Difference between revisions of "CellDesigner/C2/Getting-Started-with-CellDesigner/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) |
Shivanigada (Talk | contribs) |
||
| Line 170: | Line 170: | ||
| 04:10 | | 04:10 | ||
| આ નેટવર્કમાં પ્રોટીન A, પ્રોટીન C નાં કેટાલિસિસ (ઉદ્દીપન) અંતર્ગત પ્રોટીન B ની સ્ટેટ ટ્રાન્ઝીશન (સંક્રમણ અવસ્થા) માંથી પસાર થાય છે. | | આ નેટવર્કમાં પ્રોટીન A, પ્રોટીન C નાં કેટાલિસિસ (ઉદ્દીપન) અંતર્ગત પ્રોટીન B ની સ્ટેટ ટ્રાન્ઝીશન (સંક્રમણ અવસ્થા) માંથી પસાર થાય છે. | ||
| − | |||
|- | |- | ||
Latest revision as of 13:44, 10 October 2017
| Time | Narration |
| 00:01 | ‘’’ Getting started with CellDesigner ‘’’ પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:05 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું : સેલડિઝાઈનર Menu અને Tool બાર્સ. |
| 00:13 | સેલડિઝાઈનરમાં કાર્યકારવાની જગ્યામાં રહેલા જુદા જુદા areas . |
| 00:17 | સેલડિઝાઈનરના Components જેમાં સમાવેશ થાય છે : Species અને Reactions . |
| 00:23 | એક સામાન્ય નેટવર્ક કેવી રીતે બનાવવું તે પણ આપણે જોઈશું. |
| 00:27 | નેટવર્કસેવ કેવી રીતે કરવું તે |
| 00:29 | એક આકૃતિની નિકાસ કેવી રીતે કરવી |
| 00:30 | નેટવર્કને કેવી રીતે ઝૂમ કરવું. |
| 00:33 | CellDesigner એ જિન-રેગ્યૂલેટ્રી અને બાયોકેમિકલ નેટવર્ક દોરવા માટેનું એક પ્રક્રિયા આધારિત રેખાકૃતિ સંપાદક(પ્રોસેસ ડાયેગ્રામ એડિટર)છે. |
| 00:40 | પ્રક્રિયા આધારિત રેખાકૃતિ કિટાનોએ સૂચવેલ છે. આ રેખાકૃતિઓ Systems Biology Markup Language (SBML) દ્વારા સંગ્રહિત કરવામાં આવે છે. |
| 00:50 | હું વિન્ડોવ્સ એક્સપી અને સેલડિઝાઈનર 4.2 વાપરી રહી છું. સેલડિઝાઈનર લીનક્સ અને મેક ઓએસ એક્સ ઉપર પણ કામ કરે છે. |
| 01:00 | સેલડિઝાઈનરને ખોલવા કરવા, ડેસ્કટોપ ઉપર રહેલા સેલડિઝાઈનર શોર્ટકટના આઇકોન ઉપર બે વાર ક્લિક કરો. |
| 01:07 | આ સેલડિઝાઈનરને ખોલશે,હવે ચાલો આનું નિરીક્ષણ કરીએ. |
| 01:12 | Menu બાર ઉપર તમે વિવિધ મેનુ વિકલ્પો જોઈ શકો છો, જેવાકે File, Edit, Component ,View, Database અને બીજા અન્ય. |
| 01:24 | Main Menu ની નીચે તમે વિવિધ Toolbars જોઈ શકો છો. |
| 01:30 | આ Toolbars છે જે editing, species, reactions, compartments વગેરે. |
| 01:38 | જેમ જેમ આગળ જઈશું આપણે એમાંના થોડા ક વિશે શીખીશું. |
| 01:42 | ચાલો સેલડિઝાઈનરના કાર્ય કરવાની જગ્યાના વિવિધ વિસ્તારો વિશે શીખીએ. |
| 01:48 | જેવું કે તમે અહીં જુઓ છો અહીં 5 વિસ્તાર છે. |
| 01:52 | જે જમણા હાથ તરફ છે તે છે Draw વિસ્તાર(Area). |
| 01:55 | આ એ જગ્યા છે જ્યાં આપણે નેટવર્કો આલેખિત કરીશું. |
| 01:58 | જે પણ આકારો તમે Draw વિસ્તાર માં જુઓ છો, દાખલ તરીકે - લંબચોરસ,લંબગોળ અથવા રેખાખંડ , એને Component કહેવાય છે. |
| 02:08 | Component એ એક સામાન્ય શબ્દ છે જે species, reactions અથવા compartment સૂચવે છે. |
| 02:14 | સેલડિઝાઈનર વેબસાઈટ પરથી કોઈ પણ આ બધા ચિહ્નો અને તેના અર્થ ની યાદી જોઈ શકે છે- જે છે www.celldesigner.org |
| 02:29 | હું Documents ઉપર ક્લિક કરીશ. |
| 02:33 | હવે ચાલો સ્ટાર્ટઅપ ગાઈડ ઉપર ક્લિક કરીએ. જે પણ બીજા ટેબ ઉપર છે. |
| 02:40 | હું સીધી પૃષ્ઠ આંક 82 ઉપર જઈશ. |
| 02:45 | અહીં તમે વિવિધ ચિહ્નો અને તેના અર્થ જોઈ શકો છો. |
| 02:51 | ચાલો પાછા સેલડિઝાઈનર વિન્ડો ઉપર જઈએ. |
| 02:55 | Draw વિસ્તારની નીચે છે List વિસ્તાર. |
| 02:59 | અહીં તમે મોડેલના કમ્પોનંટ્સ(ઘટકો) અને ફંક્શન્સ(ક્રિયાઓ)ની સૂચિ દર્શાવી તથા તેમાં ફેરફાર કરી શકો છો. |
| 03:06 | Notes વિસ્તારનો ઉપયોગ component ની નોંધ બતાવવા અને તેમાં ફેરફાર કરવા વપરાય છે. |
| 03:12 | ડાબા હાથ તરફ, એક Tree વિસ્તાર છે જે ઘટકોને એક વૃક્ષની રચનારૂપે સૂચિત કરે છે. |
| 03:21 | તેના નીચે Layer વિસ્તાર છે જે મોડેલના બધા સ્તરો પ્રદર્શિત કરે છે. |
| 03:27 | આ વિસ્તારોના માપ આપણે બોર્ડરલાઇનને ખેંચીને નાના-મોટા કરી શકીએ છીએ . |
| 03:33 | હું આ બોર્ડરલાઈન ઉપર મારુ કર્સર મુકું છું. તમે બે માથા વાળો એરો જોઈ શકો છો. વિસ્તારને મેક્સિમાઈઝ અને મિનિમાઈઝ કરવા માટે ડ્રેગ કરો. |
| 03:45 | List અને Notes વિસ્તારોના સ્થળ બદલવા |
| 03:50 | View વિકલ્પમાં જાઓ >> List ને ક્લિક કરો અને Right ને પસંદ કરો. |
| 03:56 | તે યાદીને જમણી તરફ બદલી કાઢશે. નીચેની તરફ હોવું એ ડિફોલ્ટ છે. |
| 04:00 | ચાલો આપણે પાછા સ્લાઈડ ઉપર જઈએ. |
| 04:05 | આ એક સામાન્ય નેટવર્ક છે જે આપણે બનાવીશું. |
| 04:10 | આ નેટવર્કમાં પ્રોટીન A, પ્રોટીન C નાં કેટાલિસિસ (ઉદ્દીપન) અંતર્ગત પ્રોટીન B ની સ્ટેટ ટ્રાન્ઝીશન (સંક્રમણ અવસ્થા) માંથી પસાર થાય છે. |
| 04:21 | પ્રોટીન B બદલામાં પ્રોટીન Dની સ્ટેટ ટ્રાન્ઝીશન માંથી પસાર થાય છે. |
| 04:27 | આ ટ્રાન્ઝીશન પ્રોટીન E દ્વારા ઈન્હિબિટેડ(અવરોધાય) થાય છે. |
| 04:32 | ચાલો આ નેટવર્ક બનાવીએ. |
| 04:34 | હું પાછી સેલડિઝાઈનર વિન્ડો ઉપર જઈશ. |
| 04:39 | હવે File અને ત્યારબાદ New પર ક્લિક કરો. |
| 04:43 | New Document નામનો એક નાનો ડાયલોગ બોક્સ ખુલશે. |
| 04:48 | આ name વિભાગ છે. |
| 04:50 | હું ટાઈપ કરીશ simple network . |
| 04:53 | અહીં કોઈ ઊંચાઈ અને પહોળાઈ જોઈએ એ મુજબ બદલી શકે છે. જોકે હું જે ડિફોલ્ટ ઊંચાઈ અને પહોળાઈ છે તે જ રાખું છું. |
| 05:03 | "OK " ક્લિક કરીએ. તમે ઉપર Draw વિસ્તારના ડાબી બાજુએ ખૂણામાં નામ જોઈ શકો છો. |
| 05:12 | હવે, Edit ઉપર જાઓ,અને Grid snap અને Grid visible ને એનેબલ(કાર્યરત) કરો. |
| 05:21 | એક ગ્રીડ(જાળી) તમને Draw વિસ્તારમાં દ્રશ્યમાન થશે. |
| 05:25 | Grid snap કમ્પોનંટ્સને ગ્રીડ સાથે યોગ્ય રીતે સંરેખિત કરશે. |
| 05:29 | એકવાર નેટવર્ક તૈયાર થઇ જાય પછી તમે Grid visible' ને ના પસંદ કરી શકો છો. |
| 05:34 | કમ્પોનંટ્સ ઉમેરવાનું શરુ કરતા પહેલા,ચાલો હું તમને સ્પીશિસ અને રિએક્શન્સના થોડાક ઉદાહરણો બતાવું. |
| 05:42 | ચાલો પહેલા જોઈએ સ્પીશિસ. |
| 05:45 | અહીં જે ચિહ્નો છે તે છે generic protein, receptor, ion channel, truncated protein, gene, RNA વગેરે. |
| 05:58 | હવે રિએક્શન્સ(પ્રતિક્રિયાઓ) જોઈએ જેમાં પ્રથમ છે State transition, Heterodimer association, Dissociation, Catalysis, Inhibition વગેરે. |
| 06:11 | આપણે Species ટૂલ બારમાનો પ્રથમ આઇકોન તેને ક્લિક કરીને પસંદ કરીશું. આ આઇકોન પ્રોટીન માટે છે. |
| 06:22 | Draw વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ક્લિક કરો જ્યાં તમારે આ સ્પીશિસ મૂકવું છે. |
| 06:28 | હું તેને Draw ' વિસ્તારની ડાબી બાજુએ મુકીશ. |
| 06:33 | એન નાનો ડાયલોગ બોક્સ ખુલશે જે સ્પીશિસના નામ માટે પૂછશે. |
| 06:39 | હું તે નવા સ્પીશિસને A નામ આપીશ અને OK ક્લિક કરીશ.. |
| 06:46 | List વિસ્તારમાં થયેલો ફેરફાર પણ જુઓ. |
| 06:50 | તમે જોઈ શકો છો કે આપણે Draw વિસ્તારમાં નવું સ્પીશિસ ઉમેર્યું. તે જ રીતે હું B ઉમેરીશ. |
| 06:58 | તમારે કમ્પોનન્ટને એડિટ (બદલવા) અથવા મુવ(ખસેડતા) કરતા પહેલા તેને સિલેક્ટ કરવો પડશે. |
| 07:03 | કમ્પોનન્ટને પસંદ કરવા તેને ક્લિક કરો. પૂરું ધ્યાન રાખજો કે સિલેક્ટ કરેલ આઇકોન ON હોય તમે કરો તે પહેલા. |
| 07:12 | મારે A ની બાજુમાં B મૂકવું છે. તેથી B ઉપર ક્લિક કરી તેને સિલેક્ટ કરીએ. |
| 07:17 | હવે તેને ડ્રેગ અને A પછી મુકો. |
| 07:21 | હવે આપણે જોઈશું કે કમ્પોનન્ટનું માપ કેવી રીતે બદલવું. |
| 07:24 | હું A ઉપર ક્લિક કરીશ.. આપણે તેના ઉપર નાના ચોકઠાંઓ જોઈ શકીએ છીએ. |
| 07:29 | આ માપ બદલવાના હેન્ડલર્સ(હાથાઓ) છે. |
| 07:32 | હું આ કિનારી ઉપર કર્સર મૂકી તેને ડ્રેગ કરીશ. |
| 07:36 | આપણે A નું માપ બદલાયેલ જોઈ શકીએ છીએ. |
| 07:39 | કમ્પોનન્ટનું માપ બદલવાની બીજી અન્ય રીત પણ છે જે આપણે પછી બીજા ટ્યૂટોરિઅલમાં જોઈશું. |
| 07:46 | તમે તેને પહેલા જેવી પરિસ્થિતિમાં પાછું લાવી શકો છો Ctrl-Z દબાવીને. |
| 07:52 | જો પાછું મોટું કરવું હોય તો Ctrl-Y ક્લિક કરો. |
| 07:54 | તમે આ સીધા undo અને re-do ના આઇકોન્સ ક્લિક કરીને પણ કરી શકો છો. |
| 08:03 | હવે ચાલો રિએક્શન્સ ઉમેરીએ. |
| 08:06 | રિએક્શન એ બે વસ્તુઓ વચ્ચે થતી પારસ્પરિક ક્રિયા છે. |
| 08:09 | આ છે સ્ટેટ ટ્રાન્સીશન રિએક્શન(અવસ્થા સંક્રમણ પ્રતિક્રિયા) |
| 08:12 | તો હું Reaction ટૂલ બાર માના State transition ના આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીશ. |
| 08:18 | A અને B ની કોઈ પણ કિનારી ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:23 | આમ તમે જોઈ શકો છો કે રિએક્શન બાતવતું તીર A અને B ને જોડે છે. |
| 08:30 | જે કમ્પોનન્ટ પહેલા પસંદ કરેલ છે તેને રિએક્ટન્ટ તરીકે મનાય છે. |
| 08:35 | તેથી હંમેશા રિએક્ટન્ટસને પહેલા પસંદ કરવું યાદ રાખો. |
| 08:39 | ડિફોલ્ટ રિએક્શનનો આઈડી re1 તરીકે આવે છે. |
| 08:43 | હવે ચાલો સ્પીશિસ C ઉમેરીએ અને તેને યોગ્ય જગ્યાએ સ્લાઈડમાં અગાઉ જોયું એ પ્રમાણે મૂકીએ. |
| 08:54 | હું Reaction ટૂલ બારમાંથી આ આઇકોનને સિલેક્ટ કરું છું. તે Catalysis માટે છે. |
| 09:00 | હું C ની કિનારી ઉપર ક્લિક કરીશ., અને State transition રિએક્શનના આ ચોરસ ચિહન ઉપર. |
| 09:08 | હવે હું સ્પીશિસ D ઉમેરીશ અને તેને B ની બાજુમાં મુકીશ. |
| 09:15 | ચાલો હવે B થી D માટે State transition રિએક્શન ઉમેરીએ ડિફોલ્ટ રિએક્શન આઈડી re2 છે. |
| 09:26 | હવે હું સ્પીશિસ E ઉમેરીશ અને તેને તેની યોગ્ય જગ્યા એ મુકીશ અગાઉ સ્લાઈડમાં જોયું તે પ્રમાણે. |
| 09:35 | હવે હું આ Reaction ટૂલ બારમાના આ આઇકોનને પસંદ કરીશ, જે Inhibition reaction ને દર્શાવે છે. |
| 09:44 | હું હવે Eની કિનારીને ક્લિક કરીશ. અને આ State transitionના આ ચોરસ ચિહનને. જે આ બંને બિંદુઓને જોડશે. |
| 09:54 | હવે આપણે આ સામાન્ય નેટવર્ક જોઈ શકીએ છીએ. |
| 09:57 | ચાલો આપણું કામ સેવ કરીએ. |
| 10:00 | File ઉપર જાઓ. Save as ઉપર ક્લિક કરો. |
| 10:04 | હું તેને “Simple Network” નામ આપીશ. |
| 10:06 | આ આપણા કામને .xml ફોર્મેટથી સેવ કરશે. Save. ક્લિક કરો. |
| 10:12 | હવે આપણે શીખીશું કે કોઈ આકૃતિને કેવી રીતે સમાવવી. તે કરવા, File > Export Image માં જાઓ. |
| 10:22 | તમે આકૃતિને વિવિધ બંધારણોમાં સેવ કરી શકો છો જેવાકે pdf, png, jpeg વગેરે.. |
| 10:29 | હું તેને jpeg આકૃતિ તરીકે સેવ કરીશ. Save ઉપર ક્લિક કરીએ. |
| 10:35 | ચાલો જોઈએ કે નેટવર્કને ઝૂમ( ઝીણવટ પૂર્વક) કરીને કેવી રીતે જોઈ શકાય! |
| 10:38 | આપણી પાસે ચાર વિકલ્પો છે ઝૂમ માટે - Zoom In, Zoom Out, Zoom Fit. Zoom Reset . |
| 10:47 | હું Zoom In આઇકોન ઉપર બે વખત ક્લિક કરીશ.। આપણે મોટી થયેલી આકૃતિ જોઈ શકીએ છીએ. |
| 10:54 | હવે Zoom Reset ઉપર ક્લિક કરીએ નેટવર્ક તેની અગાઉની સામાન્ય સ્થિતિમાં પાછું આવી જાય છે. |
| 11:02 | તો આની સાથે આપણે આ Getting started with CellDesigner ટ્યૂટોરિઅલના અંતે પોહચી ગયા. |
| 11:08 | સારાંશમાં, આપણે સેલડિઝાઇનરના Menu અને Tool Bar વિષે શીખ્યા. |
| 11:14 | સેલડિઝાઇનર માં જુદાજુદા વિસ્તારો. કમ્પોનંટ્સ જેવાકે "સ્પીશિસ" અને "રિએક્શન્સ". |
| 11:20 | આપણે એક સામાન્ય નેટવર્ક બનાવ્યું સ્પીશિસ અને કમ્પોનંટ્સની મદદથી. |
| 11:26 | આપણે ઝૂમ કરવાનું,નેટવર્કસેવ કરવાનું તથા આકૃતિના નિકાસ વિષે પણ શીખ્યા. |
| 11:32 | અસાઈન્મેન્ટ તરીકે CellDesigner 4.2 ના મદદથી એક નેટવર્ક બનાવો. |
| 11:39 | આ નેટવર્કમાં, કેટલિસ્ટ પ્રોટીન C ની હાજરીમાં, A અને B પ્રોટીનનો સહયોગ થઈને કોમપ્લેક્ષ (Complex1) નિર્માણ થાય છે. |
| 11:51 | આ કોમ્પ્લેક્સ ખરાબ થઇ જાય જ્યારે તેમાં કેટલિસ્ટ પ્રોટીન D રહેલ હોય. |
| 11:58 | તમને આ પ્રમાણેનું નેટવર્ક મળવું જોઈએ. |
| 12:01 | આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ વિડિયો જુઓ તે તમને સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ વિશે માહિતી આપે છે. જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
| 12:13 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે. વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો. |
| 12:28 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. |
| 12:41 | આ ઉપર વધુ માહિતી "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે . |
| 12:53 | ભાષાંતર કરનાર હું છું શિવાની ગડા. અમારી સાથે જોડાવા માટે આભાર। |
