण DNA sequence ट्रान्स्लेट करण्यासाठी Biopython मॉड्यूल्सचे वापर करूया.
03:19	त्यात खालील स्टेप्स समाविष्ट आहे.
03:22	प्रथम, कोडिंग DNA strand साठी sequence object तयार करा.
03:27	पुढे, कोडिंग DNA स्ट्राँडला mRNA सारखे ट्रान्स्क्रिपशन करणे.
03:32	शेवटी, mRNA ला protein सीक्वेन्स सारखे ट्रान्स्लेशन करणे.
03:37	आपण एक उदाहरण म्हणून, ह्या स्लाइड वरील दर्शविलेले कोडिंगDNA स्ट्राँड वापरुया.
03:42	ते एक लहान protein सीक्वेन्सला कोड करते.
03:46	प्रथम स्टेप, वरील कोडिंग DNA स्ट्राँड साठी sequence object तयार करायचे आहे.
03:52	टर्मिनल वर परत जाऊ.
03:55	सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करण्यासाठी, Bio पॅकेज मधून Seq मॉड्यूल इम्पोर्ट करा.
04:02	Seq मॉड्यूल, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट्सला संचयित आणि प्रक्रिया करण्यासाठी पद्धती उपलब्ध करून देते.
04:08	प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: from Bio dot Seq import Seq एंटर दाबा.
04:17	पुढे, तुमचा सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करतांना, स्पष्टपणे स्ट्राँड मधील अक्षरांना निर्देशीत करा.
04:24	nucleotides किंवा amino acids साठी अक्षरांचे कोडचे सीक्वेन्स आहे किंवा नाही ते निर्दिष्ट करणे.
04:32	तसे करण्यासाठी, आपण Alphabet पॅकेज मधून IUPAC मॉड्यूल वापरुया.
04:38	प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: from Bio dot Alphabet import IUPAC. एंटर दाबा.
04:48	लक्ष्यात द्या की आपण "Seq" आणि "IUPAC" मॉड्यूल्स लोड करण्यासाठी import आणि from स्टेट्मेंट्स वापरले आहेत.
04:56	cdna नावाच्या वेरियबल मध्ये सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला संचित करा.
05:01	प्रॉंप्ट वर, सामान्य स्ट्रिंग्स मध्ये टाइप करा: cdna equal to Seq.
05:08	सीक्वेन्सला दुहेरी अवतरण आणि कंसात संलग्न करा.
05:13	आपल्याला माहीत आहे की सीक्वेन्स हे DNA फ्रॅग्मेंट आहे. त्यामुळे, आर्ग्यूमेंट म्हणून अल्फाबेट ऑब्जेक्ट टाइप करा: unambiguous DNA.
05:21	आउटपुट साठी, टाइप करा: cdna. एंटर दाबा.
05:26	आउटपुट, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून DNA sequence दाखवते.
05:30	संबंधित mRNA मध्ये, कोडिंग DNA स्ट्राँडला ट्रान्स्क्राइब करू.
05:35	आपण transcribe पद्धती मध्ये निर्मित Seq मॉड्यूलस वापरुया.
05:39	खालील कोड टाइप करा:
05:41	वेरियबल mrna मध्ये आउटपुट संचित करा.
05:45	प्रॉंप्ट वर टाइप करा: mrna equal to cdna dot transcribe कंस उघडून बंद करा, एंटर दाबा.
05:55	आउटपुट साठी, टाइप करा: mrna एंटर दाबा.
06:01	आउटपुट पहा.
06:02	transcribe पद्धत, DNA सीक्वेन्स मध्ये Thiamin ला Uracil मध्ये बदलते.
06:09	पुढे हे mRNA, संबंधित protein सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट करण्यासाठी, translate पद्धत वापरा.
06:16	खालील कोड टाइप करा: protein equal to mrna dot translate कंस उघडून बंद करा, एंटर दाबा.
06:27	जर RNA किंवा DNA सीक्वेन्स, स्टॅंडर्ड जेनेटिक कोड वापरुन अनिर्दिष्ट असेल, तर translate पद्धत ट्रान्स्लेट करते.
06:36	आउटपुट, अमीनो एसिड सीक्वेन्स दाखवते.
06:40	आऊटपुट, ट्रान्स्लेट केलेल्या सीक्वेन्स मध्ये stop codons ची उपस्थिती संबंधित माहिती देखील दर्शविते.
06:47	प्रोटीन सीक्वेन्सच्या शेवटी एस्टरिक्स पहा. ते stop codon दर्शवते.
06:53	वरील कोड मध्ये, आपण transcription साठी कोडिंग DNA स्ट्राँड वापरले आहेत.
06:59	Biopython मध्ये, transcribe पद्धत फक्त कोडिंग DNA स्ट्राँड वर कार्य करते.
07:04	तथापि, खऱ्या बाइयोलॉजिकल सिस्टम्स मध्ये, template strand सह transcription ची प्रक्रिया सुरू होते.
07:11	जर तुम्ही template strand ने सुरवात करत असाल तर, टर्मिनल वर दाखवल्याप्रमाणे reverse complement पद्धत वापरुन त्याला कोडिंग स्ट्राँड मध्ये रुपांतरित करा.
07:20	कोडिंग स्ट्राँड साठी, वरील प्रमाणे उर्वरित कोडचे अनुसरण करा.
07:24	Biopython मध्ये पद्धतींचा वापर करून आम्ही DNA सीक्वेन्सला protein सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट केले आहे.
07:31	हा कोड वापरून कोणत्याही आकाराचे DNA सीक्वेन्स, प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट केले जाऊ शकते.
07:37	थोडक्यात
07:38	ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो:
07:41	* Biopython चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये
07:43	* लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.
07:48	* दिलेल्या DNA स्ट्राँड साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करणे.
07:52	* mRNA मध्ये DNA सीक्वेन्स चे Transcription करणे.
07:56	* प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये mRNA चे ट्रान्स्लेशन करणे.
08:00	आता, असाइनमेंट साठी-
08:02	protein सीक्वेन्स मध्ये दिलेले DNA सीक्वेन्सला ट्रान्स्लेट करा.
08:06	आउटपुट पहा.
08:08	प्रोटीन सीक्वेन्सच्या अंतर्गत stop codon आहे.
08:11	जसे नैसर्गिक होते, तसे DNA ला पहिला फ्रेम stop codon पर्यन्त ट्रॅनस्लेट करा.
08:17	तुमची पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे.
08:20	लक्ष्य द्या की आपण translate() पद्धत मध्ये to underscore stop वापरले आहेत. आउटपुट पहा.
08:27	stop codon स्वतः ट्रान्स्लेट केलेले नाही.
08:31	तुमच्या प्रोटीन सीक्वेन्सच्या शेवटी स्टॉप सिंबल समाविष्ट केलेले नाही.
08:36	स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.
08:39	जर तुमच्याकडे चांगली बॅंडविड्त नसेल तर तुम्ही डाउनलोड करूनही पाहु शकता.
08:43	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते
08:50	अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा.
08:53	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.
08:59	यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.
09:03	मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Ranjana