Difference between revisions of "Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Jyotisolanki (Talk | contribs) (Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમાર...") |
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
||
| Line 60: | Line 60: | ||
|* '''Biopython''' version 1.64. | |* '''Biopython''' version 1.64. | ||
| − | |||
|- | |- | ||
| 01:16 | | 01:16 | ||
| Line 268: | Line 267: | ||
| 06:12 | | 06:12 | ||
| આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો. | | આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો. | ||
| − | |||
|- | |- | ||
Revision as of 12:51, 20 March 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Manipulating Sequences પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે એક રેન્ડમ DNA સિક્વેન્સ નિર્માણ કરવા માટે Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીશું. |
| 00:13 | * સ્પષ્ટ જગ્યાએ DNA સિક્વેન્સ કાપો. |
| 00:17 | * એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એક કરવું જે કે concatenate છે. |
| 00:22 | * સિકવેન્સની લંબાઈ શોધતા. |
| 00:26 | * પ્રત્યેક બેસની સંખ્યા અથવા સ્ટ્રીંગના ભાગની ગણતરી કરવી. |
| 00:31 | * એક વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગને શોધવું. |
| 00:35 | * sequence object ને મ્યુટેબ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતરિત કરવું. |
| 00:40 | આ ટ્યુટોરીયલનું અનુસરણ કરવા માટે અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત Python પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ. |
| 00:51 | જો નથી તો આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલને જુઓ. |
| 00:56 | આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું. |
| 01:03 | * Python version 2.7.8 |
| 01:07 | * Ipython interpreter version 2.3.0 |
| 01:12 | * Biopython version 1.64. |
| 01:16 | ચાલો હું ટર્મિનલ ખોલું અને ipython interpreter ને શરુ કરીએ. |
| 01:21 | એકસાથે Ctrl, Alt અને t કી દાબીને ટર્મિનલ ખોલો. |
| 01:26 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "ipython" અને Enter દબાવો. |
| 01:31 | સ્ક્રીન પર Ipython પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે. |
| 01:35 | Biopython,નો ઉપયોગ આપણે કોઈપણ વિશિષ્ટ લંબાઈના રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક sequence object નિર્માણ કરી શકીએ છીએ. |
| 01:44 | હવે 20 બેસના DNA સિક્વેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ નિર્માણ કરવું. |
| 01:50 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import random", Enter દબાવો. |
| 01:56 | આગળ Bio પેકેજ માં Seq મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો. |
| 02:01 | અનેકવાર Seq ને seek. તરીકે ઉચ્ચારણ કરવામાં આવે છે. |
| 02:06 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : From Bio dot Seq import Seq. Enter દબાવો. |
| 02:15 | DNA સિક્વેન્સમાં અક્ષરો સ્પષ્ટ કરવા માટે Bio.Alphabet મોડ્યૂલ વાપરીએ. |
| 02:22 | ટાઈપ કરો: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. Enter દબાવો. |
| 02:32 | રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો. |
| 02:38 | વેરિયેબલ dna1 માં સિકવેન્સ સંગ્રહ કરો. |
| 02:42 | કૃપા કરીને નોંધ લો : આ કમાંડ ડબલ કોટ્સના જગ્યાએ બે સિંગલ કોટ્સ વાપરો .એન્ટર દબાવો. |
| 02:50 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna1. Enter દબાવો. |
| 02:55 | આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ માટે sequence object દેખાડે છે. |
| 03:00 | જો તમને નવું સિકવેન્સ જોઈએ તો ઉપર પ્રમાણે કમાંડ મેળવવા માટે અપ-એરો કી દબાવો. એન્ટર દબાવો. |
| 03:11 | આઉટપુટ માટે વેરિયેબલ નામ ટાઈપ કરો dna1. એન્ટર દબાવો. |
| 03:17 | આઉટપુટ દેખાડે છે કે એક નવું DNA સિકવેન્સ જે પ્રથમ કરતા જુદું છે. |
| 03:23 | Sequence Objects: વિષે |
| 03:25 | sequence objects સામાન્ય રીતે Python strings જેમ સામાન્ય કાર્ય કરે છે. |
| 03:30 | પાયથન સ્ટ્રીંગ માટે જે સામાન્ય કન્વેનશનસ તમે કરો છો તે અનુસરો. |
| 03:35 | પાયથન માં આપણે સ્ટ્રીંગમાં 1 ના બદલે 0 થી શરુ થનાર અક્ષરો ગણીએ. |
| 03:41 | સિકવેન્સમાં પ્રથમ અક્ષરની સ્તિથી શૂન્ય છે. |
| 03:45 | ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ. |
| 03:47 | અનેક વખતે તમને સિકવેન્સના ફક્ત એક ભાગથી કરું કરવાની જરૂરિયાત છે. |
| 03:52 | હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે સ્ટ્રીંગના ભાગને કેવી રીતે એક્સટ્રેક્ટ કરી તેમને સંગ્રહ કરીને જોઈએ. |
| 03:58 | ઉદાહરણ તરીકે આપણે DNA સિકવેન્સને બે સ્થિતિપર slice કરીશું. |
| 04:04 | પ્રથમ 6 અને 7 બેસના વચ્ચે. |
| 04:08 | આ સિકવેન્સ માં છઠા બેસ પર સિકવેન્સના શરૂઆતથી એક fragment એક્સટ્રેક્ટ કરશે. |
| 04:15 | બીજો ભાગ બેસીસ 11 અને 12 ના વચ્ચે રહેશે. |
| 04:20 | બીજું ફ્રેગમેન્ટ સિકવેન્સના 12 માં બેસ થી છેલ્લા બેસ શુધી રહેશે. |
| 04:26 | પ્રોપટ પર પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ એક્સ્ટ્રક્ટ કરવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો. |
| 04:31 | String1 equal to dna1 brackets માં 0 semicolon 6. |
| 04:39 | પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ સંગ્રહ કરવા માટે string1 આ વેરિયેબલ છે. |
| 04:43 | સામાન્ય પાયથન માં બચેલા કમાંડ અનુસરણ કરાવાય છે. |
| 04:47 | આ કૌંસ મુકેલ શરત અને રદ સ્થિતિ છે જે કોલનથી જુદું થાય છે. |
| 04:53 | શરઆતની સ્થિતિ વ્યાપક છે પણ રદ ની સ્થિતિ વિશેષ છે. એન્ટર દબાવો. |
| 05:01 | આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો. : "string1", Enter દબાવો. |
| 05:04 | આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ દેખાડે છે. |
| 05:10 | સિકવેન્સ માં વિજુ સ્ટ્રીંગ એક્સટ્રેક્ટ કરવા માટે અપ એરો કી દબાવીને આપેલ પ્રમાણે કમાંડ ટાઈપ કરો. |
| 05:17 | વેરિયેબલમાં નામ ને બદલીને string2 કરો અને સ્થિતિ 11 અને 20 કરો. |
| 05:24 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : "string2". Enter દબાવો. |
| 05:30 | હવે આપણી પાસે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે બે ફ્રેગમેન્ટ પણ છે. |
| 05:34 | ચાલો એકત્ર કરીએ જેવી રીતે એક નવા ફ્રેગમેન્ટ તૈયાર કરવા માટે બે સ્ટ્રીંગ ને ઉમેરવું. |
| 05:42 | વેરિયેબલ dna2. માં નવા સિકવેન્સ સંગ્રહ કરીએ. |
| 05:46 | ટાઈપ કરો : dna2 equal to string1 plus string2. Enter દબાવો. |
| 05:53 | નોંધ લો કે : આપણે ઈનકમપેટીબલ મૂળાક્ષરસિકવેન્સ ઉમેરી શકતા નથી. |
| 05:59 | માટે આપણે એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે DNA સિકવેન્સ અને પ્રોટીન સિકવેન્સ એકસાથે જોડી શકતા નથી. |
| 06:07 | બંને સિકવેન્સને સમાન અક્ષરના ગુણધર્મ, હોવા જરૂરી નથી. |
| 06:12 | આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો. |
| 06:17 | આઉટપુટ એક એક નવું સિકવેન્સ બતાડે છે જે string1 અને string2. નું સંયોજન છે. |
| 06:23 | નવા સિકવેન્સની લંબાઈ શોધવા માટે આપણે len ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું. |
| 06:29 | ટાઈપ કરું : "len" within parenthesis "dna2". Enter દબાવો. |
| 06:34 | આઉટપુટ 15 બેસેસ લંબાઈ તરીકે સિકવેન્સ દેખાડે છે. |
| 06:39 | આપણે સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત પ્રત્યેક બેસેસની સંખ્યા પણ ગણી શકીએ છીએ. |
| 06:44 | આ કરવા માટે આપણે count() ફંકશન વાપરીશું. |
| 06:47 | ઉદાહરણ તરીકે - સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા ગણવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો : dna2 dot count within parenthesis within double quotes alphabet A. |
| 07:02 | એન્ટર દબાવો. |
| 07:04 | આઉટપુટ સિકવેન્સ dna2. માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા દેખાડે છે. |
| 07:10 | વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગ શોધવા માટે આપણે find() ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું. |
| 07:16 | ટાઈપ કરો : dna2 dot find within parenthesis within double quotes "GC". અને એન્ટર દબાવો. |
| 07:26 | આઉટપુટ સ્ટ્રીંગ માં GC ના દેખાવના પ્રથમ ઉદાહરણની સ્થિતિ દર્શાવે છે. |
| 07:32 | સામાન્ય પણે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકતા નથી. |
| 07:35 | સિકવેન્સ એડિટ કરવા માટે આપણને તે mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતર કરવું પડશે. |
| 07:41 | આ કરવા માટે ટાઈપ કરો: dna3 equal to dna2 dot to mutable ખુલ્લું અને બંધ.એન્ટર દબાવો. |
| 07:52 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. એન્ટર દબાવો. |
| 07:55 | હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકાય છે. |
| 07:59 | હવે સિકવેન્સમાં બેસ ફરી સ્થિત કરીએ. |
| 08:01 | ઉદાહરણ તરીકે - alanine માં 5 મી સ્થિતિ પર ઉપસ્થિત બેસ ફરી સ્થિત કરવા માટે ટાઈપ કરો : dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A. એન્ટર દબાવો. |
| 08:19 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. અને એન્ટર દબાવો. |
| 08:24 | આઉટપુટ જુઓ 5 ની જગ્યા પર cytosine ને alanine થી બદલ્યું છે. |
| 08:31 | સ્ટ્રીંગના ભાગને બદલાવ માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો . |
| 08:35 | Dna3 કૌંસ માં 6 semicolon 10 equal to double quotes માં ATGC. એન્ટર દબાવો . |
| 08:45 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna3. એન્ટર દબાવો. |
| 08:52 | આઉટપુટ દેખાડે છે 6 થી 9 સ્થિતિ પરથી 4 બેસેસ ATGC સાથે બદલ્યું છે. |
| 09:01 | એકવખત તમે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરો પછી તેને ફરી “read only” ફોર્મમાં રૂપાંતરિત કરો. |
| 09:07 | આપેલ ટાઈપ કરો dna4 equal to dna3 dot to seq ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ . એન્ટર દબાવો. |
| 09:19 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : dna4. એન્ટર દબાવો. |
| 09:25 | ચાલો સારાંશ લઈએ. |
| 09:27 | આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા : DNA સિકવેન્સ નિર્માણ કરતા. |
| 09:32 | * વિશિષ્ટ જગ્યા DNA સિકવેન્સ ના ભાગ કરતા. |
| 09:36 | * એક નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એકત્ર કરતા જે concatenate છે. |
| 09:43 | આપણે len, count અને find ફંકશન્સ કેવી રીતે વાપરવું તે પણ શીખ્યા. |
| 09:49 | * સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટમાં રૂપાંતરિત કરવું અને સ્ટ્રીંગના ભાગ અથવા બેસ ને બદલતા. |
| 09:57 | અસાઇનમેન્ટ તરીકે 30 બેસેસના રેન્ડમ DNA sequence બનાવો. |
| 10:02 | Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીને GC ટકાવારી અને સિકવેન્સના અણુનો વજનની ગણતરી કરો. |
| 10:09 | તમારું પૂર્ણ અસાઇમેન્ટ આપેલ પ્રમાણે હોવું જોઈએ. |
| 10:13 | આઉટપુટ , ટકાવારી તરીકે GC કંટેટ દેખાડે છે. |
| 10:18 | આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ ના અણુનો વજન દેખાડે છે. |
| 10:23 | આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
| 10:26 | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
| 10:30 | અમે વર્કશો આયોજિત કરીને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ. |
| 10:32 | કૃપા કરીને અમને સંપર્ક કરો. |
| 10:35 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે |
| 10:43 | IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. |
