Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 16:17, 26 March 2015 by Jyotisolanki (Talk | contribs)
| Time | Narration |
| 00:01 | જેમોલ એપ્લીકેશનમાં Structures from Databases પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે. |
| 00:07 | આ ટ્યુટોરીયલમાં, આપણે આપેલ શીખીશું, |
| 00:10 | * PubChem ડેટાબેસ થી રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા અને |
| 00:14 | * GChemPaint માં બનાવેલ 2D સ્ટ્રક્ચર ને Jmol માં 3D માં બદલતા. |
| 00:21 | આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે તમને Jmol Applicationનું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે. |
| 00:27 | જો નથી, તો નીચે આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ સંદર્ભિત ટ્યુટોરીયલો નિહાળો. |
| 00:33 | આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે, હું વાપરી રહ્યી છું . |
| 00:35 | * ઉબુન્ટુ લીનક્સ OS આવૃત્તિ. 12.04 |
| 00:40 | * Jmol આવૃત્તિ 12.2.2 |
| 00:44 | * Java આવૃત્તિ 7 |
| 00:46 | * GChemPaint આવૃત્તિ 0.12.10 |
| 00:51 | * Mozilla Firefox browser 22.0 |
| 00:56 | મેં એક નવી જેમોલ એપ્લીકેશ વિન્ડો ખોલ્યું છે. |
| 01:00 | Jmol ડેટાબેસ યાદીબધ્ધ કંપાઉન્ડથી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવાનું ફીચર ધરાવે છે. |
| 01:07 | મેનુ બાર પર ફાઈલ મેનુ 'Get MOL'. વિકલ્પ ધરાવે છે. |
| 01:12 | આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ 'PubChem'. થી અણુ ને લોડ કરે છે. |
| 01:17 | આ Protein Data Bank થી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવા માટે એક અન્ય વિકલ્પ 'Get PDB' રાખે છે. |
| 01:26 | આ વિષે વધુ જાણકારી બીજા અન્ય ટ્યુટોરીયલમાં સમજાવ્યું છે. |
| 01:31 | પેનલ પર રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા માટે 'Get Mol' પર ક્લિક કરો. |
| 01:36 | Andialog box opens on the screen. સ્ક્રીન પર 'Input' ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 01:40 | ડેટાબેસમાં યાદી બધ્ધ કોઈ પણ અણુ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આપેલ ટાઈપ કરીને લોડ કરી શકાય છે : |
| 01:48 | કોમન નેમ અથવા IUPAC નેમ |
| 01:51 | CAS નંબર |
| 01:54 | CID નંબર |
| 01:56 | InChi identifier અથવા |
| 01:58 | SMILES identifier |
| 02:01 | એક ચોક્કસ કેમિકલ ના આઇડેન્ટિફિકેશન નંબરની જાણકારી માટે Pubchem ડેટાબેસની વેબસાઈટ પર જાઓ. |
| 02:09 | હવે સ્ક્રીન પર phenol દેખાય છે. |
| 02:13 | Input text box. તો ઈનપુટ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 'phenol' . |
| 02:16 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
| 02:20 | phenol નું મોડલ પેનલ પર દેખાય છે. |
| 02:24 | આપણે વિવિધ રેન્ડરીંગ નો ઉપયોગ કરીને phenol ના દેખાવને બદલી શકીએ છીએ. |
| 02:30 | આ વિકલ્પ Menu bar અને Pop-up menu માં યાદી બધ્ધ કરેલ છે. |
| 02:36 | આપણે phenol' ના બેન્ઝીન રીંગમાં સ્બ્સીટ્યુઅન્ટસ ઉમેરી શકીએ છીએ. |
| 02:41 | પ્રથમ મોડલમાં પરમાણુને લેબલ કરે છે. |
| 02:45 | display મેનુ પર ક્લિક કરો, અને label પસંદ કરો. number વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 02:52 | હવે કાર્બન પરમાણુ નંબર 4 થી જોડાયેલા હાઇડ્રોજન નંબર 10 ને અમીનો ગ્રુપ થી બદલો. |
| 03:00 | modelkit મેનુને ખોલો, વિકલ્પ માંથી nitrogen પસંદ કરો. |
| 03:06 | hydrogen number 10 પર ક્લિક કરો. |
| 03:09 | પેનલ પર આ Para-Amino Phenol નો અણુ છે. |
| 03:14 | આપણે ડિસ્પ્લેને Sticks display થી બદલશું. |
| 03:18 | modelkit મેનુ થી બહાર જાઓ. |
| 03:21 | પોપ અપ મેનુ ખોલો, સ્ક્રોલ કરી Style પર જાઓ, Scheme પસંદ કરો Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 03:30 | પેનલ પર આપણી પાસે સ્ટીક ડિસ્પ્લેમેં Para-Amino-phenol નું મોડેલ છે. |
| 03:36 | કોમ્પ્લેક્સ સ્ટ્રક્ચર જેને બનાવવું મુશ્કિલ છે,પેનલ પર સરળતાથી લોડ કરી શકાય છે. |
| 03:42 | ઉદાહરણ તરીકે cholesterol. |
| 03:45 | File મેનુ પર ક્લિક કરો. |
| 03:47 | Get Mol વિકલ્પ પર ક્લિક કરો , ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો Cholesterol . |
| 03:54 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
| 03:57 | પેનલ પર Cholesterol નો અણુ દેખાય છે. |
| 04:02 | આપણે અણુ માં ફીચરો જેમકે double-bond અને side-chain ને હાઈલાઈટ કરી શકાય છે. |
| 04:08 | ડબલ -બોન્ડને હાઈલાઈટ કરવા માટે પ્રથમ ડબલ -બોન્ડના કાર્બન પરમાણુના રંગ ને બદલો. |
| 04:15 | ટૂલબાર માં 'Select atoms' આઇકન પર ક્લિક કરો. |
| 04:19 | પછી ડબલ-બોન્ડમાં સામેલ થયેલ carbon પરમાણુ પર ક્લિક કરો. |
| 04:24 | પરમાણુના ચારો તરફે પીળો હેલો દેખાય છે. |
| 04:28 | Pop-up-મેનુ ને ખોલો. |
| 04:30 | Color પર સ્કોલ કરો, Atoms પસંદ કરો અને Orange વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 04:37 | હવે ટૂલબાર પર “Rotate molecule” વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 04:42 | The double-bond in the cholesterol મોડલમાં ડબલ-બોન્ડ હવે નારંગી રંગ માં છે. |
| 04:49 | તેજ રીતે આપણે સાઈડ ચેનમાં કાર્બનસ ને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ. |
| 04:54 | Pop-up-મેનુનો ઉપયોગ કરીને જાંબુડી માં બદલીએ. |
| 04:59 | પેનલ પર આપણી પાસે હાઈલાઈટ કરેલ મહત્વપૂર્ણ ફીચરો સાથે Cholesterol નો મોડલ છે. |
| 05:06 | અસાઇનમેન્ટ તરીકે, |
| 05:08 | * ડેટાબેસ થી caffeine નું સ્ટ્રક્ચર લોડ કરો. |
| 05:11 | * અણુમાં મહ્ત્વપૂર્ણ ફીચરોને હાઈલાઈટ કરો . |
| 05:15 | * ડિસ્પ્લેને wireframe માં રૂપાંતરિત કરો. |
| 05:19 | હવે હું Jmol. ના અન્ય મ્હ્ત્વપૂર્ણ ફીચર વિષે બતાવીશ. |
| 05:24 | આપણે અણુઓ ના 2D સ્ટ્રક્ચરને અન્ય સોફ્ટવેરમાં 3D મોડલમાં બદલી શકીએ છીએ. |
| 05:31 | અહી પેનલ પર મારી પાસે aminoacid Alanine મોડેલ છે. |
| 05:36 | આ અણુ નો 2D સ્ટ્રક્ચર GChemPaint. નમક સોફ્ટવેરમાં બનાવ્યો છે. |
| 05:42 | સ્ટ્રક્ચરને .mol ફાઈલ તરીકે સેવ કરેલ છે. |
| 05:46 | GchemPaint એ 2D કેમિકલ સ્ટ્રક્ચર બનાવવા માટે ઓપન સોર્સ સોફ્ટવેર છે . |
| 05:51 | GChemPaint પર ટ્યુટોરિયલ્સ આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. |
| 05:56 | સ્ટ્રક્ચરને બનાવવા અને .મોલ ફોરમેટમાં સેવ કરવા માટે Analysis of Compounds ટ્યુટોરિયલ જુઓ. |
| 06:05 | Shown on this આ Gchempaint પર ડિસ્પ્લે એરિયા 2D ડ્રોઈંગ બતાડ્યા પ્રમાણે છે. |
| 06:10 | * Amino acid -Alanine |
| 06:12 | * Nuclioside -Adenosine |
| 06:14 | * Saccharide -Alpha-D glucopyranose |
| 06:19 | મેં આને .mol ફોરમેટમાં ડેસ્કટોપ પર સેવ કર્યું છે. |
| 06:24 | પ્રથમ Alanine ના 2D સ્ટ્રક્ચરને Jmol Application માં 3D મોડલમાં જોઈએ છીએ, |
| 06:32 | તો હું નવો Jmol વિન્ડો ખોલીશ. |
| 06:36 | ટૂલબારમાં Open a file' આઇકન પર ક્લિક કરો. |
| 06:40 | હું ડેસ્કટોપDesktop ફોલ્ડર પસંદ કરીશ અને open પર ક્લિક કરીશ.Alanine.mol ફાઈલ પસંદ કરો અને open પર ક્લિક કરો. |
| 06:51 | સ્ક્રીન પર 'Alanine' નું મોડલ દેખાય છે. |
| 06:55 | modelkit મેનુ ખોલો અને 'fix hydrogens and minimize' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 07:03 | Hydrogens are added to the structure and the energy minimized. |
| 07:08 | As with any .mol file, we can change the display using menu bar and also Pop-up menu. |
| 07:15 | Here is the 3D model of Adenosine.mol in Jmol. |
| 07:19 | And this is a 3D model of Alpha-D-glucopyranose.mol in Jmol. |
| 07:25 | Let's summarize |
| 07:27 | In this tutorial we have learnt to |
| 07:32 | * Load chemical structures from Pubchem data base. |
| 07:34 | * Modify the display of Phenol and Cholesterol. |
| 07:38 | * Convert 2D structures drawn in GChemPaint to 3D models in Jmol. |
| 07:44 | * Convert 2D structures of Alanine, Adenosine and Alpha-D-glucopyranose to 3D models. |
| 07:53 | Here is another assignment for you. |
| 07:56 | # Draw 2D structures of the following Amino acids in GChemPaint. |
| 08:01 | * Cysteine |
| 08:03 | * Histidine |
| 08:04 | * Phenylalanine |
| 08:06 | # Save as .mol files. |
| 08:09 | # Open the files in Jmol and modify the display. |
| 08:12 | Watch the video available at this URL.
ttp://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial |
| 08:16 | It summarizes the Spoken Tutorial project |
| 08:19 | If you do not have good bandwidth, you can download and watch it |
| 08:23 | The Spoken Tutorial Project Team: |
| 08:26 | Conducts workshops using spoken tutorials |
| 08:29 | Gives certificates to those who pass an on-line test |
| 08:33 | For more details, please write to contact@spoken-tutorial.org |
| 08:40 | Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project |
| 08:45 | It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India |
| 08:52 | More information on this Mission is available at this link http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ] |
| 08:57 | This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining. |
