Difference between revisions of "Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Kannada"
From Script | Spoken-Tutorial
Sandhya.np14 (Talk | contribs) (Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. ''''Writing Sequence Files''' ಎಂಬ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯ...") |
Sandhya.np14 (Talk | contribs) |
||
| (One intermediate revision by the same user not shown) | |||
| Line 7: | Line 7: | ||
| ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. ''''Writing Sequence Files''' ಎಂಬ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸ್ವಾಗತ. | | ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. ''''Writing Sequence Files''' ಎಂಬ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸ್ವಾಗತ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:07 | | 00:07 | ||
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ಸ್' ಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ರಚಿಸುವುದು, | | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ಸ್' ಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ರಚಿಸುವುದು, | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:13 | | 00:13 | ||
| ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯುವುದು, | | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯುವುದು, | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:15 | | 00:15 | ||
| 'ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್' ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು | | 'ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್' ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:19 | | 00:19 | ||
| ಮತ್ತು, ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು, ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸುವುದು (sort) ಇವುಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಕಲಿಯುವೆವು. | | ಮತ್ತು, ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು, ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸುವುದು (sort) ಇವುಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಕಲಿಯುವೆವು. | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:23 | | 00:23 | ||
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸಲು, ನೀವು | | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸಲು, ನೀವು | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:27 | | 00:27 | ||
| ಪದವಿಪೂರ್ವ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ | | ಪದವಿಪೂರ್ವ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:31 | | 00:31 | ||
| ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ Python (ಪೈಥನ್) ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇವುಗಳನ್ನು ತಿಳಿದಿರಬೇಕು. | | ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ Python (ಪೈಥನ್) ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇವುಗಳನ್ನು ತಿಳಿದಿರಬೇಕು. | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:34 | | 00:34 | ||
| ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಪೈಥನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ. | | ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಪೈಥನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:38 | | 00:38 | ||
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು '''Ubuntu OS''' ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, | | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು '''Ubuntu OS''' ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:45 | | 00:45 | ||
| '''Python''' ನ 2.7.8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, | | '''Python''' ನ 2.7.8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:48 | | 00:48 | ||
| '''Ipython interpreter''' ನ (ಐ ಪೈಥನ್ ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್) 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಮತ್ತು '''Biopython''' ನ 1.64 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಇವುಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. | | '''Ipython interpreter''' ನ (ಐ ಪೈಥನ್ ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್) 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಮತ್ತು '''Biopython''' ನ 1.64 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಇವುಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 00:55 | | 00:55 | ||
| ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲಿಕ್ಕಾಗಿ, '''parse''' ಮತ್ತು '''read''' ಎಂಬ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಈಗಾಗಲೇ ನಾವು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. | | ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲಿಕ್ಕಾಗಿ, '''parse''' ಮತ್ತು '''read''' ಎಂಬ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಈಗಾಗಲೇ ನಾವು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 03 | + | | 01:03 |
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು '''write''' 'ಫಂಕ್ಷನ್' ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸುವುದು | | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು '''write''' 'ಫಂಕ್ಷನ್' ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸುವುದು | ||
| − | | - | + | |- |
| 01:09 | | 01:09 | ||
| ಮತ್ತು, '''Convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ, ವಿವಿಧ 'ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್' ಗಳನ್ನು ಒಂದರಿಂದ ಇನ್ನೊಂದಕ್ಕೆ ಬದಲಾಯಿಸಲು ನಾವು ಕಲಿಯುತ್ತೇವೆ. | | ಮತ್ತು, '''Convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ, ವಿವಿಧ 'ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್' ಗಳನ್ನು ಒಂದರಿಂದ ಇನ್ನೊಂದಕ್ಕೆ ಬದಲಾಯಿಸಲು ನಾವು ಕಲಿಯುತ್ತೇವೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 01:16 | | 01:16 | ||
| '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸಬೇಕು ಎಂಬುದನ್ನು ಈಗ ನಾನು ತೋರಿಸುತ್ತೇನೆ. | | '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸಬೇಕು ಎಂಬುದನ್ನು ಈಗ ನಾನು ತೋರಿಸುತ್ತೇನೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 01:20 | | 01:20 | ||
| ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನೊಂದಿಗೆ, ಇಲ್ಲಿ ಒಂದು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಫೈಲ್ ಇದೆ. | | ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನೊಂದಿಗೆ, ಇಲ್ಲಿ ಒಂದು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಫೈಲ್ ಇದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 24 | + | | 01:24 |
| 'ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್' ನ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. | | 'ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್' ನ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 28 | + | | 01:28 |
| ಫೈಲ್, '''GI''' ಆಕ್ಸೆಶನ್ ನಂಬರ್ (GI accession number) ಮತ್ತು '''description''' ಗಳಂತಹ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿದೆ. | | ಫೈಲ್, '''GI''' ಆಕ್ಸೆಶನ್ ನಂಬರ್ (GI accession number) ಮತ್ತು '''description''' ಗಳಂತಹ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 36 | + | | 01:36 |
| ಈಗ ನಾವು ಈ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, '''FASTA ''' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಒಂದು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುತ್ತೇವೆ. | | ಈಗ ನಾವು ಈ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, '''FASTA ''' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಒಂದು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುತ್ತೇವೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 41 | + | | 01:41 |
| ಇಲ್ಲಿ, 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಮೊದಲ ಹಂತವಾಗಿದೆ. | | ಇಲ್ಲಿ, 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಮೊದಲ ಹಂತವಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 01:45 | | 01:45 | ||
| ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿ: | | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿ: | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 49 | + | | 01:49 |
| ಇದು ' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್' ಗಾಗಿ ಬೇಸಿಕ್ ಡೇಟಾ ಟೈಪ್ ಆಗಿದೆ. | | ಇದು ' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್' ಗಾಗಿ ಬೇಸಿಕ್ ಡೇಟಾ ಟೈಪ್ ಆಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 01: 55 | + | | 01:55 |
| ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, '''identifier''' ಮತ್ತು '''description''' ಗಳಂತಹ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. | | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, '''identifier''' ಮತ್ತು '''description''' ಗಳಂತಹ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. | ||
|- | |- | ||
| − | | 02: 04 | + | | 02:04 |
| '''Ctrl, Alt''' ಮತ್ತು '''t''' ಕೀ ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. | | '''Ctrl, Alt''' ಮತ್ತು '''t''' ಕೀ ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 02:10 | | 02:10 | ||
| ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''ipython''' ಮತ್ತು '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''ipython''' ಮತ್ತು '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 15 | + | | 02:15 |
| ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 18 | + | | 02:18 |
| from Bio dot Seq ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import Seq ಕ್ಲಾಸ್. | | from Bio dot Seq ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import Seq ಕ್ಲಾಸ್. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 24 | + | | 02:24 |
| from Bio dot SeqRecord ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import Sequence Record ಕ್ಲಾಸ್. | | from Bio dot SeqRecord ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import Sequence Record ಕ್ಲಾಸ್. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 31 | + | | 02:31 |
| ನಂತರ, from Bio dot Alphabet ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import generic protein ಕ್ಲಾಸ್. | | ನಂತರ, from Bio dot Alphabet ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import generic protein ಕ್ಲಾಸ್. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 38 | + | | 02:38 |
| ಆಮೇಲೆ, ನಾನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು '''record1''' ಎಂಬ ವೇರಿಯಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡುವೆನು. | | ಆಮೇಲೆ, ನಾನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು '''record1''' ಎಂಬ ವೇರಿಯಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡುವೆನು. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 45 | + | | 02:45 |
| ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಫೈಲ್ ನಿಂದ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, id (ಐಡಿ) ಮತ್ತು '''description''' ಗಳನ್ನು ಕಾಪಿ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನುಟರ್ಮಿನಲ್ ನಲ್ಲಿ ಆಯಾ ಸಾಲುಗಳಲ್ಲಿ ಪೇಸ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಫೈಲ್ ನಿಂದ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, id (ಐಡಿ) ಮತ್ತು '''description''' ಗಳನ್ನು ಕಾಪಿ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನುಟರ್ಮಿನಲ್ ನಲ್ಲಿ ಆಯಾ ಸಾಲುಗಳಲ್ಲಿ ಪೇಸ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 02: 56 | + | | 02:56 |
| '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 02:58 | | 02:58 | ||
| ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು, '''record1''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು, '''record1''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 02 | + | | 03:02 |
| '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 04 | + | | 03:04 |
| ಔಟ್ಪುಟ್, 'ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. | | ಔಟ್ಪುಟ್, 'ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 10 | + | | 03:10 |
| ಇದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು '''id''' ಮತ್ತು '''description''' ಗಳೊಂದಿಗೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. | | ಇದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು '''id''' ಮತ್ತು '''description''' ಗಳೊಂದಿಗೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 03:13 | | 03:13 | ||
| ಮೇಲಿನ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು ನಾವು ''' write ''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. | | ಮೇಲಿನ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು ನಾವು ''' write ''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 21 | + | | 03:21 |
| '''Bio package''' ನಿಂದ '''SeqIO module''' ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | | '''Bio package''' ನಿಂದ '''SeqIO module''' ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 26 | + | | 03:26 |
| ನಂತರ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು, 'ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್' ಅನ್ನು '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ನೊಂದಿಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | | ನಂತರ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು, 'ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್' ಅನ್ನು '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ನೊಂದಿಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 40 | + | | 03:40 |
| '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್, 3 'ಆರ್ಗ್ಯುಮೆಂಟ್' ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. | | '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್, 3 'ಆರ್ಗ್ಯುಮೆಂಟ್' ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 44 | + | | 03:44 |
| ಮೊದಲನೆಯದು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡುವ ವೇರಿಯಬಲ್ ಆಗಿದೆ. | | ಮೊದಲನೆಯದು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡುವ ವೇರಿಯಬಲ್ ಆಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 49 | + | | 03:49 |
| ಎರಡನೆಯದು, '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬರೆಯಬೇಕಾದ ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರು ಆಗಿದೆ. | | ಎರಡನೆಯದು, '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬರೆಯಬೇಕಾದ ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರು ಆಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 03: 54 | + | | 03:54 |
| ಮೂರನೆಯದು, ಬರೆಯಲು ಬೇಕಾಗಿರುವ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಆಗಿದೆ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | ಮೂರನೆಯದು, ಬರೆಯಲು ಬೇಕಾಗಿರುವ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಆಗಿದೆ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 03:58 | | 03:58 | ||
| ಔಟ್ಪುಟ್ ಒಂದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಅಂದರೆ, ನಾವು ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿದ್ದೇವೆ. | | ಔಟ್ಪುಟ್ ಒಂದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಅಂದರೆ, ನಾವು ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿದ್ದೇವೆ. | ||
|- | |- | ||
| − | | 04: 07 | + | | 04:07 |
| FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ "example.fasta" ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಾಲಾಗಿದೆ. | | FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ "example.fasta" ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಾಲಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 13 | + | | 04:13 |
| ನಾನು ನಿಮ್ಮನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಎಚ್ಚರಿಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. ಔಟ್ಪುಟ್, ಇದೇ ಹೆಸರಿನ ಫೈಲ್ ಈಗಾಗಲೇ ಇದ್ದರೆ, ಅದರ ಮೇಲೆಯೇ ಬರೆದುಬಿಡುತ್ತದೆ. | | ನಾನು ನಿಮ್ಮನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಎಚ್ಚರಿಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. ಔಟ್ಪುಟ್, ಇದೇ ಹೆಸರಿನ ಫೈಲ್ ಈಗಾಗಲೇ ಇದ್ದರೆ, ಅದರ ಮೇಲೆಯೇ ಬರೆದುಬಿಡುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 04:18 | | 04:18 | ||
| ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು, '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಫೈಲ್ ಗೆ ನ್ಯಾವಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ. | | ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು, '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಫೈಲ್ ಗೆ ನ್ಯಾವಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 24 | + | | 04:24 |
| ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯಿರಿ. | | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯಿರಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 27 | + | | 04:27 |
| ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, ಈಗ FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿದೆ. | | ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, ಈಗ FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 31 | + | | 04:31 |
| ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. | | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 04:33 | | 04:33 | ||
| ಅನೇಕ 'ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್' ಟೂಲ್ ಗಳು, ವಿಭಿನ್ನ ಇನ್ಪುಟ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. | | ಅನೇಕ 'ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್' ಟೂಲ್ ಗಳು, ವಿಭಿನ್ನ ಇನ್ಪುಟ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 38 | + | | 04:38 |
| ಹೀಗಾಗಿ, ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಪರಸ್ಪರ ಬದಲಾಯಿಸುವ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. | | ಹೀಗಾಗಿ, ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಪರಸ್ಪರ ಬದಲಾಯಿಸುವ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 44 | + | | 04:44 |
| '''SeqIO''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿ, '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಫೈಲ್ ಪರಿವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ನಾವು ಮಾಡಬಹುದು. | | '''SeqIO''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿ, '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಫೈಲ್ ಪರಿವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ನಾವು ಮಾಡಬಹುದು. | ||
| − | | - | + | |- |
| 04:50 | | 04:50 | ||
| ಪ್ರದರ್ಶನಕ್ಕಾಗಿ, ನಾನು ಒಂದು '''GenBank''' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು 'FASTA' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತೇನೆ. | | ಪ್ರದರ್ಶನಕ್ಕಾಗಿ, ನಾನು ಒಂದು '''GenBank''' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು 'FASTA' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತೇನೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 55 | + | | 04:55 |
| ನನ್ನ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು '''GenBank''' ಫೈಲ್ ಇದೆ. | | ನನ್ನ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು '''GenBank''' ಫೈಲ್ ಇದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 04: 59 | + | | 04:59 |
| ನಾನು ಇದನ್ನು ಒಂದು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯುತ್ತೇನೆ. | | ನಾನು ಇದನ್ನು ಒಂದು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯುತ್ತೇನೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 02 | + | | 05:02 |
| ಫೈಲ್, '''GenBank''' (ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್) ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, '''HIV genome''' ಅನ್ನು (ಎಚ್ಐವಿ ಜೀನೋಮ್) ಹೊಂದಿದೆ. | | ಫೈಲ್, '''GenBank''' (ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್) ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, '''HIV genome''' ಅನ್ನು (ಎಚ್ಐವಿ ಜೀನೋಮ್) ಹೊಂದಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 07 | + | | 05:07 |
| ಈ 'ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್' ಫೈಲ್, 'ಜೀನೋಮ್' ನಲ್ಲಿಯ ಎಲ್ಲಾ ಜೀನ್ ಗಳ ವಿವರಣೆಗಳನ್ನು, ಫೈಲ್ ನ ಮೊದಲ ಭಾಗದಲ್ಲಿ, ಹೊಂದಿದೆ. | | ಈ 'ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್' ಫೈಲ್, 'ಜೀನೋಮ್' ನಲ್ಲಿಯ ಎಲ್ಲಾ ಜೀನ್ ಗಳ ವಿವರಣೆಗಳನ್ನು, ಫೈಲ್ ನ ಮೊದಲ ಭಾಗದಲ್ಲಿ, ಹೊಂದಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 14 | + | | 05:14 |
| ನಂತರ, ಇದು ಸಂಪೂರ್ಣವಾದ 'ಜೀನೋಮ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. | | ನಂತರ, ಇದು ಸಂಪೂರ್ಣವಾದ 'ಜೀನೋಮ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 18 | + | | 05:18 |
| ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. ಟರ್ಮಿನಲ್ ನಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. ಟರ್ಮಿನಲ್ ನಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 23 | + | | 05:23 |
| ಇಲ್ಲಿ, '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್, 'ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್' ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸಂಪೂರ್ಣ 'ಜೀನೋಮ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು 'FASTA' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತದೆ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | ಇಲ್ಲಿ, '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್, 'ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್' ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸಂಪೂರ್ಣ 'ಜೀನೋಮ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು 'FASTA' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತದೆ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 33 | + | | 05:33 |
| 'FASTA' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಹೊಸ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ಈಗ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, 'HIV.fasta' ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. | | 'FASTA' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಹೊಸ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ಈಗ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, 'HIV.fasta' ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 05:39 | | 05:39 | ||
| ನ್ಯಾವಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ ಈ ಫೈಲ್ ಗೆ ಹೋಗಿ ಮತ್ತು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯಿರಿ. | | ನ್ಯಾವಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ ಈ ಫೈಲ್ ಗೆ ಹೋಗಿ ಮತ್ತು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯಿರಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 46 | + | | 05:46 |
| ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. | | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 49 | + | | 05:49 |
| ನಾವು '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಸುಲಭವಾಗಿ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದಾಗಿದೆ. ಆದರೆ ಅದು ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ. | | ನಾವು '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಸುಲಭವಾಗಿ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದಾಗಿದೆ. ಆದರೆ ಅದು ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 05: 56 | + | | 05:56 |
| ಕೆಲವು ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು, ಇನ್ನುಳಿದ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳು ಹೊಂದಿರದ ಮಾಹಿತಿಯು ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ. | | ಕೆಲವು ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು, ಇನ್ನುಳಿದ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳು ಹೊಂದಿರದ ಮಾಹಿತಿಯು ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ. | ||
|- | |- | ||
| − | | 06: 02 | + | | 06:02 |
| ಉದಾಹರಣೆಗೆ: ನಾವು 'GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಇದರ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ (ರಿವರ್ಸ್) ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. | | ಉದಾಹರಣೆಗೆ: ನಾವು 'GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಇದರ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ (ರಿವರ್ಸ್) ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 09 | + | | 06:09 |
| ಹಾಗೆಯೇ, ನಾವು ಒಂದು 'FASTQ' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, 'FASTA' ಫೈಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು ಆದರೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. | | ಹಾಗೆಯೇ, ನಾವು ಒಂದು 'FASTQ' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, 'FASTA' ಫೈಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು ಆದರೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 15 | + | | 06:15 |
| '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, '''help''' ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | | '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, '''help''' ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 21 | + | | 06:21 |
| '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 24 | + | | 06:24 |
| ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಗೆ ಹಿಂತಿರುಗಲು, ಕೀ ಬೋರ್ಡ್ ನಲ್ಲಿಯ 'q' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಗೆ ಹಿಂತಿರುಗಲು, ಕೀ ಬೋರ್ಡ್ ನಲ್ಲಿಯ 'q' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 28 | + | | 06:28 |
| '''GenBank''' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, 'ಎಚ್ಐವಿ ಜೀನೋಮ್' ನಿಂದ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್ ಗಳನ್ನು ನಾವು ಹೊರತೆಗೆಯಬಹುದು. | | '''GenBank''' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, 'ಎಚ್ಐವಿ ಜೀನೋಮ್' ನಿಂದ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್ ಗಳನ್ನು ನಾವು ಹೊರತೆಗೆಯಬಹುದು. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 35 | + | | 06:35 |
| ಈ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್ ಗಳನ್ನು, 'FASTA' ಅಥವಾ ಇತರ ಯಾವುದೇ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಬಹುದು. | | ಈ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್ ಗಳನ್ನು, 'FASTA' ಅಥವಾ ಇತರ ಯಾವುದೇ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಬಹುದು. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 41 | + | | 06:41 |
| ಇದಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | | ಇದಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 47 | + | | 06:47 |
| ಈ ಕೋಡ್, ಎಲ್ಲ ಪ್ರತ್ಯೇಕ '''CDS''' (ಸಿಡಿಎಸ್) ಜೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು, ಅವುಗಳ '''id''' ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು 'ಜೀನ್' ನ ಹೆಸರನ್ನು ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಬರೆಯುತ್ತದೆ. | | ಈ ಕೋಡ್, ಎಲ್ಲ ಪ್ರತ್ಯೇಕ '''CDS''' (ಸಿಡಿಎಸ್) ಜೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು, ಅವುಗಳ '''id''' ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು 'ಜೀನ್' ನ ಹೆಸರನ್ನು ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಬರೆಯುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 06: 56 | + | | 06:56 |
| ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, "HIV_geneseq.fasta" ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, "HIV_geneseq.fasta" ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 07:07 | | 07:07 | ||
| ನಾವು 'ಬಯೋಪೈಥನ್' ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು. | | ನಾವು 'ಬಯೋಪೈಥನ್' ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 07: 12 | + | | 07:12 |
| ಇಲ್ಲಿ, ನಾನು “hemoglobin.fasta” ಎಂಬ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆದಿದ್ದೇನೆ. ಇದು ಆರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. | | ಇಲ್ಲಿ, ನಾನು “hemoglobin.fasta” ಎಂಬ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆದಿದ್ದೇನೆ. ಇದು ಆರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 07: 19 | + | | 07:19 |
| ಪ್ರತಿಯೊಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಉದ್ದವು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ. | | ಪ್ರತಿಯೊಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಉದ್ದವು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 07:23 | | 07:23 | ||
| ಅತ್ಯಂತ ಉದ್ದ ಇರುವ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಮೊದಲು ಇರಿಸಲು, ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | | ಅತ್ಯಂತ ಉದ್ದ ಇರುವ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಮೊದಲು ಇರಿಸಲು, ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 07: 27 | + | | 07:27 |
| ವಿಂಗಡಿಸಲಾದ (sorted ) ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ ಹೊಸ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು "sorted_hemoglobin.fasta" ಎಂದು, ನಿಮ್ಮ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. | | ವಿಂಗಡಿಸಲಾದ (sorted ) ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ ಹೊಸ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು "sorted_hemoglobin.fasta" ಎಂದು, ನಿಮ್ಮ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 07: 38 | + | | 07:38 |
| ಚಿಕ್ಕ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಇರಿಸಲು, '''records.sort''' ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್ ನಲ್ಲಿ, ಆರ್ಗ್ಯೂಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ (ರಿವರ್ಸ್) ಇರಿಸಿ. | | ಚಿಕ್ಕ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಇರಿಸಲು, '''records.sort''' ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್ ನಲ್ಲಿ, ಆರ್ಗ್ಯೂಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ (ರಿವರ್ಸ್) ಇರಿಸಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 07:45 | | 07:45 | ||
| ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ನಾವು: ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು, | | ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ನಾವು: ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು, | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 07: 51 | + | | 07:51 |
| 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು, | | 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು, | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 07: 58 | + | | 07:58 |
| '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲು, | | '''convert''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲು, | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 08: 03 | + | | 08:03 |
| ಮತ್ತು, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. | | ಮತ್ತು, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| 08:07 | | 08:07 | ||
| ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ - | | ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ - | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 08: 09 | + | | 08:09 |
|HIV ಯ 'ಜೆನೊಮಿಕ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಿಂದ, 4587 ರಿಂದ 5165 ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ, ಜೀನ್ "HIV1gp3" ಯನ್ನು (ಎಚ್ಐವಿ 1 ಜಿಪಿ 3) ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | |HIV ಯ 'ಜೆನೊಮಿಕ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಿಂದ, 4587 ರಿಂದ 5165 ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ, ಜೀನ್ "HIV1gp3" ಯನ್ನು (ಎಚ್ಐವಿ 1 ಜಿಪಿ 3) ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 08: 21 | + | | 08:21 |
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಕೋಡ್ ಫೈಲ್ ಗಳಲ್ಲಿ, "HIV.gb" ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ. | | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಕೋಡ್ ಫೈಲ್ ಗಳಲ್ಲಿ, "HIV.gb" ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ. | ||
| − | | - | + | |- |
| − | | 08: 28 | + | | 08:28 |
| ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. | | ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. | ||
|- | |- | ||
Latest revision as of 20:50, 19 July 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. 'Writing Sequence Files ಎಂಬ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸ್ವಾಗತ. |
| 00:07 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ಸ್' ಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ರಚಿಸುವುದು, |
| 00:13 | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯುವುದು, |
| 00:15 | 'ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್' ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು |
| 00:19 | ಮತ್ತು, ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು, ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸುವುದು (sort) ಇವುಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಕಲಿಯುವೆವು. |
| 00:23 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸಲು, ನೀವು |
| 00:27 | ಪದವಿಪೂರ್ವ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ |
| 00:31 | ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ Python (ಪೈಥನ್) ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇವುಗಳನ್ನು ತಿಳಿದಿರಬೇಕು. |
| 00:34 | ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಪೈಥನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ. |
| 00:38 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು Ubuntu OS ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:45 | Python ನ 2.7.8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:48 | Ipython interpreter ನ (ಐ ಪೈಥನ್ ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್) 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಮತ್ತು Biopython ನ 1.64 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಇವುಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. |
| 00:55 | ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲಿಕ್ಕಾಗಿ, parse ಮತ್ತು read ಎಂಬ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಈಗಾಗಲೇ ನಾವು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. |
| 01:03 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು write 'ಫಂಕ್ಷನ್' ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸುವುದು |
| 01:09 | ಮತ್ತು, Convert ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ, ವಿವಿಧ 'ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್' ಗಳನ್ನು ಒಂದರಿಂದ ಇನ್ನೊಂದಕ್ಕೆ ಬದಲಾಯಿಸಲು ನಾವು ಕಲಿಯುತ್ತೇವೆ. |
| 01:16 | write ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸಬೇಕು ಎಂಬುದನ್ನು ಈಗ ನಾನು ತೋರಿಸುತ್ತೇನೆ. |
| 01:20 | ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನೊಂದಿಗೆ, ಇಲ್ಲಿ ಒಂದು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಫೈಲ್ ಇದೆ. |
| 01:24 | 'ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್' ನ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. |
| 01:28 | ಫೈಲ್, GI ಆಕ್ಸೆಶನ್ ನಂಬರ್ (GI accession number) ಮತ್ತು description ಗಳಂತಹ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿದೆ. |
| 01:36 | ಈಗ ನಾವು ಈ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಒಂದು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುತ್ತೇವೆ. |
| 01:41 | ಇಲ್ಲಿ, 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಮೊದಲ ಹಂತವಾಗಿದೆ. |
| 01:45 | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿ: |
| 01:49 | ಇದು ' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್' ಗಾಗಿ ಬೇಸಿಕ್ ಡೇಟಾ ಟೈಪ್ ಆಗಿದೆ. |
| 01:55 | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, identifier ಮತ್ತು description ಗಳಂತಹ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. |
| 02:04 | Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀ ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. |
| 02:10 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: ipython ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:15 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: |
| 02:18 | from Bio dot Seq ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import Seq ಕ್ಲಾಸ್. |
| 02:24 | from Bio dot SeqRecord ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import Sequence Record ಕ್ಲಾಸ್. |
| 02:31 | ನಂತರ, from Bio dot Alphabet ಮೊಡ್ಯೂಲ್, import generic protein ಕ್ಲಾಸ್. |
| 02:38 | ಆಮೇಲೆ, ನಾನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು record1 ಎಂಬ ವೇರಿಯಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡುವೆನು. |
| 02:45 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಫೈಲ್ ನಿಂದ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, id (ಐಡಿ) ಮತ್ತು description ಗಳನ್ನು ಕಾಪಿ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನುಟರ್ಮಿನಲ್ ನಲ್ಲಿ ಆಯಾ ಸಾಲುಗಳಲ್ಲಿ ಪೇಸ್ಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 02:56 | Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:58 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು, record1 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:02 | Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 03:04 | ಔಟ್ಪುಟ್, 'ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 03:10 | ಇದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು id ಮತ್ತು description ಗಳೊಂದಿಗೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 03:13 | ಮೇಲಿನ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು ನಾವು write ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. |
| 03:21 | Bio package ನಿಂದ SeqIO module ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:26 | ನಂತರ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು, 'ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್' ಅನ್ನು write ಫಂಕ್ಷನ್ ನೊಂದಿಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:40 | write ಫಂಕ್ಷನ್, 3 'ಆರ್ಗ್ಯುಮೆಂಟ್' ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. |
| 03:44 | ಮೊದಲನೆಯದು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡುವ ವೇರಿಯಬಲ್ ಆಗಿದೆ. |
| 03:49 | ಎರಡನೆಯದು, FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬರೆಯಬೇಕಾದ ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರು ಆಗಿದೆ. |
| 03:54 | ಮೂರನೆಯದು, ಬರೆಯಲು ಬೇಕಾಗಿರುವ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಆಗಿದೆ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 03:58 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಒಂದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಅಂದರೆ, ನಾವು ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿದ್ದೇವೆ. |
| 04:07 | FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ "example.fasta" ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಾಲಾಗಿದೆ. |
| 04:13 | ನಾನು ನಿಮ್ಮನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಎಚ್ಚರಿಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. ಔಟ್ಪುಟ್, ಇದೇ ಹೆಸರಿನ ಫೈಲ್ ಈಗಾಗಲೇ ಇದ್ದರೆ, ಅದರ ಮೇಲೆಯೇ ಬರೆದುಬಿಡುತ್ತದೆ. |
| 04:18 | ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು, home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಫೈಲ್ ಗೆ ನ್ಯಾವಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 04:24 | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯಿರಿ. |
| 04:27 | ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್, ಈಗ FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿದೆ. |
| 04:31 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. |
| 04:33 | ಅನೇಕ 'ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್' ಟೂಲ್ ಗಳು, ವಿಭಿನ್ನ ಇನ್ಪುಟ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. |
| 04:38 | ಹೀಗಾಗಿ, ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಪರಸ್ಪರ ಬದಲಾಯಿಸುವ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. |
| 04:44 | SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿ, convert ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಫೈಲ್ ಪರಿವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ನಾವು ಮಾಡಬಹುದು. |
| 04:50 | ಪ್ರದರ್ಶನಕ್ಕಾಗಿ, ನಾನು ಒಂದು GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು 'FASTA' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತೇನೆ. |
| 04:55 | ನನ್ನ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು GenBank ಫೈಲ್ ಇದೆ. |
| 04:59 | ನಾನು ಇದನ್ನು ಒಂದು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯುತ್ತೇನೆ. |
| 05:02 | ಫೈಲ್, GenBank (ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್) ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, HIV genome ಅನ್ನು (ಎಚ್ಐವಿ ಜೀನೋಮ್) ಹೊಂದಿದೆ. |
| 05:07 | ಈ 'ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್' ಫೈಲ್, 'ಜೀನೋಮ್' ನಲ್ಲಿಯ ಎಲ್ಲಾ ಜೀನ್ ಗಳ ವಿವರಣೆಗಳನ್ನು, ಫೈಲ್ ನ ಮೊದಲ ಭಾಗದಲ್ಲಿ, ಹೊಂದಿದೆ. |
| 05:14 | ನಂತರ, ಇದು ಸಂಪೂರ್ಣವಾದ 'ಜೀನೋಮ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. |
| 05:18 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. ಟರ್ಮಿನಲ್ ನಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 05:23 | ಇಲ್ಲಿ, convert ಫಂಕ್ಷನ್, 'ಜೆನ್ ಬ್ಯಾಂಕ್' ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸಂಪೂರ್ಣ 'ಜೀನೋಮ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು 'FASTA' ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತದೆ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 05:33 | 'FASTA' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಹೊಸ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ಈಗ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, 'HIV.fasta' ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. |
| 05:39 | ನ್ಯಾವಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ ಈ ಫೈಲ್ ಗೆ ಹೋಗಿ ಮತ್ತು ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ತೆರೆಯಿರಿ. |
| 05:46 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಮುಚ್ಚಿ. |
| 05:49 | ನಾವು convert ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಸುಲಭವಾಗಿ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದಾಗಿದೆ. ಆದರೆ ಅದು ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ. |
| 05:56 | ಕೆಲವು ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು, ಇನ್ನುಳಿದ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳು ಹೊಂದಿರದ ಮಾಹಿತಿಯು ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ. |
| 06:02 | ಉದಾಹರಣೆಗೆ: ನಾವು 'GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು FASTA ಫೈಲ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಇದರ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ (ರಿವರ್ಸ್) ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. |
| 06:09 | ಹಾಗೆಯೇ, ನಾವು ಒಂದು 'FASTQ' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, 'FASTA' ಫೈಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು ಆದರೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. |
| 06:15 | convert ಫಂಕ್ಷನ್ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, help ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 06:21 | Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 06:24 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಗೆ ಹಿಂತಿರುಗಲು, ಕೀ ಬೋರ್ಡ್ ನಲ್ಲಿಯ 'q' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 06:28 | GenBank ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, 'ಎಚ್ಐವಿ ಜೀನೋಮ್' ನಿಂದ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್ ಗಳನ್ನು ನಾವು ಹೊರತೆಗೆಯಬಹುದು. |
| 06:35 | ಈ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್ ಗಳನ್ನು, 'FASTA' ಅಥವಾ ಇತರ ಯಾವುದೇ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
| 06:41 | ಇದಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 06:47 | ಈ ಕೋಡ್, ಎಲ್ಲ ಪ್ರತ್ಯೇಕ CDS (ಸಿಡಿಎಸ್) ಜೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು, ಅವುಗಳ id ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು 'ಜೀನ್' ನ ಹೆಸರನ್ನು ಒಂದು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಬರೆಯುತ್ತದೆ. |
| 06:56 | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, "HIV_geneseq.fasta" ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 07:07 | ನಾವು 'ಬಯೋಪೈಥನ್' ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು. |
| 07:12 | ಇಲ್ಲಿ, ನಾನು “hemoglobin.fasta” ಎಂಬ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆದಿದ್ದೇನೆ. ಇದು ಆರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. |
| 07:19 | ಪ್ರತಿಯೊಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಉದ್ದವು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ. |
| 07:23 | ಅತ್ಯಂತ ಉದ್ದ ಇರುವ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಮೊದಲು ಇರಿಸಲು, ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 07:27 | ವಿಂಗಡಿಸಲಾದ (sorted ) ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ ಹೊಸ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು "sorted_hemoglobin.fasta" ಎಂದು, ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. |
| 07:38 | ಚಿಕ್ಕ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಇರಿಸಲು, records.sort ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್ ನಲ್ಲಿ, ಆರ್ಗ್ಯೂಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ (ರಿವರ್ಸ್) ಇರಿಸಿ. |
| 07:45 | ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ನಾವು: ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು, |
| 07:51 | 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ write ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲು, |
| 07:58 | convert ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲು, |
| 08:03 | ಮತ್ತು, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಅನುಸಾರವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. |
| 08:07 | ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ - |
| 08:09 | HIV ಯ 'ಜೆನೊಮಿಕ್' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಿಂದ, 4587 ರಿಂದ 5165 ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ, ಜೀನ್ "HIV1gp3" ಯನ್ನು (ಎಚ್ಐವಿ 1 ಜಿಪಿ 3) ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 08:21 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಕೋಡ್ ಫೈಲ್ ಗಳಲ್ಲಿ, "HIV.gb" ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ. |
| 08:28 | ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. |
| 08:43 | ಈ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿರುವ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 08:48 | ದಯವಿಟ್ಟು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಿ. ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಟೀಮ್, ಕಾರ್ಯಶಾಲೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆನ್ಲೈನ್ ಟೆಸ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ತೇರ್ಗಡೆಯಾದವರಿಗೆ ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಕೊಡುತ್ತದೆ. |
| 08:57 | ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ. |
| 09:00 | ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್, ರಾಷ್ಟ್ರಿಯ ಸಾಕ್ಷರತಾ ಮಿಷನ್ ICT, MHRD ಮೂಲಕ ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದ ಆಧಾರವನ್ನು ಪಡೆದಿದೆ. |
| 09:06 | ಈ ಮಿಶನ್ ನ ಬಗೆಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಇಲ್ಲಿ ಇರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. |
| 09:10 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ IIT Bombay ಯಿಂದ ಸಂಧ್ಯಾ ಪುಣೇಕರ್ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ ನವೀನ್ ಭಟ್, ಉಪ್ಪಿನಪಟ್ಟಣ. ಧನ್ಯವಾದಗಳು. |
