Biopython/C2/Blast/Marathi

Time	Narration
00:01	Biopython टूल्स वापरून BLAST वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.
00:06	या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत: Biopython टूल्स वापरून query sequence साठी "BLAST" रन करणे.
00:13	* आणि, पुढील विश्लेषण करीता BLAST आउटपुट पार्स करणे.
00:17	ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यास तुम्हाला अंडरग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत Python प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.
00:27	दिलेल्या लिंक वरील Python ट्यूटोरियल्स पहा.
00:31	हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी Ubuntu ऑपरेटिंग सिस्टम वर्जन 14.10
00:37	* Python वर्जन 2.7.8
00:41	* Ipython interpreter वर्जन 2.3.0
00:46	* Biopython वर्जन 1.64 आणि काम करणारे इंटरनेट कनेक्शन वापरत आहे.
00:52	Basic Local Alignment Search Tool साठी BLAST एक्रोनिम आहे.
00:57	sequence ची माहिती तुलना करण्याकरिता ते algorithm आहे.
01:02	हा प्रोग्राम nucleotide किंवा protein च्या सीक्वेन्सेसना जे डेटाबेस मध्ये सीक्वेन्स आहे त्यांची तुलना करतो आणि जे एकसारखे आहेत त्यांच्या आकडेवारी महत्वाची गणना करतो.
01:14	BLAST रन करण्यास दोन वेग वेगळे मार्ग आहेत:
01:17	तुमच्या मशीन वर स्थित असलेला लोकल BLAST किंवा इंटरनेट मधून NCBI सर्वर्स द्वारे BLAST ला रन करणे.
01:24	Biopython मध्ये कार्यरत BLAST दोन स्टेप्स आहेत.
01:28	प्रथम, तुमच्या query sequence साठी रन BLAST आणि काही आउटपुट मिळवा.
01:33	दुसरा, पुढील विश्लेषण करिता BLAST आउटपुट पार्स करणे.
01:38	आपण न्यूक्लियटाइड सीक्वेन्स साठी टर्मिनल उघडून BLAST रन करूया.
01:43	Ctrl, Alt आणि T किज दाबून टर्मिनल उघडा.
01:48	प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: ipython आणि एंटर दाबा.
01:52	ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, मी तुम्हाला NCBI BLAST सर्विस वापरुन इंटरनेटवर BLAST कसे रन करायचे हे दाखवेल.
02:01	पॅकेज इम्पोर्ट करण्यासाठी प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा: from Bio.Blast Import NCBIWWW . एंटर दाबा.
02:14	पुढे, इंटरनेट वर BLAST रन करण्यासाठी, प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा.
02:20	आपण NCBIWWW मॉड्यूल मध्ये qblast function वापरुया.
02:25	qblast function तीन qblast function घेते:
02:29	ह्याचा पहिला आर्ग्युमेंट blast program आहे जे शोधण्यास वापर होतो.
02:33	दुसरा, निर्देशीत करतो कि डेटाबेस शोधायचा आहे.
02:38	तिसरा आर्ग्युमेंट तुमचा query sequence आहे.
02:43	query sequence साठी इनपुट GI नंबर किंवा FASTA फाइल सारखे असु शकते. किंवा, ते sequence record object सारखे देखील असु शकते.
02:53	ह्या प्रात्यक्षिकेसाठी, मी nucleotide sequence साठी GI number वापरत आहे.
02:58	GI number हे insulin च्या nucleotide sequence साठी आहे.
03:03	qblast function इतर पर्याय आर्ग्यूमेंट्सची संख्या देखील घेते.
03:09	हे आर्ग्युमेंट्स विविध पॅरमीटर्सला सारखे आहेत जे तुम्ही BLAST वेब पेज वर सेट करू शकता.
03:15	qblast function xml फॉर्मॅट मध्ये BLASTपरिणामांना परत करेल.
03:20	टर्मिनल वर परत जाऊ.
03:22	आपल्याला योग्य Blast प्रोग्राम वापरायचे आहेत,जे क्वेरी सीक्वेन्स nucleotide किंवा protein sequence वर अवलंबुन आहे की नाही.
03:30	आपली क्वेरी nucleotide आहे, आपण blastn प्रोग्राम वापरुया आणि "nt" nucleotide डेटाबेसला संदर्भित करेल.
03:39	ह्या बद्दल माहिती NCBI BLAST वेबपेज वर उपलब्ध आहे.
03:45	blast output xml फाइलच्या फॉर्म मध्ये वेरियबल result मध्ये संचित केले आहेत.
03:51	एंटर दाबा.
03:53	तुमच्या इंटरनेटच्या गतीवर अवलंबुन, BLAST चा शोध पूर्ण करण्यासाठी ह्याला काही मिनिटे लागू शकतात.
03:59	पुढील प्रक्रिया करण्यापूर्वी डिस्कवर xml फाईल सेव्ह करण्यासाठी हे महत्वाचे आहे.
04:05	xml file सेव्ह कारण्यस खालील ओळी टाइप करा.
04:09	ह्या कोडच्या ओळी होम फोल्डर मध्ये blast.xml म्हणून रिज़ल्टचे शोध सेव्ह करेल.
04:18	तुमच्या होम फोल्डर मध्ये नॅविगेट करून फाइलला शोधा.
04:21	फाइल वर क्‍लिक करा आणि फाइलचे कॉंटेंट्स तपासा.
04:30	जर तुम्हाला query म्हणून FASTA फाइल वापरायचे असेल तर टेक्स्ट फाइल मध्ये दाखवलेले कोड वापरा.
04:36	जर तुम्हाला क्वेरी म्हणून FASTA फाइल मधून sequence record object वापरायचे असेल, तर येथे कोड आहे.
04:42	टर्मिनल वर परत जाऊ.
04:44	पुढील स्टेप डेटा एक्सट्रॅक्ट करण्यास फाइलला पार्स करा.
04:48	पारसिंग मध्ये प्रथम स्टेप इनपुट साठी xml फाइल उघडणे आहे.
04:53	प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा. एंटर दाबा.
04:57	पुढे, "Bio.Blast" पॅकेज मधून NCBIXML मॉड्यूल इम्पोर्ट करा.
05:05	एंटर दाबा.
05:07	Blast आउटपुट पार्स करण्यास खालील ओळी टाइप करा.
05:11	तुम्हाला BLAST आउटपुट मधून एक्सट्रॅक्ट करण्यास BLAST record मध्ये सर्व माहिती समाविष्ट आहे.
05:18	एका विशिष्ट थ्रेशहोल्ड पेक्षा जास्त असलेला आपल्या blast report मधले सर्व हिट्स बद्दल काही माहिती प्रिंट करू.
05:27	खालील कोड टाइप करा.
05:30	match साठी अत्यंत महत्वपूर्ण, expect स्कोअर 0.01 पेक्षा कमी असणे आवश्यक आहे.
05:37	प्रत्येक hsp साठी, जे उच्च स्कोरिंग पैर आहे, आपल्याला title, length, hsp score, gaps आणि expect value मिळते.
05:49	आपण strings ना देखील प्रिंट करू ज्यात query समाविष्ट आहे, अलाइंड( एका सरळ रेषेत) डेटाबेस सीक्वेन्स आणि स्ट्रिँग, match आणि mismatch पोझिशन्स निर्दिष्ट करते.
06:02	आउटपुट मिळण्यास दोनदा एंटर की दाबा.
06:05	आउटपुट पहा.
06:09	प्रत्येक अलाइनमेंट साठी, आपल्याकडे length, score, gaps, evalue आणि strings आहे.
06:16	तुम्ही Bio.Blast पॅकेज मध्ये उपलब्ध इतर फंक्शन्स वापरुन आवश्यक माहिती extract (काढू) करू शकता.
06:24	आपण ह्या ट्यूटोरियलच्या अंतिम टप्प्यात आहोत.
06:26	थोडक्यात.
06:27	ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण, GI नंबर वापरून query nucleotide sequence साठी "BLAST" रन करणे.
06:36	आणि Bio.Blast.Record मॉड्यूल वापरुन BLAST आउटपुट पार्स करणे शिकलो.
06:43	असाइनमेंट साठी, तुमच्या पसंतीच्या protein सीक्वेन्स साठी BLAST Search रन करा.
06:50	आउटपुट फाइल सेव्ह करून फाइल मधील समाविष्ट डेटा पार्स करा.
06:55	ह्या फाइल मध्ये दाखवल्याप्रमाणे, तुमच्या पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे.
07:01	कोड पहा. आपली क्वेरी protein सीक्वेन्स आहे, आपण BLAST सर्च साठी blastp प्रोग्राम आणि "nr", म्हणजे , नॉन-रिडंडेंट प्रोटीन डेटाबेस वापरले आहेत.
07:16	स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.
07:20	कृपया डाउनलोड करून पहा.
07:22	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.
07:30	अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा.
07:33	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.
07:40	यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.
07:45	मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Ranjana