Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Malayalam

Time	Narration
00:01	ഹലോ എല്ലാവരും Writing Sequence Files.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:07	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും:Sequence Record Objectsഎങ്ങിനെ സൃഷ്ടിക്കാം?
00:13	സീക്വൻസുകളുടെ ഫയലുകൾ എഴുതുക
00:15	'ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുമിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
00:19	കൂടാതെ, ഒരു ഫയലിൽ ലെങ്ത് അനുസരിച്ച record ക്രമീകരിക്കുക
00:23	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ പരിചയത്തിലായിരിക്കണം
00:27	ബിരുദാനന്തര ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ്
00:31	ബേസിക് പൈത്തൺ പ്രോഗ്രാമിങ്.
00:34	തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ കാണുക.
00:38	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു:* 'ഉബുണ്ടു ഓസ്' 'പതിപ്പ് 14.10
00:45	Python പതിപ്പ് 2.7.8
00:48	Ipython interpretor പതിപ്പ് 2.3.0 ഉംBiopython' പതിപ്പ് 1.64.
00:55	ഒരു ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം വായിക്കാൻ parse read function'
01:03	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഒരു ഫയലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ എഴുതാൻ write ഫങ്ഷൻ' 'എങ്ങനെ ഉപയോഗിക്കണമെന്ന് പഠിക്കും.
01:09	കൂടാതെ, വിവിധ 'ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്' കൾ തമ്മിലുള്ള ഇന്റർ-കൺവേർഷൻ വേണ്ടിConvertഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക.
01:16	'Write' ഫങ്ഷൻ എങ്ങനെയാണ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടതെന്ന് ഇപ്പോൾ എനിക്ക് കാണിച്ചു തരാം.
01:20	പ്രോട്ടീൻസീക്വൻസ് ഉള്ള ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ഇവിടെയുണ്ട്.
01:24	ഇൻസുലിൻ പ്രോട്ടീൻ ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.
01:28	GI accession numberകൂടാതെ description.തുടങ്ങിയ വിവരങ്ങളും ഇതിനുണ്ട്.
01:36	'FASTA' 'ഫോര്മാറ്റില് ഈ സീക്വന്സിനായി നമ്മള് ഒരു ഫയല് സൃഷ്ടിക്കും.
01:41	sequence record object.സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനാണ് ആദ്യത്തെ ഘട്ടം' '.
01:45	സീക്വൻ റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് സംബന്ധിച്ച കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ:
01:49	sequence input/output interface.എന്ന അടിസ്ഥാന ഡേറ്റാ ടൈപ്പ് ആണ് ഇത്.
01:55	സീക്വൻസസ് റെക്കോഡ് ഒബ്ജക്റ്റിൽ, ഐഡന്റിഫയർ , ഡിസ്ക്രിപ്ഷൻസ് .എന്നീ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള സവിശേഷതകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു.
02:04	'Ctrl, Alt' , 't' കീകളിലൊന്ന് അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കുക.
02:10	പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'ipython' 'Enter' അമർത്തുക.
02:15	പ്രോംപ്റ്റില്, താഴെ പറയുന്ന വരികള് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:
02:18	from Bio dot Seq module import Seq class.
02:24	from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class
02:31	അടുത്തതു , from Bio dot Alphabet module import generic protein class.
02:38	അടുത്തതായി, റിക്കോർഡ് 1 എന്ന വേരിയബിളിൽ സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് ഞാൻ സംരക്ഷിക്കും.
02:45	sequence, id description എന്നിവ ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ൽ നിന്ന് ടെർമിനലിൽ പേസ്റ്റ് ചെയുക
02:56	അമർത്തുക 'Enter.'
02:58	ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിന്: 'record1' എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
03:02	അമർത്തുക 'Enter.'
03:04	insulin protein സീക്വൻസ്'sequence record ഒബ്ജക്ട് കാണിക്കുന്നു.
03:10	id description.എന്നിവയുമായുള്ള സീക്വൻസ് കാണിക്കുന്നു.
03:13	'FASTA' എന്ന ഫയലിലേക്ക് മുകളിലുള്ള സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നതിന് 'write' ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും.
03:21	Bio package.'ൽ നിന്നുംImport SeqIO module
03:26	അടുത്തതായി, കമാസ്ഡ് ലൈന്' ഒരുwrite എന്ന ഫംഗ്ഷന് ഉപയോഗിച്ച് 'FASTA' ഫയലിലേക്ക് പ്രദര്ശിപ്പിക്കുക.
03:40	'Write' ഫംഗ്ഷൻ 3 'ആർഗ്യുമെന്റ്' എടുക്കുന്നു
03:44	ആദ്യത്തേത് sequence record object.സൂക്ഷിക്കുന്ന വേരിയബിൾ ആണ്.
03:49	രണ്ടാമത്തേത് 'FASTA' ഫയല് എഴുതാനുള്ള ഫയലിന്റെ പേരു്.
03:54	മൂന്നാമത്തേത് എഴുതാനുള്ള ഫയൽ ഫോർമാറ്റാണ്. എന്റർ അമർത്തുക.
03:58	ഔട്ട്പുട്ട് ഒന്ന് കാണിക്കുന്നു, അതായത്, ഒരു sequence record object ഒരു 'FASTA' ഫയലിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്തു.
04:07	ഫയൽ FASTA ഫോർമാറ്റ്'ൽ ഹോം ഫോൾഡറിൽ "example.fasta" ആയി സേവ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.
04:13	ഞാൻ നിങ്ങൾക്ക് മുന്നറിയിപ്പ് നൽകട്ടെ, ഔട്ട്പുട്ട് ഇതേ പേരിലുള്ള ഏത് മുൻപ് നിലവിലുണ്ടെന്നതും ഓവർ-റൈറ്റ് ചെയ്യും.
04:18	ഫയൽ കാണുന്നതിന്, home ഫോൾഡറിൽ ഫയൽ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക.
04:24	text editor.ൽ ഈ ഫയൽ തുറക്കുക.'
04:27	പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണി ഇപ്പോൾ 'FASTA' ഫോർമാറ്റിലാണ്.
04:31	ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക.
04:33	പലതരം bioinformatics ടൂളുകൾ വിവിധ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ എടുക്കുന്നു.
04:38	അതിനാൽ, ചിലപ്പോൾ ക്രമം ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾക്കിടയിൽ ഇന്റർ-കൺവർ ചെയ്യേണ്ട ആവശ്യമുണ്ട്.
04:44	SeqIO module.' ലെ convert ഫങ്ക്ഷന് ഉപയോഗിച്ച് ഫയൽ കണ്വേര്ഷന് ചെയാം
04:50	പ്രകടനത്തിനായി, ഒരു 'GenBank' ഫയൽ ഒരു 'FASTA' ഫയലാക്കി മാറ്റും.
04:55	എന്റെ homeഫോൾഡറിൽ ഒരു 'Genbank' ഫയൽ ഉണ്ടോ?
04:59	ഞാൻ ഇത് ഒരു ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്ററിൽ തുറക്കാം.
05:02	HIV genome' 'GenBank' ഫോർമാറ്റിലുണ്ട്.
05:07	ഈ 'GenBank' ഫയലിൽ ആദ്യ ഭാഗത്ത് genomeലെ' genes ന്റെ വിവരണം ഉണ്ട്.
05:14	തുടർന്ന് ഒരു പൂർണ്ണമായ genome സെക്യുഎൻസ്
05:18	ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക. ടെർമിനലിൽ ഈ വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:23	convert ഫംഗ്ഷൻ 'GenBank' ഫയൽ 'FASTA' ഫയലിൽ നിലവിൽ വരുന്ന genome സീക്വൻസ് കന്വേര്റ്റ് ചെയ്യുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക.
05:33	'FASTA' ഫോർമാറ്റിലുള്ള പുതിയ ഫയൽ ഇപ്പോൾ home ഫോൾഡറിൽ HIV.fasta 'ആയി സേവ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.
05:39	ഫയലിൽ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക, ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്ററിൽ തുറക്കുക.
05:46	ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക.
05:49	'Convert' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് നമുക്ക് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ എളുപ്പത്തിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യാമെങ്കിലും അതിന് പരിമിതികളുണ്ട്.
05:56	ചില ഫോർമാറ്റുകൾ എഴുതുന്നത് മറ്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത വിവരങ്ങൾ ആവശ്യമാണ്.
06:02	ഉദാഹരണത്തിന്:നമുക്ക് 'GenBank' ഫയൽ ഒരു 'FASTA' ഫയലായി പരിവർത്തനം ചെയ്യാൻ കഴിയും, ഞങ്ങൾക്ക് റിവേഴ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല.
06:09	അതുപോലെ തന്നെ FASTQ 'ഫയൽ ഒരു' FASTA 'ഫയലാക്കി മാറ്റാൻ കഴിയും, പക്ഷേ റിവേഴ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല.
06:15	convert ഫംഗ്ഷനെ സംബന്ധിച്ച കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, 'help' കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
06:21	അമർത്തുക 'Enter' .
06:24	പ്രോംപ്റ്റിൽ ലഭ്യമാകുന്നതിനായി കീ ബോർഡിൽ 'q' അമർത്തുക.
06:28	GenBank 'ഫോർമാറ്റിൽHIV genome യില് നിന്നും ഇന്ടവിജെൽ 'ജീനുകള് നമുക്കും ലഭ്യമാക്കാം.
06:35	ഈ ഇന്ടവിജെൽ 'ജീനുകള് FASTA അല്ലെങ്കിൽ മറ്റേതെങ്കിലും ഫോർമാറ്റുകളിൽ സംരക്ഷിക്കാവുന്നതാണ്.
06:41	ഇതിനായി, 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
06:47	ഈ കോഡ് എല്ലാ സിഡ്പ്ട് CDS ജീനുകൾ, അവരുടെ ഐഡികളും ഒരു ഫയലിലെ 'ജീൻ' ഉം എഴുതുന്നു.
06:56	ഫയൽ നിങ്ങളുടെ 'ഹോം' ഫോൾഡറിൽ "HIV_geneseq.fasta" ആയി സംരക്ഷിക്കുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക.
07:07	Biopythonടൂളുകൾ ഉപയോഗിച്ചു നമുക്ക് ഒരു ഫയൽ റെക്കോർഡുകൾ നീളം കൊണ്ട് അടുക്കാൻ കഴിയും.
07:12	ആറ് റെക്കോർഡുകളുള്ള ഒരു FASTA ഫയൽ "hemoglobin.fasta" ഞാൻ തുറന്നു.
07:19	ഓരോ റെക്കോർഡ് വിവിധ ലെങ്ത് ഉള്ളതാണ്
07:23	ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ റെക്കോർഡ് ആദ്യം ക്രമീകരിക്കാൻ ഇനിപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
07:27	ക്രമപ്പെടുത്തിയ സീക്വൻസുകളുള്ള പുതിയ ഫയൽ നിങ്ങളുടെ 'ഹോം' ഫോൾഡറിൽ "sorted_hemoglobin.fasta" ആയി സംഭരിക്കും
07:38	ചുരുക്കത്തിൽ ചുരുക്കത്തിൽ, 'records.sort' കമാൻഡ് ലൈനിൽ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ റിവേഴ്സ് ചെയ്യുക.
07:45	സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഞങ്ങൾ മനസ്സിലാക്കിയത്:* സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കാൻ
07:51	'sequence input /output ' മൊഡ്യൂൾ എന്ന ഫംഗ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസ് ഫയലുകൾ എഴുതുക.
07:58	'കൺവേർഷൻ' ഫംഗ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് 'സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുമിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക.
08:03	കൂടാതെ, ഒരു ഫയൽ ദൈർഘ്യത്തിൽ നീളം വെയ്ക്കുക.
08:07	അസൈൻമെന്റിനായി:
08:09	എച്ച്.ഐ.വി.യുടെ ജീനോമിക് ശ്രേണിയിൽ നിന്ന് "HIV1gp3" യുടെ 4587 മുതൽ 5165 വരെയുള്ള സ്ഥാനങ്ങൾ എക്സ്ട്രാക്റ്റ്" ചെയുക
08:21	"HIV.gb" എന്ന ഫയൽ ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ കോഡ് ഫയലുകളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
08:28	നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസ്സൈൻഡിന് ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ഉണ്ടായിരിക്കും.
08:43	സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ താഴെയുള്ള ലിങ്കിലുളള വീഡിയോ സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
08:48	ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുന്നു.
08:57	കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക.
09:00	സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ് NMEICT , MHRD ഗവർൺമെൻറ് ഓഫ് ഇന്ത്യ എന്നിവയുടെ പിന്തുണയോട് കൂടിനടത്തുന്നു
09:06	ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്.
09:10	ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Prena, Vijinair