Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 |'''Time''' | '''Narration''' |- | 00:01 | '''புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள் (Macromolecules)'...") |
|||
| Line 17: | Line 17: | ||
|- | |- | ||
|00:13 | |00:13 | ||
| − | |* '''PDB''' தரவுத்தளத்தில் இருந்து '''.pdb '''fileகளை தரவிறக்குதல் | + | |* '''PDB''' தரவுத்தளத்தில் இருந்து '''.pdb '''fileகளை தரவிறக்குதல் |
|- | |- | ||
| Line 53: | Line 53: | ||
|- | |- | ||
|00:57 | |00:57 | ||
| − | | * '''மொசில்லா ஃபயர்பாக்ஸ் ''' ப்ரெளசர் 22.0 | + | | * '''மொசில்லா ஃபயர்பாக்ஸ் ''' ப்ரெளசர் 22.0. |
|- | |- | ||
| Line 121: | Line 121: | ||
|- | |- | ||
| 02:36 | | 02:36 | ||
| − | | உதாரணமாக, code '''4EX1''' உடன் ''' Human Insulin''' ஐ தேர்ந்தெடுப்போம் | + | | உதாரணமாக, code '''4EX1''' உடன் உள்ள ''' Human Insulin''' ஐ தேர்ந்தெடுப்போம் |
|- | |- | ||
| Line 129: | Line 129: | ||
|- | |- | ||
| 02:47 | | 02:47 | ||
| − | | அந்த அமைப்பின் அனைத்து | + | | அந்த அமைப்பின் அனைத்து தகவல்களுடன் ஒரு விண்டோ திறக்கிறது. |
|- | |- | ||
| Line 149: | Line 149: | ||
|- | |- | ||
| 03:02 | | 03:02 | ||
| − | | புரதங்களின் அமைப்புகளை '''.pdb '''fileகளாக சேமித்து அவற்றை '''Jmol''' ல் | + | | புரதங்களின் அமைப்புகளை '''.pdb '''fileகளாக சேமித்து அவற்றை '''Jmol''' ல் முப்பரிமாண அமைப்பில் காண முடியும் |
|- | |- | ||
| Line 181: | Line 181: | ||
|- | |- | ||
| 04:02 | | 04:02 | ||
| − | | இப்போது ''' | + | | இப்போது '''இன்சுலின்''' முப்பரிமாண அமைப்பை காண '''Jmol''' விண்டோவுக்கு வருவோம். |
|- | |- | ||
| Line 213: | Line 213: | ||
|- | |- | ||
| 05:00 | | 05:00 | ||
| − | | திரையில் | + | | திரையில் இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பு திறக்கிறது. |
|- | |- | ||
| Line 353: | Line 353: | ||
|- | |- | ||
|08:35 | |08:35 | ||
| − | |'''Set Hydrogen Bonds | + | |'''Set Hydrogen Bonds Backbone.''' |
மேலும் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற தேர்வுகளும் உள்ளன. | மேலும் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற தேர்வுகளும் உள்ளன. | ||
| Line 366: | Line 366: | ||
|- | |- | ||
| 08:53 | | 08:53 | ||
| − | | '''ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின்''' தடிமனை மாற்ற, ''' pop-up-menu''' ல் ''' 0.10 | + | | '''ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின்''' தடிமனை மாற்ற, ''' pop-up-menu''' ல் ''' 0.10 Angstrom ''' தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
|- | |- | ||
| Line 394: | Line 394: | ||
|- | |- | ||
| 09:38 | | 09:38 | ||
| − | | | + | | நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் அம்சங்களான அளவு, நிறம் போன்றவற்றின் மீது க்ளிக் செய்க. |
|- | |- | ||
| Line 406: | Line 406: | ||
|- | |- | ||
|09:57 | |09:57 | ||
| − | |* Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரத அமைப்புகளை ஏற்றுதல் | + | |* Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரத அமைப்புகளை ஏற்றுதல் |
|- | |- | ||
|10:00 | |10:00 | ||
| − | |* தரவுத்தளத்திலிருந்து '''.pdb''' fileகளை தரவிறக்குதல் | + | |* தரவுத்தளத்திலிருந்து '''.pdb''' fileகளை தரவிறக்குதல் |
|- | |- | ||
| Line 418: | Line 418: | ||
|- | |- | ||
|10:10 | |10:10 | ||
| − | |* நீர் மூலக்கூறுகள் இல்லாமல் '''புரத''' அமைப்பை காணுதல் | + | |* நீர் மூலக்கூறுகள் இல்லாமல் '''புரத''' அமைப்பை காணுதல் |
|- | |- | ||
|10:14 | |10:14 | ||
| − | |* வெவ்வேறு formatகளில் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுதல் | + | |* வெவ்வேறு formatகளில் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுதல் |
|- | |- | ||
| Line 434: | Line 434: | ||
|- | |- | ||
|10:24 | |10:24 | ||
| − | |* ''' | + | |* '''PDB ''' தரவுத்தளத்திலிருந்து '''Human Hemoglobin''' ன் '''.pdb''' file ஐ தரவிறக்குக |
|- | |- | ||
|10:31 | |10:31 | ||
| − | |* '''cartoon '''display ல் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுக | + | |* '''cartoon '''display ல் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுக |
|- | |- | ||
|10:35 | |10:35 | ||
| − | |* புரதத்தின் “'''porphyrin'''” unitகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் | + | |* புரதத்தின் “'''porphyrin'''” unitகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் |
|- | |- | ||
Revision as of 14:08, 18 November 2014
| Time | Narration |
| 00:01 | புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள் (Macromolecules) குறித்த ஸ்போகன் டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கபோவது |
| 00:09 | * Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரதங்களின் அமைப்புகளை ஏற்றுதல் |
| 00:13 | * PDB தரவுத்தளத்தில் இருந்து .pdb fileகளை தரவிறக்குதல் |
| 00:18 | * புரதங்களின் இரண்டாம் அமைப்பை பல்வேறு formatகளில் காட்டுதல் |
| 00:24 | * ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டைசல்பைடு பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்துதல். |
| 00:29 | இந்த டுடோரியலை தொடர Jmol அப்ளிகேஷன் விண்டோவில் அடிப்படை செயல்பாடுகள் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். |
| 00:37 | இல்லையெனில் அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு எங்கள் வலைத்தளத்தைக் காணவும். |
| 00:42 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய நான் பயன்படுத்துவது |
| 00:46 | * உபுண்டு இயங்குதளம் பதிப்பு. 12.04 |
| 00:50 | * Jmol பதிப்பு 12.2.2 |
| 00:54 | * Java பதிப்பு 7 |
| 00:57 | * மொசில்லா ஃபயர்பாக்ஸ் ப்ரெளசர் 22.0. |
| 01:02 | பின்வருவனபோன்ற பெரிய உயிர்மூலக்கூறுகளின் (biomolecules) அமைப்பு பகுப்பாய்வை Jmol அப்ளிகேஷனை பயன்படுத்தி செய்ய முடியும் |
| 01:06 | * புரதங்கள் மற்றும் பெருமூலக்கூறுகள் |
| 01:10 | * நியூக்ளிக் அமிலங்கள், DNA மற்றும் RNA |
| 01:13 | * படிக அமைப்புகள் (Crystal structures) மற்றும் பல்லுறுப்பிகள் (polymers) . |
| 01:19 | ஒரு புதிய Jmol விண்டோவை திறந்துவைத்துள்ளேன். |
| 01:24 | தரவுத்தளத்திலிருந்து நேரடி தரவிறக்கம் மூலம் உயிர்மூலக்கூறுகளின் முப்பரிமாண அமைப்புகளை காணமுடியும். |
| 01:29 | அதைசெய்ய, File menu மீது க்ளிக் செய்து, Get PDB க்கு வரவும் |
| 01:36 | திரையில் ஒரு input dialog box தோன்றுகிறது. |
| 01:40 | குறிப்பிட்ட புரதத்தின் நான்கு இலக்க PDB code ஐ input box ல் டைப் செய்ய வேண்டும். |
| 01:48 | இந்த code ஐ 'Protein Data Bank (PDB) இணையத்தளத்தில்' இருந்து பெற முடியும் |
| 01:53 | இது Protein Data Bank ன் இணையதளம் ஆகும் |
| 01:57 | புரதங்கள் மற்றும் நியூக்ளிக் அமிலங்கள் போன்ற உயிர்மூலக்கூறுகளின் தகவல்களை கொண்டுள்ளது |
| 02:04 | உதாரணமாக: PDB தளத்திலிருந்து கணைய என்சைம் இன்சுலின் (Pancreatic Enzyme Insulin) க்கான PDB code ஐ பெற முயற்சிப்போம். |
| 02:13 | search box ல் புரதத்தின் பெயரை Human Insulin என டைப் செய்து விசைப்பலகையில் Enter விசையை அழுத்துக. |
| 02:24 | இப்போது தோன்றும் இணையப்பக்கத்தில் கீழே வரவும். |
| 02:28 | அறியப்பட்ட Human Insulin அமைப்புகளின் பட்டியல் PDB code களுடன் திரையில் தோன்றுகிறது. |
| 02:36 | உதாரணமாக, code 4EX1 உடன் உள்ள Human Insulin ஐ தேர்ந்தெடுப்போம் |
| 02:44 | புரதத்தின் பெயர் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 02:47 | அந்த அமைப்பின் அனைத்து தகவல்களுடன் ஒரு விண்டோ திறக்கிறது. |
| 02:52 | அந்த தகவல்களாவன |
| 02:54 | * Primary Citation |
| 02:56 | * Molecular Description மற்றும் |
| 02:58 | * Structure Validation ஆகியவை இந்த பக்கத்தில் உள்ளன. |
| 03:02 | புரதங்களின் அமைப்புகளை .pdb fileகளாக சேமித்து அவற்றை Jmol ல் முப்பரிமாண அமைப்பில் காண முடியும் |
| 03:12 | பக்கத்தின் மேல் வலது மூலையில் உள்ள Download Files இணைப்பு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 03:20 | கீழிறங்கு பட்டியலில், PDB file (gz) தேர்வை தேர்ந்தெடுக்கவும் |
| 03:28 | திரையில் ஒரு dialog box திறக்கிறது. |
| 03:32 | Save file தேர்வை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:35 | OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 03:39 | புரத அமைப்பு Downloads folder ல் 4EX1.pdb.gz ஆக சேமிக்கப்படும். |
| 03:51 | அதேபோல, பல்வேறு புரதங்களின் தேவையான .pdb fileகளை தரவிறக்கி அவற்றை தனித்தனி fileகளில் சேமிக்கலாம். |
| 04:02 | இப்போது இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பை காண Jmol விண்டோவுக்கு வருவோம். |
| 04:09 | உங்களிடம் இணைய இணைப்பு இருந்தால் புரத அமைப்பை Jmol panel ல் நேரடியாக தரவிறக்க முடியும். |
| 04:15 | நான்கு இலக்க PDB code “4EX1” ஐ உரைப்பெட்டியில் டைப் செய்து OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 04:25 | உங்களிடம் இணைய இணைப்பு இல்லையெனில், tool bar ல் உள்ள Open a File ஐகான் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 04:34 | panel ல் dialog box திறக்கிறது. |
| 04:38 | 4EX1.pdb.gz file உள்ள இடம் அதாவது Downloads folder க்கு செல்க. |
| 04:47 | Downloads folder ஐ தேர்ந்தெடுத்து open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 04:52 | 4EX1.pdb.gz file ஐ தேர்ந்தெடுத்து open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 05:00 | திரையில் இன்சுலின் முப்பரிமாண அமைப்பு திறக்கிறது. |
| 05:05 | panel ல் புரதத்தின் முன்னிருப்பு display, ball and stick ஆகும் |
| 05:12 | panel ல் புரத்தின் மாதிரி ஹைட்ரஜன் அணுக்கள் இல்லாமல் காட்டப்படுகிறது. |
| 05:17 | ஹைட்ரஜன் அணுக்களுடன் மாதிரியைக் காட்ட modelkit menu ஐ திறக்கவும். |
| 05:23 | add hydrogens தேர்வுக்கு வந்து அதன் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 05:28 | இப்போது ஹைட்ரஜன் அணுக்களுடன் இந்த மாதிரி panel ல் காட்டப்படுகிறது. |
| 05:33 | நீர் மூலக்கூறுகளுடன் புரத அமைப்பும் காட்டப்படுகிறது. |
| 05:38 | நீர் மூலக்கூறுகளை மறைக்க , காட்டப்படும் படிகளை பின்பற்றவும். |
| 05:43 | முதலில் pop-up menu ஐ திறந்து பின் Select க்கு செல்க |
| 05:48 | துணை-menu ல், Hetero ஐ தேர்ந்தெடுத்து “All Water தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 05:55 | மீண்டும் pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று, Scheme ல் CPK spacefill தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 06:05 | இது அனைத்து நீர் மூலக்கூறுகளையும் CPK Spacefill display ஆக மாற்றும். |
| 06:11 | மீண்டும் pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று Atoms ல் Off தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 06:22 | இப்போது panel ல் நீர் மூலக்கூறுகள் ஏதும் இல்லாமல் இன்சுலின் அமைப்பை கொண்டுள்ளோம். |
| 06:27 | இப்போது, பல்வேறு formatகளில் புரதத்தின் இரண்டாம் அமைப்பை காட்ட கற்போம். |
| 06:35 | pop-up menu ஐ திறக்கவும். |
| 06:37 | Select தேர்வுக்கு சென்று. |
| 06:39 | Protein ல் All தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 06:44 | pop-up menu ஐ மீண்டும் திறந்து 'Style ல் Scheme க்கு வரவும் |
| 06:50 | பின்வரும் தேர்வுகளுடன் ஒரு துணை-menu திறக்கிறது CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, மேலும் பல |
| 07:02 | துணை-menu ல் Cartoon தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 07:07 | புரதங்களின் இரண்டாம் அமைப்புகளை திருகுகள், சீரற்ற சுருள்கள், இழைகள், தாள்கள் போன்றவைகளாக இந்த display காட்டுகிறது. |
| 07:17 | மேலும் display தேர்வுகளுக்கு, |
| 07:19 | pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று பின் Structures செல்க. |
| 07:25 | இங்கே புரதத்தின் இரண்டாம் அமைப்பை காட்ட பல தேர்வுகள் உள்ளன. |
| 07:31 | உதாரணமாக Strands தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 07:35 | புரதம் இப்போது இழைகளாக panel ல் காட்டப்படுகிறது. |
| 07:40 | display ன் நிறத்தை மாற்ற, Pop-up-menu ஐ திறக்கவும். Color க்கு வந்து Atoms ஐ தேர்ந்தெடுத்து Blue தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 07:52 | panel ல் நிற மாற்றத்தை கவனிக்கவும். |
| 07:56 | Ball-and-stick display க்கு அமைப்பை மீண்டும் மாற்ற, |
| 07:59 | pop-up menu ஐ திறந்து, Style ஐ தேர்ந்தெடுத்து பின், Scheme ல் Ball and stick தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 08:08 | இந்த புரத மாதிரியில் ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டை-சல்பைடு( di-sulpfide) பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் முடியும். |
| 08:14 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளை காட்ட: pop-up menu ஐ திறந்து Style க்கு சென்று பின் Hydrogen Bonds தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 08:25 | Pop-up menu ல் Hydrogen Bonds தேர்வு பின்வரும் அம்சங்களை கொண்டுள்ளது: |
| 08:30 | Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain. |
| 08:35 | Set Hydrogen Bonds Backbone.
மேலும் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற தேர்வுகளும் உள்ளன. |
| 08:42 | மாதிரியில் ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளை காட்ட Calculate தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 08:47 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் வெள்ளை சிவப்பு கோடுகளாக காட்டப்படுகின்றன. |
| 08:53 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் தடிமனை மாற்ற, pop-up-menu ல் 0.10 Angstrom தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 09:02 | இப்போது panel ல் தடிமனான ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளைக் காணலாம். |
| 09:06 | ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளின் நிறத்தை மாற்றவும் முடியும். |
| 09:11 | Pop-up-menu ல் Color க்கு வந்து பின் Hydrogen Bonds ல் orange தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க. |
| 09:20 | panel ல், அனைத்து ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகளையும் ஆரஞ்ச் நிறத்தில் கொண்டுள்ளோம். |
| 09:25 | மாதிரியில் டைசல்பைடு பிணைப்புகள், மற்றும் சல்பர் (sulphur) அணுக்கள் மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகின்றன. |
| 09:31 | டைசல்பைடு பிணைப்புகளை மாற்ற pop menu ல் disulfide bonds தேர்வை திறக்கவும் |
| 09:38 | நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் அம்சங்களான அளவு, நிறம் போன்றவற்றின் மீது க்ளிக் செய்க. |
| 09:44 | அதேபோல வெவ்வேறு என்சைம் (enzyme) களின் .pdb fileகளை திறந்து அவற்றின் முப்பரிமாண அமைப்புகளை காண முயற்சிக்கவும். |
| 09:51 | சுருங்கசொல்ல. இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது |
| 09:57 | * Protein Data Bank (PDB) லிருந்து புரத அமைப்புகளை ஏற்றுதல் |
| 10:00 | * தரவுத்தளத்திலிருந்து .pdb fileகளை தரவிறக்குதல் |
| 10:05 | * PDB code ஐ பயன்படுத்தி இன்சுலினின் முப்பரிமாண அமைப்பை காணுதல் |
| 10:10 | * நீர் மூலக்கூறுகள் இல்லாமல் புரத அமைப்பை காணுதல் |
| 10:14 | * வெவ்வேறு formatகளில் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுதல் |
| 10:17 | * ஹைட்ரஜன் பிணைப்புகள் மற்றும் டைசல்பைடு பிணைப்புகளை முன்னிலைப்படுத்துதல். |
| 10:22 | இங்கே உங்களுக்கான பயிற்சி. |
| 10:24 | * PDB தரவுத்தளத்திலிருந்து Human Hemoglobin ன் .pdb file ஐ தரவிறக்குக |
| 10:31 | * cartoon display ல் இரண்டாம் அமைப்பை காட்டுக |
| 10:35 | * புரதத்தின் “porphyrin” unitகளை முன்னிலைப்படுத்தவும் |
| 10:39 | * PDB code க்கு பின்வரும் இணைப்பைக் காணவும் |
| 10:42 | இந்த இணைப்பில் உள்ள காணொளியைக் காணவும்
http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial |
| 10:46 | இது ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டம் பற்றி சுருங்க சொல்கிறது |
| 10:50 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கிக் காணவும் |
| 10:55 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு ஸ்போகன் டுடோரியல்களைப் பயன்படுத்தி செய்முறை வகுப்புகள் நடத்துகிறது |
| 11:01 | இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்களும் அளிக்கிறது. |
| 11:06 | மேலும் தகவல்களுக்கு contact@spoken-tutorial.org க்கு மின்னஞ்சல் எழுதவும். |
| 11:13 | ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடங்கள் டாக் டு எ டீச்சர் திட்டத்தின் முனைப்பாகும். |
| 11:18 | இதற்கு ஆதரவு இந்திய அரசு துவக்கிய MHRD இன் ஐசிடி மூலம் தேசிய கல்வித்திட்டத்தின் வழியே கிடைக்கிறது. |
| 11:25 | இந்த திட்டம் பற்றிய மேலதிக தகவல்கள் கீழுள்ள இணைப்பில் கிடைக்கும் http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro |
| 11:31 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |
