Difference between revisions of "Avogadro/C2/Build-molecules/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border =1 |'''Time''' |'''Narration''' |- |00:01 |அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுட...") |
|||
| Line 266: | Line 266: | ||
|- | |- | ||
|06:33 | |06:33 | ||
| − | |இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT | + | |இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
|06:39 | |06:39 | ||
| Line 344: | Line 344: | ||
|- | |- | ||
|09:01 | |09:01 | ||
| − | |DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT | + | |DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
|09:09 | |09:09 | ||
| Line 353: | Line 353: | ||
|- | |- | ||
|09:21 | |09:21 | ||
| − | |Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் | + | |Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptide என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் |
|- | |- | ||
|09:26 | |09:26 | ||
| − | |Insert Peptide | + | |Insert Peptide தோன்றுகிறது. |
|- | |- | ||
|09:29 | |09:29 | ||
| Line 440: | Line 440: | ||
|- | |- | ||
|011:36 | |011:36 | ||
| − | |இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். நன்றி. | + | |இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். குரல் கொடுத்தது சண்முகப்பிரியா. நன்றி. |
|} | |} | ||
Latest revision as of 14:08, 27 December 2017
| Time | Narration |
| 00:01 | அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:07 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல், |
| 00:11 | அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல் |
| 00:15 | Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல் |
| 00:17 | Force field ஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல் |
| 00:21 | Bond length, Bond angleமற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல், |
| 00:25 | Fragment Library ஐ காட்டுதல் |
| 00:27 | DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல். |
| 00:31 | இங்கு நான் பயன்படுத்துவது: Linux OS version 14.04, Avogadro version 1.1.1 மற்றும் இணைய இணைப்பு |
| 00:44 | இந்த டுடோரியலைப் புரிந்துகொள்ள அடிப்படை வேதியியல் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். Avogadro 1.1.1ஐப் பதிவிறக்க திரையில் தோன்றும் இணைப்பிற்கு செல்க. |
| 00:53 | ஏற்கனவே நான் அதைப் பதிவிறக்கி விட்டேன். |
| 00:56 | Avogadro வை திறக்க Dash Home இல் கிளிக் செய்யவும். |
| 01:00 | search barல் Avogadro என டைப் செய்யவும். |
| 01:02 | Avogadro ஐகானை கிளிக் செய்து அதனைத் திறக்கவும் |
| 01:08 | முதலில் Chemical Structure Database இல் இருந்து Xylene மூலக்கூறை பதிவிறக்கலாம். |
| 01:15 | ஒரு மூலக்கூறை உள்ளே சேர்ப்பதற்கு இணைய இணைப்பு தேவை. |
| 01:19 | File மெனுவை கிளிக் செய்து Importக்கு செல்லவும் |
| 01:23 | ஒரு சப்மெனு தோன்றுகிறது. |
| 01:25 | Fetch by chemical name என்பதைத் தேர்வு செய்யவும். |
| 01:28 | Chemical name dialog box தோன்றும். |
| 01:30 | பயிற்சிக்காக நான் Xylene என டைப் செய்கிறேன். |
| 01:36 | OK பட்டனை கிளிக் செய்க. |
| 01:38 | இப்போது Panel இல் Xylene மூலக்கூறு உள்ளது |
| 01:42 | Panel இல் இந்த மூலக்கூறை rotate செய்யலாம். |
| 01:45 | Toolbar இல் Navigation tool ஐ கிளிக் செய்யவும். |
| 01:49 | Cursor ஐ மூலக்கூறின் மேல் வைக்கவும். |
| 01:52 | இடது மவுஸ் பட்டனை கிளிக் செய்து drag செய்யலாம்.. |
| 01:56 | Direction அம்புக்குறிகள் drag செய்யப்படிருப்பதை காட்டுகிறது. |
| 02:00 | Translate செய்வதற்கு ரைட் கிளிக் செய்து drag செய்யவும். |
| 02:06 | மவுசின் Scroll wheel ஐப் பயன்படுத்தி Zoom in மற்றும் Zoom out செய்யலாம். |
| 02:10 | இனி, ஒரு மூலக்கூறை புதிதாக எப்படி உருவாக்குவது என்று காண்போம். |
| 02:14 | Toolbar இல் Draw tool ஐகானைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் |
| 02:19 | Draw settings மெனுவிற்கு கீழே Element drop down button மற்றும் Bond Order drop down button மற்றும் Adjust Hydrogens check box ஆகியவற்றைக் காணமுடியும். |
| 02:30 | மூலக்கூறின் வரைபடத்தில் ஹைட்ரஜன்கள் வேண்டாம் எனில் Adjust Hydrogens check box ஐ அன்செக் செய்க. |
| 02:37 | Element drop down list தனிமங்களின் பட்டியலைக் காட்டுகிறது. |
| 02:42 | மொத்த Periodic table ஐயும் தனி விண்டோவில் பார்ப்பதற்கு Other பட்டனை கிளிக் செய்க. |
| 02:48 | Close பட்டன் ஐ கிளிக் செய்து விண்டோவை மூடவும். |
| 02:51 | Panel இல் நாம் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை வரைவோம். |
| 02:55 | Element drop down list இல் இருந்து Carbon என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:59 | Bond Order drop down list இல் இருந்து Single என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:03 | Panel இல் கிளிக் செய்யவும். |
| 03:05 | ஆறு Carbon அணுக்கள் கொண்ட அறுகோணத்தை Drag and Drop செய்து வரையலாம். |
| 03:10 | இரட்டை பிணைப்பை காட்டுவதற்கு Bond Order drop down list இல் இருந்து Double என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:16 | ஒன்றுவிட்ட பிணைப்புகளை கிளிக் செய்து Benzene அமைப்பை பெறலாம். |
| 03:21 | Aniline மூலக்கூறை வரைந்து முடிப்போம். |
| 03:24 | Aniline மூலக்கூறை பெற Element drop down list இல் Nitrogenஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:29 | Single Bond Order drop down list இல் இருந்து Singleஐ தேர்ந்தெடுக்கவும் |
| 03:33 | ஏதேனும் ஒரு Carbon அணுவை கிளிக் செய்து Drag செய்யவும். |
| 03:39 | இப்போது Build மெனுவிற்கு சென்று Add Hydrogensஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:45 | இப்போது Panel இல் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை உருவாக்கியுள்ளோம். |
| 03:49 | நிலையான இணக்கத்தைப் பெறுவதற்கு, இந்த Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பு optimize செய்யப்பட வேண்டும். |
| 03:56 | Toolbar இல் Auto Optimization Tool ஐ கிளிக் செய்யவும். |
| 04:02 | Auto Optimization Settings இடது பக்கத்தில் தோன்றும். |
| 04:06 | Force Field drop down list ஐ கிளிக் செய்து MMFF94 ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும் |
| 04:13 | சிறிய ஆர்கானிக் மூலக்கூறுகளை optimize செய்ய இந்த MMFF94 பொதுவாக பயன்படுத்தப்படுகிறது. |
| 04:20 | Start பட்டனை ஐ கிளிக் செய்யவும் |
| 04:23 | optimization முடிய சில நொடிகள் ஆகலாம். |
| 04:28 | Stop ஐ கிளிக் செய்து Optimization Settings ஐ மூடலாம். |
| 04:33 | இப்போது Aniline மூலக்கூறின் Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளக்கலாம். |
| 04:40 | Toolbar இல் Click to Measure ஐகானை கிளிக் செய்யவும் |
| 04:44 | Bond length ஐ அளப்பதற்கு இரண்டு அடுத்தடுத்த Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும். |
| 04:49 | Bond Angle ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த மூன்று Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும். |
| 04:55 | dihedral angles ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த நான்கு Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும். |
| 05:02 | அளக்கப்பட்ட மதிப்புகள் Panel இன் கீழ்ப்புறம் தோன்றும். |
| 05:07 | இந்த அமைப்பு வரைபடத்தை சேமிக்க File மெனுவில் இருந்து save as ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:13 | Save Molecule As உரையாடல் தோன்றும். |
| 05:17 | File name என்ற இடத்தில் Aniline.cml என்று டைப் செய்யவும். |
| 05:21 | location ஐ Desktop என்று தேர்வு செய்து Save செய்யவும். |
| 05:28 | New icon ஐ கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். |
| 05:32 | Avogadro software, Fragment library யை பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளை உருவாக்கும் வசதியை கொண்டுள்ளது, |
| 05:38 | Build menu விற்கு செல்லவும். |
| 05:40 | Insert இல் Fragment option ஐ தேர்வுசெய்யவும். |
| 05:45 | Insert Fragment dialog box தோன்றும். |
| 05:49 | பல்வேறு மூலக்கூறுகளின் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள .cml fileகள் உள்ள folderகளை காணமுடியும். |
| 05:55 | உதாரணமாக alkens folder ஐத் திறப்போம். |
| 06:00 | folder ஐ double click செய்து அதில் இருக்கும் fileகளைக் காணலாம்.. |
| 06:04 | 2-methyl-buta-1,3-diene.cml என்பதை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 06:10 | Insert பட்டனைக் கிளிக் செய்யவும். |
| 06:13 | Close பட்டனைக் கிளிக் செய்து மூடவும். |
| 06:17 | 2-methyl-1,3-butadiene இன் அமைப்பு இப்போது panel ல் காட்டப்படுகிறது. |
| 06:22 | இது பொதுவாக Isoprene என அழைக்கபடுகிறது. |
| 06:26 | Isoprene ஐ வைத்து பல இயற்கை மூலக்கூறுகளின் அமைப்பை வரைய முடியும். |
| 06:30 | இந்த மூலக்கூறு selectmode இல் இருக்கிறது. |
| 06:33 | இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும். |
| 06:39 | உதாரணமாக Isopreneஐ வைத்து Vitamin A மற்றும் natural rubber இன் மூலக்கூறு அமைப்பு உருவாக்கப்பட்டிருப்பதைக் காட்டுகிறேன். |
| 06:47 | Vitamin A, natural rubber |
| 06:51 | ஒரு மூலையில் Isopreneஐ Translate செய்கிறேன். |
| 06:56 | Build menu க்கு சென்று Insert ஐ திறந்து Fragment ஐ தேர்வுசெய்யவும். |
| 07:02 | கீழே Macrocycles folder க்கு scroll செய்து double click செய்து திறக்கவும். |
| 07:08 | porphin fragment ஐதேர்ந்தெடுத்து Insert ஐ கிளிக் செய்யவும். |
| 07:14 | dialog boxஐ மூடவும். |
| 07:16 | porphyrin fragment ஐ பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளான Chlorophyll மற்றும் Vitamin B12 ஐ நாம் உருவாக்கலாம். |
| 07:25 | Chlorophyll |
| 07:27 | Vitamin B12 |
| 07:30 | Avogadro வை பயன்படுத்தி DNA மற்றும் peptides முதலிய சிக்கலான மூலக்கூறுகளை எளிதாக உருவாக்கலாம். |
| 07:37 | New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். |
| 07:41 | ஒரு DNA மூலக்கூறை உள்ளே சேர்க்க Build மெனுவிற்கு சென்று Insert ஐ தேர்வு செய்து சப் மெனுவில் DNA/RNA ஐ கிளிக் செய்க . |
| 07:51 | Insert Nucleic Acids dialog box தோன்றுகிறது. |
| 07:55 | DNA/RNA Builder drop down இல் இருந்து DNA ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 08:00 | நான்கு nucleic acid base கள் buttonகளாக காட்டப்படுகிறது. |
| 08:05 | பட்டன்களில் கிளிக் செய்து nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 08:10 | நீங்கள் விரும்பிய nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யலாம். |
| 08:14 | செயல்விளக்கத்திற்காக நான் A T G C A T G C என்ற sequence ஐ தேர்வு செய்கிறேன். |
| 08:26 | nucleic acid களின் தேர்வு வரிசைப்படி Sequence text box இல் தோன்றும். |
| 08:32 | Bases Per Turn drop down இல் A மற்றும் 5.0 ஐ தேர்வு செய்யவும். இது ஒரு helix இல் இருக்கும் base pairகளின் எண்ணிக்கையைக் குறிக்கிறது. |
| 08:41 | Strands இல் Single என்று தேர்ந்தெடுத்து Insert பட்டனை கிளிக் செய்யவும். |
| 08:47 | Close பட்டனை கிளிக் செய்து dialog boxஐ மூடவும். |
| 08:51 | இப்போது panelஇல் single stranded DNA மூலக்கூறு உள்ளது. |
| 08:56 | இந்த அமைப்பை zoom செய்து panelஇன் மத்தியில் கொண்டுவரவும். |
| 09:01 | DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும். |
| 09:09 | Insert மெனுவில் உள்ள Peptide option ஐ வைத்து Peptide sequence ஐ எளிதாக உருவாக்கலாம். |
| 09:16 | மறுபடியும் New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். |
| 09:21 | Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptide என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் |
| 09:26 | Insert Peptide தோன்றுகிறது. |
| 09:29 | Peptide sequence க்கு தேவையான amino acid களை amino acid பட்டனை கிளிக் செய்து தேர்வு செய்யவும். |
| 09:36 | செயல்விளக்கத்திற்கு நான் Glycine(Gly) -Valine(Val) -Proline(Pro) and Cystine(Cys) என்ற sequence ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன். |
| 09:45 | தேர்வு செய்யப்பட வரிசை Sequence text box இல் தோன்றுகிறது. |
| 09:50 | Insert Peptide பட்டனை கிளிக் செய்யவும். |
| 09:53 | Insert Peptide dialog box ஐ மூடவும். |
| 09:57 | Panel இல் Peptide சங்கிலி தோன்றுகிறது. |
| 10:00 | Panel இல் Peptide மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும். |
| 10:07 | உங்களுக்கு தேவையான அமினோஅமிலங்களை தேர்வு செய்து peptide sequence ஐ உருவாக்கலாம். |
| 10:13 | இப்போது நாம் அனைத்தையும் நினைவு கூறலாம். |
| 10:15 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது |
| 10:18 | database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல், |
| 10:21 | அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல் |
| 10:24 | Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல் |
| 10:26 | Force fieldஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல் |
| 10:30 | Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல், |
| 10:35 | Fragment Library ஐ காட்டுதல் |
| 10:37 | DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல் |
| 10:41 | தன்னறிவுச்சோதனைக்காக திரையில் தோன்றும் amino acid residues களைப் பயன்படுத்தி protein sequence ஐ உருவாக்குங்கள். |
| 10:49 | UFF Force field ஐ பயன்படுத்தி வடிவமைப்பை optimize செய்க. |
| 10:53 | வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும். |
| 10:58 | A U G C Nucleic acidகளைப் பயன்படுத்தி RNA sequence ஐ உருவாக்குக |
| 11:04 | வடிவமைப்பை MMFF94 force field ஐ பயன்படுத்தி optimize செய்க. |
| 11:10 | வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும். |
| 11:14 | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
| 11:18 | உங்களிடம் நல்ல bandwidth இல்லை எனில் இதை download செய்து பார்த்துக்கொள்ளலாம். |
| 11:23 | நாங்கள் spoken tutorialகளை பயன்படுத்தி workshop நடத்தி சான்றிதழ் அளிக்கிறோம். நீங்கள் இந்த இமெயில் முகவரியில் எங்களை தொடர்பு கொள்ளலாம். |
| 11:30 | இந்திய அரசின் NMEICT, MHRD இந்த spoken tutorial திட்டத்திற்க்கு தேவையான நிதியுதவியை அளிக்கிறது. |
| 011:36 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். குரல் கொடுத்தது சண்முகப்பிரியா. நன்றி. |
