Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati

Time	Narration
00:01	જેમોલ એપ્લીકેશનમાં Structures from Databases પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:07	આ ટ્યુટોરીયલમાં, આપણે આપેલ શીખીશું,
00:10	* PubChem ડેટાબેસ થી રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા અને
00:14	* GChemPaint માં બનાવેલ 2D સ્ટ્રક્ચર ને Jmol માં 3D માં બદલતા.
00:21	આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે તમને Jmol Applicationનું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે.
00:27	જો નથી, તો નીચે આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ સંદર્ભિત ટ્યુટોરીયલો નિહાળો.
00:33	આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે, હું વાપરી રહ્યી છું .
00:35	* ઉબુન્ટુ લીનક્સ OS આવૃત્તિ. 12.04
00:40	* Jmol આવૃત્તિ 12.2.2
00:44	* Java આવૃત્તિ 7
00:46	* GChemPaint આવૃત્તિ 0.12.10
00:51	* Mozilla Firefox browser 22.0
00:56	મેં એક નવી જેમોલ એપ્લીકેશ વિન્ડો ખોલ્યું છે.
01:00	Jmol ડેટાબેસ યાદીબધ્ધ કંપાઉન્ડથી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવાનું ફીચર ધરાવે છે.
01:07	મેનુ બાર પર ફાઈલ મેનુ 'Get MOL'. વિકલ્પ ધરાવે છે.
01:12	આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ 'PubChem'. થી અણુ ને લોડ કરે છે.
01:17	આ Protein Data Bank થી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવા માટે એક અન્ય વિકલ્પ 'Get PDB' રાખે છે.
01:26	આ વિષે વધુ જાણકારી બીજા અન્ય ટ્યુટોરીયલમાં સમજાવ્યું છે.
01:31	પેનલ પર રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા માટે 'Get Mol' પર ક્લિક કરો.
01:36	Andialog box opens on the screen. સ્ક્રીન પર 'Input' ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
01:40	ડેટાબેસમાં યાદી બધ્ધ કોઈ પણ અણુ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આપેલ ટાઈપ કરીને લોડ કરી શકાય છે :
01:48	કોમન નેમ અથવા IUPAC નેમ
01:51	CAS નંબર
01:54	CID નંબર
01:56	InChi identifier અથવા
01:58	SMILES identifier
02:01	એક ચોક્કસ કેમિકલ ના આઇડેન્ટિફિકેશન નંબરની જાણકારી માટે Pubchem ડેટાબેસની વેબસાઈટ પર જાઓ.
02:09	હવે સ્ક્રીન પર phenol દેખાય છે.
02:13	Input text box. તો ઈનપુટ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 'phenol' .
02:16	OK બટન પર ક્લિક કરો.
02:20	phenol નું મોડલ પેનલ પર દેખાય છે.
02:24	આપણે વિવિધ રેન્ડરીંગ નો ઉપયોગ કરીને phenol ના દેખાવને બદલી શકીએ છીએ.
02:30	આ વિકલ્પ Menu bar અને Pop-up menu માં યાદી બધ્ધ કરેલ છે.
02:36	આપણે phenol' ના બેન્ઝીન રીંગમાં સ્બ્સીટ્યુઅન્ટસ ઉમેરી શકીએ છીએ.
02:41	પ્રથમ મોડલમાં પરમાણુને લેબલ કરે છે.
02:45	display મેનુ પર ક્લિક કરો, અને label પસંદ કરો. number વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
02:52	હવે કાર્બન પરમાણુ નંબર 4 થી જોડાયેલા હાઇડ્રોજન નંબર 10 ને અમીનો ગ્રુપ થી બદલો.
03:00	modelkit મેનુને ખોલો, વિકલ્પ માંથી nitrogen પસંદ કરો.
03:06	hydrogen number 10 પર ક્લિક કરો.
03:09	પેનલ પર આ Para-Amino Phenol નો અણુ છે.
03:14	We will change the display to આપણે ડિસ્પ્લેને Sticks display થી બદલશું.
03:18	Exit the modelkit મેનુ થી બહાર જાઓ.
03:21	Open the Pop-up menu, scroll down to Style , select Scheme and click on Sticks options.
03:30	On the panel we have a model of Para-Amino-phenol in sticks display.
03:36	Complex structures, which are difficult to create, can easily be loaded on the panel.
03:42	For example cholesterol.
03:45	Click on File menu
03:47	Click on Get Mol option, in the text box type Cholesterol .
03:54	click on OK button.
03:57	A molecule of Cholesterol is displayed on the panel.
04:02	We can highlight the features like double-bond and side-chain in the molecule.
04:08	To highlight double-bond, let us first change the color of carbon atoms of the double-bond.
04:15	Click on 'Select atoms' icon in the tool bar.
04:19	Then click on the carbon atoms involved in the double-bond.
04:24	A yellow halo appears around the atoms.
04:28	Open the Pop-up-menu.
04:30	Scroll down to Color, select Atoms and click on Orange option.
04:37	Now Click on “Rotate molecule” option in the tool bar.
04:42	The double-bond in the cholesterol model is now in orange color.
04:49	Similarly, we can highlight the carbons in the side-chain.
04:54	Using Pop-up-menu change the color to violet.
04:59	On the panel, we have a model of Cholesterol with important features highlighted.
05:06	As an assignment,
05:08	* Load structure of caffeine from Pubchem database .
05:11	* Highlight the important features in the molecule.
05:15	* Modify the display to wireframe.
05:19	Now I will discuss another important feature of Jmol.
05:24	We can convert 2D structures of molecules drawn in another software into 3D models.
05:31	Here I have a model of aminoacid Alanine on the panel.
05:36	2D structure of this molecule was drawn in software called GChemPaint.
05:42	The structure was saved as a .mol file.
05:46	GchemPaint is an Open source software for drawing 2D chemical structures.
05:51	Tutorials on GChemPaint are available at the following link.
05:56	To draw structures and save in .mol format, refer to Analysis of Compounds tutorial.
06:05	Shown on this Gchempaint display area are 2D drawings of
06:10	* Amino acid -Alanine
06:12	* Nuclioside -Adenosine
06:14	* Saccharide -Alpha-D glucopyranose
06:19	I have saved them in .mol format on my Desktop.
06:24	First, let's view the 2D structure of Alanine as 3D model in Jmol Application.
06:32	So, I will open a new Jmol window.
06:36	Click on 'Open a file' icon in the tool bar.
06:40	I will choose Desktop folder and click on open. Choose the file Alanine.mol and click on Open button.
06:51	A 3D model of 'Alanine' opens on screen.
06:55	Open the modelkit menu and click on 'fix hydrogens and minimize' option.
07:03	Hydrogens are added to the structure and the energy minimized.
07:08	As with any .mol file, we can change the display using menu bar and also Pop-up menu.
07:15	Here is the 3D model of Adenosine.mol in Jmol.
07:19	And this is a 3D model of Alpha-D-glucopyranose.mol in Jmol.
07:25	Let's summarize
07:27	In this tutorial we have learnt to
07:32	* Load chemical structures from Pubchem data base.
07:34	* Modify the display of Phenol and Cholesterol.
07:38	* Convert 2D structures drawn in GChemPaint to 3D models in Jmol.
07:44	* Convert 2D structures of Alanine, Adenosine and Alpha-D-glucopyranose to 3D models.
07:53	Here is another assignment for you.
07:56	# Draw 2D structures of the following Amino acids in GChemPaint.
08:01	* Cysteine
08:03	* Histidine
08:04	* Phenylalanine
08:06	# Save as .mol files.
08:09	# Open the files in Jmol and modify the display.
08:12	Watch the video available at this URL. ttp://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial
08:16	It summarizes the Spoken Tutorial project
08:19	If you do not have good bandwidth, you can download and watch it
08:23	The Spoken Tutorial Project Team:
08:26	Conducts workshops using spoken tutorials
08:29	Gives certificates to those who pass an on-line test
08:33	For more details, please write to contact@spoken-tutorial.org
08:40	Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project
08:45	It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India
08:52	More information on this Mission is available at this link http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ]
08:57	This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya