UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Bengali

Time	Narration
00:01	Chimera তে Surface Properties এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা শিখব: প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখানো।
00:12	অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল দ্বারা রঙ করা প্রোটিন সার্ফেসের ইমেজ বানানো।
00:22	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:33	এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2
00:42	মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:49	এখানে আমি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:52	কমান্ড লাইন দ্বারা RTX CPD টক্সিনের একটি স্ট্রাকচার খুলুন।
00:58	Favorites মেনু দ্বারা কমান্ড লাইন খুলুন।
01:02	কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: Open space 3eeb
01:10	3eeb হল RTX CPD টক্সিনের pdb কোড। এন্টার টিপুন।
01:18	প্রোটিন স্ট্রাকচারটি প্যানেলে দেখায়। এতে প্রোটিনের দুটি কপি রয়েছে।
01:26	কপিগুলির একটি মুছে ফেলতে কমান্ড লাইনে কমান্ডস লিখুন, যা হল chain A.
01:33	কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: delete colon dot a. এন্টার টিপুন।
01:43	প্যানেলটি দেখুন, এনজাইমের একটি কপি মুছে ফেলা হয়েছে।
01:48	Protease ডোমেন ligand inositol hexakisphosphate এ আবদ্ধ। সংক্ষেপে, IHP এবং Sodium আয়ন।
01:58	এরপর, সলভেন্ট অণু মুছে ফেলুন, যা লিগ্যান্ডের কাছে লাল ডটস হিসাবে উপস্থিত। লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন।
02:09	সোডিয়াম আয়ন মুছতে যা Ligand এর সাথে উপস্থিত, লিখুন: delete ions. এন্টার টিপুন।
02:19	এখন Presets বিকল্প দ্বারা প্রোটিনের স্ট্রাকচার দেখাতে পারি।
02:25	মেনু বারে Presets বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:29	Interactive 3, hydrophobicity surface চয়ন করুন।
02:34	এটি amino acid hydrophobicity দ্বারা কলর করা মলিকিউল সার্ফেস দেখাবে।
02:41	সর্বাধিক পোলার রেসিডিউয়ের জন্য নীল।
02:45	সবচেয়ে হাইড্রোফোবিকের জন্য কমলা লাল এবং নিউট্রাল রেসিডিউয়ের জন্য সাদা।
02:52	প্রোটিন সাধারণত তাদের সার্ফেস রিজিয়ন দ্বারা অন্যান্য প্রোটিন এবং অণুর সাথে যোগাযোগ করে।
02:59	আণবিক সার্ফেস দ্বারা প্রোটিনের প্রতিনিধিত্ব প্রোটিন ফোল্ডিং এর অধ্যয়নে সাহায্য করে।
03:06	জৈব মলিকিউল স্বীকৃতির পূর্বাভাস।
03:09	drug binding cavities এবং Molecular Graphics সনাক্তকরণ।
03:15	Chimera উইন্ডোতে ফিরে যাওয়া।
03:18	এরপর, প্রোটিনের জন্য ইলেকট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো।
03:24	Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Surface\Binding Analysis এ স্ক্রোল করুন।
03:30	সাব-মেনু থেকে, coulombic surface coloring চয়ন করুন।
03:36	Coulombic Surface Coloring ডায়লগ বাক্স খোলে।
03:41	রঙ এবং সংশ্লিষ্ট ভ্যালু বদলাতে পারে।
03:45	ডিফল্ট সেটিংস বেশিরভাগ সময় ভাল কাজ করে। OK বোতামে ক্লিক করুন।
03:51	প্যানেলে, প্রোটিন electrostatic potential surface দেখাচ্ছে।
03:57	নেগেটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য লাল রঙ, পজিটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য নীল এবং নিউট্রালের জন্য সাদা।
04:07	এখন প্রকাশনা, উপস্থাপনা ইত্যাদির জন্য উচ্চমানের ইমেজ বানানো দেখি।
04:14	Set attribute কমান্ড ব্যবহার করে inositol ligand এর স্টিক একটু পুরু করুন। setattr space m space stickScale 2. Enter টিপুন।
04:35	ভালো ইমেজ সেটিংসের জন্য publication preset ব্যবহার করুন।
04:40	আবার Presets মেনু স্ক্রোল করুন, Publication 1 চয়ন করুন।
04:45	এটি সাদা ব্যাকগ্রাউন্ড, কালো আউটলাইন এবং বর্ধিত প্রান্তের মসৃণতা সহ একটি ইমেজ বানাবে।
04:54	এই সময়ে, আমরা অন্যান্য প্যারামিটার যেমন লাইনের বেধ, লাইটিং ইত্যাদি সমন্বয় করতে পারি।
05:02	Tools মেনুতে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং Viewing Controls এ ক্লিক করুন।
05:08	সাব-মেনু থেকে lighting এ ক্লিক করুন।
05:11	ভিন্ন ভিউ সেটিংস বদলাতে ট্যাব সহ একটি Viewing উইন্ডো খোলে:
05:16	যেমন Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting.
05:23	lightings বিকল্পে, একটি সহজ লাইনের অঙ্কন দেখতে, mode বোতামে ক্লিক করুন, তালিকা থেকে ambient চয়ন করুন।
05:34	প্যানেলটি দেখুন।
05:36	ডিফল্ট লাইটিং মোড পুনরুদ্ধার করতে, Two-point বিকল্প চয়ন করুন।
05:42	উইন্ডো বন্ধ করতে close বোতামে ক্লিক করুন।
05:46	File মেনুতে Save image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন।
05:51	এখন DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস উপস্থাপনা দেখি।
05:56	বর্তমান সেশন বন্ধ করুন। File মেনুতে ক্লিক করুন। নীচে স্ক্রোল করুন এবং Close Session বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:04	গ্রাফিক্স উইন্ডো খুলুন। কমান্ড লাইন দ্বারা DNA স্ট্রাকচার আনয়ন করুন।
06:11	কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: open 1d86, এন্টার টিপুন।
06:20	স্ট্রাকচারটি netropsin অণুর সাথে আবদ্ধ ডাবল হেলিকাল DNA.
06:27	Netropsin হল antibiotic এবং antiviral বৈশিষ্ট্যের সাথে একটি polyamide.
06:34	প্রাথমিকভাবে এই স্ট্রাকচার ribbons হিসাবে দেখায়।
06:39	nucleic acid sugars এবং bases, tube এবং slab উপস্থাপনা হিসাবে দেখায়।
06:46	presets মেনুটি স্ক্রোল করুন এবং interactive 2 বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:53	এটি DNA কে wire এবং netropsin কে spheres হিসাবে দেখাবে।
06:59	সলভেন্ট মুছে ফেলতে কমান্ড লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন।
07:09	এই স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখাতে, Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। সাব-মেনু থেকে, show চয়ন করুন।
07:20	প্যানেলটি দেখুন। DNA স্ট্রাকচার এখন সার্ফেসের সাথে দেখায়।
07:27	মেজর groove এবং মাইনর groove স্পষ্টরূপে ছবিতে দেখায়।
07:33	ligand, nitropsin মাইনর groove এ আবদ্ধ দেখায়।
07:38	সার্ফেস দেখানোর 3 টি ভিন্ন উপায় রয়েছে।
07:41	Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। সাব-মেনুতে 3 টি বিকল্প রয়েছে: Solid, mesh এবং dot.
07:52	ডিফল্টরূপে, সার্ফেস solid হিসাবে দেখায়।
07:57	মেশ সার্ফেস দেখতে mesh এ ক্লিক করুন।
08:02	ডট সার্ফেস দেখতে dot এ ক্লিক করুন।
08:07	সলিড সার্ফেসে ফিরে ফিরে solid এ ক্লিক করুন।
08:11	আমরা সলিড সার্ফেসের জন্য স্বচ্ছতার মাত্রা সামঞ্জস্য করতে পারি।
08:16	আবার Actions মেনুতে যান, Surface এ ক্লিক করুন।
08:20	Transparency বিকল্প চয়ন করুন এবং percentage বিকল্প চয়ন করুন।
08:25	বর্ণনের জন্য জন্য, আমি 50% চয়ন করব।
08:29	প্যানেলটি দেখুন।
08:31	সার্ফেসে একটি ভিন্ন রঙ দিতে: Actions মেনুতে Color বিকল্পে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং all options এ ক্লিক করুন।
08:41	একটি color Actions ডায়ালগ বাক্স খোলে।
08:45	coloring applies to সেটিংকে surfaces এ বদলান।
08:51	surfaces এর পাশে রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
08:55	কলর প্যানেল থেকে যে কোনো রঙে ক্লিক করুন। আমি dim gray চয়ন করব।
09:02	প্যানেলটি দেখুন। পৃষ্ঠের রঙ এখন dim gray তে বদলে গেছে। ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
09:11	File মেনুতে Save Image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন।
09:16	সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো শিখেছি।
09:30	ভিন্ন ভিউইং সেটিংস দ্বারা প্রকাশনার জন্য উচ্চ মানের ইমেজ বানানো।
09:37	এখন, অনুশীলনী হিসাবে: human hemoglobin (pdb code: 2dn1) স্ট্রাকটারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি সার্ফেস এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখান।
09:51	hem ligand কে সবুজ রঙ করুন। আপনার সম্পন্ন কাজ এইরকম হওয়া উচিত।
10:11	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:18	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
10:28	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
10:39	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta