Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C4/Attributes/Hindi"
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Revision as of 09:08, 2 July 2018
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| 00:01 | Attributes पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है। |
| 00:05 | इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे परमाणुओं, रेसीड्यूज़ और मॉडल्स के ऐट्रिब्यूट्स बदलना। |
| 00:13 | B-factor वैल्यूज़ के आधार पर एक प्रोटीन में परमाणुओं को रंग करना। |
| 00:18 | kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आदर पर रेसीड्यूज़ को रंग करना। |
| 00:24 | इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए। यदि नहीं हैं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेबसाइट पर जाएँ। |
| 00:33 | इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04, Chimera वर्जन 1.10.2, Mozilla Firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कारकरी इन्टरनेट कनेक्शन। |
| 00:50 | यहाँ मैंने एक Chimera विंडो खोली है। |
| 00:52 | कमांड लाइन उपयोग करके Leucine zipper का स्ट्रक्चर खोलें। |
| 00:57 | कमांड टेक्स्ट बॉक्स में टाइप करें open 1zik एंटर दबाएँ। |
| 01:05 | पैनल पर मॉडल ribbons की तरह दिखता है। |
| 01:10 | Presets मेन्यू उपयोग करके डिस्प्ले को Interactive 2 में बदलें। |
| 01:14 | जल अणुओं को छिपाने के लिए कमांड लाइन पर टाइप करें delete solvent, एंटर दबाएँ। |
| 01:22 | डिस्प्ले को स्टिक्स में बदलने के लिए टाइप करें rep stick, एंटर दबाएँ। |
| 01:30 | स्ट्रक्चर में हाइड्रोजन जोड़ने के लिए टाइप करें addh . |
| 01:36 | अब हम सीखते हैं लिंक इस स्ट्रक्चर के लिए atoms और residues के ऐट्रिब्यूट्स को कैसे बदलते हैं। |
| 01:43 | Attributes नामों और वैल्यूज़ के साथ विशेषताएं होते हैं। |
| 01:47 | Chimera में आइटम्स जैसे atoms, bonds, residues और molecule models ऐट्रिब्यूट्स रखते हैं। |
| 01:54 | Attributes को बदलने के लिए भिन्न-भिन्न तरीके हैं। |
| 01:57 | Favorites मेन्यू उपयोग करके Model Panel खोलें। |
| 02:01 | स्क्रीन पर Model Panel डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 02:05 | पैनल के दायीं तरफ attributes बटन पर क्लिक करें। |
| 02:10 | स्क्रीन पर 1zik के लिए Attributes डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 02:15 | डायलॉग बॉक्स attribute सूची रखता है। |
| 02:18 | सूची Molecule Attributes और इसके कंपोनेंट्स Atom, bond और residue attributes रखती है। |
| 02:28 | Molecule Attributes चुनें। |
| 02:31 | उपलब्ध attributes विंडो पर सूचीबद्ध हैं। |
| 02:35 | उदाहरण के लिए – एरोमेटिक रिंग्स के डिस्प्ले को बदलने के लिए aromatic display के आगे वाले बटन पर क्लिक करें। |
| 02:42 | ड्राप-डाउन से True चुनें। |
| 02:45 | Aromatic ring style में disk चुनें। |
| 02:49 | aromatic color के आगे वाले color well पर क्लिक करें। |
| 02:53 | color editor से रंग चुनें। |
| 02:56 | डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 02:59 | पैनल का निरिक्षण करें, सभी aromatic rings केंद्र में डिस्क्स के साथ दिखती हैं। |
| 03:06 | स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को ball and stick में बदलें। |
| 03:10 | कमांड लाइन पर टाइप करें rep bs. |
| 03:16 | Attributes डायलॉग बॉक्स पर परमाणुओं की Van der Walls radii बदलें। |
| 03:22 | ball scale की वैल्यू बदलकर 0.5 करें। एंटर दबाएँ। |
| 03:27 | पैनल का निरिक्षण करें। परमाणु बहुत बड़े परमाण्विक रेडिआई के साथ दिखते हैं। |
| 03:33 | Molecular Attributes चेक बॉक्स पर दोबारा क्लिक करें। |
| 03:38 | सूची से Component Atom Attributes पर क्लिक करें। |
| 03:43 | तत्स्थानी विंडो में atom style button पर क्लिक करें। |
| 03:48 | ड्राप डाउन मेन्यू में बहुत से विकल्प हैं। |
| 03:51 | डिस्प्ले को cpk में बदलने के लिए sphere पर क्लिक करें। |
| 03:55 | पैनल का निरिक्षण करें। |
| 03:57 | डिस्प्ले में वापस जाने के लिए dot चुनें। |
| 04:02 | अब Component Bond Attributes पर क्लिक करें। |
| 04:10 | यहाँ bond style को stick या wire में बदलने के लिए विकल्प हैं। |
| 04:13 | Component Residue Attributes पर क्लिक करें। |
| 04:17 | यहाँ रिबन के ऐट्रिब्यूट्स बदलने के लिए हमारे पास विकल्प हैं। |
| 04:22 | Presets मेन्यू उपयोग करके पैनल पर स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को ribbons में बदलें। |
| 04:28 | अब Attribute डायलॉग बॉक्स पर क्लिक करें। |
| 04:32 | Attribute डायलॉग बॉक्स में ribbon color के आगे वाले color well पर क्लिक करें. रिबन कलर को चुनें। |
| 04:41 | color editor को बंद करने के लिए close पर क्लिक करें। |
| 04:46 | ribbon और scaling के क्रॉस-सेक्शन (अनुप्रस्थ काट) को बदलने के लिए विकल्प हैं। |
| 04:52 | डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 04:55 | Presets मेन्यू उपयोग करके दोबारा परमाणुओं के डिस्प्ले को बदलें। |
| 05:00 | Tools मेन्यू उपयोग करके Attributes को बदला जा सकता है। |
| 05:03 | Tools मेन्यू पर क्लिक करें, Structure Analysis तक नीचे जाएँ |
| 05:09 | और सब-मेन्यू से Render by Attribute विकल्प चुनें। |
| 05:14 | Render by attribute डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 05:17 | यहाँ atoms, residues, molecules, segmentation regions आदि के ऐट्रिब्यूट्स बदलने के लिए विकल्प हैं। |
| 05:27 | atoms चुनें। Render पर क्लिक करें। |
| 05:32 | उपलब्ध विकल्पों की जाँच के लिए Attribute सूची पर क्लिक करें। |
| 05:37 | सूची दो विकल्प दिखाती है: bfactor और occupancy |
| 05:43 | ये दो ऐट्रिब्यूट्स इनपुट PDB फाइल से पढ़े जा सकते हैं। |
| 05:48 | bfactor चुनें। |
| 05:50 | रंगीन उर्ध्वाधर बार्स के साथ वैल्यूज़ का एक हिस्टोग्राम दिखेगा। |
| 05:55 | B-factor वैल्यूज़ मैक्रोमॉलिक्यूल्स में गतिशीलता की माप देती हैं। |
| 06:01 | कम B-factor वैल्यूज़ के पामाणु, स्ट्रक्चर का भाग जो सुव्यवस्थित है, से सम्बंधित हैं। |
| 06:08 | बड़े B-factor वैल्यूज़ के पामाणु, स्ट्रक्चर का भाग जो बहुत लचीला है, से सम्बंधित हैं। |
| 06:15 | प्रोटीन स्ट्रक्चर के लिए PDB फाइल B-factor जानकारी रखती है। |
| 06:21 | पैनल पर वापस आएं। |
| 06:23 | उर्ध्वाधर बार्स माउस से हिस्टोग्राम के साथ ड्रैग की जा सकती हैं। |
| 06:29 | B-factor की वैल्यू Value टेक्स्ट बॉक्स में दिखती है। |
| 06:34 | नीली उर्ध्वाधर बार को ज़ीरो तक लाल को 100 तक ड्रैग करें। |
| 06:41 | फिर सफ़ेद बार को 50 पर फिक्स करें। |
| 06:45 | Colors बटन पर क्लिक करें। |
| 06:48 | color atoms, keep opaque और color surfaces विकल्पों को चेक करें। |
| 06:55 | डिफ़ॉल्ट कलर palette blue और red है। |
| 06:59 | आप कलर palette को ड्राप-डाउन से बदल सकते हैं। |
| 07:04 | Apply बटन पर क्लिक करें। |
| 07:07 | पैनल का निरिक्षण करें। बड़े B-factor वाले परमाणु लाल में और कम वाले नीले में दिखते हैं। |
| 07:16 | अपेक्षित की तरह बड़े B-factors के परमाणु स्ट्रक्चर के बाहर की तरफ हैं। |
| 07:22 | अब रेसीड्यूज़ के ऐट्रिब्यूट्स को बदलते हैं। |
| 07:26 | Select by Attribute डायलॉग बॉक्स में, Attributes बटन पर क्लिक करें। |
| 07:32 | ड्राप डाउन से residues चुनें। |
| 07:36 | Render पर क्लिक करें। |
| 07:38 | रेसीड्यूज़ में लिए वो ऐट्रिब्यूट्स kdHydrophobicity scale रखते हैं। |
| 07:44 | ड्राप डाउन मेन्यू से kdHydrophobicity पर क्लिक करें। |
| 07:48 | हिस्टोग्राम में वैल्यूज़ दिखती हैं। |
| 07:52 | kdHydrophobicity scales वो वैल्यूज़ हैं जो एमिनो एसिड रेसीड्यूज़ की रिलेटिव hydrophobicity परिभाषित करती हैं। |
| 08:00 | KdHydrophobicity वैल्यूज़ hydrophobic residues के लिए पॉज़िटिव और polar residues के लिए नेगेटिव होती हैं। |
| 08:09 | रेसीड्यूज़ की Hydrophobicity colors या worms में देखी जा सकती है। |
| 08:15 | Colors चुनें। डिफ़ॉल्ट रूप से कुछ पैरामीटर्स चयनित हैं। |
| 08:21 | Apply बटन पर क्लिक करें। पैनल का निरिक्षण करें। |
| 08:26 | hydrophobic residues का रंग लाल और polar residues का रंग नीला होता है। |
| 08:33 | Worms बटन पर क्लिक करें. Apply पर क्लिक करें। |
| 08:38 | पैनल का निरिक्षण करें। |
| 08:41 | Worms संशोधित रिबन्स हैं जिनकी रेडियस (त्रिज्या) परिवर्तित होती है। |
| 08:47 | अधिकतर hydrophobic residues स्ट्रक्चर के अन्दर की तरफ होते हैं। |
| 08:52 | डिफ़ॉल्ट रूप से ज़्यादा hydrophobic residues बड़ी रेडियस के दिखेंगे। |
| 09:00 | स्ट्रक्चर को सामान्य ribbon में वापस जाने के लिए। |
| 09:03 | worm-style पर क्लिक करें और non-worm विकल्प चुनें। |
| 09:09 | OK बटन पर क्लिक करें। |
| 09:12 | File मेन्यू उपयोग करके Chimera सेशन बंद करें। |
| 09:16 | इसे सारांशित करते हैं। इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा परमाणुओं, रेसीड्यूज़ और मॉडल्स के ऐट्रिब्यूट्स को बदलना। |
| 09:25 | B-factor वैल्यूज़ के आधार पर प्रोटीन में परमाणुओं को कलर करना। |
| 09:30 | kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आधार पर रेसीड्यूज़ को कलर करना। |
| 09:35 | नियत कार्य में पैनल पर hemoglobin (PDB code: 2HCO) का मॉडल खोलें. B-factor वैल्यूज़ के आधार पर परमाणुओं को कलर करें। |
| 09:44 | kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आधार पर रेसीड्यूज़ को कलर करें। |
| 09:49 | यह विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं। |
| 09:56 | हम स्पोकन ट्यूटोरियल्स का उपोग करके कार्यशालाएं आयोजित करते हैं और प्रमाणपत्र देते हैं। |
| 10:04 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा वित्त पोषित है। |
| 10:10 | आई आई ती बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ।
हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद। |
