UCSF-Chimera/C4/Attributes/Hindi

Time	Narration
00:01	Attributes पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:05	इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे परमाणुओं, रेसीड्यूज़ और मॉडल्स के ऐट्रिब्यूट्स बदलना।
00:13	B-factor वैल्यूज़ के आधार पर एक प्रोटीन में परमाणुओं को रंग करना।
00:18	kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आदर पर रेसीड्यूज़ को रंग करना।
00:24	इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए। यदि नहीं हैं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेबसाइट पर जाएँ।
00:33	इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04, Chimera वर्जन 1.10.2, Mozilla Firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कारकरी इन्टरनेट कनेक्शन।
00:50	यहाँ मैंने एक Chimera विंडो खोली है।
00:54	कमांड लाइन उपयोग करके Leucine zipper का स्ट्रक्चर खोलें।
00:52	कमांड टेक्स्ट बॉक्स में टाइप करें open 1zik एंटर दबाएँ।
01:05	पैनल पर मॉडल ribbons की तरह दिखता है।
01:10	Presets मेन्यू उपयोग करके डिस्प्ले को Interactive 2 में बदलें।
01:14	जल अणुओं को छिपाने के लिए कमांड लाइन पर टाइप करें delete solvent, एंटर दबाएँ।
01:22	डिस्प्ले को स्टिक्स में बदलने के लिए टाइप करें rep stick, एंटर दबाएँ।
01:30	स्ट्रक्चर में हाइड्रोजन जोड़ने के लिए टाइप करें addh .
01:36	अब हम सीखते हैं लिंक इस स्ट्रक्चर के लिए atoms और residues के ऐट्रिब्यूट्स को कैसे बदलते हैं।
01:43	Attributes नामों और वैल्यूज़ के साथ विशेषताएं होते हैं।
01:47	Chimera में आइटम्स जैसे atoms, bonds, residues और molecule models ऐट्रिब्यूट्स रखते हैं।
01:54	Attributes को बदलने के लिए भिन्न-भिन्न तरीके हैं।
01:57	Favorites मेन्यू उपयोग करके Model Panel खोलें।
02:01	स्क्रीन पर Model Panel डायलॉग बॉक्स खुलता है।
02:05	पैनल के दायीं तरफ attributes बटन पर क्लिक करें।
02:10	स्क्रीन पर 1zik के लिए Attributes डायलॉग बॉक्स खुलता है।
02:15	डायलॉग बॉक्स attribute सूची रखता है।
02:18	सूची Molecule Attributes और इसके कंपोनेंट्स Atom, bond और residue attributes रखती है।
02:28	Molecule Attributes चुनें।
02:31	उपलब्ध attributes विंडो पर सूचीबद्ध हैं।
02:35	उदाहरण के लिए – एरोमेटिक रिंग्स के डिस्प्ले को बदलने के लिए aromatic display के आगे वाले बटन पर क्लिक करें।
02:42	ड्राप-डाउन से True चुनें।
02:45	Aromatic ring style में disk चुनें।
02:49	aromatic color के आगे वाले color well पर क्लिक करें।
02:53	color editor से रंग चुनें।
02:56	डायलॉग बॉक्स बंद करें।
02:59	पैनल का निरिक्षण करें, सभी aromatic rings केंद्र में डिस्क्स के साथ दिखती हैं।
03:06	स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को ball and stick में बदलें।
03:10	कमांड लाइन पर टाइप करें rep bs.
03:16	Attributes डायलॉग बॉक्स पर परमाणुओं की Van der Walls radii बदलें।
03:22	ball scale की वैल्यू बदलकर 0.5 करें। एंटर दबाएँ।
03:27	पैनल का निरिक्षण करें। परमाणु बहुत बड़े परमाण्विक रेडिआई के साथ दिखते हैं।
03:33	Molecular Attributes चेक बॉक्स पर दोबारा क्लिक करें।
03:38	सूची से Component Atom Attributes पर क्लिक करें।
03:43	तत्स्थानी विंडो में atom style button पर क्लिक करें।
03:48	ड्राप डाउन मेन्यू में बहुत से विकल्प हैं।
03:51	डिस्प्ले को cpk में बदलने के लिए sphere पर क्लिक करें।
03:55	पैनल का निरिक्षण करें।
03:57	डिस्प्ले में वापस जाने के लिए dot चुनें।
04:02	अब Component Bond Attributes पर क्लिक करें।
04:10	यहाँ bond style को stick या wire में बदलने के लिए विकल्प हैं।
04:13	Component Residue Attributes पर क्लिक करें।
04:17	यहाँ रिबन के ऐट्रिब्यूट्स बदलने के लिए हमारे पास विकल्प हैं।
04:22	Presets मेन्यू उपयोग करके पैनल पर स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को ribbons में बदलें।
04:28	अब Attribute डायलॉग बॉक्स पर क्लिक करें।
04:32	Attribute डायलॉग बॉक्स में ribbon color के आगे वाले color well पर क्लिक करें. रिबन कलर को चुनें।
04:41	color editor को बंद करने के लिए close पर क्लिक करें।
04:46	ribbon और scaling के क्रॉस-सेक्शन (अनुप्रस्थ काट) को बदलने के लिए विकल्प हैं।
04:52	डायलॉग बॉक्स बंद करें।
04:55	Presets मेन्यू उपयोग करके दोबारा परमाणुओं के डिस्प्ले क बदलें।
05:00	Tools मेन्यू उपयोग करके Attributes को बदला जा सकता है।
05:03	Tools मेन्यू पर क्लिक करें, Structure Analysis तक नीचे जाएँ
05:09	और सब-मेन्यू से Render by Attribute विकल्प चुनें।
05:14	Render by attribute डायलॉग बॉक्स खुलता है।
05:17	यहाँ atoms, residues, molecules, segmentation regions आदि के ऐट्रिब्यूट्स बदलने के लिए विकल्प हैं।
05:27	atoms चुनें। Render पर क्लिक करें।
05:32	उपलब्ध विकल्पों की जाँच के लिए Attribute सूची पर क्लिक करें।
05:37	सूची दो विकल्प दिखाती है: bfactor और occupancy
05:43	ये दो ऐट्रिब्यूट्स इनपुट PDB फाइल से पढ़े जा सकते हैं।
05:48	bfactor चुनें।
05:50	रंगीन उर्ध्वाधर बार्स के साथ वैल्यूज़ का एक हिस्टोरम दिखेगा।
05:55	B-factor वैल्यूज़ मैक्रोमॉलिक्यूल्स में गतिशीलता की माप देती हैं।
06:01	कम B-factor वैल्यूज़ के पामाणु, स्ट्रक्चर का भाग जो सुव्यवस्थित है, से सम्बंधित हैं।
06:08	बड़े B-factor वैल्यूज़ के पामाणु, स्ट्रक्चर का भाग जो बहुत लचीला है, से सम्बंधित हैं।
06:15	प्रोटीन स्ट्रक्चर के लिए PDB फाइल B-factor जानकारी रखती है।
06:21	पैनल पर वापस आएं।
06:23	उर्ध्वाधर बार्स माउस से हिस्टोग्राम के साथ ड्रैग की जा सकती हैं।
06:29	B-factor की वैल्यू Value टेक्स्ट बॉक्स में दिखती है।
06:34	नीली उर्ध्वाधर बार को ज़ीरो तक लाल को 100 तक ड्रैग करें।
06:41	फिर सफ़ेद बार को 50 पर फिक्स करें।
06:45	Colors बटन पर क्लिक करें।
06:48	color atoms, keep opaque और color surfaces विकल्पों को चेक करें।
06:55	डिफ़ॉल्ट कलर palette blue और red है।
06:59	आप कलर palette को ड्राप-डाउन से बदल सकते हैं।
07:04	Apply बटन पर क्लिक करें।
07:07	पैनल का निरिक्षण करें। बड़े B-factor वाले परमाणु लाल में और कम वाले नीले में दिखते हैं।
07:16	अपेक्षित की तरह बड़े B-factors के परमाणु स्ट्रक्चर के बाहर की तरफ हैं।
07:22	अब रेसीड्यूज़ के ऐट्रिब्यूट्स को बदलते हैं।
07:26	Select by Attribute डायलॉग बॉक्स में, Attributes बटन पर क्लिक करें।
07:32	ड्राप डाउन से residues चुनें।
07:36	Render पर क्लिक करें।
07:38	रेसीड्यूज़ में लिए वो ऐट्रिब्यूट्स kdHydrophobicity scale रखते हैं।
07:44	ड्राप डाउन मेन्यू से kdHydrophobicity पर क्लिक करें।
07:48	हिस्टोग्राम में वैल्यूज़ दिखती हैं।
07:52	kdHydrophobicity scales वो वैल्यूज़ हैं जो एमिनो एसिड रेसीड्यूज़ की रिलेटिव hydrophobicity परिभाषित करती हैं।
08:00	KdHydrophobicity वैल्यूज़ hydrophobic residues के लिए पॉज़िटिव और polar residues के लिए नेगेटिव होती हैं।
08:09	रेसीड्यूज़ की Hydrophobicity colors या worms में देखी जा सकती है।
08:15	Colors चुनें। डिफ़ॉल्ट रूप से कुछ पैरामीटर्स चयनित हैं।
08:21	Apply बटन पर क्लिक करें। पैनल का निरिक्षण करें।
08:26	hydrophobic residues का रंग लाल और polar residues का रंग नीला होता है।
08:33	Worms बटन पर क्लिक करें. Apply पर क्लिक करें।
08:38	पैनल का निरिक्षण करें।
08:41	Worms संशोधित रिबन्स हैं जो जिनकी रेडियस (त्रिज्या) परिवर्तित होती है।
08:47	अधिकतर hydrophobic residues स्ट्रक्चर के अन्दर की तरफ होते हैं।
08:52	डिफ़ॉल्ट रूप से ज़्यादा hydrophobic residues बड़ी रेडियस के दिखेंगे।
09:00	स्ट्रक्चर को सामान्य ribbon में वापस जाने के लिए।
09:03	worm-style पर क्लिक करें और non-worm विकल्प चुनें।
09:09	OK बटन पर क्लिक करें।
09:12	File मेन्यू उपयोग करके Chimera सेशन बंद करें।
09:16	इसे सारांशित करते हैं। इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा परमाणुओं, रेसीड्यूज़ और मॉडल्स के ऐट्रिब्यूट्स को बदलना।
09:25	B-factor वैल्यूज़ के आधार पर प्रोटीन में परमाणुओं को कलर करना।
09:30	kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आधार पर रेसीड्यूज़ को कलर करना।
09:35	नियत कार्य में पैनल पर hemoglobin (PDB code: 2HCO) का मॉडल खोलें. B-factor वैल्यूज़ के आधार पर परमाणुओं को कलर करें।
09:44	kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आधार पर रेसीड्यूज़ को कलर करें।
09:49	यह विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं।
09:56	हम स्पोकन ट्यूटोरियल्स का उपोग करके कार्यशालाएं आयोजित करते हैं और प्रमाणपत्र देते हैं।
10:04	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा वित्त पोषित है।
10:10	आई आई ती बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Jayarastogi, Shruti arya