Avogadro/C4/File-Extensions/Tamil

Time	Narration
00:01	வணக்கம் File Extensions குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:05	இந்த டுடோரியலில், : GAMESS, Gaussian, MOPAC, NWChem முதலிய computational chemistry programmeகளுக்கு எப்படி input file களை உருவாக்குவது என்பது குறித்தும்,
00:18	மேலும், GAMESS மற்றும் Gaussian ஆகிய softwareகளில் கிடைக்கும் output file களை வைத்து Molecular orbitals மற்றும் calculated IR spectrum ஆகியவற்றை எப்படி காண்பது என்றும் கற்கலாம்.
00:28	நான் பயன்படுத்துவது, Ubuntu Linux OS version 14.04. Avogadro version 1.1.1.
00:38	இந்த டுடோரியலைப் பின்தொடர Avogadro interface குறித்த பரிச்சயம் இருக்க வேண்டும்.
00:43	அது தொடர்பான டுடோரியல்களுக்கு எங்கள் இணையதளத்திற்கு செல்லவும்.
00:49	இந்த டுடோரியலில் காட்டப்படும் எடுத்துக்காட்டுகளின் fileகள், code files ஆக கொடுக்கப்பட்டுள்ளன.
00:55	அவற்றை desktop இல் ஒரு folder இல் பதிவிறக்கி சேமித்துக்கொள்ளவும்.
01:00	ஒரு புதிய Avogadro விண்டோவைத் திறந்துள்ளேன்.
01:04	Build மெனுவில் இருந்து Insert fragment library ஐப் பயன்படுத்தி ஒரு benzene மூலக்கூறை load செய்யவும்.
01:12	வடிவமைப்பை, tool bar இல் உள்ள Auto-optimization tool ஐப் பயன்படுத்தி optimize செய்யவும்.
01:20	Extensions மெனுவை கிளிக் செய்யவும்.
01:23	Avogadro வைப் பயன்படுத்தி நன்கு அறியப்பட்ட, GAMESS, Gaussian MOLPRO MOPAC Q-CHEM போன்ற quantum code களுக்கு input file களை உருவாக்கலாம்.
01:36	Gaussian option ஐ கிளிக் செய்யவும். ஒரு graphical data input dialog box தோன்றும்.
01:43	Gaussian programக்கு எவ்வாறு input file ஐ உருவாக்குவது என்று காட்டுகிறேன்.
01:49	dialog box இல் தோன்றும் தேவையான அம்சங்களை நிரப்ப வேண்டும்.
01:55	Avogadroவால் தானாகவே molecular orbitalகளை கணக்கிட முடியாது.
01:59	எனவே நாம் benzene மூலக்கூறின் molecular orbitalகளைக் காண உதவும் Input file ஐ உருவாக்கலாம்.
02:05	Gaussian input dialog box இல், Benzene hyphen MOஎன்று டைப் செய்து தலைப்பிடவும்.
02:11	Calculation drop down இல் Frequencies ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Processorsக்கு 1 , Theory க்கு B3LYP , 6-31G(d) என Basis setக்கு , Charge க்கு zero , Multiplicity க்கு 1 , Output க்கு Standard. , Format க்கு cartesian என தேர்வு செய்து checkpoint check box ஐ செக் செய்யவும்.
02:40	input file இன் preview வை dialog box இன் கீழே காண முடியும்.
02:45	இது option களை மாற்றினால் update செய்யப்படும்.
02:49	Generate button ஐ கிளிக் செய்யவும்.
02:52	Save input Deck dialog box திறக்கிறது.
02:56	உருவாக்கப்படும் Gaussian input file ஆனது, ஒரு dot com extension ஆக சேமிக்கப்படும்.
03:02	File name ஐ Benzene என டைப் செய்து location ஐ Desktop என தேர்வு செய்து Save button ஐ கிளிக் செய்யவும்.
03:10	File Benzene.com என desktop இல் சேமிக்கப்படும். அதனை gedit ஐ கொண்டு திறக்கவும்.
03:18	இப்பொழுது இந்த file ஐ, Gaussian software programmeல் input file ஆகப் பயன்படுத்தலாம்.
03:24	Gaussian software பற்றி ஒரு அறிமுகம்.
03:28	Gaussian என்பது computational chemistryக்கான ஒரு computer programme.
03:32	இதனை Gaussian Inc எனும் நிறுவனம் தயாரித்து, உரிமம் வழங்குகிறது. மேல் அதிக தகவல்கள் இந்த தளத்தில் உள்ளது. http://www.gaussian.com/
03:41	Avogadro விண்டோவுக்கு திரும்பி dialog box ஐ மூடவும்.
03:46	இனி GAMESS programmeக்கு ஏற்றவாறு எப்படி ஒரு input file ஐ உருவாக்குவது என்று காணலாம்.
03:51	ஒரு புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். Tools மெனுவில் “New”ஐ கிளிக் செய்யவும்.
03:56	Draw tool மூலம் நீர் மூலக்கூறை வரைந்து Element ஐ Oxygen என மாற்றவும்.
04:01	panel இல் கிளிக் செய்து auto-optimization toolஐப் பயன்படுத்தி வடிவமைப்பை Optimize செய்யவும்.
04:08	Extensions மெனுவை கிளிக் செய்து sub-menu வில் GAMESS, Input generator ஐ தேர்வு செய்யவும்.
04:16	GAMESS input dialog box திறக்கிறது. இதில் Basic setup மற்றும் Advanced setup என இரண்டு tab கள் உள்ளன.
04:24	Gaussian input file இல் செய்தது போலவே, தேவையான தகவல்களை நிரப்பவும்.
04:29	Basic Setupஇன் கீழே, Calculate field இல் Equilibrium Geometry ஐ தேர்வு செய்யவும்.
04:36	RHF, என்றால் Restricted Hartee Fock. இதுwave function களை தீர்மானிக்கும் ஒரு method of approximation ஆகும்
04:44	நீர் ஒரு சிறிய மூலக்கூறு, எனவே நாம் 6-31G (d,p) ஐ Basis set என தேர்ந்தெடுக்கலாம்.
04:52	Gas phase இல் singlet, ஏனெனில் எல்லா electron களும் pair ஆகி இருக்கும்.
04:58	நீர் சம மின்விசை உடையது எனவே, charge ஐ neutral என தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:02	Advanced Setup இன் மீது கிளிக் செய்து optimization ஐக் கட்டுப்படுத்தும் மேலும் சில parameter களை சேர்க்கவேண்டும்.
05:08	Basis இன் செயல்பாட்டை மாற்ற விரும்பினால் கிளிக் செய்யவும்.
05:12	Dataவை கிளிக் செய்யவும்
05:14	Title ஐ water-MO என டைப் செய்யவும்.
05:18	Point Group ஐ CnV என மாற்றவும்.
05:21	Order of Principal Axis ஐ 2 என மாற்றவும்.
05:24	தற்போதைக்கு நாம் முன்னிருப்பாக இருக்கும் parameter களை அப்படியே வைப்போம்.
05:29	Generate ஐ கிளிக் செய்யவும். ஒரு Save Input deck திறக்கிறது.
05:34	முன்னிருப்பாக, file extension dot inp என இருக்கும்.
05:38	file name ஐ Water என டைப் செய்யவும்.
05:42	File location ஐ Desktop என தேர்வு செய்து, Save button ஐ கிளிக் செய்யவும்
05:48	GAMESS input file Desktopஇல் Water.inp என சேமிக்கப்பட்டிருக்கும்.
05:55	GAMESSஐப் பற்றி ஒரு அறிமுகம்
05:57	GAMESS என்பது: General Atomic and Molecular Electronic Structure System. இது ஒரு பொதுவான ab initio quantum chemistry package ஆகும்.
06:08	இது கல்வி நிலைய பயனர்களுக்கும், தொழில் நிறுவனங்களுக்கும் இலவசமாக கிடைக்கிறது.
06:14	இதை பதிவிறக்கி நிறுவுதல் பற்றி பின்வரும் வலைத்தளத்தில் உள்ளது. http://www.msg.ameslab.gov/gamess/download.html
06:20	நாம் இப்பொழுது GAMESS மற்றும் Gaussian programmeகளுக்கான input file களை உருவாக்கியுள்ளோம்.
06:26	இவை அந்தந்த programmeகளில் load செய்ய தயாராக உள்ளன.
06:31	பார்வையாளர்கள் கவனத்திற்கு, Gaussian ஒரு வணிக மென்பொருள் ஆகும். எனவே என்னால் load செய்யப்படும் interface ஐ காட்ட முடியாது.
06:41	முன் சொன்னது போல GAMESS ஒரு இலவச மென்பொருள் ஆகும்.
06:45	விருப்பமுள்ளவர்கள் GAMESS softwareஐபின்வரும் link இல் இருந்து பதிவிறக்கி, input file ஐ load செய்து output file ஐ உருவாக்கலாம். http://www.msg.ameslab.gov/gamess/download.htm
06:53	என்னிடம் சில Gaussian மற்றும் GAMESS output fileகள் desktop இல் உள்ளன.
06:58	அவற்றை இந்த டுடோரியலுடன் code files ஆக இணைத்துள்ளேன்.
07:03	இந்த output fileகளை Avogadro வில் காணலாம்.
07:07	ஒரு புதிய Avogadro விண்டோவைத் திறக்கவும்.
07:10	Tool bar இல் open icon ஐ திறக்கவும்.
07:13	File locationக்கு சென்று, Benzene.logஐ தேர்வு செய்யவும்
07:18	File திறக்கிறது, benzene இன் வடிவமைப்பை panelஇல் காணமுடிகிறது.
07:24	Benzene.log ஆனது Gaussian ஆல் உருவாக்கப்பட்டது.
07:28	இதில் molecular orbitals, C-C மற்றும் C-H bond stretching குறித்த தகவல்கள் உள்ளன.
07:36	சிலநேரம் log file இல் orbital informationகள் இருக்காது.
07:40	அதுபோன்ற நேரங்களில் code file களில் கொடுக்கப்பட்டிருக்கும்.fchk file ஐத் திறக்கவும்,
07:47	orbitals,களை காண்பதற்கு list இல் orbital இல் கிளிக் செய்யவும்.
07:54	orbitalsகளின் தோற்றத்தை மாற்ற விரும்பினால், display types இல் surfaces option க்கு அடுத்து உள்ள spanner symbol இல் கிளிக் செய்யவும்.
08:02	Surface Setting dialog box இல், slider ஐ இழுத்து opacity ஐ மாற்றவும். Panel இல் பாருங்கள்.
08:10	Render drop-down இல், fill, lines மற்றும் points என மூன்று optionகள் உள்ளன.
08:17	முன்னிருப்பாக, orbitals கள் fill என render செய்யப்பட்டிருக்கும்.
08:21	lobeகளின் வண்ணத்தை மாற்றும் வசதி உள்ளது.
08:25	Positive மற்றும் Negative option களுக்கு அடுத்துள்ள Color tabs ஐ கிளிக் செய்யவும்
08:30	Select Color dialog box தோன்றுகிறது.
08:33	ஏதேனும் ஒரு வண்ணத்தை தேர்ந்தெடுத்து OKபட்டனை கிளிக் செய்யவும்.
08:38	panel இல் பாருங்கள், இப்போது orbital களின் வண்ணங்கள் மாறியிருக்கிறது. Dialog boxஐ மூடவும்.
08:45	Orbital களை வடிவமைப்பில் இருந்து நீக்க; Display Types ல் Surfaces option ஐ Un-check செய்யவும்.
08:51	Vibrations ல் கிளிக் செய்து vibrational frequencies ஐ காண முடியும்.
08:56	Vibration window வில், லிஸ்ட்டில் காணும் ஏதேனும் ஒரு frequency ஐ கிளிக் செய்யவும்.
09:01	விண்டோவின் கீழே இருக்கும் Start Animation button ஐ கிளிக் செய்யவும்.
09:06	Panel இல் பாருங்கள். C-C மற்றும் C-H பிணைப்புகளின் stretching கள் animate செய்யப்படுகிறது.
09:13	வடிவமைப்பின் IR spectrum ஐ காண முடியும்.
09:17	Show Spectra ஐ கிளிக் செய்யவும்
09:20	ஒரு Spectra Visualization விண்டோ திறக்கிறது. இதில் Benzene இன் calculated IR spectrum உள்ளது.
09:27	ஒரு புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். GAMESS programmeல் உருவாக்கப்பட்ட நீர் மூலக்கூறின் log file ஐத் திறக்கவும்.
09:35	நீர் மூலக்கூறின் வடிவமைப்பு மற்றும் Molecular orbital information உடன் log file திறக்கிறது.
09:41	List இல் இருந்து orbital இன் பெயர் மீது கிளிக் செய்யவும். Panel இல் Orbital காட்டப்படுகிறது.
09:47	அனைத்தையும் நினைவு கூறலாம்.
09:49	இந்த டுடோரியலில், GAMESS மற்றும் Gaussian முதலிய computational chemistry programmeகளுக்கு input files ஐ உருவாக்குவது,
09:58	Benzene மற்றும் water மூலக்கூறுகளின் Molecular orbital களைக் காண்பது,
10:04	Gaussian இல் உருவாக்கிய log file களைக் கொண்டு மூலக்கூறுகளின் IR spectrum ஐ காண்பது, ஆகியவற்றைக் கற்றுள்ளோம்.
10:11	பயிற்சிக்காக, code files ல் கொடுக்கப்பட்டிருக்கும் benzene மூலக்கூறின் log file ஐத் திறந்து,
10:18	List இல் இருந்து ஏதேனும் ஒரு Molecular Orbital ஐக் காட்டவும்.
10:22	Lobe களின் தோற்றத்தையும், வண்ணத்தையும் மாற்றவும். image ஐ JPEG format இல் சேமிக்கவும்.
10:29	இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. உங்களிடம் நல்ல bandwidth இல்லை எனில் இதை download செய்து பார்த்துக்கொள்ளலாம்.
10:35	Spoken Tutorialகளை பயன்படுத்தி பயிற்சி வகுப்புகள் நடத்தி சான்றிதழ் அளிக்கிறோம். எங்களைத் தொடர்பு கொள்ளவும்.
10:42	இந்திய அரசின் NMEICT, MHRD இந்த spoken tutorial திட்டத்திற்க்கு தேவையான நிதியுதவியை அளிக்கிறது.
10:48	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது பாலசுப்பிரமணியம். குரல் கொடுத்தது…. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Balasubramaniam, Venuspriya