Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) |
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
||
| Line 91: | Line 91: | ||
| '''Leucine zipper''' મોટિફ(થીમ), '''leucine''' રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે. | | '''Leucine zipper''' મોટિફ(થીમ), '''leucine''' રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે. | ||
| − | |- | + | |- |
| 02:02 | | 02:02 | ||
| હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ '''leucine''' રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા. | | હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ '''leucine''' રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા. | ||
| Line 103: | Line 103: | ||
| આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. ''' Select''' મેનુમાંથી '''Residue''' વિકલ્પને પસંદ કરો. | | આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. ''' Select''' મેનુમાંથી '''Residue''' વિકલ્પને પસંદ કરો. | ||
| − | |- | + | |- |
| 02:20 | | 02:20 | ||
| સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે. | | સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે. | ||
| Line 120: | Line 120: | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: | + | | 02:46 |
| '''actions ''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''color''' સિલેક્ટ કરો. | | '''actions ''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''color''' સિલેક્ટ કરો. | ||
| Line 172: | Line 172: | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: | + | | 04:04 |
| પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ '''residues'''ને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો. | | પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ '''residues'''ને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો. | ||
| Line 192: | Line 192: | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: | + | | 04:30 |
| સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો. | | સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો. | ||
| Line 204: | Line 204: | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: | + | | 04:47 |
| તે '''atomspec balloon'''માં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે. | | તે '''atomspec balloon'''માં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે. | ||
Latest revision as of 15:28, 9 January 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | કાઇમેરાના ઉપયોગ દ્વારા Picking and Selection ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે atoms અને residuesના લેબલ્સ બતાવતા શીખીશું. |
| 00:12 | atoms અને residues ને Select menu દ્વારા અથવા Picking દ્વારા સિલેક્ટ કરવા. |
| 00:17 | residuesના રંગ અને દેખાવ બદલવા. |
| 00:21 | atoms ઉમેરવા,કાઢવા અથવા બદલવા , બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા. |
| 00:27 | ડિસ્પ્લે વિન્ડોમાં એક કરતા વધુ મોડેલ ખોલવા. મોડેલને સિલેક્ટ અને મુવ કરવા. |
| 00:34 | આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમને Undergraduate Biochemistryનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે |
| 00:40 | અથવા તમે structural biologyના જાણકાર હોવા જોઈએ . તેને સંબંધિત ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે , અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો. |
| 00:47 | આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu Linux OS આવૃત્તિ 14.04, |
| 00:52 | Chimera આવૃત્તિ 1.10.2, |
| 00:57 | Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 35.0. |
| 01:01 | અને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
| 01:04 | અહીં મેં Chimera window ખોલી છે. |
| 01:07 | rapid access window ઉપર,તાજેતરમાં ઉપયોગમાં લીધેલ ડેટાની સૂચિમાંથી 1zik ઉપર ક્લિક કરો. |
| 01:15 | Leucine zipperનું મોડેલ graphics window ઉપર ખુલે છે. |
| 01:20 | સ્ટ્રકચરના અલગ-અલગ કમ્પોનંટ્સ(ઘટકો) જેવાકે : residues, atoms, bonds વગેરેમાં Chimeraમાં ઉપલબ્ધ રહેલ ટૂલ્સ દ્વારા બદલાવ કરી શકાય છે. |
| 01:31 | પ્રથમ પગલું છે સિલેક્શન. |
| 01:34 | સિલેક્શન કરવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગ છે : મેનુ બારમાંના Select મેનુનો ઉપયોગ કરી. |
| 01:40 | graphics window માંથી Picking કરી . |
| 01:43 | કમાન્ડ લાઈનમાં કમાન્ડ ટાઈપ કરી . અથવા Favorites મેનુમાં રહેલ Model Panel અને Sequence વિકલ્પને પસંદ કરી . |
| 01:53 | કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર પાછા જઈએ. |
| 01:55 | Leucine zipper મોટિફ(થીમ), leucine રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે. |
| 02:02 | હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ leucine રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા. |
| 02:08 | પ્રિસેટ મેનુમાંથી interactive 2 વિકલ્પને પસંદ કરો. |
| 02:12 | આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. Select મેનુમાંથી Residue વિકલ્પને પસંદ કરો. |
| 02:20 | સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે. |
| 02:23 | અમીનો એસિડ કેટેગરી મેનુ અમીનો સમૂહ ધરાવે છે જેમકે : aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar વગેરે. |
| 02:34 | મૂળભૂત અમીનો એસિડ મેનુ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ અમીનો એસિડ રેસિડ્યુઝની સૂચિ ધરાવે છે.leucine ઉપર ક્લિક કરો . |
| 02:42 | બધા leucine રેસિડ્યુઝ હવે પ્રકાશિત થતા દેખાય છે. |
| 02:46 | actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , color સિલેક્ટ કરો. |
| 02:49 | હું રંગોની સૂચિમાંથી પીળો રંગ સિલેક્ટ કરીશ.બધા જ leucines હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે. |
| 02:57 | પસંદગીને નાબૂદ કરવા , Select મેનુને ક્લિક કરો. પછી Clear selection વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:03 | Leucine એ એક hydrophobic હોવાથી તે પ્રોટીનના hydrophobic કોરમાં પેક થઇ જાય છે. |
| 03:09 | હવે પ્રિસેટ વિકલ્પ દ્વારા દેખાવને રિબિનસમાં બદલીએ.Interactive 1 ઉપર ક્લિક કરીએ. |
| 03:17 | સ્ક્રીન ઉપરથી residue ચૂંટવા : સ્ટ્રક્ચર ઉપર કર્સરને લઇ જઈ ફરાવો. |
| 03:22 | ઓળખાણ આપતી માહિતી સાથે એક pop-up balloon દૃશ્યમાન થાય છે. |
| 03:26 | તે માહિતી જેવી કે residue name , residue number અને Chain ધરાવે છે. |
| 03:32 | કર્સર ખસેડતા જ આ balloon ગાયબ થઇ જાય છે. |
| 03:36 | chain A ઉપરના પ્રથમ residueઉપર કર્સરને લઇ આવો , જે છે arginine. |
| 03:41 | કિબોર્ડ ઉપર CTRL કીને પ્રેસ કરી પકડી રાખો અને ડાબા માઉસ બટનને ક્લિક કરો. CTRL કી ને છોડી દો. |
| 03:49 | residueની આઉટલાઈન(રૂપરેખા) હાઈલાઈટ થાય છે. મૂળભૂત રીતે આ આઉટલાઇનની પસંદગી લીલા રંગની થયેલ હોય છે. |
| 03:57 | જો તમે એક કરતા વધુ residueને સિલેક્ટ કરવા માંગતા હોવ તો ; કીબોર્ડ ઉપર CTRL અને shift આ બંને કીઝને પ્રેસ કરી પકડી રાખો. |
| 04:04 | પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ residuesને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:10 | કિબોર્ડ ઉપરના CTRL અને Shift કીઝને હવે છોડી દો. |
| 04:14 | તો હવે તમે રેસિડ્યુઝને પીક કરી દીધા છે તેમાં બદલાવ કરવા. |
| 04:18 | Actions મેનુમાંથી વિકલ્પ પસંદ કરો. Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:23 | ઉદાહરણ તરીકે એટમ્સને ડિસ્પ્લે માટે , atoms/bondsને પસંદ કરો. Show ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:30 | સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો. |
| 04:36 | Picking દ્વારા આપણે સ્ટ્રક્ચરમાં રહેલા એટમ્સ અથવા બોન્ડ્સમાં પણ બદલાવ કરી શકીએ છીએ. |
| 04:42 | કર્સરને કોઈ પદાર્થ જેવા કે એક એટમ અથવા બોન્ડ ઉપર મુકો. |
| 04:47 | તે atomspec balloonમાં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે. |
| 04:52 | એટમ માટેના Atomspec balloon આ પ્રમાણે માહિતી ધરાવે છે જેવી કે : Residue name, number, chain અને atom name. |
| 05:01 | એટમને સિલેક્ટ કરવા, કિબોર્ડ ઉપર CTRL કીને દબાવી પકડી રાખો. |
| 05:06 | જ્યારે તમે CTRL કીને પકડી રાખી હોય દરમ્યાન તમે એટમને બદલવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:11 | હવે તે એટમ હાઈલાઈટ થાય છે. તે એટમમાં ફેરફાર કરવા માટે CTRL કી પકડી રાખી તેના ઉપર બે વાર ક્લિક કરો. |
| 05:20 | વિકલ્પો સાથે નું એક context menu ખુલે છે. |
| 05:24 | Modify-atom વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. CTRL કીને છોડી દો. |
| 05:30 | એક Build Structure વિન્ડો ખુલે છે. |
| 05:33 | સિલેક્ટ કરેલા એટમ Nitrogenને methyl groupમાં બદલીએ. |
| 05:38 | Build Structure વિન્ડોમાં , એલિમેન્ટ તરીકે carbon, બોન્ડ્સને 4 તરીકે પસંદ કરો અને apply બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:49 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 05:51 | વર્તમાન સ્ટ્રક્ચરમાં હવે methyl group ઉમેરાયેલું દેખાય છે. વિન્ડો બંધ કરો. |
| 05:57 | બોન્ડ્સને ફેરવવાનું વિકલ્પ પણ છે. |
| 06:00 | તમારે જે બોન્ડને ફેરવવું છે તેના ઉપર કર્સરને લઇ જઈ પકડી રાખો. |
| 06:04 | આ બોન્ડ વિશેની માહિતી atomspec balloonમાં દેખાય છે. |
| 06:09 | બોન્ડને સિલેક્ટ કરવા, કર્સરને તે બોન્ડ ઉપર રાખો. |
| 06:13 | CTRL કીને પ્રેસ કરી પકડી રાખો. ડાબું માઉસ બટન ક્લિક કરો. |
| 06:18 | સિલેક્ટ કરેલ બોન્ડ હાઈલાઈટ થતો દેખાય છે.CTRL કીને પકડી રાખી હોય તે દરમ્યાન બોન્ડ ઉપર બે વાર ક્લિક કરો. |
| 06:26 | કિબોર્ડ ઉપર CTRL કી ને છોડી દો. |
| 06:29 | એક context-menu ખુલે છે. rotate bond વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 06:35 | સ્ક્રીન ઉપર Build Structure ડાયલોગ બોક્સ દ્યશ્યમાન થાય છે. |
| 06:39 | ડાયલોગ બોક્સમાં હાજર રહેલ રોટેટિંગ ટૂલ ઉપર ક્લિક કરી ફેરવો. |
| 06:46 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. સિલેક્ટ કરેલ બોન્ડ હવે ફરતો દેખાય છે. |
| 06:51 | તમે નક્કી કરેલા ખૂણાએ જ્યારે તે પોહચી જાય ત્યારે તેને ફેરવવાનું બંધ કરો. ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો. |
| 06:57 | પસંદગીને નાબૂદ કરો. ચેઇન્સને હાઈલાઈટ કરવા આપણે ટૂલ્સમાંના Sequence વિકલ્પનો પણ ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ. |
| 07:05 | ટૂલ્સ મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Sequence વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:10 | સબ-મેનુ માંથી Sequence ને પસંદ કરો. |
| 07:13 | એકShow model sequence ડાયલોગ બોક્સ દ્યશ્યમાન થાય છે. |
| 07:17 | જો તમે chain A ને સિલેક્ટ કરવા માંગતા હોવ તો chain A ઉપર ક્લિક કરો. પછી show ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:23 | ડિસ્પ્લે સ્ક્રીન ઉપર અમીનો એસિડ સિક્વન્સિસ સાથેનો અન્ય ડાયલોગ બોક્સ દ્રશ્યમાન થાય છે. |
| 07:28 | amino acid residuesએક અક્ષરના સંક્ષેપ તરીકે પ્રસ્તુત થાય છે. |
| 07:34 | સિક્વન્સને સિલેક્ટ કરવા તેને ક્લિક કરો . |
| 07:37 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ, Chain A હવે હાઈલાઈટ થયેલ છે. |
| 07:41 | વિન્ડોને બંધ કરવા quit ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:44 | Actions menu ઉપર જાઓ , Color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. yellow વિકલ્પને ક્લિક કરો. |
| 07:50 | Chain A હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો. |
| 07:55 | Chimera windowમાં આપણે એક કરતા વધુ સ્ટ્રક્ચર પણ ખોલી શકીએ છીએ. |
| 07:59 | બીજું સ્ટ્રક્ચર ખોલવા : ફાઈલ મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
| 08:03 | Fetch by ID ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:06 | Fetch structure by ID ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 08:11 | PDB વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો. પછી ચાર અક્ષરનો PDB code ટાઈપ કરો. ઉદાહરણ તરીકે human insulinને મેળવવા , ટાઈપ કરો 4ex1. |
| 08:23 | fetch બટનને ક્લિક કરો. |
| 08:25 | પેનલ ઉપર બે પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર્સ ઓવરલેપ થયેલ દેખાય છે. |
| 08:29 | ઓવરલેપ થયેલ બંને સ્ટ્રક્ચર્સને છુટા પાડવા : આપણે એક મોડેલને બરાબર સિલેક્ટ કરી પેનલ ઉપર ખસેડવું પડશે. |
| 08:36 | favorites મેનુનો ઉપયોગ કરી Command line ખોલો. |
| 08:39 | વીન્ડોના નીચે Command line દ્યશ્યમાન થાય છે. |
| 08:43 | model zeroને અનચેક કરવા ક્લિક કરો , જે leucine zipper પ્રસ્તુત કરે છે . |
| 08:48 | કર્સરને insulin સ્ટ્રક્ચર ઉપર લાવો : માઉસનું વચ્ચેનું બટન પકડી રાખો. |
| 08:54 | પછી તમે નક્કી કરેલ સ્થાને પેનલમાં insulin મોડેલને ડ્રેગ કરી ખસેડો. માઉસ બટનને છોડી દો. |
| 09:01 | કોઈ મોડેલને સિલેક્ટ કરી તેને સ્ક્રીનમાંથી કાઢી નાખવું હોય તો : Favorites મેનુનો ઉપયોગ કરી મોડેલ પેનલ ખોલો. |
| 09:08 | એક Model Panel ડાયલોગ બોક્સ દૃશ્યમાન થાય છે. |
| 09:11 | model IDને ક્લિક કરી જે મોડેલને તમે કાઢવા માંગતા હોવ તેને સિલેક્ટ કરો. |
| 09:16 | ઉદાહરણ તરીકે મારે insulin મોડેલને સ્ક્રીન ઉપરથી કાઢી નાખવું છે. |
| 09:21 | model IDને ક્લિક કરો. close વિકલ્પને ક્લિક કરો. |
| 09:26 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.insulinનું મોડેલ હવે સ્ક્રીન ઉપરથી કાઢી નખાયું છે. |
| 09:32 | મોડેલ પેનલ વિન્ડો બંધ કરો. |
| 09:34 | તો અહીં આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે. |
| 09:37 | ચાલો આપણે આ ટ્યૂટોરિઅલમાં શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ. |
| 09:40 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે atoms અને residuesના લેબલ્સ બતાવતા શીખ્યા. |
| 09:46 | atoms અને residues ને Select menu દ્વારા અથવા Picking દ્વારા સિલેક્ટ કરતા શીખ્યા. |
| 09:51 | residuesના રંગ અને દેખાવ બદલ્યા. |
| 09:55 | atoms ઉમેરવા,નાબૂદ કરવા અથવા બદલવા , બોન્ડ્સને રોટેટ(ગોળ ફેરવવા)કરતા શીખ્યા. |
| 10:00 | ડિસ્પ્લે વિન્ડોમાં એક કરતા વધુ મોડેલ ખોલતા અને મોડેલને સિલેક્ટ અને મુવ કરતા શીખ્યા. |
| 10:06 | અભ્યાસ માટે human insulinનું સ્ટ્રક્ચર ખોલો, કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર pdb code 4ex1 દ્વારા. |
| 10:14 | બધા જ hydrophobic અમીનો એસિડ residuesના રંગ બદલી ભૂરા કરો. |
| 10:19 | બધા polar residuesના રંગ બદલી લાલ કરો. |
| 10:23 | પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે. |
| 10:29 | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો. |
| 10:36 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો. |
| 10:45 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટ માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
| 10:55 | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા બદલ આભાર. |
