Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/Proteins-and-Macromolecules/Telugu"
From Script | Spoken-Tutorial
| Line 84: | Line 84: | ||
|- | |- | ||
|02:13 | |02:13 | ||
| − | |Search box లో, ప్రోటీన్ యొక్క పేరు గా human insulin ను టైప్ చేసి, ఎంటర్ నొక్కండి. | + | |Search box లో, ప్రోటీన్ యొక్క పేరు గా human insulin ను టైప్ చేసి, కీ బోర్డు పైన ఎంటర్ కీ ని నొక్కండి. |
|- | |- | ||
|02:24 | |02:24 | ||
| Line 111: | Line 111: | ||
|- | |- | ||
|02:58 | |02:58 | ||
| − | |Structure | + | |Structure Validationల వంటివి ఈ పేజీ లో అందుబాటులో ఉన్నాయి. |
|- | |- | ||
|03:02 | |03:02 | ||
| Line 255: | Line 255: | ||
|- | |- | ||
|08:08 | |08:08 | ||
| − | | | + | |Protein model లో hydrogen bonds మరియు di-sulpfide bonds హైలైట్ చేయవచ్చు. |
|- | |- | ||
|08:14 | |08:14 | ||
| Line 261: | Line 261: | ||
|- | |- | ||
|08:25 | |08:25 | ||
| − | |పాప్-అప్ మెనులో Hydrogen Bonds | + | |పాప్-అప్ మెనులో Hydrogen Bonds ఎంపిక ఈ క్రింది లక్షణాలను కలిగి ఉన్నది. |
|- | |- | ||
|08:30 | |08:30 | ||
| Line 300: | Line 300: | ||
|- | |- | ||
|09:44 | |09:44 | ||
| − | | అదే విధంగా, | + | | అదే విధంగా, విభిన్న enzymes యొక్క .pdb ఫైళ్ళను తెరిచి, వాటి 3D నిర్మాణాలను వీక్షించండి. |
|- | |- | ||
|09:51 | |09:51 | ||
| Line 312: | Line 312: | ||
|- | |- | ||
|10:05 | |10:05 | ||
| − | |PDB కోడ్ | + | |PDB కోడ్ 4EX1 ను ఉపయోగించి ఇన్సులిన్ యొక్క 3D structure ను వీక్షించండం. |
|- | |- | ||
|10:10 | |10:10 | ||
| Line 318: | Line 318: | ||
|- | |- | ||
|10:14 | |10:14 | ||
| − | | ద్వితీయ నిర్మాణమును వివిధ రూపాలలో ప్రదర్శించడం | + | |ద్వితీయ నిర్మాణమును వివిధ రూపాలలో ప్రదర్శించడం |
|- | |- | ||
|10:17 | |10:17 | ||
Latest revision as of 15:32, 7 August 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | Proteins and Macromolecules, పై ఈ ట్యుటోరియల్ కు స్వాగతం. |
| 00:06 | ఈ ట్యుటోరియల్ లో మనము, |
| 00:09 | ప్రోటీన్ డేటా బ్యాంక్ (PDB) నుండి ప్రోటీన్ యొక్క నిర్మాణాల ను లోడ్ చేయడం |
| 00:13 | PDB డేటాబేస్ నుండి pdb ఫైళ్లను డౌన్లోడ్ చేయడం |
| 00:18 | వివిధ ఫార్మాట్లలో ప్రోటీన్ల యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణాన్ని ప్రదర్శించండం |
| 00:24 | Hydrogen bonds మరియు disulfide bonds లను హైలైట్ చేయడం నేర్చుకుంటాము. |
| 00:29 | ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు Jmol Application window పై ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి తెలిసి ఉండాలి. |
| 00:37 | లేకపోతే, మా వెబ్సైట్లో అందుబాటులో ఉన్న ట్యుటోరియల్స్ ను చూడండి. |
| 00:42 | ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేసేందుకు, నేను |
| 00:46 | ఉబుంటు OS వర్షన్ 12.04 |
| 00:50 | Jmol వర్షన్ 12.2.2 |
| 00:54 | Java వర్షన్ 7 మరియు |
| 00:57 | Mozilla Firefox Browser 22.0 ను ఉపయోగిస్తున్నాను. |
| 01:02 | పెద్ద జీవాణువులు(biomolecules) యొక్క నిర్మాణ విశ్లేషణ అనగా, |
| 01:06 | Proteins మరియు Macromolecules |
| 01:10 | Nucleic acids, DNA మరియు RNA |
| 01:13 | Crystal structures మరియు polymers లను Jmol Applicationను ఉపయోగించి చేయవచ్చు. |
| 01:19 | ఇక్కడ, నేను ఒక కొత్త Jmol windowను తెరిచాను. |
| 01:24 | బయోమోలోక్యూల్స్ యొక్క 3D నిర్మాణాలను డేటాబేస్ నుండి ప్రత్యక్షంగా డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు. |
| 01:29 | అలా చేయటానికి, File మెనుపై క్లిక్ చేసి, Get PDB కు స్క్రోల్ చేయండి. |
| 01:36 | Screen పై ఒక Input డైలాగ్-బాక్స్ కనిపిస్తుంది. |
| 01:40 | మనము Input బాక్స్లో ప్రతేయక protein యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB code ను టైప్ చేయాలి. |
| 01:48 | ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank (PDB) వెబ్సైట్ నుండి పొందవచ్చు. |
| 01:53 | ఇది Protein Data Bank యొక్క వెబ్ పేజీ. |
| 01:57 | ఇది proteins మరియు nucleic acids వంటి జీవాణువులు గురించి సమాచారం కలిగి ఉంది. |
| 02:04 | ఉదాహరణకు, PDB వెబ్సైట్ నుండి Pancreatic Enzyme Insulin యొక్కPDB కోడ్ కనుగొనేందుకు ప్రయత్నిద్దాం. |
| 02:13 | Search box లో, ప్రోటీన్ యొక్క పేరు గా human insulin ను టైప్ చేసి, కీ బోర్డు పైన ఎంటర్ కీ ని నొక్కండి. |
| 02:24 | ఇప్పుడు, ప్రదర్శించబడిన వెబ్-పేజీలో, క్రిందికి స్క్రోల్ చేయండి. |
| 02:28 | PDB codes తో పాటు Human Insulin యొక్క తెలిసిన నిర్మాణాల జాబితా తెరపై కనిపిస్తుంది. |
| 02:36 | ఉదాహరణగా, మనము Human Insulin ను 4EX1 కోడ్ తో ఎంచుకుందాం. |
| 02:44 | ప్రోటీన్ పేరు మీద క్లిక్ చేయండి. |
| 02:47 | నిర్మాణం యొక్క అన్ని వివరాలతో ఒక window తెరుచుకుంటుంది. |
| 02:52 | సమాచారం- |
| 02:54 | Primary Citation |
| 02:56 | Molecular Description మరియు |
| 02:58 | Structure Validationల వంటివి ఈ పేజీ లో అందుబాటులో ఉన్నాయి. |
| 03:02 | మనము ప్రోటీన్ల యొక్క నిర్మాణాలను, .pdb ఫైల్స్ గా సేవ్ చేయవచ్చు మరియు వాటిని Jmol లో 3D mode లో చూడవచ్చు. |
| 03:12 | page యొక్క కుడి ఎగువ భాగాన ఉన్న, Download Files లింకుపై క్లిక్ చేయండి. |
| 03:20 | డ్రాప్-డౌన్ మెను నుండి, PDB ఫైల్ (gz) ఎంపికను ఎంచుకోండి. |
| 03:28 | తెరపై డైలాగ్-బాక్స్ తెరుచుకుంటుంది. |
| 03:32 | Save file ఎంపికను ఎంచుకోండి. |
| 03:35 | OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి. |
| 03:39 | protein యొక్క నిర్మాణం, Downloads ఫోల్డర్లో 4EX1.pdb.gz గా సేవ్ చేయబడుతుంది. |
| 03:51 | అదేవిధంగా, మీరు వివిధ ప్రోటీన్ల అవసరమైన pdb ఫైళ్ళను డౌన్లోడ్ చేయవచ్చ మరియు వాటిని వేర్వేరు ఫైళ్ళలో save చేయవచ్చు. |
| 04:02 | ఇప్పుడు, Insulin యొక్క 3D నిర్మాణం యొక్క దృశ్యాలను చూడడానికి Jmol విండోకు మారుదాం. |
| 04:09 | మీరు ఇంటర్నెట్ కు అనుసంధానించబడి ఉంటే, మీరు నేరుగా Jmol panel లో ప్రోటీన్ నిర్మాణాన్ని డౌన్లోడ్ చేసుకోవచ్చు. |
| 04:15 | టెక్స్ట్ బాక్స్లో 4 అక్షరాల PDB కోడ్, 4EX1 ను టైప్ చేసి, OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి. |
| 04:25 | మీరు ఇంటర్నెట్ కు కనెక్ట్ చేసిలేకపోతే, టూల్బార్లో Open a File ఐకాన్ పై క్లిక్ చేయండి. |
| 04:34 | ప్యానెల్లో ఒక డైలాగ్-బాక్స్ తెరుచుకుంటుంది. |
| 04:38 | 4EX1.pdb.gz ఫైలు యొక్క స్థానానికి అనగా, Downloads ఫోల్డర్ కు నావిగేట్ చేయండి. |
| 04:47 | Downloads ఫోల్డర్ ను ఎంచుకుని, Open బటన్ పై క్లిక్ చేయండి. |
| 04:52 | 4EX1.pdb.gz ఫైల్ ను ఎంచుకొని, Open బటన్ పై క్లిక్ చేయండి. |
| 05:00 | ఇన్సులిన్ యొక్క 3D నిర్మాణం తెరపై తెరుచుకుంటుంది. |
| 05:05 | ప్యానెల్లోని ప్రోటీన్ యొక్క డిఫాల్ట్ ప్రదర్శన ball and stick. |
| 05:12 | ప్యానెల్లో ప్రోటీన్ యొక్క నమూనా హైడ్రోజన్ పరమాణువులు లేకుండా చూపబడింది. |
| 05:17 | హైడ్రోజన్ పరమాణువులతో మోడల్ ను చూపించడానికి, modelkit మెనూని తెరవండి. |
| 05:23 | add hydrogens ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి, దానిపై క్లిక్ చేయండి. |
| 05:28 | ప్యానెల్లో మోడల్ ఇప్పుడు హైడ్రోజన్ అణువులతో ప్రదర్శించబడుతుంది. |
| 05:33 | Protein నిర్మాణం కూడా నీటి అణువులతో చూపబడింది. |
| 05:38 | నీటి అణువులను దాచడానికి, చూపిన విధంగా దశలను అనుసరించండి. |
| 05:43 | మొదట, పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి select కు వెళ్ళండి. |
| 05:48 | సబ్ మెను నుండి, Hetero ను ఎంచుకుని, All Water ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 05:55 | మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనుని తెరవండి. Style కు వెళ్ళి, Scheme, CPK spacefill ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 06:05 | ఇది నీటి అణువులను అన్నింటిని CPK Spacefill గా మారుస్తుంది. |
| 06:11 | పాప్-అప్ మెనుని మళ్ళి తెరచి, Style కు వెళ్ళి, Atoms వరకు స్క్రోల్ చేసి, Off ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 06:22 | ఇప్పుడు ప్యానెల్లోని, Insulin ఎటువంటి నీటి అణువుల నిర్మాణం లేకుండా ఉంటుంది. |
| 06:27 | తరువాత, వివిధ ఫార్మాట్లలో protein యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణం ప్రదర్శించడం నేర్చుకుందాం. |
| 06:35 | పాప్-అప్ మెను ను తెరవండి. |
| 06:37 | Select ఎంపికకి వెళ్ళండి. |
| 06:39 | Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 06:44 | పాప్-అప్ మెనుని మళ్ళీ తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేయండి. తరువాత Scheme. |
| 06:50 | CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace వంటి ఎంపికలతో ఒక సబ్- మెను తెరవబడుతుంది. |
| 07:02 | సబ్-మెను నుండి Cartoon ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 07:07 | ఇది ప్రోటీన్ యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణం ను helices, random coils, strands, sheets మొదలైనవిగా ప్రదర్శిస్తుంది. |
| 07:17 | మరిన్ని ప్రదర్శన ఎంపికలు కోసం- |
| 07:19 | పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి, Style వరకు, తరువాత Structures కు స్క్రోల్ చేయండి. |
| 07:25 | ఇక్కడ, ప్రోటీన్ యొక్క ద్వితీయ నిర్మాణాన్ని ప్రదర్శించడానికి మరిన్ని ఎంపికలు ఉన్నాయి. |
| 07:31 | ఉదాహరణకు, Strands ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 07:35 | ప్రోటీన్ ఇప్పుడు ప్యానెల్ పై Strands గా ప్రదర్శించబడుతుంది. |
| 07:40 | ప్రదర్శన రంగు మార్చడానికి: పాప్-అప్-మెనుని తెరవండి. Color వద్దకు స్క్రోల్ చేయండి. Atoms ఎంచుకొని, Blue ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 07:52 | ప్యానెల్లో రంగుల మార్పును గమనించండి. |
| 07:56 | నిర్మాణంను తిరిగి Ball-and-stick ప్రదర్శన కు మార్చడానికి, |
| 07:59 | పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి, Style, తరువాత Schemeను ఎంచుకొని, ఆపై Ball and stick ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 08:08 | Protein model లో hydrogen bonds మరియు di-sulpfide bonds హైలైట్ చేయవచ్చు. |
| 08:14 | Hydrogen Bonds ప్రదర్శించడానికి, పాప్-అప్ మెనుని తెరిచి, Style వెళ్ళి తరువాత Hydrogen Bonds ఎంపికకు స్క్రోల్ చేయండి. |
| 08:25 | పాప్-అప్ మెనులో Hydrogen Bonds ఎంపిక ఈ క్రింది లక్షణాలను కలిగి ఉన్నది. |
| 08:30 | Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain, |
| 08:35 | Set Hydrogen Bonds in the Backbone మరియు మందమును మార్చుటకు ఎంపికలను కూడా కలిగి ఉన్నది. |
| 08:42 | మోడల్ లో hydrogen bonds ను చూపించడానికి Calculate ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 08:47 | hydrogen bonds తెలుపు మరియు ఎరుపు రంగులో పొడవైన డాష్లుగా ప్రదర్శించబడతాయి. |
| 08:53 | hydrogen bonds యొక్క మందాన్ని మార్చడానికి, pop-up-menu నుండి 0.10 A ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 09:02 | ఇప్పుడు, ప్యానెల్లో, మనం మందమైన hydrogen bonds ను చూడవచ్చు. |
| 09:06 | మనము హైడ్రోజన్ బంధాల రంగును కూడా మార్చవచ్చు. |
| 09:11 | పాప్-అప్ మెను నుండి, Color తరువాత, Hydrogen Bonds కు స్క్రోల్ చేయండి, ఆపై orange ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి. |
| 09:20 | ప్యానెల్లో, మనకు నారింజ రంగులో అన్ని hydrogen bonds ఉన్నాయి. |
| 09:25 | పసుపురంగు రంగులో Disulfide bonds మరియు sulphur అణువులను నమూనాలో చూపించాం. |
| 09:31 | డైషల్ఫైడ్ బంధాలను సవరించడానికి, పాప్-అప్ మెన్యులో ఎంపిక disulfide bonds ను తెరవండి. |
| 09:38 | size, color మొదలైనవాటిలో మీరు మార్చదలచిన లక్షణాలపై క్లిక్ చేయండి. |
| 09:44 | అదే విధంగా, విభిన్న enzymes యొక్క .pdb ఫైళ్ళను తెరిచి, వాటి 3D నిర్మాణాలను వీక్షించండి. |
| 09:51 | ఈ ట్యుటోరియల్ ను సంగ్రహించుదాం. ఈ ట్యుటోరియల్ లో మనము నేర్చుకున్నాము, |
| 09:57 | ప్రోటీన్ డేటా బ్యాంక్ (PDB) నుండి ప్రోటీన్ నిర్మాణాల లోడ్. |
| 10:00 | డేటాబేస్ నుండి .pdb ఫైల్స్ డౌన్లోడ్. |
| 10:05 | PDB కోడ్ 4EX1 ను ఉపయోగించి ఇన్సులిన్ యొక్క 3D structure ను వీక్షించండం. |
| 10:10 | నీటి అణువులు లేకుండా, Protein నిర్మాణం చూడడం. |
| 10:14 | ద్వితీయ నిర్మాణమును వివిధ రూపాలలో ప్రదర్శించడం |
| 10:17 | hydrogen bonds మరియు disulfide bonds లను హైలైట్ చేయడం నేర్చుకున్నాము. |
| 10:22 | మీ కోసం ఒక అసైన్మెంట్, |
| 10:24 | PDB డేటాబేస్ నుండి Human Hemoglobin యొక్క .pdb ఫైల్ ను డౌన్లోడ్ చెయ్యండి. |
| 10:31 | cartoon ప్రదర్శనలో ద్వితీయ నిర్మాణం చూపించండి. |
| 10:35 | ప్రోటీన్ యొక్క పోర్ఫిరిన్ యూనిట్లను హైలైట్ చేయండి. |
| 10:39 | PDB code కోసం ఈ క్రింది లింక్ను చూడండి. |
| 10:42 | ఈ URL లో అందుబాటులో ఉన్న వీడియోను చూడండి.http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial |
| 10:46 | ఈ వీడియో స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ సారాంశాన్ని ఇస్తుంది. |
| 10:50 | మీకు మంచి బ్యాండ్విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దీన్ని డౌన్లోడ్ చేసి చూడవచ్చు. |
| 10:55 | స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్: |
| 10:57 | స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్స్ ఉపయోగించి వర్క్ షాప్స్ నిర్వహిస్తుంది. |
| 11:01 | ఆన్ లైన్ పరీక్షలో ఉత్తీర్ణులైనవారికి సర్టిఫికేట్లను ఇస్తుంది. |
| 11:06 | దయచేసి మమ్మల్ని సంప్రదించండి. contact@spoken-tutorial.org |
| 11:13 | స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టాక్ టు ఎ టీచర్ ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం. |
| 11:18 | స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ కు భారతదేశం ప్రభుత్వం యొక్క NMEICT-MHRD నిధులు సమకూరుస్తుంది. |
| 11:25 | ఈ మిషన్ పై మరింత సమాచారం ఈ లింక్ వద్ద అందుబాటులో ఉంది.http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro. |
| 11:31 | ట్యుటోరియల్ ని తెలుగు లోకి అనువదించింది స్వామి మరియు నేను ఉదయ లక్ష్మి మీకు ధన్యవాదములు. |
