Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Gujarati

Time	Narration
00:01	Proteins and Macromolecules. પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યુટોરીયલમાં, હું આપેલ વિશે સમજાવીશ:
00:09	* Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા.
00:13	* .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.
00:18	* પ્રોટીન્સના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
00:24	* હાઇડ્રોજન બોન્ડસ અને ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડને હાઈલાઈટ કરતા.
00:29	આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમે Jmol Application window. બેસિક ઓપરેશન શાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.
00:37	જો નથી તો અમારી વેબ સાઈટ પર ઉપલબ્ધ ટ્યુટોરીયલનો સંદર્ભ લો.
00:42	આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું,
00:46	* ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ આવૃત્તિ 12.04
00:50	* Jmol આવૃત્તિ 12.2.2
00:54	* Java આવૃત્તિ 7
00:57	* Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 22.0
01:02	મોટા જૈવિકઅણુઓ ના સ્ટ્રક્ચરના વિશ્લેષણ જેવા
01:06	* Proteins (પ્રોટીન્સ)અને Macromolecules (મેક્રોમોલેક્યુલ્સ)
01:10	* Nucleic acids, (ન્યુક્લીક એસીડ) DNA અને RNA
01:13	* ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર અને પોલીમર્સ જેમોલ એપ્લીકેશન નો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે.
01:19	મેં નવી Jmol વિન્ડો ખોલી છે.
01:24	જૈવિકઅણુઓના 3D સ્ટ્રક્ચરસ ને ડેટાબેસ થી ડાયરેક્ટ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકાય છે.
01:29	આ કરવા માટે File મેનુ પર ક્લોઈક કરો Get PDB. મેળવવા માટે સ્ક્રોલડાઉન કરો.
01:36	ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
01:40	ચોક્કસ પ્રોટીન માટે આપણે ઈનપુટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર ના PDB code કરવા પડશે.
01:48	' આ કોડ 'Protein Data Bank (PDB) વેબસાઈટ થી મેળવી શકીએ છીએ.
01:53	આ Protein Data Bank. નું વેબ પુષ્ઠ છે.
01:57	આ જૈવિકઅણુઓ વિષે માહિતી ધરવે છે જેમ કે proteins (પ્રોટીન્સ) અને nucleic acids. (ન્યુક્લીક એસીડ)
02:04	દાહરણ તરીકે:હવેPDB વેબસાઈટ થી Pancreatic Enzyme Insulin (પેનક્રીએટીક એન્ઝાઈમ ઇન્સ્યુઇન) માટે PDB code મેળવવાની કોશિશ કરે છે.
02:13	સર્ચ બોક્સમાં પ્રોટીનનું નામ Human ઇન્સ્યુલીન ટાઈપ કરો.કીબોર્ડ પર એન્ટર દબાઓ.
02:24	હવે,પ્રદશિત વેબ પુષ્ઠ પર નીચે સ્ક્રોલ કરો.
02:28	'PDB' કોડસના સાથે Human ઇન્સ્યુલીન જાણીતા સ્ટ્રક્ચરની યાદી સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
02:36	ઉદાહરણ તરીકે, 4EX1. કોડ સાથે Human ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો.
02:44	પ્રોટીનના નામ પર ક્લિક કરો.
02:47	સ્ટ્રક્ચરની બધી વિગતો સાથે વિન્ડો ખુલે છે.
02:52	માહિતીઓ જેવી કે
02:54	* Primary Citation (પ્રાયમરી સાઇટેશન)
02:56	* Molecular Description અને (મોલેક્યૂલર ડીસ્કરીપશન)
02:58	* Structure Validation (સ્ટ્રક્ચર વેલિડેશન) આ પુષ્ઠ પર ઉપલબ્ધ છે.
03:02	આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રક્ચરને .pdb ફાઈલમાં સેવ કરીને તેને જેમોલમાં 3D મોડમાં જોઈ શકીએ છીએ.
03:12	પુષ્ઠના ટોચે જમણીબાજુમા Download Files લીંક પર ક્લિક કરો.
03:20	ડ્રોપ ડાઉન મેનુ માંથી PDB ફાઈલ (gz) વિકલ્પ પસંદ કરો.
03:28	સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:32	Save file વિકલ્પ પસંદ કરો.
03:35	OK બટન પર ક્લિક કરો.
03:39	Downloads ફોલ્ડરમા પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર 4EX1.pdb.gz, તરીકે સંગ્રહિત થશે.
03:51	તેજ રીતે તમે જોઈતી વિવિધ પ્રોટીન્સની .pdb ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીને તેને અલગ ફાઈલમાં સેવ કરી શકો છો.
04:02	હવે ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચરને જોવા માટે ચાલો જેમોલ વિન્ડો પર જઈએ.
04:09	જો તમે ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ હોય તો તમે જેમોલ પેનલ પર સીધુ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર ડાઉનલોડ કરી શકો છો.
04:15	ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર PDB code “4EX1” ટાઈપ કરો અને OK બટન પર ક્લિક કરો.
04:25	જો તમે ઈન્ટરનેટ થી જોડાયેલા નથી તો ટૂલ બાર પર Open a File આઇકન પર ક્લિક કરો.
04:34	પેનલ પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:38	4EX1.pdb.gz નું સ્થાન એટલેકે Downloads ફોલ્ડર પર જાઓ.
04:47	Downloads ફોલ્ડર પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો.
04:52	4EX1.pdb.gz પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો.
05:00	ઇન્સ્યુલીનનું 3D સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
05:05	પેનલ પર પ્રોટીન નું મૂળભૂત દેખવ ball and stick. છે.
05:12	પેનલ પર પ્રોટીનના મોડલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ વગર દેખાડ્યું છે.
05:17	હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે મોડેલ દેખાડવા માટે modelkit મેનુ ખોલો.
05:23	સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને add hydrogens વિકલ્પ પસંદ ક્લિક કરો.
05:28	હવે પેનલના મોડેલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે દેખાય છે.
05:33	પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને પણ પાણીના અણુ સાથે બતાડ્યું છે.
05:38	પાણીના અણુ ને સંતાડવા માટે આપેલ પગલા અનુસરો.
05:43	પ્રથમ પોપ અપ ને ખોલો અને Select. પર જાઓ.
05:48	સબ મેનુમાંથી Hetero (હેટરો) પસંદ કરો “All Water વિકલ્પ પસંદ કરો.
05:55	ફરીથી પોપ અપ મેનુ ને ખોલો Style, Scheme પર જાઓ અને CPK spacefill વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:05	આ બધા પાણીના અણુઓને CPK Spacefill ડિસ્પ્લે માં રૂપાંતર કરશે.
06:11	પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને Style પર જાઓ Atoms માટે સ્ક્રોલ કરો અને Off વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:22	હવે પેનલ પર આપણી પાસે પાણીના અનુ વગર ઇન્સ્યુલીન સ્ટ્રક્ચર છે.
06:27	આગળ આપણે વિવિધ ફોરમેટસ મા પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર દેખાડવાનું શીખીશું.
06:35	પોપ-અપ મેનુ ખોલો.
06:37	Select વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:39	પ્રોટીન માટે સ્ક્રોલ કરો અને All વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:44	પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને 'Style, માટે સ્ક્રોલ કરો અને Scheme. પર જાઓ.
06:50	સબ મેનુ આપેલ વિકલ્પો સાથે ખુલે છે જેમકે CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, વગેરે.
07:02	સબ મેનુ માંથી Cartoon વિકલ્પ પસંદ કરો.
07:07	આ ડિસ્પ્લે પ્રોટીન ના સ્ટ્રક્ચર જેમકે helices, random coils, strands, sheets વગેરે દેખાડે છે.
07:17	વધુ ડિસ્પ્લેના વિકલ્પો માટે,
07:19	પોપ અપ મેનુ ને ખોલો અને Style, માટે સ્ક્રોલ કરી Structures પસંદ કરો.
07:25	અહી આપણે પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરને ડિસ્પ્લે કરવા માટે બીજા ઘણા વિકલ્પો દેખાય છે.
07:31	ઉદાહરણ તરીકે Strands વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
07:35	હવે પેનલ પ્રોટીન Strands ના જેમ દેખાય છે.
07:40	ડિસ્પ્લે નો રંગ બદલવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો Color માટે સ્કોલ કરી Atoms પસંદ કરો અને Blueવિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
07:52	પેનલ પર થતા રંગના ફેરફાર નું અવલોકન કરો.
07:56	સ્ટ્રક્ચરને ફરી Ball-and-stick મા પાછુ રૂપાંતર કરવા માટે,
07:59	પોપ -અપ મેનુ ખોલો Style પસંદ કરો,અને પછી Scheme અને Ball and stick વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
08:08	આપણે પ્રોટીન મોડેલમા hydrogen bonds અને di-sulpfide bonds હાઈલાઈટ પણ કરી શકીએ છીએ.
08:14	hydrogen bonds ને ડીસ્લ્પે કરવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો Style માટે સ્ક્રોલ કરો અને પછી Hydrogen Bonds વિકલ્પ પસંદ કરો.
08:25	પોપ -અપ મેનુમા Hydrogen Bonds વિકલ્પ ઘણા ફીચર ધરાવે છે જેમકે
08:30	Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35	Set Hydrogen Bonds in the Backbone. અને બોન્ડ્સની જડાઈ બદલવા માટે પણ વિકલ્પ ધરાવે છે.
08:42	મોડેલ મા hydrogen bonds દેખાડવા માટે Calculate વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
08:47	hydrogen bonds સફેદ અને લાલ લાંબા ડેશેસ ના જેવું દેખાય છે.
08:53	hydrogen bonds ની જડાઈ બદલવા માટે , પોપ -અપ મેનુ માંથી 0.10 A વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
09:02	હવે પેનલ પર આપણે જાળા hydrogen bonds. ફરી જોઈ શકીએ છીએ.
09:06	આપણે hydrogen bonds ના રંગો પણ બદલી શકીએ છીએ.
09:11	પોપ -અપ મેનુમા સ્ક્રોલ કરી Color અને Hydrogen Bonds પસંદ કરીને orange વિકલ્પ પસંદ કરો.
09:20	પેનલ પર આપણી પાસે બધા hydrogen bonds નારંગી રંગ મા છે.
09:25	ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડ્સ અને સલ્ફર પરમાણુ મોડેલમાં પીડા રંગમા દેખાય છે.
09:31	ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડમા સુધારા કરવા માટે પોપ-અપ મેનુમાં disulfide bonds વિકલ્પને ખોલો
09:38	એવા ફીચર પર ક્લિક કરો જેને તમે બદલવા ઇચ્છતા હોય જેમકે માપ અને રંગ વગેરે.
09:44	તેજ પ્રકારે વિવિધ enzymes 'ની ફાઈલોને .pdb ફોરમેટમા ખોલવાનો પ્રયત્ન કરો અને 3D સ્ટ્રક્ચર મા તેને જુઓ.
09:51	ચાલો સારાંશ લઈએ આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા:
09:57	* Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા
10:00	* .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.
10:05	* PDB code. વાપરીને ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચર ને જોતા.
10:10	* પાણીના પરમાણુ વગર પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને જોતા
10:14	* સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
10:17	* hydrogen bonds અને disulfide bonds. ને હાઈલાઈટ કરતા.
10:22	અહીં તમારા માટે અસાઇનમેન્ટ છે.
10:24	* PDB ડેટાબેસ પરથી Human Hemoglobin ની .pdbફાઈલ ડાઉન લોડ કરો .
10:31	* cartoon ડિસ્પ્લેમા સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર બતાઓ.
10:35	* પ્રોટીનના “porphyrin” યુનિટને હાઈલાઈટ કરો.
10:39	* PDB code.' માટે આપેલ લીનક નો સંદર્ભ લો
10:42	આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial
10:46	તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
10:50	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
10:55	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ:
10:57	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે.
11:01	જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે.
11:06	વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરી, contact@spoken-tutorial.org પર લખો.
11:13	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે.
11:18	જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે.
11:25	આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
11:31	IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki