Avogadro/C2/Build-molecules/Tamil
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 19:04, 16 December 2017 by Balasubramaniam (Talk | contribs)
Time | Narration |
00:01 | அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
00:07 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல், |
00:11 | அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல் |
00:15 | Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல் |
00:17 | Force field ஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல் |
00:21 | Bond length, Bond angleமற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல், |
00:25 | Fragment Library ஐ காட்டுதல் |
00:27 | DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல். |
00:31 | இங்கு நான் பயன்படுத்துவது: Linux OS version 14.04, Avogadro version 1.1.1 மற்றும் இணைய இணைப்பு |
00:44 | இந்த டுடோரியலைப் புரிந்துகொள்ள அடிப்படை வேதியியல் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். Avogadro 1.1.1ஐப் பதிவிறக்க திரையில் தோன்றும் இணைப்பிற்கு செல்க. |
00:53 | ஏற்கனவே நான் அதைப் பதிவிறக்கி விட்டேன். |
00:56 | Avogadro வை திறக்க Dash Home இல் கிளிக் செய்யவும். |
01:00 | search barல் Avogadro என டைப் செய்யவும். |
01:02 | Avogadro ஐகானை கிளிக் செய்து அதனைத் திறக்கவும் |
01:08 | முதலில் Chemical Structure Database இல் இருந்து Xylene மூலக்கூறை பதிவிறக்கலாம். |
01:15 | ஒரு மூலக்கூறை உள்ளே சேர்ப்பதற்கு இணைய இணைப்பு தேவை. |
01:19 | File மெனுவை கிளிக் செய்து Importக்கு செல்லவும் |
01:23 | ஒரு சப்மெனு தோன்றுகிறது. |
01:25 | Fetch by chemical name என்பதைத் தேர்வு செய்யவும். |
01:28 | Chemical name dialog box தோன்றும். |
01:30 | பயிற்சிக்காக நான் Xylene என டைப் செய்கிறேன். |
01:36 | OK பட்டனை கிளிக் செய்க. |
01:38 | இப்போது Panel இல் Xylene மூலக்கூறு உள்ளது |
01:42 | Panel இல் இந்த மூலக்கூறை rotate செய்யலாம். |
01:45 | Toolbar இல் Navigation tool ஐ கிளிக் செய்யவும். |
01:49 | Cursor ஐ மூலக்கூறின் மேல் வைக்கவும். |
01:52 | இடது மவுஸ் பட்டனை கிளிக் செய்து drag செய்யலாம்.. |
01:56 | Direction அம்புக்குறிகள் drag செய்யப்படிருப்பதை காட்டுகிறது. |
02:00 | Translate செய்வதற்கு ரைட் கிளிக் செய்து drag செய்யவும். |
02:06 | மவுசின் Scroll wheel ஐப் பயன்படுத்தி Zoom in மற்றும் Zoom out செய்யலாம். |
02:10 | இனி, ஒரு மூலக்கூறை புதிதாக எப்படி உருவாக்குவது என்று காண்போம். |
02:14 | Toolbar இல் Draw tool ஐகானைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் |
02:19 | Draw settings மெனுவிற்கு கீழே Element drop down button மற்றும் Bond Order drop down button மற்றும் Adjust Hydrogens check box ஆகியவற்றைக் காணமுடியும். |
02:30 | மூலக்கூறின் வரைபடத்தில் ஹைட்ரஜன்கள் வேண்டாம் எனில் Adjust Hydrogens check box ஐ அன்செக் செய்க. |
02:37 | Element drop down list தனிமங்களின் பட்டியலைக் காட்டுகிறது. |
02:42 | மொத்த Periodic table ஐயும் தனி விண்டோவில் பார்ப்பதற்கு Other பட்டனை கிளிக் செய்க. |
02:48 | Close பட்டன் ஐ கிளிக் செய்து விண்டோவை மூடவும். |
02:51 | Panel இல் நாம் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை வரைவோம். |
02:55 | Element drop down list இல் இருந்து Carbon என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
02:59 | Bond Order drop down list இல் இருந்து Single என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
03:03 | Panel இல் கிளிக் செய்யவும். |
03:05 | ஆறு Carbon அணுக்கள் கொண்ட அறுகோணத்தை Drag and Drop செய்து வரையலாம். |
03:10 | இரட்டை பிணைப்பை காட்டுவதற்கு Bond Order drop down list இல் இருந்து Double என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
03:16 | ஒன்றுவிட்ட பிணைப்புகளை கிளிக் செய்து Benzene அமைப்பை பெறலாம். |
03:21 | Aniline மூலக்கூறை வரைந்து முடிப்போம். |
03:24 | Aniline மூலக்கூறை பெற Element drop down list இல் Nitrogenஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
03:29 | Single Bond Order drop down list இல் இருந்து Singleஐ தேர்ந்தெடுக்கவும் |
03:33 | ஏதேனும் ஒரு Carbon அணுவை கிளிக் செய்து Drag செய்யவும். |
03:39 | இப்போது Build மெனுவிற்கு சென்று Add Hydrogensஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
03:45 | இப்போது Panel இல் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை உருவாக்கியுள்ளோம். |
03:49 | நிலையான இணக்கத்தைப் பெறுவதற்கு, இந்த Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பு optimize செய்யப்பட வேண்டும். |
03:56 | Toolbar இல் Auto Optimization Tool ஐ கிளிக் செய்யவும். |
04:02 | Auto Optimization Settings இடது பக்கத்தில் தோன்றும். |
04:06 | Force Field drop down list ஐ கிளிக் செய்து MMFF94 ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும் |
04:13 | சிறிய ஆர்கானிக் மூலக்கூறுகளை optimize செய்ய இந்த MMFF94 பொதுவாக பயன்படுத்தப்படுகிறது. |
04:20 | Start பட்டனை ஐ கிளிக் செய்யவும் |
04:23 | optimization முடிய சில நொடிகள் ஆகலாம். |
04:28 | Stop ஐ கிளிக் செய்து Optimization Settings ஐ மூடலாம். |
04:33 | இப்போது Aniline மூலக்கூறின் Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளக்கலாம். |
04:40 | Toolbar இல் Click to Measure ஐகானை கிளிக் செய்யவும் |
04:44 | Bond length ஐ அளப்பதற்கு இரண்டு அடுத்தடுத்த Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும். |
04:49 | Bond Angle ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த மூன்று Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும். |
04:55 | dihedral angles ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த நான்கு Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும். |
05:02 | அளக்கப்பட்ட மதிப்புகள் Panel இன் கீழ்ப்புறம் தோன்றும். |
05:07 | இந்த அமைப்பு வரைபடத்தை சேமிக்க File மெனுவில் இருந்து save as ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
05:13 | Save Molecule As உரையாடல் தோன்றும். |
05:17 | File name என்ற இடத்தில் Aniline.cml என்று டைப் செய்யவும். |
05:21 | location ஐ Desktop என்று தேர்வு செய்து Save செய்யவும். |
05:28 | New icon ஐ கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். |
05:32 | Avogadro software, Fragment library யை பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளை உருவாக்கும் வசதியை கொண்டுள்ளது, |
05:38 | Build menu விற்கு செல்லவும். |
05:40 | Insert இல் Fragment option ஐ தேர்வுசெய்யவும். |
05:45 | Insert Fragment dialog box தோன்றும். |
05:49 | பல்வேறு மூலக்கூறுகளின் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள .cml fileகள் உள்ள folderகளை காணமுடியும். |
05:55 | உதாரணமாக alkens folder ஐத் திறப்போம். |
06:00 | folder ஐ double click செய்து அதில் இருக்கும் fileகளைக் காணலாம்.. |
06:04 | 2-methyl-buta-1,3-diene.cml என்பதை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
06:10 | Insert பட்டனைக் கிளிக் செய்யவும். |
06:13 | Close பட்டனைக் கிளிக் செய்து மூடவும். |
06:17 | 2-methyl-1,3-butadiene இன் அமைப்பு இப்போது panel ல் காட்டப்படுகிறது. |
06:22 | இது பொதுவாக Isoprene என அழைக்கபடுகிறது. |
06:26 | Isoprene ஐ வைத்து பல இயற்கை மூலக்கூறுகளின் அமைப்பை வரைய முடியும். |
06:30 | இந்த மூலக்கூறு selectmode இல் இருக்கிறது. |
06:33 | இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும். |
06:39 | உதாரணமாக Isopreneஐ வைத்து Vitamin A மற்றும் natural rubber இன் மூலக்கூறு அமைப்பு உருவாக்கப்பட்டிருப்பதைக் காட்டுகிறேன். |
06:47 | Vitamin A, natural rubber |
06:51 | ஒரு மூலையில் Isopreneஐ Translate செய்கிறேன். |
06:56 | Build menu க்கு சென்று Insert ஐ திறந்து Fragment ஐ தேர்வுசெய்யவும். |
07:02 | கீழே Macrocycles folder க்கு scroll செய்து double click செய்து திறக்கவும். |
07:08 | porphin fragment ஐதேர்ந்தெடுத்து Insert ஐ கிளிக் செய்யவும். |
07:14 | dialog boxஐ மூடவும். |
07:16 | porphyrin fragment ஐ பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளான Chlorophyll மற்றும் Vitamin B12 ஐ நாம் உருவாக்கலாம். |
07:25 | Chlorophyll |
07:27 | Vitamin B12 |
07:30 | Avogadro வை பயன்படுத்தி DNA மற்றும் peptides முதலிய சிக்கலான மூலக்கூறுகளை எளிதாக உருவாக்கலாம். |
07:37 | New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். |
07:41 | ஒரு DNA மூலக்கூறை உள்ளே சேர்க்க Build மெனுவிற்கு சென்று Insert ஐ தேர்வு செய்து சப் மெனுவில் DNA/RNA ஐ கிளிக் செய்க . |
07:51 | Insert Nucleic Acids dialog box தோன்றுகிறது. |
07:55 | DNA/RNA Builder drop down இல் இருந்து DNA ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
08:00 | நான்கு nucleic acid base கள் buttonகளாக காட்டப்படுகிறது. |
08:05 | பட்டன்களில் கிளிக் செய்து nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யவும். |
08:10 | நீங்கள் விரும்பிய nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யலாம். |
08:14 | செயல்விளக்கத்திற்காக நான் A T G C A T G C என்ற sequence ஐ தேர்வு செய்கிறேன். |
08:26 | nucleic acid களின் தேர்வு வரிசைப்படி Sequence text box இல் தோன்றும். |
08:32 | Bases Per Turn drop down இல் A மற்றும் 5.0 ஐ தேர்வு செய்யவும். இது ஒரு helix இல் இருக்கும் base pairகளின் எண்ணிக்கையைக் குறிக்கிறது. |
08:41 | Strands இல் Single என்று தேர்ந்தெடுத்து Insert பட்டனை கிளிக் செய்யவும். |
08:47 | Close பட்டனை கிளிக் செய்து dialog boxஐ மூடவும். |
08:51 | இப்போது panelஇல் single stranded DNA மூலக்கூறு உள்ளது. |
08:56 | இந்த அமைப்பை zoom செய்து panelஇன் மத்தியில் கொண்டுவரவும். |
09:01 | DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும். |
09:09 | Insert மெனுவில் உள்ள Peptide option ஐ வைத்து Peptide sequence ஐ எளிதாக உருவாக்கலாம். |
09:16 | மறுபடியும் New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். |
09:21 | Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptideஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் |
09:26 | Insert Peptide எ தோன்றுகிறது. |
09:29 | Peptide sequence க்கு தேவையான amino acid களை amino acid பட்டனை கிளிக் செய்து தேர்வு செய்யவும். |
09:36 | செயல்விளக்கத்திற்கு நான் Glycine(Gly) -Valine(Val) -Proline(Pro) and Cystine(Cys) என்ற sequence ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன். |
09:45 | தேர்வு செய்யப்பட வரிசை Sequence text box இல் தோன்றுகிறது. |
09:50 | Insert Peptide பட்டனை கிளிக் செய்யவும். |
09:53 | Insert Peptide dialog box ஐ மூடவும். |
09:57 | Panel இல் Peptide சங்கிலி தோன்றுகிறது. |
10:00 | Panel இல் Peptide மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும். |
10:07 | உங்களுக்கு தேவையான அமினோஅமிலங்களை தேர்வு செய்து peptide sequence ஐ உருவாக்கலாம். |
10:13 | இப்போது நாம் அனைத்தையும் நினைவு கூறலாம். |
10:15 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது |
10:18 | database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல், |
10:21 | அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல் |
10:24 | Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல் |
10:26 | Force fieldஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல் |
10:30 | Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல், |
10:35 | Fragment Library ஐ காட்டுதல் |
10:37 | DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல் |
10:41 | தன்னறிவுச்சோதனைக்காக திரையில் தோன்றும் amino acid residues களைப் பயன்படுத்தி protein sequence ஐ உருவாக்குங்கள். |
10:49 | UFF Force field ஐ பயன்படுத்தி வடிவமைப்பை optimize செய்க. |
10:53 | வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும். |
10:58 | A U G C Nucleic acidகளைப் பயன்படுத்தி RNA sequence ஐ உருவாக்குக |
11:04 | வடிவமைப்பை MMFF94 force field ஐ பயன்படுத்தி optimize செய்க. |
11:10 | வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும். |
11:14 | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
11:18 | உங்களிடம் நல்ல bandwidth இல்லை எனில் இதை download செய்து பார்த்துக்கொள்ளலாம். |
11:23 | நாங்கள் spoken tutorialகளை பயன்படுத்தி workshop நடத்தி சான்றிதழ் அளிக்கிறோம். நீங்கள் இந்த இமெயில் முகவரியில் எங்களை தொடர்பு கொள்ளலாம். |
11:30 | இந்திய அரசின் NMEICT, MHRD இந்த spoken tutorial திட்டத்திற்க்கு தேவையான நிதியுதவியை அளிக்கிறது. |
011:36 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். நன்றி. |