Difference between revisions of "Biopython/C2/Blast/Malayalam"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Biopython''' ടൂൾസ് '' 'BLAST' '' '' 'ബയോപിത്തോൺ' '' ഉപയ...") |
|||
| Line 12: | Line 12: | ||
|- | |- | ||
| − | | 00: 13 | + | | 00:13 |
| കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി ബ്ലാസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് '''parse''' ചെയുന്നത് | | കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി ബ്ലാസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് '''parse''' ചെയുന്നത് | ||
| Line 20: | Line 20: | ||
|- | |- | ||
| − | | 00: 24 | + | | 00:24 |
| basic '''Python''' പ്രോഗ്രാമിങ്ങും. | | basic '''Python''' പ്രോഗ്രാമിങ്ങും. | ||
|- | |- | ||
| − | | 00: 27 | + | | 00:27 |
| '''Python''' ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക. | | '''Python''' ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക. | ||
|- | |- | ||
| 00:31 | | 00:31 | ||
| − | | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: '' 'ഉബുണ്ടു' '' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് 14.10 | + | | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു:'' 'ഉബുണ്ടു' '' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് 14.10 |
|- | |- | ||
| − | | 00: 37 | + | | 00:37 |
| '' 'പൈഥൺ' '' പതിപ്പ് 2.7.8 | | '' 'പൈഥൺ' '' പതിപ്പ് 2.7.8 | ||
|- | |- | ||
| − | | 00: 41 | + | | 00:41 |
| '''Ipython interpretor''പതിപ്പ് 2.3.0 | | '''Ipython interpretor''പതിപ്പ് 2.3.0 | ||
|- | |- | ||
| − | | 00: 46 | + | | 00:46 |
| '''Biopython'''പതിപ്പ് 1.64, * ഒരു വർക്കിംഗ് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ. | | '''Biopython'''പതിപ്പ് 1.64, * ഒരു വർക്കിംഗ് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ. | ||
| Line 48: | Line 48: | ||
|- | |- | ||
| − | | 00: 57 | + | | 00:57 |
| ഇത് '''sequence''' വിവരങ്ങളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു'''algorithm'''ആണ്. | | ഇത് '''sequence''' വിവരങ്ങളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു'''algorithm'''ആണ്. | ||
| Line 56: | Line 56: | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 14 | + | | 01:14 |
| '' 'BLAST:' 'റൺ ചെയ്യാൻ രണ്ട് വഴികളുണ്ട്: | | '' 'BLAST:' 'റൺ ചെയ്യാൻ രണ്ട് വഴികളുണ്ട്: | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 17 | + | | 01:17 |
| നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ ലോക്കൽ'''BLAST''' അല്ലെങ്കിൽ' '''BLAST''' 'ഇന്റർനെറ്റ് NCBI സെർവറിലൂടെ ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. | | നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ ലോക്കൽ'''BLAST''' അല്ലെങ്കിൽ' '''BLAST''' 'ഇന്റർനെറ്റ് NCBI സെർവറിലൂടെ ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. | ||
| Line 68: | Line 68: | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 28 | + | | 01:28 |
| ആദ്യം, നിങ്ങളുടെr '''query sequence'''ലെ'''BLAST''' ചില ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുക. | | ആദ്യം, നിങ്ങളുടെr '''query sequence'''ലെ'''BLAST''' ചില ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുക. | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 33 | + | | 01:33 |
| − | |രണ്ടാമത്, '''BLAST''' ഔട്ട്പുട്ട്.കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി'''parse''' ചെയുക | + | | രണ്ടാമത്, '''BLAST''' ഔട്ട്പുട്ട്.കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി'''parse''' ചെയുക |
|- | |- | ||
| Line 80: | Line 80: | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 43 | + | | 01:43 |
| '' 'Ctrl, Alt' '', '' 'ടി' 'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കൂ. | | '' 'Ctrl, Alt' '', '' 'ടി' 'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കൂ. | ||
|- | |- | ||
| 01:48 | | 01:48 | ||
| − | |'' 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' '' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: '' 'ipython' '' അമർത്തുക '' 'Enter' '' അമർത്തുക. | + | |'' 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' '' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'' 'ipython' '' അമർത്തുക '' 'Enter' '' അമർത്തുക. |
|- | |- | ||
| Line 92: | Line 92: | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 01 | + | | 02:01 |
| പ്രോംപ്റ്റിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'''ipython''' '''.Enter '' അമർത്തുക . | | പ്രോംപ്റ്റിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'''ipython''' '''.Enter '' അമർത്തുക . | ||
| Line 100: | Line 100: | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 20 | + | | 02:20 |
| '' 'NCBIWWW' '' മൊഡ്യൂളിലെ '' 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' 'ഉപയോഗിക്കും. | | '' 'NCBIWWW' '' മൊഡ്യൂളിലെ '' 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' 'ഉപയോഗിക്കും. | ||
| Line 108: | Line 108: | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 29 | + | | 02:29 |
| തിരച്ചിലിന് ഉപയോഗിക്കാനായി ആദ്യത്തെ '''argument''' '''blast program''' എന്നതാണ്. | | തിരച്ചിലിന് ഉപയോഗിക്കാനായി ആദ്യത്തെ '''argument''' '''blast program''' എന്നതാണ്. | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 33 | + | | 02:33 |
| രണ്ടാമതായി, തിരയാനായി ഡാറ്റബേസുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു. | | രണ്ടാമതായി, തിരയാനായി ഡാറ്റബേസുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു. | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 38 | + | | 02:38 |
| മൂന്നാമത്തെ '''argument''' നിങ്ങളുടെ'''query sequence.''' | | മൂന്നാമത്തെ '''argument''' നിങ്ങളുടെ'''query sequence.''' | ||
|- | |- | ||
| Line 126: | Line 126: | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 58 | + | | 02:58 |
| '''GI number''' '''insulin'''. '' ന്റെ ന്യൂ'''nucleotide sequence''' നു വേണ്ടിയുള്ളതാണ്. | | '''GI number''' '''insulin'''. '' ന്റെ ന്യൂ'''nucleotide sequence''' നു വേണ്ടിയുള്ളതാണ്. | ||
| Line 134: | Line 134: | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 09 | + | | 03:09 |
| 'BLACK' 'വെബ്ബ് പേജിൽ നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന വിവിധ പാരാമീറ്ററുകൾക്ക് സമാനമാണ് ഈ വാദങ്ങൾ. | | 'BLACK' 'വെബ്ബ് പേജിൽ നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന വിവിധ പാരാമീറ്ററുകൾക്ക് സമാനമാണ് ഈ വാദങ്ങൾ. | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 15 | + | | 03:15 |
| '''qblast function''' '''BLAST''' റിസൾട്ട് '' 'xml' '' ഫോർമാറ്റിൽ ലഭിക്കും. | | '''qblast function''' '''BLAST''' റിസൾട്ട് '' 'xml' '' ഫോർമാറ്റിൽ ലഭിക്കും. | ||
| Line 146: | Line 146: | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 22 | + | | 03:22 |
| നമ്മൾ ഉചിതമായ ''Blast''' പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കണം, | | നമ്മൾ ഉചിതമായ ''Blast''' പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കണം, | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 25 | + | | 03:25 |
| ഞങ്ങളുടെ ക്യുറി സെക്യുഎൻസ് '''nucleotide''' അല്ലെങ്കിൽ '''protein sequence'''. ആണെന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച്. | | ഞങ്ങളുടെ ക്യുറി സെക്യുഎൻസ് '''nucleotide''' അല്ലെങ്കിൽ '''protein sequence'''. ആണെന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച്. | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 30 | + | | 03:30 |
| നമ്മുടെ അന്വേഷണം ഒരു'''nucleotide''',ആയതുകൊണ്ട്, ഞങ്ങൾ'''blastn '''പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കും,' nt '''nucleotide'' ഡാറ്റാബേസ് നെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. | | നമ്മുടെ അന്വേഷണം ഒരു'''nucleotide''',ആയതുകൊണ്ട്, ഞങ്ങൾ'''blastn '''പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കും,' nt '''nucleotide'' ഡാറ്റാബേസ് നെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 39 | + | | 03:39 |
| ഇതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾ NCBI BLAST '' 'വെബ്പേജിൽ ലഭ്യമാണ്. | | ഇതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾ NCBI BLAST '' 'വെബ്പേജിൽ ലഭ്യമാണ്. | ||
| Line 166: | Line 166: | ||
|- | |- | ||
| − | | 03: 51 | + | | 03:51 |
| അമർത്തുക '' 'Enter' ''. | | അമർത്തുക '' 'Enter' ''. | ||
| Line 178: | Line 178: | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 05 | + | | 04:05 |
| '' 'Xml ഫയൽ' '' സേവ് ചെയുക ഈ വരികളിൽ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. | | '' 'Xml ഫയൽ' '' സേവ് ചെയുക ഈ വരികളിൽ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 09 | + | | 04:09 |
| ഈ കോഡിന്റെ വരികൾ '' 'home' '' ഫോൾഡറിൽ '' 'blast.xml' '' എന്ന പേരിൽ തിരയൽ ഫലത്തെ സംരക്ഷിക്കും. | | ഈ കോഡിന്റെ വരികൾ '' 'home' '' ഫോൾഡറിൽ '' 'blast.xml' '' എന്ന പേരിൽ തിരയൽ ഫലത്തെ സംരക്ഷിക്കും. | ||
| Line 190: | Line 190: | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 21 | + | | 04:21 |
| ഫയലിൽ ക്ലിക്കുചെയ്ത് ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുക. | | ഫയലിൽ ക്ലിക്കുചെയ്ത് ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുക. | ||
| Line 206: | Line 206: | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 44 | + | | 04:44 |
| അടുത്ത പടി '''extract''' ഡാറ്റ ഫയല് '' '''parse''' ചെയ്യുക എന്നതാണ്. | | അടുത്ത പടി '''extract''' ഡാറ്റ ഫയല് '' '''parse''' ചെയ്യുക എന്നതാണ്. | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 48 | + | | 04:48 |
| '' 'Xml' '' ഇൻപുട്ടിനായി ഫയൽ തുറക്കുന്നതാണ് ആദ്യപാഠം. | | '' 'Xml' '' ഇൻപുട്ടിനായി ഫയൽ തുറക്കുന്നതാണ് ആദ്യപാഠം. | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 53 | + | | 04:53 |
| പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക'''. | | പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക'''. | ||
| Line 222: | Line 222: | ||
|- | |- | ||
| − | | 05: 05 | + | | 05:05 |
| അമർത്തുക '' 'Enter' ''. | | അമർത്തുക '' 'Enter' ''. | ||
| Line 229: | Line 229: | ||
| '' BLASTറ്' '' ഔട്ട്പുട്ടിന് '''parse''' ചെയ്യാൻ താഴെപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. | | '' BLASTറ്' '' ഔട്ട്പുട്ടിന് '''parse''' ചെയ്യാൻ താഴെപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. | ||
|- | |- | ||
| − | | 05: 11 | + | | 05:11 |
| 'BLAST' '' ഔട്പുട്ടിൽ നിന്ന് '''extract''' നു വേണ്ട എല്ലാ വിവരങ്ങളും blast '''record''' ൽ ഉണ്ട്. | | 'BLAST' '' ഔട്പുട്ടിൽ നിന്ന് '''extract''' നു വേണ്ട എല്ലാ വിവരങ്ങളും blast '''record''' ൽ ഉണ്ട്. | ||
| Line 237: | Line 237: | ||
|- | |- | ||
| − | | 05: 27 | + | | 05:27 |
| താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. | | താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. | ||
|- | |- | ||
| − | | 05: 30 | + | | 05:30 |
| '''match'''പ്രധാനമായിരിക്കണമെങ്കിൽ, '''score''' 0.01 ൽ കുറവായിരിക്കണം. | | '''match'''പ്രധാനമായിരിക്കണമെങ്കിൽ, '''score''' 0.01 ൽ കുറവായിരിക്കണം. | ||
| Line 248: | Line 248: | ||
| ഓരോ '' 'hsp' '', അതായത്, ഹൈ സ്കോറിംഗ് പെയർ നു ''title, length, hsp score, gaps''' and '''expect value'''. | | ഓരോ '' 'hsp' '', അതായത്, ഹൈ സ്കോറിംഗ് പെയർ നു ''title, length, hsp score, gaps''' and '''expect value'''. | ||
|- | |- | ||
| − | | 05: 49 | + | | 05:49 |
|'''string'''ൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന '''query'''അലൈന്ഡ് ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസ്, സ്ട്രിംഗ് എന്നിവ മാച്ച് മിസ്മാച് പൊസിഷൻസ് വ്യക്തമാക്കുന്നു. | |'''string'''ൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന '''query'''അലൈന്ഡ് ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസ്, സ്ട്രിംഗ് എന്നിവ മാച്ച് മിസ്മാച് പൊസിഷൻസ് വ്യക്തമാക്കുന്നു. | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 02 | + | | 06:02 |
| ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുന്നതിന് '' 'Enter' '' കീ രണ്ടുതവണ അമർത്തുക. | | ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുന്നതിന് '' 'Enter' '' കീ രണ്ടുതവണ അമർത്തുക. | ||
| Line 260: | Line 260: | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 09 | + | | 06:09 |
| നമുക്ക് '''length, score, gaps, evalue''' and '''strings''' ഉണ്ട്. | | നമുക്ക് '''length, score, gaps, evalue''' and '''strings''' ഉണ്ട്. | ||
| Line 268: | Line 268: | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 24 | + | | 06:24 |
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ അവസാന ഭാഗത്ത് എത്തിയിരിക്കുന്നു. | | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ അവസാന ഭാഗത്ത് എത്തിയിരിക്കുന്നു. | ||
| Line 276: | Line 276: | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 36 | + | | 06:36 |
| കൂടാതെ, '' 'BLAST' '' ഔട്ട്പുട്ട് Bio.Blast.Record '' 'മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിച്ച് പാഴ്സ് ചെയ്യുക. | | കൂടാതെ, '' 'BLAST' '' ഔട്ട്പുട്ട് Bio.Blast.Record '' 'മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിച്ച് പാഴ്സ് ചെയ്യുക. | ||
| Line 284: | Line 284: | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 50 | + | | 06:50 |
| '' 'ഔട്ട്പുട്ട് ഫയല് സേവ് ചെയ്യുക, ഫയല് ഉള്ക്കൊള്ളുന്ന ഡാറ്റ പാഴ്സ് ചെയ്യുക. | | '' 'ഔട്ട്പുട്ട് ഫയല് സേവ് ചെയ്യുക, ഫയല് ഉള്ക്കൊള്ളുന്ന ഡാറ്റ പാഴ്സ് ചെയ്യുക. | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 55 | + | | 06:55 |
| നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസൈൻമെന്റിൽ താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന കോഡ് രേഖകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം, ഈ ഫയലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ. | | നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസൈൻമെന്റിൽ താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന കോഡ് രേഖകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം, ഈ ഫയലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ. | ||
|- | |- | ||
| − | | 07: 01 | + | | 07:01 |
| കോഡ് നിരീക്ഷിക്കുക. നമ്മുടെ '''query''' ''protein''' സെക്യുഎൻസ് ആയതിനാൽ, '''blastp '''പ്രോഗ്രാം "nr", '''BLAST''' സെർച്ച് നു ഉള്ള നോൺ റീഡന്റാണ്ട് പ്രോടീൻ ടാറ്റ ബസ് | | കോഡ് നിരീക്ഷിക്കുക. നമ്മുടെ '''query''' ''protein''' സെക്യുഎൻസ് ആയതിനാൽ, '''blastp '''പ്രോഗ്രാം "nr", '''BLAST''' സെർച്ച് നു ഉള്ള നോൺ റീഡന്റാണ്ട് പ്രോടീൻ ടാറ്റ ബസ് | ||
| Line 300: | Line 300: | ||
|- | |- | ||
| − | | 07: 20 | + | | 07:20 |
| ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. | | ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. | ||
| Line 308: | Line 308: | ||
|- | |- | ||
| − | | 07: 30 | + | | 07:30 |
| കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക. | | കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക. | ||
| Line 316: | Line 316: | ||
|- | |- | ||
| − | | 07: 40 | + | | 07:40 |
| ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്. | | ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്. | ||
Revision as of 13:37, 9 January 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Biopython ടൂൾസ് 'BLAST' 'ബയോപിത്തോൺ' ഉപയോഗിച്ചു് ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം. |
| 00:06 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കുംBiopython ടൂൾസ് ഉപയോഗിച്ച്' ക്വറി ക്വിസ് 'നുള്ള' "BLAST"'റൺ ചെയുന്നത് |
| 00:13 | കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി ബ്ലാസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് parse ചെയുന്നത് |
| 00:17 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അണ്ടർഗ്രഡ്യൂട്ട് ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് പരിചയത്തിലായിരിക്കണം |
| 00:24 | basic Python പ്രോഗ്രാമിങ്ങും. |
| 00:27 | Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക. |
| 00:31 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: 'ഉബുണ്ടു' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് 14.10 |
| 00:37 | 'പൈഥൺ' പതിപ്പ് 2.7.8 |
| 00:41 | 'Ipython interpretorപതിപ്പ് 2.3.0 |
| 00:46 | Biopythonപതിപ്പ് 1.64, * ഒരു വർക്കിംഗ് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ. |
| 00:52 | BLAST അടിസ്ഥാന ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് ടൂൾ ടൂളിനുള്ള ചുരുക്കപ്പേരാണ്. ' |
| 00:57 | ഇത് sequence വിവരങ്ങളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരുalgorithmആണ്. |
| 01:02 | ഡാറ്റാബേസുകളിലെ ശ്രേണികളിലേക്ക് 'ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്' അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് താരതമ്യം ചെയ്ത്, മാഷെ ലെ ലെ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ സിഗ്നിഫിക്കൻസ് കണക്കുകൂട്ടുന്നു. |
| 01:14 | 'BLAST:' 'റൺ ചെയ്യാൻ രണ്ട് വഴികളുണ്ട്: |
| 01:17 | നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ ലോക്കൽBLAST അല്ലെങ്കിൽ' BLAST 'ഇന്റർനെറ്റ് NCBI സെർവറിലൂടെ ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. |
| 01:24 | 'ബ്ലെയ്പ്പോത്തനിൽBLAST രണ്ട് ഘട്ടങ്ങളുണ്ട്. |
| 01:28 | ആദ്യം, നിങ്ങളുടെr query sequenceലെBLAST ചില ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുക. |
| 01:33 | രണ്ടാമത്, BLAST ഔട്ട്പുട്ട്.കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായിparse ചെയുക |
| 01:38 | ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അനുപാതത്തിനായി 'ടെർമിനൽ തുറന്ന്' BLASTതുറക്കും. |
| 01:43 | 'Ctrl, Alt' , 'ടി' 'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കൂ. |
| 01:48 | 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'ipython' അമർത്തുക 'Enter' അമർത്തുക. |
| 01:52 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, 'BLAST' ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്ന NCBI BLAST സർവീസ് എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുമെന്ന് കാണിച്ചു തരാം. |
| 02:01 | പ്രോംപ്റ്റിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'ipython .Enter അമർത്തുക . |
| 02:14 | അടുത്തതായി, 'ബ്ലാസ്റ്റ് ഇന്റർനെറ്റിൽ റൺ ചെയ്യുന്നതിനായി പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. result= NCBIWWW.qblast("blastn","nt","186429"). |
| 02:20 | 'NCBIWWW' മൊഡ്യൂളിലെ 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' 'ഉപയോഗിക്കും. |
| 02:25 | 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' മൂന്നു arguments:ഏറ്റെടുക്കുന്നു: |
| 02:29 | തിരച്ചിലിന് ഉപയോഗിക്കാനായി ആദ്യത്തെ argument blast program എന്നതാണ്. |
| 02:33 | രണ്ടാമതായി, തിരയാനായി ഡാറ്റബേസുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു. |
| 02:38 | മൂന്നാമത്തെ argument നിങ്ങളുടെquery sequence. |
| 02:43 | query sequence ലെ ഇന്പുട് GI നമ്പർ അല്ലെങ്കിൽ FASTA ഫയൽ ആകാം അല്ലെങ്കിൽ sequence record object.ആകാം |
| 02:53 | ഈ പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ ഒരുnucleotide sequenceനായി 'GI numberഉപയോഗിക്കുന്നു. |
| 02:58 | GI number insulin. ന്റെ ന്യൂnucleotide sequence നു വേണ്ടിയുള്ളതാണ്. |
| 03:03 | 'Qblast ഫംഗ്ഷൻ' മറ്റ് നിരവധി ഓപ്റ്റ് ആർഗ്യുമെന്റുകളും എടുക്കുന്നു. |
| 03:09 | 'BLACK' 'വെബ്ബ് പേജിൽ നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന വിവിധ പാരാമീറ്ററുകൾക്ക് സമാനമാണ് ഈ വാദങ്ങൾ. |
| 03:15 | qblast function BLAST റിസൾട്ട് 'xml' ഫോർമാറ്റിൽ ലഭിക്കും. |
| 03:20 | terminal. എന്നതിലേക്ക് തിരികെ പോകുക. |
| 03:22 | നമ്മൾ ഉചിതമായ Blast' പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കണം, |
| 03:25 | ഞങ്ങളുടെ ക്യുറി സെക്യുഎൻസ് nucleotide അല്ലെങ്കിൽ protein sequence. ആണെന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച്. |
| 03:30 | നമ്മുടെ അന്വേഷണം ഒരു'nucleotide,ആയതുകൊണ്ട്, ഞങ്ങൾblastn പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കും,' nt nucleotide ഡാറ്റാബേസ് നെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. |
| 03:39 | ഇതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾ NCBI BLAST 'വെബ്പേജിൽ ലഭ്യമാണ്. |
| 03:45 | blast output xml 'ഫയലിന്റെ രൂപത്തില് വേരിയബിള്' resultൽ ആണ്. |
| 03:51 | അമർത്തുക 'Enter' . |
| 03:53 | നിങ്ങളുടെ ഇന്റർനെറ്റ് വേഗതയെ ആശ്രയിച്ച്, 'BLAST' തിരയൽ പൂർത്തിയാക്കാൻ കുറച്ച് മിനിറ്റുകൾ എടുത്തേക്കാം. |
| 03:59 | കൂടുതൽ പ്രവർത്തനത്തിനു മുമ്പ് ഡിസ്കിൽ 'xml' ഫയൽ സംരക്ഷിക്കേണ്ടത് പ്രധാനമാണ്. |
| 04:05 | 'Xml ഫയൽ' സേവ് ചെയുക ഈ വരികളിൽ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 04:09 | ഈ കോഡിന്റെ വരികൾ 'home' ഫോൾഡറിൽ 'blast.xml' എന്ന പേരിൽ തിരയൽ ഫലത്തെ സംരക്ഷിക്കും. |
| 04:18 | നിങ്ങളുടെ 'HOME' ഫോൾഡറിലേക്ക് നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക, ഫയൽ കണ്ടെത്തുക. |
| 04:21 | ഫയലിൽ ക്ലിക്കുചെയ്ത് ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുക. |
| 04:30 | താങ്കള് 'FASTA' ഫയല് ഒരുquery. ആയി പയോഗിയ്ക്കാന് ആഗ്രഹിക്കുന്നുണ്ടെങ്കില് ഈ ടെക്സ്റ്റ് ഫയലില് കാണിച്ചിരിക്കുന്ന കോഡ് ഉപയോഗിക്കുക. |
| 04:36 | നിങ്ങൾ 'FASTA' ഫയലിൽ നിന്നും ഒരു ക്വാറിയിൽ sequence record object' ഉപയോഗിക്കണമെങ്കിൽ കോഡ് ഇവിടെയുണ്ട്. |
| 04:42 | ടെർമിനൽ 'എന്നതിലേക്ക് തിരികെ പോകുക. |
| 04:44 | അടുത്ത പടി extract ഡാറ്റ ഫയല് parse ചെയ്യുക എന്നതാണ്. |
| 04:48 | 'Xml' ഇൻപുട്ടിനായി ഫയൽ തുറക്കുന്നതാണ് ആദ്യപാഠം. |
| 04:53 | പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 04:57 | "Bio.Blast" package.ൽ നിന്ന് മൊഡ്യൂൾ NCBIXML ഇമ്പോര്ട ചെയുക |
| 05:05 | അമർത്തുക 'Enter' . |
| 05:07 | BLASTറ്' ഔട്ട്പുട്ടിന് parse ചെയ്യാൻ താഴെപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 05:11 | 'BLAST' ഔട്പുട്ടിൽ നിന്ന് extract നു വേണ്ട എല്ലാ വിവരങ്ങളും blast record ൽ ഉണ്ട്. |
| 05:18 | ഒരു പ്രത്യേക ത്രെഷോൾഡ് നു മുകളിൽ ഉള്ള ' blast report ലെ hit ന്റെ എല്ലാ വിവരങ്ങളും പ്രിന്റ് ചെയ്യട്ടെ. |
| 05:27 | താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 05:30 | matchപ്രധാനമായിരിക്കണമെങ്കിൽ, score 0.01 ൽ കുറവായിരിക്കണം. |
| 05:37 | ഓരോ 'hsp' , അതായത്, ഹൈ സ്കോറിംഗ് പെയർ നു title, length, hsp score, gaps' and expect value. |
| 05:49 | stringൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന queryഅലൈന്ഡ് ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസ്, സ്ട്രിംഗ് എന്നിവ മാച്ച് മിസ്മാച് പൊസിഷൻസ് വ്യക്തമാക്കുന്നു. |
| 06:02 | ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുന്നതിന് 'Enter' കീ രണ്ടുതവണ അമർത്തുക. |
| 06:05 | ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക. |
| 06:09 | നമുക്ക് length, score, gaps, evalue and strings ഉണ്ട്. |
| 06:16 | 'Bio.Blast' പാക്കേജിൽ ലഭ്യമായ മറ്റ്functions ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമായ വിവരങ്ങൾ പുറത്തെടുക്കാൻ കഴിയും. |
| 06:24 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ അവസാന ഭാഗത്ത് എത്തിയിരിക്കുന്നു. |
| 06:26 | സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ,BLAST ക്വിക്ക് ന്യൂക്ലിയോഡിഡ് സീക്വൻസിനു GI 'നമ്പർ ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ടാണ് ഞങ്ങൾ പഠിച്ചത്. |
| 06:36 | കൂടാതെ, 'BLAST' ഔട്ട്പുട്ട് Bio.Blast.Record 'മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിച്ച് പാഴ്സ് ചെയ്യുക. |
| 06:43 | അസൈൻമെന്റിനായി ഒരു 'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസ് നായി BLAST Search റൺ ചെയുക |
| 06:50 | 'ഔട്ട്പുട്ട് ഫയല് സേവ് ചെയ്യുക, ഫയല് ഉള്ക്കൊള്ളുന്ന ഡാറ്റ പാഴ്സ് ചെയ്യുക. |
| 06:55 | നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസൈൻമെന്റിൽ താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന കോഡ് രേഖകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം, ഈ ഫയലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ. |
| 07:01 | കോഡ് നിരീക്ഷിക്കുക. നമ്മുടെ query' protein സെക്യുഎൻസ് ആയതിനാൽ, blastp പ്രോഗ്രാം "nr", BLAST സെർച്ച് നു ഉള്ള നോൺ റീഡന്റാണ്ട് പ്രോടീൻ ടാറ്റ ബസ് |
| 07:16 | താഴെയുള്ള ലിങ്കിലുളള വീഡിയോ സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു. |
| 07:20 | ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. |
| 07:22 | സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുന്നു. |
| 07:30 | കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക. |
| 07:33 | സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ് ഫണ്ട്, എൻ എം ഇ ഐ സി, എംഎച്ച്ആർഡി, ഗവർമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ. |
| 07:40 | ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്. |
| 07:45 | ഇത് ഐ.ഐ.ടി ബോംബേ 'നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി. |
