Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Telugu
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 21:30, 31 January 2018 by Simhadriudaya (Talk | contribs)
| Time | Narration |
| 00:01 | అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన్ Jmol పై ఈ ట్యుటోరియల్కు స్వాగతం. |
| 00:08 | ఈ ట్యుటోరియల్ లో, మనము Jmol panel పై Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను Load చేయటం, |
| 00:16 | ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క డిస్ప్లే ను మార్చటం, |
| 00:20 | amino acid residues ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటం, |
| 00:25 | ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయటం, మరియు |
| 00:30 | protein కొరకు Ramachandran plot ను చూడటం నేర్చుకుంటాము. |
| 00:35 | ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు ప్రాథమిక జీవరసాయన శాస్త్రం గురించి మరియు |
| 00:41 | Jmol అప్లికేషన్ విండో నుండి ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి అవగాహన ఉండాలి. |
| 00:46 | దయచేసి, Jmol అప్లికేషన్ సిరీస్ లో Proteins and Macromolecules ట్యుటోరియల్ ను చుడండి. |
| 00:53 | అది ఈ క్రింది లింక్ లో అందుబాటులో ఉంది. |
| 00:57 | ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేయడానికి, నేను Ubuntu ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్ వర్షన్ 12 .04 |
| 01:05 | Jmol వర్షన్ 12.2.2 |
| 01:08 | Java వర్షన్ 7 మరియు Mozilla Firefox browser 22.0 లను ఉపయోగిస్తున్నాను. |
| 01:16 | Jmol window ను తెరచి,hexokinase ఎంజైమ్ యొక్క నిర్మాణం ను load చేయండి. |
| 01:22 | నేను internet కు కనెక్ట్ అయ్యాను. కాబట్టి, నేను నిర్మాణాన్ని PDB website నుంచి నేరుగా load చేస్తాను. |
| 01:28 | అలాచేయుటకు ఫైల్ మెనుని తెరచి, స్క్రోల్ చేసి, Get PDB ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి. |
| 01:37 | ఒక Input dialogue-box తెరపై కనిపిస్తుంది. Hexokinase యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB కోడ్ ను అనగా 3IDH ను టెక్స్ట్ బాక్స్ లో టైప్ చేయండి. |
| 01:50 | ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank నుండి పొందవచ్చు. |
| 01:55 | మీకు ఒక వేళ ఇంటర్నెట్ కనెక్షన్ లేకుంటే, టూల్ బార్ లోని, Open a file ఐకాన్ ను ఉపయోగించి, ఇప్పటికే ఉన్న pdb ఫైల్ ను తెరవండి. |
| 02:06 | OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి. |
| 02:09 | glucokinase అని కూడా పిలవబడే hexokinase యొక్క 3D నిర్మాణం స్క్రీన్ పైన తెరుచుకుంటుంది |
| 02:16 | File మెనూ ను ఉపయోగించి, Console విండో ను తెరవండి. |
| 02:21 | Console పై చూపినట్లుగా, Human Pancreatic Glucokinase ఉపరితలంతో పాటుగా Glucose కొరకు నిర్మాణం ప్యానెల్ పై ఉంది. |
| 02:31 | console ను మూసివేయండి. |
| 02:34 | మనం ప్యానల్ పై, hexokinase యొక్క ball and stick మోడల్ ను కలిగి ఉన్నాము. |
| 02:40 | ప్యానెల్ పై గల protein model నుండి నీటి అణువులను తొలగించండి. |
| 02:44 | ఈ తొలగించు పద్దతి Jmol ట్యుటోరియల్ Proteins and macromolecules నందు పూర్తిగా వివరించబడింది. |
| 02:53 | hexokinase ఎంజైమ్ గురించి చెప్పాలంటే, |
| 02:56 | Hexokinase 465 అమినో ఆసిడ్స్ గల ఒక monomeric protein. |
| 03:02 | అది రెండు domains ను కలిగి ఉంటుంది. ఒక పెద్ద డొమైన్ మరియు ఒక చిన్న డొమైన్. |
| 03:07 | ఈ enzyme యొక్క active-site, ఈ రెండు డొమైన్ ల మధ్య, cleft నందు ఉంటుంది. |
| 03:14 | hexokinase యొక్క ఆక్టివ్-సైట్, 204 వద్ద Aspergine , 231 వద్ద Aspergine మరియు 256 వద్ద Glutamic acid అనే మూడు అమినో యాసిడ్ రెసిడ్యూస్ లను కలిగి ఉంటుంది. |
| 03:30 | ఈ ఎంజైమ్ కు Alpha-D-Glucose అనేది substrate |
| 03:34 | ఇప్పుడు Jmol ప్యానెల్ కు తిరిగి వెళ్దాం. |
| 03:38 | మనం Substrate, Cofactors లేదా Amino acid residues వంటి ఎంజైమ్స్ యొక్క విభాగాలను ఆక్టివ్ సైట్ వద్ద సెలెక్ట్ చేయవచ్చు మరియు హైలైట్ చేయవచ్చు. |
| 03:49 | ఒక నిర్దిష్ఠ విభాగమును ఎంచుకొనుటకు - రైట్-క్లిక్ చేసి, పాప్-అప్ ను తెరవండి. |
| 03:55 | Select ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి, |
| 03:57 | Proteins సబ్-మెనూ నుండి By Residue name ను ఎంచుకోండి. |
| 04:04 | ఇక్కడ మనం జాబితాచేయబడిన విడివిడి amino acid residues లను కలిగిఉన్నాము. |
| 04:10 | దాన్ని ఎంచుకోవడానికి అమినో యాసిడ్ యొక్క పేరు పై క్లిక్ చేయండి. |
| 04:14 | అలాగే,అమినో యాసిడ్స్ Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged మొదలైనటునవంటి హెడింగ్స్ క్రిందన సమూహం చేయబడ్డాయి. |
| 04:26 | Hetero లో జాబితా చేయబడినవి, అయాన్ లోహం potassium మరియు substrate glucose. |
| 04:34 | substrate binding site ను సులభంగా గుర్తించడానికి, enzyme యొక్క ప్రదర్శనను మనం సవరించవచ్చు. |
| 04:41 | ప్రోటీన్ యొక్క పరమాణువుల, రంగును మరియు ప్రదర్శనను మార్చుదాం. |
| 04:46 | పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, ఆపై Select కు వెళ్లి, Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All పై క్లిక్ చేయండి. |
| 04:55 | మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేసి, ఆపై Scheme కు వెళ్ళి, Sticks పై క్లిక్ చేయండి. |
| 05:05 | ఇప్పుడు మనం ప్యానెల్ పై, ప్రోటీన్ ను sticks ప్రదర్శనలో కలిగిఉన్నాము. |
| 05:11 | ఇప్పుడు రంగును మార్చుటకు, పాప్-అప్ మళ్ళీ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి Blue ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి. |
| 05:23 | స్క్రీన్ పైన మనం, hexokinase యొక్క నమూనాను నీలం రంగులో మరియు sticks ప్రదర్శనలో కలిగిఉన్నాము. |
| 05:30 | Alfa-D-Glucose ఉపరితలం, క్లెఫ్ట్ లో ball and stick లో ప్రదర్శనను గమనించండి. |
| 05:38 | substrate ను హైలైట్ చేయుటకు, పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, Select కు వెళ్ళి, ఆపై Hetero మరియు GLC-ALFA-D-GLUCOSE పై క్లిక్ చేయండి. |
| 05:52 | పాప్-అప్ మెనూ ను మళ్ళీ తెరచి, Style >> Scheme వరకు స్క్రోల్ చేసి Sticks ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 06:00 | రంగును మార్చుటకు, మళ్ళీ పాప్-అప్ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి, White పై క్లిక్ చేయండి. |
| 06:12 | ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క నమూనా substrate యొక్క స్థానంతో స్పష్టంగా హైలైట్ చేయబడింది. |
| 06:20 | అమినో యాసిడ్స్ ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటానికి మనం వాటి రంగును మార్చవచ్చు. |
| 06:26 | అలాచేయటానికి, మనం Console విండో లో కమాండ్స్ ను టైప్ చెయ్యాలి. |
| 06:32 | ముందు చెప్పినట్లుగా, యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద చేరియున్న అమినో యాసిడ్స్, 204 స్థానం వద్ద Aspergine, 231 స్థానం వద్ద Aspergine మరియు 256 స్థానం వద్ద Glutamic acid. |
| 06:50 | File menu ను ఉపయోగించి, console window ను తెరచి, Console పై క్లిక్ చేయండి. |
| 06:57 | నేను కన్సోల్ విండో ను మాగ్నిఫై చేయుటకు Kmag స్క్రీన్ మాగ్నిఫైర్ ను ఉపయోగిస్తున్నాను. |
| 07:03 | $ ప్రాంప్ట్ వద్ద select స్క్వేర్ బ్రాకెట్ లో aspergine కొరకు Asn బ్రాకెట్ మూసి, స్థానం గా 204 ను, సెమికోలన్ color atoms orange అని టైప్ చేసి, |
| 07:25 | ఎంటర్ నొక్కండి. |
| 07:27 | aspargine residue యొక్క పరమాణువులు ఇపుడు ఆరెంజ్ రంగులో ఉండటం గమనించండి. |
| 07:33 | కీ బోర్డ్ నుండి up-arrow బటన్ పై క్లిక్ చేసి, edit పై క్లిక్ చేయండి. |
| 07:39 | అమినో యాసిడ్ స్థానం ను 231 కు మార్చి, పరమాణువుల రంగును ఎరుపుకు మార్చండి. |
| 07:48 | ఎంటర్ నొక్కండి. |
| 07:51 | అప్ -యారో కీ ని మళ్ళీ నొక్కి, అమినో ఆసిడ్ యొక్క పేరును GLU కు అంటే అది glutamic acid, మరియు స్థానాన్ని 256 కు మార్చండి. |
| 08:06 | మరియు పరమాణువుల రంగును ఆకుపచ్చ కు మార్చి, ఎంటర్ నొక్కండి. |
| 08:13 | మన ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క 3D model, substrate తో పాటు యాక్టీవ్-సైట్ హైలైట్ చేయబడి ఉన్నది. |
| 08:23 | అదేవిధంగా, ఇక్కడ చూపిస్తున్న మోడల్ లో potassium పరమాణువు కూడా ఉదా రంగులో హైలైట్ చేయబడిఉంది. |
| 08:30 | మనం jmol లో ఒక నిర్ధిష్ట ప్రోటీన్ కొరకు ramachandran plots ను కూడా చూపవచ్చు. |
| 08:36 | console పై, డాలర్ ప్రాంప్ట్ వద్ద plot ramachandran అని టైప్ చేసి, |
| 08:45 | ఎంటర్ నొక్కండి. |
| 08:47 | తెరపై, మనం hexokinase కొరకు ఒక ramachandran plot ను కలిగి ఉన్నాము. |
| 08:54 | డేటా బేస్ నుండి pdb files ను ఉపయోగించి,వివిధ ఎంజైమ్స్ ను load చేయటానికి ప్రయత్నించండి. |
| 09:00 | ద్వితీయ నిర్మాణము యొక్క ప్రదర్శనను మార్చండి. |
| 09:04 | సారాంశం చూద్దాం. మనం నేర్చుకున్నవి. Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను PDBకోడ్ ను ఉపయోగించి Load చేయటం, |
| 09:14 | ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క ప్రదర్శనను మార్చడం, |
| 09:17 | యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద amino acid residues ను హైలైట్ చేయడం, |
| 09:21 | ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయడం, |
| 09:25 | ప్రోటీన్స్ కొరకు ramachandran ప్లాట్ ను చూపడం. |
| 09:30 | అసైన్మెంట్ గా, Jmol ప్యానెల్ పై Lysozyme ఎంజైమ్ యొక్క dot pdb ఫైల్ ను లోడ్ చేయండి. |
| 09:38 | ఎంజైమ్ చుట్టూ ఉన్న ఉపరితలాన్ని హైలైట్ చేయండి. |
| 09:42 | యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద అమినో యాసిడ్స్ ను హైలైట్ చేయండి. |
| 09:46 | సూచన: Lysozyme యొక్క pdb ఫైల్ ను PDB database నుండి పొందండి. |
| 09:52 | ఈ URL వద్ద ఉన్న వీడియో ను చూడండి. |
| 09:56 | అది Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ కు సారాంశం ను ఇస్తుంది. |
| 10:00 | ఒకవేళ మీకు మంచి బ్యాండ్ విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దానిని డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు. |
| 10:04 | స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్ |
| 10:07 | వర్క్ షాప్ లను నిర్వహిస్తుంది మరియు ప్రశంసాపత్రాలను అందిస్తుంది. |
| 10:10 | మరిన్ని వివరాలకు మాకు వ్రాయండి. |
| 10:14 | Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ అనేది, Talk to a Teacher అనే ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం. |
| 10:19 | దీనికి NMEICT, MHRD సహకారం అందిస్తుంది. |
| 10:25 | దీనిపై మరిన్ని వివరాలు ఈ లింక్ పై అందుబాటులో ఉన్నవి. |
| 10:30 | దీనిని తెలుగులోనికి అనువదించినది స్వామి. మరియు నేను ఉదయలక్ష్మి ధన్యవాదములు. |
