Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- |...") |
|||
Line 1: | Line 1: | ||
− | |||
{| border=1 | {| border=1 | ||
− | + | ! <center>Time</center> | |
− | + | ! <center>Narration</center> | |
|- | |- | ||
− | + | | 00:01 | |
| | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। | | | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। | ||
|- | |- | ||
− | | | 00:05 | + | | |00:05 |
− | | | | + | | | এখানে আমরা শিখব: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো। |
|- | |- | ||
− | | | 00: | + | | |00:13 |
− | | | + | | | কাঠামো সংশোধন, শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা। |
|- | |- | ||
− | | | 00: | + | | |00:19 |
− | | | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের | + | | | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান। |
|- | |- | ||
| |00:30 | | |00:30 | ||
− | | | | + | | | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
|- | |- | ||
− | | | 00: | + | | |00:48 |
| | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। | | | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। | ||
|- | |- | ||
− | | | 00: | + | | |00:52 |
− | | | | + | | | এখন Build Structure টুল দ্বারা রাসায়নিক কাঠামো বানানো শুরু করি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |00:58 |
− | | | | + | | | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing বিকল্পে স্ক্রোল করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:04 |
− | | | | + | | | সাব-মেনু থেকে Build Structure এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:08 |
− | | | | + | | | স্ক্রিনে একটি Build Structure ডায়লগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:12 |
− | | | | + | | | ডায়ালগ বাক্সের উপরে স্থিত Start Structure বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:18 |
− | | | | + | | | এখানে স্ক্র্যাচ থেকে কাঠামো বানানোর বিকল্প রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:23 |
− | | | | + | | | আমরা বিদ্যমান কাঠামোর সংশোধন, বন্ড সমন্বয়, টর্সন সমন্বয়, মডেল জোড়া ইত্যাদিও করতে পারি। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:33 |
− | | | | + | | | Start Structure বিকল্প চয়ন করি। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:37 |
− | | | | + | | | এখানে, কাঠামো শুরু করার অনেক বিকল্প রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | 01: | + | | |01:41 |
− | | | | + | | | আমরা পরমাণু, ফ্রাগমেন্ট জোড়া, Pubchem ডেটাবেস থেকে কাঠামো আনতে পারি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |01:48 |
− | | | | + | | | পেপটাইড, DNA, RNA ইত্যাদি বানান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |01:53 |
− | | | | + | | | ছোট অণু বানাতে, atom radio বোতামে ক্লিক করুন। Atom parameters বিভাগ খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | |02:01 |
− | | | | + | | | ডিফল্টরূপে, কাঠামো হিলিয়াম পরমাণু সহ শুরু হয়। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | | 02:05 |
− | | | | + | | | প্যানেলের কেন্দ্রে হিলিয়াম পরমাণু স্থাপন করতে Center of the view রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | |02:12 |
− | | | | + | | | আমাদের X, Y এবং Z স্থানাঙ্ক ইনপুট করার বিকল্প রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | |02:17 |
− | | | | + | | | Select placed atom এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | |02:21 |
− | | | | + | | | named টেক্সট বাক্সে, সেশনের নাম হিসাবে Sample1 লিখুন। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | | 02:26 |
− | | | | + | | | Color new atoms by element এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | | 02:30 |
− | | | | + | | | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | | 02:33 |
− | | | | + | | | প্যানেলে একটি হিলিয়াম পরমাণু দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | 02: | + | | | 02:37 |
− | | | | + | | | এখন Modify Structure বিকল্প দ্বারা এই পরমাণু অন্য কোন অণুতে বদলাতে পারি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 02:44 |
− | | | | + | | | মেন ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Modify Structure বিকল্প চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 02:49 |
− | | | | + | | | হিলিয়াম অণু মিথেন অণুতে বদলানোর চেষ্টা করি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 02:53 |
− | | | | + | | | হিলিয়াম পরমাণুকে selection মোডে রাখি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 02:57 |
− | | | | + | | | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, |
|- | |- | ||
− | | | 03: | + | | | 03:00 |
− | | | | + | | | Element কে Carbon, Bonds কে 4 এবং Geometry কে tetrahedral এ বদলান। |
|- | |- | ||
− | | | 03: | + | | | 03:08 |
− | | | | + | | | যোজ্যতা সমন্বয়ের জন্য হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়িত। |
|- | |- | ||
− | | | 03: | + | | | 03:13 |
− | | | | + | | | ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার ইতিমধ্যেই চয়নিত, এটি এভাবে ছেড়ে দিন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |03:20 |
− | | | | + | | | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:23 |
− | | | | + | | | প্যানেল লক্ষ্য করুন। হিলিয়াম এখন মিথেন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:29 |
− | | | | + | | | Select মেনু ব্যবহার করে চয়ন মুছে ফেলুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:33 |
− | | | | + | | | এই অণু মিথাইল অ্যামিনে আরো সংশোধন করতে, যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:39 |
− | | | | + | | | CTRL কী ধরে রেখে মিথেন কাঠামোতে যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণুতে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:46 |
− | | | | + | | | হাইড্রোজেন পরমাণু এখন চয়নিত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:49 |
− | | | | + | | | Modify Structure ডায়ালগ বাক্সে, Element কে nitrogen, Bonds কে 3, Geometry কে trigonal এ বদলান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 03:59 |
− | | | | + | | | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 04: | + | | | 04:02 |
− | | | | + | | | প্যানেল লক্ষ্য করুন। অ্যামিনো গ্রুপ এখন মিথেন অণুতে জুড়িত। |
|- | |- | ||
− | | | 04: | + | | | 04:07 |
− | | | | + | | | Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন। |
|- | |- | ||
− | | | 04: | + | | | 04:10 |
− | | | | + | | | আপনি কাঠামো থেকে কোনো পরমাণু বা বন্ড মুছতে চাইলে- পরমাণু বা বন্ড চয়ন করুন, Build Structure ডায়ালগ বাক্সে delete বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 04: | + | | |04:22 |
− | | | | + | | | মূল কাঠামোতে ফিরতে, Tools মেনু দ্বারা হাইড্রোজেন যুক্ত করুন। |
+ | |- | ||
+ | | | 04:28 | ||
+ | | | কেন্দ্র মাউস বোতাম দ্বারা, মডেলটি ড্রেগ করে প্যানেলের কোণায় রাখুন। | ||
|- | |- | ||
− | | |04: | + | | | 04:35 |
− | | | | + | | | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, ড্রপ ডাউন মেনুতে ক্লিক করুন এবং Start Structure বিকল্প চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 04:43 |
− | | | | + | | | এখন fragment রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 04:47 |
− | | | | + | | | বিভিন্ন সাইক্লিক যৌগের একটি ফ্র্যাগমেন্ট লাইব্রেরী এখানে তালিকাভুক্ত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 04:52 |
− | | | | + | | | 5-membere rings এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 04:55 |
− | | | | + | | | তালিকা থেকে ফ্র্যাগমেন্ট চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 04:58 |
− | | | | + | | | আমি imidazole চয়ন করব। |
|- | |- | ||
− | | | 05: | + | | | 05:01 |
− | | | | + | | | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 05: | + | | | 05:04 |
− | | | | + | | | Imidazole অণু পর্দায় দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | 05: | + | | | 05:09 |
− | | | | + | | | imidazole অণু methyl amine মডেলের কাছাকাছি সরান। |
|- | |- | ||
− | | |05: | + | | | 05:13 |
− | | | | + | | | Active model status বারে, মডেল সংখ্যা শূন্যের জন্য বাক্সটি আনচেক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 05:19 |
− | | | | + | | | এটি অ্যামাইন মডেলকে স্ক্রীনে নিষ্ক্রিয় করবে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 05:23 |
− | | | | + | | | কেন্দ্রের মাউস বোতাম দ্বারা imidazole কে অ্যামাইন মডেলের কাছাকাছি সরান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |05:29 |
− | | | + | | আমরা Build structure ডায়ালগ বাক্সে Join Models বিকল্প দ্বারা প্যানেলে দুটি মডেল জুড়তে পারি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 05:37 |
− | | | | + | | | প্রতিটি মডেল থেকে একটি হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন যেখানে বন্ড বানাতে চান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |05:44 |
− | | | | + | | | একই সময়ে CTRL এবং Shift কী ধরে রাখুন, হাইড্রোজেনে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 05:52 |
− | | | | + | | | এখন হাইড্রোজেন চয়নিত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 05:55 |
− | | | | + | | | other bond বিকল্পে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 05:58 |
− | | | | + | | | বন্ড সম্পর্কিত তথ্য ডায়ালগ বাক্সে দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | 06: | + | | | 06:03 |
− | | | | + | | |Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 06: | + | | | 06:05 |
− | | | | + | | | প্যানেল লক্ষ্য করুন, দুটি মডেল জুড়ে গেছে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |06:10 |
− | | | | + | | | File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:15 |
− | | | | + | | | graphics উইন্ডোতে ফিরে যেতে উইন্ডোর নীচে lighting bolt আইকনে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:22 |
− | | | | + | | | এরপর, একটি পেপটাইড চেন বানাই। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:25 |
− | | | | + | | | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে Start Structure চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:30 |
− | | | | + | | | peptide radio বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:33 |
− | | | | + | | | Peptide Sequence টেক্সট বক্সে, অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য একক অক্ষরের কোড লিখুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:39 |
− | | | | + | | | এখন কিছু এলোমেলো অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম লিখি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:43 |
− | | | | + | | | লিখুন: ACDEFGH। রেসিডিউ N থেকে C টার্মিনাসে জুড়ে গেছে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:52 |
− | | | | + | | | স্যাম্পলের নাম হিসাবে Sample2 লিখুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:56 |
− | | | | + | | | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 06:59 |
− | | | | + | | | Peptide Sequence ডায়লগ বাক্স খুলুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:03 |
− | | | | + | | | এই ডায়লগ বাক্স phi এবং psi কোণ নির্দিষ্ট করতে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:08 |
− | | | | + | | | ডিফল্টরূপে, -57 এবং -47 এর phi এবং psi কোণ দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:15 |
− | | | | + | | | এই ভ্যালু পেপটাইড ফ্র্যাগমেন্টের জন্য আলফা-হেলিক্স কাঠামো ভিত্তিক। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:21 |
− | | | | + | | | আপনি ভ্যালু সেট করতে চাইলে এটি নিজে নিজে করতে পারেন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:26 |
− | | | | + | | | এখনকার জন্য, আমরা phi\psi ভ্যালু অপরিবর্তিত রেখেছি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:30 |
− | | | | + | | | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:33 |
− | | | | + | | | প্যানেল লক্ষ্য করুন। আমাদের পেপটাইড চেন হিসাবে helix রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |07:39 |
− | | | | + | | | কাঠামোর শক্তি হ্রাস করতে, command টেক্সট বাক্সে লিখুন minimize. এন্টার টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:48 |
− | | | | + | | | মডেলের নাম সহ একটি Dock Prep ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:53 |
− | | | | + | | | ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 07:57 |
− | | | | + | | | এখন, আমরা কোনো পরিবর্তন করব না। OK বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:02 |
− | | | | + | | | এটি কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে আরেকটি ডায়লগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:07 |
− | | | | + | | | কয়েকটি প্যারামিটার ইতিমধ্যে চয়নিত। OK বোতামে ক্লিক করুন। |
+ | |- | ||
+ | | | 08:13 | ||
+ | | | প্যানেল লক্ষ্য করুন। কাঠমোতে হাইড্রোজেন জুড়ে গেছে। | ||
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:18 |
− | | | | + | | | আরেকটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। force field প্যাকেজ চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:24 |
− | | | | + | | | ডিফল্টরূপে, স্ট্যান্ডার্ড রেসিডিউয়ের জন্য AMBER ff14SB চয়নিত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:31 |
− | | | | + | | | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:34 |
− | | | | + | | | কাঠামো হ্রাস করতে কিছু সময় লাগবে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:38 |
− | | | | + | | | এখন, প্যানেলে, সবচেয়ে পছন্দসই কনফিগারেশন সহ একটি কাঠামো রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:45 |
− | | | | + | | | File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন এবং Graphics উইন্ডো খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:51 |
− | | | | + | | | Build stucture টুল দ্বারা, আমরা একটি ডবল হেলিকাল DNA/RNA বানাতে পারি। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 08:57 |
− | | | | + | | | helical DNA/RNA রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | 09: | + | | |09:01 |
− | | | | + | | | Sequence টেক্সট বাক্সে, DNA ফ্যাগমেন্টের জন্য এক অক্ষরের নিউক্লিওটাইড কোড লিখুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:08 |
− | | | | + | | | বর্ণনের জন্য আমি লিখব ATGCATGC. |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:16 |
− | | | | + | | | DNA তে ক্লিক করুন, B-form এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:22 |
− | | | | + | | | নামটি Sample3 হিসাবে এডিট করুন। |
+ | |||
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:25 |
− | | | | + | | | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:28 |
− | | | | + | | | DNA এর একটি মডেল প্যানেলে double helix হিসাবে প্রদর্শিত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:34 |
− | | | | + | | | Presets মেনু দ্বারা পরমাণুর প্রদর্শন বদলান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:39 |
− | | | সংক্ষিপ্তকরণ | + | | | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো। |
+ | |- | ||
+ | | | 09:49 | ||
+ | | | কাঠামো সংশোধন, | ||
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:51 |
− | | | | + | | | শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 09:55 |
− | | | | + | | | অনুশীলনী হিসাবে biphenyl অণু বানাতে দুটি বেঞ্জিন অণু যোগ করুন। |
|- | |- | ||
− | | |10: | + | | | 10:02 |
− | | | | + | | | পছন্দের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ একটি পেপটাইড ফ্রাগমেন্ট বানান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 10:08 |
− | | | | + | | | একটি রেন্ডম নিউক্লিওটাইড ক্রম সহ একটি RNA ফ্রাগমেন্ট বানান। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 10:13 |
− | | | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। | + | | | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 10:21 |
− | | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং | + | | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | |10:28 |
− | | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। | + | | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। |
|- | |- | ||
− | | | | + | | | 10:35 |
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। | | | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। | ||
|} | |} |
Latest revision as of 15:18, 31 October 2018
|
|
---|---|
00:01 | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:05 | এখানে আমরা শিখব: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো। |
00:13 | কাঠামো সংশোধন, শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা। |
00:19 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান। |
00:30 | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
00:48 | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
00:52 | এখন Build Structure টুল দ্বারা রাসায়নিক কাঠামো বানানো শুরু করি। |
00:58 | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing বিকল্পে স্ক্রোল করুন। |
01:04 | সাব-মেনু থেকে Build Structure এ ক্লিক করুন। |
01:08 | স্ক্রিনে একটি Build Structure ডায়লগ বাক্স খোলে। |
01:12 | ডায়ালগ বাক্সের উপরে স্থিত Start Structure বোতামে ক্লিক করুন। |
01:18 | এখানে স্ক্র্যাচ থেকে কাঠামো বানানোর বিকল্প রয়েছে। |
01:23 | আমরা বিদ্যমান কাঠামোর সংশোধন, বন্ড সমন্বয়, টর্সন সমন্বয়, মডেল জোড়া ইত্যাদিও করতে পারি। |
01:33 | Start Structure বিকল্প চয়ন করি। |
01:37 | এখানে, কাঠামো শুরু করার অনেক বিকল্প রয়েছে। |
01:41 | আমরা পরমাণু, ফ্রাগমেন্ট জোড়া, Pubchem ডেটাবেস থেকে কাঠামো আনতে পারি। |
01:48 | পেপটাইড, DNA, RNA ইত্যাদি বানান। |
01:53 | ছোট অণু বানাতে, atom radio বোতামে ক্লিক করুন। Atom parameters বিভাগ খোলে। |
02:01 | ডিফল্টরূপে, কাঠামো হিলিয়াম পরমাণু সহ শুরু হয়। |
02:05 | প্যানেলের কেন্দ্রে হিলিয়াম পরমাণু স্থাপন করতে Center of the view রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
02:12 | আমাদের X, Y এবং Z স্থানাঙ্ক ইনপুট করার বিকল্প রয়েছে। |
02:17 | Select placed atom এ ক্লিক করুন। |
02:21 | named টেক্সট বাক্সে, সেশনের নাম হিসাবে Sample1 লিখুন। |
02:26 | Color new atoms by element এ ক্লিক করুন। |
02:30 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
02:33 | প্যানেলে একটি হিলিয়াম পরমাণু দেখায়। |
02:37 | এখন Modify Structure বিকল্প দ্বারা এই পরমাণু অন্য কোন অণুতে বদলাতে পারি। |
02:44 | মেন ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Modify Structure বিকল্প চয়ন করুন। |
02:49 | হিলিয়াম অণু মিথেন অণুতে বদলানোর চেষ্টা করি। |
02:53 | হিলিয়াম পরমাণুকে selection মোডে রাখি। |
02:57 | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, |
03:00 | Element কে Carbon, Bonds কে 4 এবং Geometry কে tetrahedral এ বদলান। |
03:08 | যোজ্যতা সমন্বয়ের জন্য হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়িত। |
03:13 | ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার ইতিমধ্যেই চয়নিত, এটি এভাবে ছেড়ে দিন। |
03:20 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
03:23 | প্যানেল লক্ষ্য করুন। হিলিয়াম এখন মিথেন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়। |
03:29 | Select মেনু ব্যবহার করে চয়ন মুছে ফেলুন। |
03:33 | এই অণু মিথাইল অ্যামিনে আরো সংশোধন করতে, যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন। |
03:39 | CTRL কী ধরে রেখে মিথেন কাঠামোতে যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণুতে ক্লিক করুন। |
03:46 | হাইড্রোজেন পরমাণু এখন চয়নিত। |
03:49 | Modify Structure ডায়ালগ বাক্সে, Element কে nitrogen, Bonds কে 3, Geometry কে trigonal এ বদলান। |
03:59 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
04:02 | প্যানেল লক্ষ্য করুন। অ্যামিনো গ্রুপ এখন মিথেন অণুতে জুড়িত। |
04:07 | Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন। |
04:10 | আপনি কাঠামো থেকে কোনো পরমাণু বা বন্ড মুছতে চাইলে- পরমাণু বা বন্ড চয়ন করুন, Build Structure ডায়ালগ বাক্সে delete বোতামে ক্লিক করুন। |
04:22 | মূল কাঠামোতে ফিরতে, Tools মেনু দ্বারা হাইড্রোজেন যুক্ত করুন। |
04:28 | কেন্দ্র মাউস বোতাম দ্বারা, মডেলটি ড্রেগ করে প্যানেলের কোণায় রাখুন। |
04:35 | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, ড্রপ ডাউন মেনুতে ক্লিক করুন এবং Start Structure বিকল্প চয়ন করুন। |
04:43 | এখন fragment রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
04:47 | বিভিন্ন সাইক্লিক যৌগের একটি ফ্র্যাগমেন্ট লাইব্রেরী এখানে তালিকাভুক্ত। |
04:52 | 5-membere rings এ ক্লিক করুন। |
04:55 | তালিকা থেকে ফ্র্যাগমেন্ট চয়ন করুন। |
04:58 | আমি imidazole চয়ন করব। |
05:01 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
05:04 | Imidazole অণু পর্দায় দেখায়। |
05:09 | imidazole অণু methyl amine মডেলের কাছাকাছি সরান। |
05:13 | Active model status বারে, মডেল সংখ্যা শূন্যের জন্য বাক্সটি আনচেক করুন। |
05:19 | এটি অ্যামাইন মডেলকে স্ক্রীনে নিষ্ক্রিয় করবে। |
05:23 | কেন্দ্রের মাউস বোতাম দ্বারা imidazole কে অ্যামাইন মডেলের কাছাকাছি সরান। |
05:29 | আমরা Build structure ডায়ালগ বাক্সে Join Models বিকল্প দ্বারা প্যানেলে দুটি মডেল জুড়তে পারি। |
05:37 | প্রতিটি মডেল থেকে একটি হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন যেখানে বন্ড বানাতে চান। |
05:44 | একই সময়ে CTRL এবং Shift কী ধরে রাখুন, হাইড্রোজেনে ক্লিক করুন। |
05:52 | এখন হাইড্রোজেন চয়নিত। |
05:55 | other bond বিকল্পে ক্লিক করুন। |
05:58 | বন্ড সম্পর্কিত তথ্য ডায়ালগ বাক্সে দেখায়। |
06:03 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
06:05 | প্যানেল লক্ষ্য করুন, দুটি মডেল জুড়ে গেছে। |
06:10 | File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন। |
06:15 | graphics উইন্ডোতে ফিরে যেতে উইন্ডোর নীচে lighting bolt আইকনে ক্লিক করুন। |
06:22 | এরপর, একটি পেপটাইড চেন বানাই। |
06:25 | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে Start Structure চয়ন করুন। |
06:30 | peptide radio বোতামে ক্লিক করুন। |
06:33 | Peptide Sequence টেক্সট বক্সে, অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য একক অক্ষরের কোড লিখুন। |
06:39 | এখন কিছু এলোমেলো অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম লিখি। |
06:43 | লিখুন: ACDEFGH। রেসিডিউ N থেকে C টার্মিনাসে জুড়ে গেছে। |
06:52 | স্যাম্পলের নাম হিসাবে Sample2 লিখুন। |
06:56 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
06:59 | Peptide Sequence ডায়লগ বাক্স খুলুন। |
07:03 | এই ডায়লগ বাক্স phi এবং psi কোণ নির্দিষ্ট করতে। |
07:08 | ডিফল্টরূপে, -57 এবং -47 এর phi এবং psi কোণ দেখায়। |
07:15 | এই ভ্যালু পেপটাইড ফ্র্যাগমেন্টের জন্য আলফা-হেলিক্স কাঠামো ভিত্তিক। |
07:21 | আপনি ভ্যালু সেট করতে চাইলে এটি নিজে নিজে করতে পারেন। |
07:26 | এখনকার জন্য, আমরা phi\psi ভ্যালু অপরিবর্তিত রেখেছি। |
07:30 | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
07:33 | প্যানেল লক্ষ্য করুন। আমাদের পেপটাইড চেন হিসাবে helix রয়েছে। |
07:39 | কাঠামোর শক্তি হ্রাস করতে, command টেক্সট বাক্সে লিখুন minimize. এন্টার টিপুন। |
07:48 | মডেলের নাম সহ একটি Dock Prep ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
07:53 | ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত। |
07:57 | এখন, আমরা কোনো পরিবর্তন করব না। OK বোতামে ক্লিক করুন। |
08:02 | এটি কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে আরেকটি ডায়লগ বাক্স খোলে। |
08:07 | কয়েকটি প্যারামিটার ইতিমধ্যে চয়নিত। OK বোতামে ক্লিক করুন। |
08:13 | প্যানেল লক্ষ্য করুন। কাঠমোতে হাইড্রোজেন জুড়ে গেছে। |
08:18 | আরেকটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। force field প্যাকেজ চয়ন করুন। |
08:24 | ডিফল্টরূপে, স্ট্যান্ডার্ড রেসিডিউয়ের জন্য AMBER ff14SB চয়নিত। |
08:31 | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
08:34 | কাঠামো হ্রাস করতে কিছু সময় লাগবে। |
08:38 | এখন, প্যানেলে, সবচেয়ে পছন্দসই কনফিগারেশন সহ একটি কাঠামো রয়েছে। |
08:45 | File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন এবং Graphics উইন্ডো খোলে। |
08:51 | Build stucture টুল দ্বারা, আমরা একটি ডবল হেলিকাল DNA/RNA বানাতে পারি। |
08:57 | helical DNA/RNA রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
09:01 | Sequence টেক্সট বাক্সে, DNA ফ্যাগমেন্টের জন্য এক অক্ষরের নিউক্লিওটাইড কোড লিখুন। |
09:08 | বর্ণনের জন্য আমি লিখব ATGCATGC. |
09:16 | DNA তে ক্লিক করুন, B-form এ ক্লিক করুন। |
09:22 | নামটি Sample3 হিসাবে এডিট করুন। |
09:25 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
09:28 | DNA এর একটি মডেল প্যানেলে double helix হিসাবে প্রদর্শিত। |
09:34 | Presets মেনু দ্বারা পরমাণুর প্রদর্শন বদলান। |
09:39 | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো। |
09:49 | কাঠামো সংশোধন, |
09:51 | শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা। |
09:55 | অনুশীলনী হিসাবে biphenyl অণু বানাতে দুটি বেঞ্জিন অণু যোগ করুন। |
10:02 | পছন্দের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ একটি পেপটাইড ফ্রাগমেন্ট বানান। |
10:08 | একটি রেন্ডম নিউক্লিওটাইড ক্রম সহ একটি RNA ফ্রাগমেন্ট বানান। |
10:13 | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
10:21 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
10:28 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। |
10:35 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |