Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Hindi

Time	Narration
00:01	नमस्कार। 'Jmol' में 'एन्ज़ाइम्स के 3D मॉडल्स' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:08	इस ट्यूटोरियल में, हम 'Jmol पैनल' पर 'Human Pancreatic Hexokinase' के स्ट्रक्चर को लोड करना सीखेंगे।
00:16	सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को संशोधित करना सीखेंगे।
00:20	एक्टिव यानी सक्रीय साइट पर अमिनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना सीखेंगे।
00:25	एन्ज़ाइम के सबस्ट्रेट और को-फैक्टर्स को हाईलाइट करना सीखेंगे।
00:30	और प्रोटीन के लिए 'Ramachandran plot' को देखना सीखेंगे।
00:35	इस ट्यूटोरियल के लिए आपको बेसिक बायोकेमिस्ट्री का ज्ञान होना चाहिए।
00:41	और 'Jmol एप्लीकेशन विंडो' के बेसिक ऑपरेशंस के साथ परिचित होना चाहिए।
00:46	कृपया Jmol एप्लीकेशन के क्रम में 'Proteins और Macromolecules' ट्यूटोरियल को देखें।
00:53	यह निम्न लिंक पर उपलब्ध है।
00:57	इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'उबन्टु' ऑपरेटिंग सिस्टम वर्शन 12.04
01:05	'Jmol' वर्शन 12.2.2.
01:08	'Java' वर्शन 7 और 'Mozilla फायरफॉक्स ब्राउज़र' 22.0
01:16	Jmol विंडो खोलें और 'hexokinase' एन्ज़ाइम का स्ट्रक्चर लोड करें।
01:22	मैं 'इंटरनेट' से जुडी हुई हूँ, इसलिए मैं स्ट्रक्चर को सीधे 'PDB वेबसाइट' से लोड करुँगी।
01:28	ऐसा करने के लिए, 'File' मेन्यू खोलें, नीचे जाएँ और 'Get PDB' विकल्प पर क्लिक करें।
01:37	स्क्रीन पर एक इनपुट डायलॉग बॉक्स दिखता है। टेक्स्ट बॉक्स में 'hexokinase' के लिए चार अक्षर का 'PDB कोड' '3IDH' टाइप करें।
01:50	यह कोड 'Protein Data Bank' वेबसाइट से प्राप्त किया गया था।
01:55	अगर आपके पास कार्यकारी इंटरनेट कनैक्शन नहीं है तो टूल बार पर 'open a file' आइकन प्रयोग करके मौजूदा 'pdb' फाइल खोलें।
02:06	'OK' बटन पर क्लिक करें।
02:09	'hexokinase' का 3D स्ट्रक्चर जिसे 'glucokinase' भी कहते हैं स्क्रीन पर खुलता है।
02:16	'File' मेन्यू प्रयोग करके कंसोल विंडो खोलें।
02:21	जैसा कंसोल पर प्रदर्शित है, पैनल पर सब्स्ट्रेट 'Glucose' के साथ 'Human Pancreatic Glucokinase' के लिए स्ट्रक्चर है।
02:31	कंसोल को बंद करें।
02:34	पैनल पर हमारे पास 'hexokinase' का बॉल और स्टिक मॉडल है।
02:40	पैनल पर 'प्रोटीन मॉडल' से 'water molecules' को हटायें।
02:44	यह प्रक्रिया Jmol ट्यूटोरियल 'Proteins and macromolecules' में विस्तार में समझायी गयी है।
02:53	'hexokinase' एन्ज़ाइम के बारे में
02:56	'Hexokinase' 465 अमीनो एसिड्स का मोनोमेरिक प्रोटीन है।
03:02	यह दो 'डोमेन्स', एक बड़ा 'डोमेन' और एक छोटा 'डोमेन' रखता है।
03:07	इस एन्ज़ाइम के लिए 'सक्रिय-साइट' दो डोमेन्स के बीच क्लेफ्ट यानी दरार में स्थित होता है।
03:14	'hexokinase' के लिए सक्रिय-साइट 3 अमीनो एसिड रेसीड्यूस रखता है: 204 पर 'Aspergine', पोज़िशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'
03:30	'Alpha-D-Glucose' इस एन्ज़ाइम के लिए सब्स्ट्रेट है।
03:34	अब Jmol पैनल पर वापस जाते हैं।
03:38	हम सक्रिय साइट पर एन्ज़ाइम्स के घटकों जैसे : सब्स्ट्रेट, कोफैक्टर्स या अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट या चुन सकते हैं।
03:49	एक विशेष घटक को चुनने के लिए राइट क्लिक प्रयोग करके पॉप-अप मेन्यू खोलें।
03:55	'Select' विकल्प तक नीचे जाएँ।
03:57	सब-मेन्यू से, 'Proteins', 'By Residue name' चुनें।
04:04	यहाँ अलग-अलग अमीनो एसिड्स सूचीबद्ध हैं।
04:10	इसको चुनने के लिए अमीनो एसिड के नाम पर क्लिक करें।
04:14	अमीनो एसिड्स शीर्षकों जैसे 'Polar', 'Non-polar', 'Basic', 'Acidic', 'Uncharged' आदि के अंतर्गत वर्गीकृत भी किये गए हैं।
04:26	मेटल आयन 'potassium' और 'substrate glucose' 'Hetero' मेन्यू में सूचीबद्ध हैं।
04:34	हम सब्स्ट्रेट बाइंडिंग साइट को आसानी से ढूँढने के लिए एन्ज़ाइम के डिस्प्ले को संशोधित कर सकते हैं।
04:41	अब हम प्रोटीन के परमाणुओं के रंग और डिस्प्ले को बदलते हैं।
04:46	पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Select' पर जाएँ और 'Protein' विकल्प तक नीचे जाएँ। 'All' पर क्लिक करें।
04:55	दोबारा पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Style' तक जाएँ, फिर 'Scheme' तक जाएँ। और 'Sticks' विकल्प पर क्लिक करें।
05:05	अब हमारे पास पैनल पर प्रोटीन 'sticks' डिस्प्ले में है।
05:11	अब रंग बदलने के लिए, दोबारा पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Color', 'Atoms' पर जाएँ, और 'Blue' विकल्प पर क्लिक करें।
05:23	हमारे पास स्क्रीन पर 'hexokinase' का मॉडल ब्लू रंग में और स्टिक्स डिस्प्ले में है।
05:30	सब्स्ट्रेट को देखें, क्लेफ्ट में 'Alfa-D-Glucose' बॉल और स्टिक डिस्प्ले में है।
05:38	सब्स्ट्रेट को हाईलाइट करने के लिए, पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Select' पर जाएँ, फिर 'Hetero' और 'GLC-ALFA-D-GLUCOSE' पर क्लिक करें।
05:52	पॉप-अप मेन्यू पर दोबारा क्लिक करें, 'Style' तक नीचे जाएँ, 'Scheme' और 'Sticks' विकल्प पर क्लिक करें।
06:00	रंग बदलने के लिए, दोबारा पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Color' , 'Atoms' पर जाएँ और 'White' विकल्प पर क्लिक करें।
06:12	पैनल पर स्पष्ट रूप से हाईलाइट किये हुए सब्सट्रेट की पोज़ीशन के साथ 'hexokinase' का मॉडल है।
06:20	हम अमीनो एसिड्स को हाईलाइट करने के लिए सक्रिय साइट पर उनका रंग बदल सकते हैं।
06:26	ऐसा करने के लिए, हमें कंसोल विंडो पर 'कमांड' टाइप करना है।
06:32	जैसा पहले उल्लिखित है सक्रिय साइट पर शामिल अमीनो एसिड्स हैं पोज़ीशन 204 पर 'Aspergine', पोज़ीशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'
06:50	'File menu' प्रयोग करके कंसोल विंडो खोलें। 'Console' पर क्लिक करें।
06:57	मैं कंसोल विंडो को मैग्नीफाई करने के लिए 'Kmag' स्क्रीन मैग्नीफायर का प्रयोग कर रही हूँ।
07:03	$ प्रांप्ट पर टाइप करें: 'select स्क्वायर ब्रैकेट में aspergine के लिए Asn ब्रैकेट बंद करें, 204 जो पोज़ीशन है सेमीकोलन color atoms orange'
07:25	एंटर दबाएं।
07:27	ध्यान दें कि 'aspargine' रेसीड्यू के परमाणु अब ऑरेंज रंग में हैं।
07:33	कीबोर्ड पर अप एरो बटन दबाएं और कमांड को एडिट करें।
07:39	अमीनो एसिड की पोज़ीशन को 231 और परमाणुओं के रंग को रेड से एडिट करें।
07:48	एंटर दबाएं।
07:51	दोबारा अप एरो की दबाएं और अमीनो एसिड के नाम को GLU जोकि 'glutamic acid' है और पोज़ीशन को 256 से एडिट करें।
08:06	परमाणुओं का रंग ग्रीन और एंटर दबाएं।
08:13	पैनल पर हमारे पास सब्स्ट्रेट और हाईलाइट की हुई सक्रिय साइट के साथ 'hexokinase' का 3D मॉडल है।
08:23	यहाँ पर्पल रंग में दिखाया गया 'potassium' परमाणु भी मॉडल में हाईलाइट किया हुआ है।
08:30	हम jmol में एक विशिष्ट प्रोटीन के लिए 'ramachandran plots' भी दिखा सकते हैं।
08:36	कंसोल पर, $ प्रांप्ट पर टाइप करें 'plot ramachandran'
08:45	एंटर दबाएं।
08:47	स्क्रीन पर हमारे पास 'hexokinase' के लिए 'ramachandran plot' है।
08:54	डेटाबेस से 'pdb files' प्रयोग करके भिन्न एन्ज़ाइम्स लोड करने की कोशिश करें।
09:00	सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को बदलें।
09:04	इसको सारांशित करते है, इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा, PDB प्रयोग करके ह्यूमन पैन्क्रीऐटिक हेक्सोकाइनेस (Hexokinase) के स्ट्रक्चर को लोड करना।
09:14	सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को संशोधित करना।
09:17	सक्रिय साइट पर अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना।
09:21	* सब्स्ट्रेट और एन्ज़ाइम के कोफैक्टर्स को हाईलाइट करना।
09:25	और प्रोटीन्स के लिए 'ramachandran' प्लॉट्स देखना।
09:30	नियत कार्य में: Jmol पैनल पर एन्ज़ाइम 'Lysozyme' की डॉट pdb फाइल लोड करें।
09:38	एन्ज़ाइम से जुड़े सब्स्ट्रेट को हाईलाइट करें।
09:42	सक्रिय साइट पर अमीनो एसिड्स को हाईलाइट करें।
09:46	हिंट: 'PDB डेटाबेस' से 'Lysozyme' की 'pdb' फाइल प्राप्त करें।
09:52	इस URL पर उपलब्ध वीडिओ देखें।
09:56	यह स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है।
10:00	अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं।
10:04	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम:
10:07	कार्यशालाएं चलाती है और प्रमाणपत्र वितरित करते हैं।
10:10	अधिक जानकारी के लिए, कृपया हमें लिखें।
10:14	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टॉक टू अ टीचर प्रोजेक्ट का हिस्सा है।
10:19	यह भारत सरकार के एम एच आर डी के आई सी टी के माध्यम से राष्ट्रीय साक्षरता मिशन द्वारा समर्थित है।
10:25	इस मिशन पर अधिक जानकारी इस लिंक पर उपलब्ध है।
10:30	आई आइ टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Shruti arya