Jmol-Application/C4/Proteins-and-Macromolecules/Marathi

Time	Narration
00:01	Proteins and Macromolecules वरील ट्यूटोरियलमध्ये आपले स्वागत.
00:06	ह्या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत,
00:09	* Protein Data Bank (PDB) मधून प्रोटीन्सचे स्ट्रक्चर्स लोड करणे.
00:13	* PDB डेटाबेसमधून .pdb files डाऊनलोड करणे.
00:18	* प्रोटीन्सचे सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स विविध स्वरुपात दाखवणे.
00:24	* 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' आणि 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' हायलाईट करणे.
00:29	हा पाठ समजण्यासाठी तुम्हाला, Jmol अप्लिकेशन विंडोमधील मूलभूत ऑपरेशन्सची माहिती असावी.
00:37	नसल्यास, संबधित पाठांसाठी आपल्या वेबसाईटला भेट द्या.
00:42	हे ट्युटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी वापरत आहे
00:46	* 'उबंटू' OS वर्जन 12.04
00:50	* 'Jmol' वर्जन 12.2.2
00:54	* Java वर्जन 7
00:57	* Mozilla Firefox ब्राउजर 22.0
01:02	लार्ज 'बायोमॉलिक्यूल्स'चा स्ट्रक्चर अनॅलिसिस जसे
01:06	* 'प्रोटिन्स' आणि 'मॅक्रोमॉलिक्यूल्स'
01:10	* न्यूक्लिक एसिड्स DNA आणि RNA
01:13	* 'क्रिस्टल स्ट्रक्चर्स आणि पॉलिमर्स' Jmol अप्लिकेशन वापरून केले जाऊ शकते.
01:19	येथे मी एक नवीन Jmol विंडो उघडली आहे.
01:24	biomolecules चे 3D स्ट्रक्चर्स डेटाबेसमधून थेट डाऊनलोड करून पाहिले जाऊ शकतात.
01:29	हे करण्यासाठी, File मेनूवर क्लिक करा, Get PDB पर्यंत खाली स्क्रोल करा.
01:36	स्क्रीनवर एक इनपुट डायलॉग बॉक्स दिसतो.
01:40	आपल्याला इनपूट बॉक्समध्ये विशिष्ट प्रोटीनसाठी PDB कोडचे चार अक्षर टाईप करणे आवश्यक आहे.
01:48	हा कोड प्रोटीन डेटा बॅंक(PDB) वेबसाईटवरून मिळू शकतो.
01:53	प्रोटीन डेटा बॅंकचे हे वेब पेज आहे.
01:57	यावर बायोमॉलिक्यूल्स जसे प्रोटीन्स आणि न्यूक्लिक एसिडसबद्दलची माहिती आहे.
02:04	उदाहरण म्हणून : आपण PDB' वेबसाईटमधून Pancreatic Enzyme Insulin साठी PDB कोड शोधण्याचा प्रयत्न करू.
02:13	सर्च बॉक्समध्ये Human Insulin म्हणून प्रोटीनचे नाव टाईप करा. कीबोर्डवरील एंटर की दाबा.
02:24	आता, वेब-पेज वर हे प्रदर्शित झाले आहे, खाली स्क्रोल करा.
02:28	स्क्रीनवर PDB कोड्ससोबत Human Insulin ची माहिती असलेल्या संरचनांची यादी दिसते.
02:36	उदाहरण म्हणून, Human Insulin सह कोड 4EX1 निवडा.
02:44	प्रोटीनच्या नावावर क्लिक करा.
02:47	संरचनेच्या सर्व माहितीसह विंडो उघडते.
02:52	माहिती जशी
02:54	* Primary Citation
02:56	* Molecular Description आणि
02:58	* Structure Validation ह्या पेजवर उपलब्ध आहेत.
03:02	Jmol मध्ये प्रोटीन्सच्या संरचनांना आपण .pdb म्हणून सेव्ह करू शकतो आणि त्यांना 3D मोडमध्ये पाहू शकतो.
03:12	पेजच्या वरच्या उजव्या कोपर्‍यात Download Files लिंकवर क्लिक करा.
03:20	ड्रॉप डाऊन मेनूमधून, PDB file (gz) पर्याय निवडा.
03:28	स्क्रीनवर एक डायलॉग बॉक्स उघडतो.
03:32	Save file पर्यायवर क्लिक करा.
03:35	OK बटणावर क्लिक करा.
03:39	डाऊनलोड्स फोल्डरमध्ये प्रोटीन्सची संरचना 4EX1.pdb.gz म्हणून सेव्ह केली जाईल.
03:51	त्याचप्रमाणे आपण आपल्याला हव्या असलेल्या विविध प्रोटीन्सच्या फाईल्स डाऊनलोड करून त्या स्वतंत्र फाईली म्हणून सेव्ह करू शकता.
04:02	आता, Insulin ची 3D संरचना पाहण्यासाठी Jmol विंडोवर जाऊ.
04:09	आपण इंटरनेटशी जुडला असाल तर, पॅनलवर प्रोटीन संरचना थेट डाऊनलोड करू शकता.
04:15	चार अक्षरी PDB कोड “4EX1” टेक्स्टबॉक्समध्ये टाईप करून OK बटणावर क्लिक करा.
04:25	जर तुम्ही इंटरनेटशी जुडला नसाल तर, नंतर टूलबारवरील Open a File आयकॉनवर क्लिक करा.
04:34	पॅनलवर एक डायलॉग बॉक्स उघडते.
04:38	4EX1.pdb.gz फाईलच्या स्थानावर जा जो Downloads फोल्डर आहे.
04:47	Downloads फोल्डर निवडून open बटणावर क्लिक करा.
04:52	4EX1.pdb.gz फाईल निवडून open बटणावर क्लिक करा.
05:00	स्क्रीनवर Insulin ची 3D संरचना उघडते.
05:05	पॅनलवर प्रोटीनची डिफॉल्ट डिसप्ले, बॉल आणि स्टिक आहे.
05:12	पॅनेलवर प्रोटीनचे मॉडेल हायड्रोजन अणूंशिवाय दर्शविले जाते.
05:17	हायड्रोजन अणूसह मॉडेल दर्शविण्यासाठी, modelkit मेनू उघडा.
05:23	add hydrogens पर्यायपर्यंत खाली स्क्रोल करून त्यावर क्लिक करा.
05:28	आता पॅनलवर मॉडेल हायड्रॉजन अणूसह प्रदर्शित झाला आहे.
05:33	'प्रोटीन' स्ट्रक्चर जल रेणूंसाहित देखील दाखवले गेले आहे.
05:38	जल रेणू लपविण्यासाठी, दर्शविलेल्या स्टेप्सचे अनुसरण करा.
05:43	प्रथम पॉप-अप मेनू उघडा आणि Select वर जा.
05:48	सब-मेनूमधून, Hetero निवडा आणि All Water पर्यायवर क्लिक करा.
05:55	पुन्हा पॉप-आप मेनू उघडा, Style, Scheme वर जा आणि CPK spacefill वर क्लिक करा.
06:05	हे सर्व जल रेणू CPK Spacefill डिसप्लेमध्ये बदलून टाकेल.
06:11	पुन्हा पॉप-आप मेनू उघडा आणि Style वर जा खाली स्क्रोल करून Atoms वर जा आणि Off पर्यायवर क्लिक करा.
06:22	आता आपल्याकडे पॅनलवर जल रेणूंशिवाय 'इन्सुलिन' स्ट्रक्चर आहे.
06:27	पुढे, आपण 'प्रोटीन'चे सेकेंडरी स्ट्रक्चर विविध स्वरुपात प्रदर्शित करणे शिकू.
06:35	पॉप-अप मेनू उघडा.
06:37	Select पर्यायवर जा.
06:39	खाली Protein पर्यंत स्क्रोल करून All पर्यायवर क्लिक करा.
06:44	पॉप-अप मेनू पुन्हा उघडा आणि खाली Style पर्यंत स्क्रोल करून नंतर Scheme वर जा.
06:50	CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace इत्यादी सारख्या पर्यायांसोबत एक सब-मेनू उघडते.
07:02	सब-मेनूमधून Cartoon पर्यायवर क्लिक करा.
07:07	हा डिसप्ले प्रोटीन्सचे सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स जसे helices, random coils, strands, sheets इत्यादी दर्शवतो.
07:17	अधिक डिसप्ले पर्यायांसाठी,
07:19	पॉप-अप मेनू उघडून खाली Style पर्यंत स्क्रोल करून नंतर Structures वर जा.
07:25	येथे आपण 'प्रोटीनचे सेकेंडरी स्ट्रक्चर प्रदर्शित करण्याचे अनेक पर्याय पाहू.
07:31	उदाहरणार्थ, Strands पर्यायवर क्लिक करा.
07:35	पॅनलवर प्रोटीन्स Strands म्हणून प्रदर्शित आहे.
07:40	डिस्पलेचा रंग बदलण्यासाठी, पॉप-अप-मेनू उघडा. Color पर्यंत खाली स्क्रोल करून Atoms निवडून Blue पर्यायवर क्लिक करा.
07:52	पॅनलवरील रंगात बदल पहा.
07:56	स्ट्रक्चर पुन्हा Ball-and-stick मध्ये बदलण्यासाठी,
07:59	पॉप-अप मेनू उघडा, Style निवडा, नंतर Scheme आणि Ball and stick पर्यायवर क्लिक करा.
08:08	आपण प्रोटीन मॉडेलमध्ये hydrogen bonds आणि di-sulpfide bonds देखील हाईलाइट करू शकतो.
08:14	'हायड्रोजन बॉन्ड्स' दर्शविण्यासाठी: पॉप-अप मेनू उघडून Style पर्यंत खाली स्क्रोल करून नंतर Hydrogen Bonds निवडा.
08:25	पोप-अप मेनूमधील 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' पर्यायला काही वैशिष्ट्ये आहेत जसे की:
08:30	Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35	Set Hydrogen Bonds in the Backbone. आणि बॉन्ड्सची जाडी बदलण्यास देखील पर्याय आहेत.
08:42	मॉडेलमधील 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' दाखविण्यास Calculate पर्यायवर क्लिक करा.
08:47	hydrogen bonds पांढरे आणि लाल लांब डॅशस म्हणून दाखविले जाते.
08:53	'हायड्रोजन बॉन्ड्स' ची जाडी बदलण्यास, 'पॉप-अप' मेनूमधील 0.10 A पर्यायवर क्लिक करा.
09:02	पॅनलवर आपण हायड्रोजन बॉन्ड्सची जाडी पाहू शकतो.
09:06	आपण 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' चे रंगदेखील बदलू शकतो.
09:11	पॉप-अप-मेनूमधून Color पर्यंत खाली स्क्रोल करून नंतर हायड्रोजन बॉन्ड्स आणि नंतर orange पर्यायवर क्लिक करा.
09:20	पॅनलवर, सर्व हायड्रोजन बॉन्ड्स नारंगी रंगात दिसत आहेत.
09:25	मॉडेलमध्ये 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' आणि सल्फर अणू पिवळ्या रंगात दर्शविले आहेत.
09:31	डायसल्फाईड बॉन्ड्स रुपांतरित करण्यास, पॉप-अप मेनूमधील 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' पर्याय उघडा.
09:38	आकार आणि रंग इत्यादी आपल्याला बदलायचे असल्यास त्या वैशिष्ट्यांवर क्लिक करा.
09:44	त्याचप्रमाणे विविध enzymes च्या .pdb फाईल्स उघडण्याचा प्रयत्न करा आणि त्याचे 3D स्ट्रक्चर्स पहा.
09:51	थोडक्यात, या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकलो:
09:57	* Protein Data Bank (PDB) मधून प्रोटीन्सचे स्ट्रक्चर्स लोड करणे.
10:00	* डेटाबेसमधून .pdb फाईल्स डाऊनलोड करणे.
10:05	* PDB कोड वापरून इन्सुलिनचे 3D स्ट्रक्चर पाहणे.
10:10	* जल रेणूंशिवाय 'प्रोटीन' स्ट्रक्चर पाहणे.
10:14	* सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स विविध स्वरुपात दाखवणे.
10:17	* 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' आणि 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' हायलाईट करणे.
10:22	तुमच्यासाठी असाइनमेंट.
10:24	* PDB डेटाबेसमधून Human Hemoglobin चे .pdb फाईल डाऊनलोड करा.
10:31	* cartoon डिस्प्लेमध्ये सेकेंडरी स्ट्रक्चर दाखवा.
10:35	* प्रोटीन चे 'Porphyrin' यूनिट्स हायलाईट करा.
10:39	* PDB code साठी खालील लिंक पहा.
10:42	स्क्रीनवर दिसत असलेल्या लिंकवर उपलब्ध असलेला व्हिडिओ बघा.
10:46	ज्यामध्ये तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.
10:50	जर तुमच्याकडे चांगली Bandwidth नसेल तर आपण व्हिडिओ download करूनही पाहू शकता.
10:55	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम,
10:57	Spoken Tutorial च्या सहाय्याने कार्यशाळा चालविते.
11:01	परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही दिले जाते.
11:06	अधिक माहितीसाठी कृपया contact [at] spoken hyphen tutorial dot org वर लिहा.
11:13	"स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट" हे "टॉक टू टीचर" या प्रॉजेक्टचा भाग आहे.
11:18	यासाठी अर्थसहाय्य National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India यांच्याकडून मिळालेले आहे.
11:25	यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.
11:31	मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. धन्यवाद.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Ranjana