Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Tamil

Time	Narration
00:01	புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள் (Macromolecules) குறித்த ஸ்போகன் டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கபோவது
00:09	* Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரதங்களின் அமைப்புகளை ஏற்றுதல்
00:13	* PDB தரவுத்தளத்தில் இருந்து .pdb fileகளை தரவிறக்குதல்
00:18	* புரதங்களின் இரண்டாம் அமைப்பை பல்வேறு formatகளில் காட்டுதல்
00:24	* ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டைசல்பைடு பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்துதல்.
00:29	இந்த டுடோரியலை தொடர Jmol அப்ளிகேஷன் விண்டோவில் அடிப்படை செயல்பாடுகள் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.
00:37	இல்லையெனில் அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு எங்கள் வலைத்தளத்தைக் காணவும்.
00:42	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய நான் பயன்படுத்துவது
00:46	* உபுண்டு இயங்குதளம் பதிப்பு. 12.04
00:50	* Jmol பதிப்பு 12.2.2
00:54	* Java பதிப்பு 7
00:57	* மொசில்லா ஃபயர்பாக்ஸ் ப்ரெளசர் 22.0.
01:02	பின்வருவனபோன்ற பெரிய உயிர்மூலக்கூறுகளின் (biomolecules) அமைப்பு பகுப்பாய்வை Jmol அப்ளிகேஷனை பயன்படுத்தி செய்ய முடியும்
01:06	* புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள்
01:10	* நியூக்ளிக் அமிலங்கள், DNA மற்றும் RNA
01:13	* படிக அமைப்புகள் (Crystal structures) மற்றும் பல்லுறுப்பிகள் (polymers) .
01:19	ஒரு புதிய Jmol விண்டோவை திறந்துவைத்துள்ளேன்.
01:24	தரவுத்தளத்திலிருந்து நேரடி தரவிறக்கம் மூலம் உயிர்மூலக்கூறுகளின் முப்பரிமாண அமைப்புகளை காணமுடியும்.
01:29	அதைசெய்ய, File menu மீது க்ளிக் செய்து, Get PDB க்கு வரவும்
01:36	திரையில் ஒரு input dialog box தோன்றுகிறது.
01:40	குறிப்பிட்ட புரதத்தின் நான்கு இலக்க PDB code ஐ input box ல் டைப் செய்ய வேண்டும்.
01:48	இந்த code ஐ 'Protein Data Bank (PDB) இணையத்தளத்தில்' இருந்து பெற முடியும்
01:53	இது Protein Data Bank ன் இணையதளம் ஆகும்
01:57	புரதங்கள் மற்றும் நியூக்ளிக் அமிலங்கள் போன்ற உயிர்மூலக்கூறுகளின் தகவல்களை கொண்டுள்ளது
02:04	உதாரணமாக: PDB தளத்திலிருந்து கணைய என்சைம் இன்சுலின் (Pancreatic Enzyme Insulin) க்கான PDB code ஐ பெற முயற்சிப்போம்.
02:13	search box ல் புரதத்தின் பெயரை Human Insulin என டைப் செய்து விசைப்பலகையில் Enter விசையை அழுத்துக.
02:24	இப்போது தோன்றும் இணையப்பக்கத்தில் கீழே வரவும்.
02:28	அறியப்பட்ட Human Insulin அமைப்புகளின் பட்டியல் PDB code களுடன் திரையில் தோன்றுகிறது.
02:36	உதாரணமாக, code 4EX1 உடன் உள்ள Human Insulin ஐ தேர்ந்தெடுப்போம்
02:44	புரதத்தின் பெயர் மீது க்ளிக் செய்க.
02:47	அந்த அமைப்பின் அனைத்து தகவல்களுடன் ஒரு விண்டோ திறக்கிறது.
02:52	அந்த தகவல்களாவன
02:54	* Primary Citation
02:56	* Molecular Description மற்றும்
02:58	* Structure Validation ஆகியவை இந்த பக்கத்தில் உள்ளன.
03:02	புரதங்களின் அமைப்புகளை .pdb fileகளாக சேமித்து அவற்றை Jmol ல் முப்பரிமாண அமைப்பில் காண முடியும்
03:12	பக்கத்தின் மேல் வலது மூலையில் உள்ள Download Files இணைப்பு மீது க்ளிக் செய்க.
03:20	கீழிறங்கு பட்டியலில், PDB file (gz) தேர்வை தேர்ந்தெடுக்கவும்
03:28	திரையில் ஒரு dialog box திறக்கிறது.
03:32	Save file தேர்வை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:35	OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க.
03:39	புரத அமைப்பு Downloads folder ல் 4EX1.pdb.gz ஆக சேமிக்கப்படும்.
03:51	அதேபோல, பல்வேறு புரதங்களின் தேவையான .pdb fileகளை தரவிறக்கி அவற்றை தனித்தனி fileகளில் சேமிக்கலாம்.
04:02	இப்போது இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பை காண Jmol விண்டோவுக்கு வருவோம்.
04:09	உங்களிடம் இணைய இணைப்பு இருந்தால் புரத அமைப்பை Jmol panel ல் நேரடியாக தரவிறக்க முடியும்.
04:15	நான்கு இலக்க PDB code “4EX1” ஐ உரைப்பெட்டியில் டைப் செய்து OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க.
04:25	உங்களிடம் இணைய இணைப்பு இல்லையெனில், tool bar ல் உள்ள Open a File ஐகான் மீது க்ளிக் செய்க.
04:34	panel ல் dialog box திறக்கிறது.
04:38	4EX1.pdb.gz file உள்ள இடம் அதாவது Downloads folder க்கு செல்க.
04:47	Downloads folder ஐ தேர்ந்தெடுத்து open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க.
04:52	4EX1.pdb.gz file ஐ தேர்ந்தெடுத்து open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க.
05:00	திரையில் இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பு திறக்கிறது.
05:05	panel ல் புரதத்தின் முன்னிருப்பு display, ball and stick ஆகும்
05:12	panel ல் புரத்தின் மாதிரி ஹைட்ரஜன் அணுக்கள் இல்லாமல் காட்டப்படுகிறது.
05:17	ஹைட்ரஜன் அணுக்களுடன் மாதிரியைக் காட்ட modelkit menu ஐ திறக்கவும்.
05:23	add hydrogens தேர்வுக்கு வந்து அதன் மீது க்ளிக் செய்க.
05:28	இப்போது ஹைட்ரஜன் அணுக்களுடன் இந்த மாதிரி panel ல் காட்டப்படுகிறது.
05:33	நீர் மூலக்கூறுகளுடன் புரத அமைப்பும் காட்டப்படுகிறது.
05:38	நீர் மூலக்கூறுகளை மறைக்க , காட்டப்படும் படிகளை பின்பற்றவும்.
05:43	முதலில் pop-up menu ஐ திறந்து பின் Select க்கு செல்க
05:48	துணை-menu ல், Hetero ஐ தேர்ந்தெடுத்து “All Water தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
05:55	மீண்டும் pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று, Scheme ல் CPK spacefill தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
06:05	இது அனைத்து நீர் மூலக்கூறுகளையும் CPK Spacefill display ஆக மாற்றும்.
06:11	மீண்டும் pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று Atoms ல் Off தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
06:22	இப்போது panel ல் நீர் மூலக்கூறுகள் ஏதும் இல்லாமல் இன்சுலின் அமைப்பை கொண்டுள்ளோம்.
06:27	இப்போது, பல்வேறு formatகளில் புரதத்தின் இரண்டாம் அமைப்பை காட்ட கற்போம்.
06:35	pop-up menu ஐ திறக்கவும்.
06:37	Select தேர்வுக்கு சென்று.
06:39	Protein ல் All தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
06:44	pop-up menu ஐ மீண்டும் திறந்து 'Style ல் Scheme க்கு வரவும்
06:50	பின்வரும் தேர்வுகளுடன் ஒரு துணை-menu திறக்கிறது CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, மேலும் பல
07:02	துணை-menu ல் Cartoon தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
07:07	புரதங்களின் இரண்டாம் அமைப்புகளை திருகுகள், சீரற்ற சுருள்கள், இழைகள், தாள்கள் போன்றவைகளாக இந்த display காட்டுகிறது.
07:17	மேலும் display தேர்வுகளுக்கு,
07:19	pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று பின் Structures செல்க.
07:25	இங்கே புரதத்தின் இரண்டாம் அமைப்பை காட்ட பல தேர்வுகள் உள்ளன.
07:31	உதாரணமாக Strands தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
07:35	புரதம் இப்போது இழைகளாக panel ல் காட்டப்படுகிறது.
07:40	display ன் நிறத்தை மாற்ற, Pop-up-menu ஐ திறக்கவும். Color க்கு வந்து Atoms ஐ தேர்ந்தெடுத்து Blue தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
07:52	panel ல் நிற மாற்றத்தை கவனிக்கவும்.
07:56	Ball-and-stick display க்கு அமைப்பை மீண்டும் மாற்ற,
07:59	pop-up menu ஐ திறந்து, Style ஐ தேர்ந்தெடுத்து பின், Scheme ல் Ball and stick தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
08:08	இந்த புரத மாதிரியில் ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டை-சல்பைடு( di-sulpfide) பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் முடியும்.
08:14	ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளை காட்ட: pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று பின் Hydrogen Bonds தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
08:25	Pop-up menu ல் Hydrogen Bonds தேர்வு பின்வரும் அம்சங்களை கொண்டுள்ளது:
08:30	Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35	Set Hydrogen Bonds Backbone. மேலும் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற தேர்வுகளும் உள்ளன.
08:42	மாதிரியில் ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளை காட்ட Calculate தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
08:47	ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் வெள்ளை சிவப்பு கோடுகளாக காட்டப்படுகின்றன.
08:53	ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற, pop-up-menu ல் 0.10 Angstrom தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
09:02	இப்போது panel ல் தடிமனான ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளைக் காணலாம்.
09:06	ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் நிறத்தை மாற்றவும் முடியும்.
09:11	Pop-up-menu ல் Color க்கு வந்து பின் Hydrogen Bonds ல் orange தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
09:20	panel ல், அனைத்து ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளையும் ஆரஞ்ச் நிறத்தில் கொண்டுள்ளோம்.
09:25	மாதிரியில் டைசல்பைடு பிணைப்புகள், மற்றும் சல்பர் (sulphur) அணுக்கள் மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகின்றன.
09:31	டைசல்பைடு பிணைப்புகளை மாற்ற pop menu ல் disulfide bonds தேர்வை திறக்கவும்
09:38	நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் அம்சங்களான அளவு, நிறம் போன்றவற்றின் மீது க்ளிக் செய்க.
09:44	அதேபோல வெவ்வேறு என்சைம் (enzyme) களின் .pdb fileகளை திறந்து அவற்றின் முப்பரிமாண அமைப்புகளை காண முயற்சிக்கவும்.
09:51	சுருங்கசொல்ல. இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது
09:57	* Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரத அமைப்புகளை ஏற்றுதல்
10:00	* தரவுத்தளத்திலிருந்து .pdb fileகளை தரவிறக்குதல்
10:05	* PDB code ஐ பயன்படுத்தி இன்சுலினின் முப்பரிமாண அமைப்பை காணுதல்
10:10	* நீர் மூலக்கூறுகள் இல்லாமல் புரத அமைப்பை காணுதல்
10:14	* வெவ்வேறு formatகளில் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுதல்
10:17	* ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டைசல்பைடு பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்துதல்.
10:22	இங்கே உங்களுக்கான பயிற்சி.
10:24	* PDB தரவுத்தளத்திலிருந்து Human Hemoglobin ன் .pdb file ஐ தரவிறக்குக
10:31	* cartoon display ல் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுக
10:35	* புரதத்தின் “porphyrin” unitகளை முன்னிலைப்படுத்தவும்
10:39	* PDB code க்கு பின்வரும் இணைப்பைக் காணவும்
10:42	இந்த இணைப்பில் உள்ள காணொளியைக் காணவும் http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial
10:46	இது ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டம் பற்றி சுருங்க சொல்கிறது
10:50	உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கிக் காணவும்
10:55	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு ஸ்போகன் டுடோரியல்களைப் பயன்படுத்தி செய்முறை வகுப்புகள் நடத்துகிறது
11:01	இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்களும் அளிக்கிறது.
11:06	மேலும் தகவல்களுக்கு contact@spoken-tutorial.org க்கு மின்னஞ்சல் எழுதவும்.
11:13	ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடங்கள் டாக் டு எ டீச்சர் திட்டத்தின் முனைப்பாகும்.
11:18	இதற்கு ஆதரவு இந்திய அரசு துவக்கிய MHRD இன் ஐசிடி மூலம் தேசிய கல்வித்திட்டத்தின் வழியே கிடைக்கிறது.
11:25	இந்த திட்டம் பற்றிய மேலதிக தகவல்கள் கீழுள்ள இணைப்பில் கிடைக்கும் http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
11:31	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Priyacst