Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Bengali"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Chimera তে Surface Properties এর এই টিউটোরিয়ালে আপনা...") |
|||
Line 1: | Line 1: | ||
{| border=1 | {| border=1 | ||
− | + | | <center>Time</center> | |
− | + | | <center>Narration</center> | |
|- | |- | ||
| 00:01 | | 00:01 | ||
− | |Chimera তে Surface Properties এর | + | | Chimera তে Surface Properties এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
|- | |- | ||
| 00:06 | | 00:06 | ||
− | |এখানে আমরা শিখব | + | | এখানে আমরা শিখব: প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখানো। |
|- | |- | ||
− | | 00:12 | + | |00:12 |
− | | | + | | অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল দ্বারা রঙ করা প্রোটিন সার্ফেসের ইমেজ বানানো। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | |00:22 |
− | | | + | | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে। |
− | + | না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান। | |
− | + | ||
− | + | ||
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:33 |
− | | | + | | এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2 |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | |00:42 |
− | | | + | | মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:49 |
− | | | + | | এখানে আমি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:52 |
− | | | + | | কমান্ড লাইন দ্বারা RTX CPD টক্সিনের একটি স্ট্রাকচার খুলুন। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | |00:58 |
− | | | + | | Favorites মেনু দ্বারা কমান্ড লাইন খুলুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |01:02 |
− | | | + | | কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: Open space 3eeb |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | |01:10 |
− | | | + | | 3eeb হল RTX CPD টক্সিনের pdb কোড। এন্টার টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:18 |
− | | | + | | প্রোটিন স্ট্রাকচারটি প্যানেলে দেখায়। এতে প্রোটিনের দুটি কপি রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:26 |
− | | | + | | কপিগুলির একটি মুছে ফেলতে কমান্ড লাইনে কমান্ডস লিখুন, যা হল chain A. |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:33 |
− | | | + | | কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: delete colon dot a. এন্টার টিপুন। |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:43 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন, এনজাইমের একটি কপি মুছে ফেলা হয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:48 |
− | | | + | | Protease ডোমেন ligand inositol hexakisphosphate এ আবদ্ধ। |
− | + | সংক্ষেপে, IHP এবং Sodium আয়ন। | |
− | + | ||
− | + | ||
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:58 |
− | | | + | | এরপর, সলভেন্ট অণু মুছে ফেলুন, যা লিগ্যান্ডের কাছে লাল ডটস হিসাবে উপস্থিত। |
− | + | লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন। | |
− | + | ||
− | + | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:09 |
− | | | + | | সোডিয়াম আয়ন মুছতে যা Ligand এর সাথে উপস্থিত, |
+ | লিখুন: delete ions. এন্টার টিপুন। | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:19 |
− | | | + | | এখন Presets বিকল্প দ্বারা প্রোটিনের স্ট্রাকচার দেখাতে পারি। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:25 |
− | | | + | | মেনু বারে Presets বিকল্পে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | |02:29 |
− | | | + | | Interactive 3, hydrophobicity surface চয়ন করুন। |
− | + | ||
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:34 |
− | | | + | | এটি amino acid hydrophobicity দ্বারা কলর করা মলিকিউল সার্ফেস দেখাবে। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | |02:41 |
− | | | + | | সর্বাধিক পোলার রেসিডিউয়ের জন্য নীল। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | |02:45 |
− | | | + | | সবচেয়ে হাইড্রোফোবিকের জন্য কমলা লাল এবং নিউট্রাল রেসিডিউয়ের জন্য সাদা। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | |02:52 |
− | | | + | | প্রোটিন সাধারণত তাদের সার্ফেস রিজিয়ন দ্বারা অন্যান্য প্রোটিন এবং অণুর সাথে যোগাযোগ করে। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:59 |
− | | | + | | আণবিক সার্ফেস দ্বারা প্রোটিনের প্রতিনিধিত্ব প্রোটিন ফোল্ডিং এর অধ্যয়নে সাহায্য করে। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:06 |
− | | | + | | জৈব মলিকিউল স্বীকৃতির পূর্বাভাস। |
|- | |- | ||
− | | | + | |03:09 |
− | | | + | | drug binding cavities এবং Molecular Graphics সনাক্তকরণ। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:15 |
− | | | + | | Chimera উইন্ডোতে ফিরে যাওয়া। |
|- | |- | ||
− | | | + | |03:18 |
− | | | + | | এরপর, প্রোটিনের জন্য ইলেকট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:24 |
− | | | + | | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Surface\Binding Analysis এ স্ক্রোল করুন। |
|- | |- | ||
− | |03: | + | | 03:30 |
− | | | + | | সাব-মেনু থেকে, coulombic surface coloring চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:36 |
− | | | + | | Coulombic Surface Coloring ডায়লগ বাক্স খোলে। |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:41 |
− | | | + | | রঙ এবং সংশ্লিষ্ট ভ্যালু বদলাতে পারে। |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
|- | |- | ||
| 03:45 | | 03:45 | ||
− | | | + | | ডিফল্ট সেটিংস বেশিরভাগ সময় ভাল কাজ করে। OK বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
| 03:51 | | 03:51 | ||
− | | | + | | প্যানেলে, প্রোটিন electrostatic potential surface দেখাচ্ছে। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | |03:57 |
− | | | + | | নেগেটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য লাল রঙ, পজিটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য নীল এবং নিউট্রালের জন্য সাদা। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | | 04:07 |
− | | | + | | এখন প্রকাশনা, উপস্থাপনা ইত্যাদির জন্য উচ্চমানের ইমেজ বানানো দেখি। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | |04:14 |
− | | | + | | Set attribute কমান্ড ব্যবহার করে inositol ligand এর স্টিক একটু পুরু করুন। |
+ | |||
+ | setattr space m space stickScale 2. Enter টিপুন। | ||
|- | |- | ||
− | | 04: | + | | 04:35 |
− | | | + | |ভালো ইমেজ সেটিংসের জন্য publication preset ব্যবহার করুন। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | |04:40 |
− | | | + | | আবার Presets মেনু স্ক্রোল করুন, Publication 1 চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | | 04:45 |
− | | | + | | এটি সাদা ব্যাকগ্রাউন্ড, কালো আউটলাইন এবং বর্ধিত প্রান্তের মসৃণতা সহ একটি ইমেজ বানাবে। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | | 04:54 |
− | | | + | | এই সময়ে, আমরা অন্যান্য প্যারামিটার যেমন লাইনের বেধ, লাইটিং ইত্যাদি সমন্বয় করতে পারি। |
|- | |- | ||
| 05:02 | | 05:02 | ||
− | | | + | | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং Viewing Controls এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
| 05:08 | | 05:08 | ||
− | | | + | | সাব-মেনু থেকে lighting এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 05: | + | | 05:11 |
− | | | + | | ভিন্ন ভিউ সেটিংস বদলাতে ট্যাব সহ একটি Viewing উইন্ডো খোলে: |
|- | |- | ||
− | | 05: | + | | 05:16 |
− | | | + | | যেমন Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting. |
|- | |- | ||
− | | 05: | + | | 05:23 |
− | | | + | | lightings বিকল্পে, একটি সহজ লাইনের অঙ্কন দেখতে, mode বোতামে ক্লিক করুন, তালিকা থেকে ambient চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | 05: | + | | 05:34 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। |
|- | |- | ||
− | | 05: | + | | 05:36 |
− | | | + | | ডিফল্ট লাইটিং মোড পুনরুদ্ধার করতে, Two-point বিকল্প চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:42 |
− | | | + | | উইন্ডো বন্ধ করতে close বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:46 |
− | | | + | | File মেনুতে Save image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:51 |
− | | | + | | এখন DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস উপস্থাপনা দেখি। |
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 05:56 |
− | | | + | | বর্তমান সেশন বন্ধ করুন। File মেনুতে ক্লিক করুন। নীচে স্ক্রোল করুন এবং Close Session বিকল্পে ক্লিক করুন। |
+ | |- | ||
+ | | 06:04 | ||
+ | | গ্রাফিক্স উইন্ডো খুলুন। কমান্ড লাইন দ্বারা DNA স্ট্রাকচার আনয়ন করুন। | ||
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 06:11 |
− | | | + | | কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: open 1d86, এন্টার টিপুন। |
+ | |||
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 06:20 |
− | | | + | | স্ট্রাকচারটি netropsin অণুর সাথে আবদ্ধ ডাবল হেলিকাল DNA. |
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 06:27 |
− | | | + | |Netropsin হল antibiotic এবং antiviral বৈশিষ্ট্যের সাথে একটি polyamide. |
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 06:34 |
− | | | + | | প্রাথমিকভাবে এই স্ট্রাকচার ribbons হিসাবে দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 06:39 |
− | | | + | | nucleic acid sugars এবং bases, tube এবং slab উপস্থাপনা হিসাবে দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | 06: | + | | 06:46 |
− | | | + | | presets মেনুটি স্ক্রোল করুন এবং interactive 2 বিকল্পে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:53 |
− | | | + | | এটি DNA কে wire এবং netropsin কে spheres হিসাবে দেখাবে। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:59 |
− | | | + | | সলভেন্ট মুছে ফেলতে কমান্ড লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | 07: | + | | 07:09 |
− | | | + | | এই স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখাতে, Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। |
+ | |||
+ | সাব-মেনু থেকে, show চয়ন করুন। | ||
|- | |- | ||
− | | 07: | + | | 07:20 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। DNA স্ট্রাকচার এখন সার্ফেসের সাথে দেখায়। |
|- | |- | ||
| 07:27 | | 07:27 | ||
− | | | + | | মেজর groove এবং মাইনর groove স্পষ্টরূপে ছবিতে দেখায়। |
|- | |- | ||
− | |07:33 | + | | 07:33 |
− | | | + | | ligand, nitropsin মাইনর groove এ আবদ্ধ দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | 07: | + | |07:38 |
− | | | + | | সার্ফেস দেখানোর 3 টি ভিন্ন উপায় রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | 07: | + | | 07:41 |
− | | | + | | Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। সাব-মেনুতে 3 টি বিকল্প রয়েছে: Solid, mesh এবং dot. |
|- | |- | ||
| 07:52 | | 07:52 | ||
− | | | + | | ডিফল্টরূপে, সার্ফেস solid হিসাবে দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | 07: | + | | 07:57 |
− | | | + | | মেশ সার্ফেস দেখতে mesh এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:02 |
− | | | + | | ডট সার্ফেস দেখতে dot এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:07 |
− | | | + | | সলিড সার্ফেসে ফিরে ফিরে solid এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | |08: | + | | 08:11 |
− | | | + | | আমরা সলিড সার্ফেসের জন্য স্বচ্ছতার মাত্রা সামঞ্জস্য করতে পারি। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:16 |
− | | | + | | আবার Actions মেনুতে যান, Surface এ ক্লিক করুন। |
+ | |||
+ | |- | ||
+ | | 08:20 | ||
+ | | Transparency বিকল্প চয়ন করুন এবং percentage বিকল্প চয়ন করুন। | ||
|- | |- | ||
| 08:25 | | 08:25 | ||
− | | | + | | বর্ণনের জন্য জন্য, আমি 50% চয়ন করব। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:29 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। |
|- | |- | ||
| 08:31 | | 08:31 | ||
− | | | + | | সার্ফেসে একটি ভিন্ন রঙ দিতে: Actions মেনুতে Color বিকল্পে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং all options এ ক্লিক করুন। |
+ | |||
|- | |- | ||
− | |08: | + | | 08:41 |
− | | | + | | একটি color Actions ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:45 |
− | | | + | | coloring applies to সেটিংকে surfaces এ বদলান। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:51 |
− | | | + | | surfaces এর পাশে রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 08: | + | | 08:55 |
− | | | + | | কলর প্যানেল থেকে যে কোনো রঙে ক্লিক করুন। আমি dim gray চয়ন করব। |
|- | |- | ||
− | | 09: | + | | 09:02 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। পৃষ্ঠের রঙ এখন dim gray তে বদলে গেছে। |
+ | |||
+ | ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। | ||
|- | |- | ||
− | | 09: | + | | 09:11 |
− | | | + | | File মেনুতে Save Image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন। |
− | |||
|- | |- | ||
− | | 09: | + | | 09:16 |
− | | | + | | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো শিখেছি। |
− | + | |- | |
+ | | 09:30 | ||
+ | | ভিন্ন ভিউইং সেটিংস দ্বারা প্রকাশনার জন্য উচ্চ মানের ইমেজ বানানো। | ||
|- | |- | ||
− | |09: | + | | 09:37 |
− | | | + | | এখন, অনুশীলনী হিসাবে: human hemoglobin (pdb code: 2dn1) স্ট্রাকটারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি সার্ফেস এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখান। |
|- | |- | ||
− | | 09: | + | | 09:51 |
− | | | + | |hem ligand কে সবুজ রঙ করুন। আপনার সম্পন্ন কাজ এইরকম হওয়া উচিত। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:11 |
− | | | + | | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
+ | |- | ||
+ | | 10:18 | ||
+ | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। | ||
+ | |- | ||
+ | | 10:28 | ||
+ | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | | 10:39 | ||
+ | | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। | ||
|} | |} |
Latest revision as of 16:40, 31 October 2018
|
|
00:01 | Chimera তে Surface Properties এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:06 | এখানে আমরা শিখব: প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখানো। |
00:12 | অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল দ্বারা রঙ করা প্রোটিন সার্ফেসের ইমেজ বানানো। |
00:22 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে।
না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান। |
00:33 | এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2 |
00:42 | মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
00:49 | এখানে আমি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
00:52 | কমান্ড লাইন দ্বারা RTX CPD টক্সিনের একটি স্ট্রাকচার খুলুন। |
00:58 | Favorites মেনু দ্বারা কমান্ড লাইন খুলুন। |
01:02 | কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: Open space 3eeb |
01:10 | 3eeb হল RTX CPD টক্সিনের pdb কোড। এন্টার টিপুন। |
01:18 | প্রোটিন স্ট্রাকচারটি প্যানেলে দেখায়। এতে প্রোটিনের দুটি কপি রয়েছে। |
01:26 | কপিগুলির একটি মুছে ফেলতে কমান্ড লাইনে কমান্ডস লিখুন, যা হল chain A. |
01:33 | কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: delete colon dot a. এন্টার টিপুন। |
01:43 | প্যানেলটি দেখুন, এনজাইমের একটি কপি মুছে ফেলা হয়েছে। |
01:48 | Protease ডোমেন ligand inositol hexakisphosphate এ আবদ্ধ।
সংক্ষেপে, IHP এবং Sodium আয়ন। |
01:58 | এরপর, সলভেন্ট অণু মুছে ফেলুন, যা লিগ্যান্ডের কাছে লাল ডটস হিসাবে উপস্থিত।
লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন। |
02:09 | সোডিয়াম আয়ন মুছতে যা Ligand এর সাথে উপস্থিত,
লিখুন: delete ions. এন্টার টিপুন। |
02:19 | এখন Presets বিকল্প দ্বারা প্রোটিনের স্ট্রাকচার দেখাতে পারি। |
02:25 | মেনু বারে Presets বিকল্পে ক্লিক করুন। |
02:29 | Interactive 3, hydrophobicity surface চয়ন করুন। |
02:34 | এটি amino acid hydrophobicity দ্বারা কলর করা মলিকিউল সার্ফেস দেখাবে। |
02:41 | সর্বাধিক পোলার রেসিডিউয়ের জন্য নীল। |
02:45 | সবচেয়ে হাইড্রোফোবিকের জন্য কমলা লাল এবং নিউট্রাল রেসিডিউয়ের জন্য সাদা। |
02:52 | প্রোটিন সাধারণত তাদের সার্ফেস রিজিয়ন দ্বারা অন্যান্য প্রোটিন এবং অণুর সাথে যোগাযোগ করে। |
02:59 | আণবিক সার্ফেস দ্বারা প্রোটিনের প্রতিনিধিত্ব প্রোটিন ফোল্ডিং এর অধ্যয়নে সাহায্য করে। |
03:06 | জৈব মলিকিউল স্বীকৃতির পূর্বাভাস। |
03:09 | drug binding cavities এবং Molecular Graphics সনাক্তকরণ। |
03:15 | Chimera উইন্ডোতে ফিরে যাওয়া। |
03:18 | এরপর, প্রোটিনের জন্য ইলেকট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো। |
03:24 | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Surface\Binding Analysis এ স্ক্রোল করুন। |
03:30 | সাব-মেনু থেকে, coulombic surface coloring চয়ন করুন। |
03:36 | Coulombic Surface Coloring ডায়লগ বাক্স খোলে। |
03:41 | রঙ এবং সংশ্লিষ্ট ভ্যালু বদলাতে পারে। |
03:45 | ডিফল্ট সেটিংস বেশিরভাগ সময় ভাল কাজ করে। OK বোতামে ক্লিক করুন। |
03:51 | প্যানেলে, প্রোটিন electrostatic potential surface দেখাচ্ছে। |
03:57 | নেগেটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য লাল রঙ, পজিটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য নীল এবং নিউট্রালের জন্য সাদা। |
04:07 | এখন প্রকাশনা, উপস্থাপনা ইত্যাদির জন্য উচ্চমানের ইমেজ বানানো দেখি। |
04:14 | Set attribute কমান্ড ব্যবহার করে inositol ligand এর স্টিক একটু পুরু করুন।
setattr space m space stickScale 2. Enter টিপুন। |
04:35 | ভালো ইমেজ সেটিংসের জন্য publication preset ব্যবহার করুন। |
04:40 | আবার Presets মেনু স্ক্রোল করুন, Publication 1 চয়ন করুন। |
04:45 | এটি সাদা ব্যাকগ্রাউন্ড, কালো আউটলাইন এবং বর্ধিত প্রান্তের মসৃণতা সহ একটি ইমেজ বানাবে। |
04:54 | এই সময়ে, আমরা অন্যান্য প্যারামিটার যেমন লাইনের বেধ, লাইটিং ইত্যাদি সমন্বয় করতে পারি। |
05:02 | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং Viewing Controls এ ক্লিক করুন। |
05:08 | সাব-মেনু থেকে lighting এ ক্লিক করুন। |
05:11 | ভিন্ন ভিউ সেটিংস বদলাতে ট্যাব সহ একটি Viewing উইন্ডো খোলে: |
05:16 | যেমন Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting. |
05:23 | lightings বিকল্পে, একটি সহজ লাইনের অঙ্কন দেখতে, mode বোতামে ক্লিক করুন, তালিকা থেকে ambient চয়ন করুন। |
05:34 | প্যানেলটি দেখুন। |
05:36 | ডিফল্ট লাইটিং মোড পুনরুদ্ধার করতে, Two-point বিকল্প চয়ন করুন। |
05:42 | উইন্ডো বন্ধ করতে close বোতামে ক্লিক করুন। |
05:46 | File মেনুতে Save image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন। |
05:51 | এখন DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস উপস্থাপনা দেখি। |
05:56 | বর্তমান সেশন বন্ধ করুন। File মেনুতে ক্লিক করুন। নীচে স্ক্রোল করুন এবং Close Session বিকল্পে ক্লিক করুন। |
06:04 | গ্রাফিক্স উইন্ডো খুলুন। কমান্ড লাইন দ্বারা DNA স্ট্রাকচার আনয়ন করুন। |
06:11 | কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: open 1d86, এন্টার টিপুন। |
06:20 | স্ট্রাকচারটি netropsin অণুর সাথে আবদ্ধ ডাবল হেলিকাল DNA. |
06:27 | Netropsin হল antibiotic এবং antiviral বৈশিষ্ট্যের সাথে একটি polyamide. |
06:34 | প্রাথমিকভাবে এই স্ট্রাকচার ribbons হিসাবে দেখায়। |
06:39 | nucleic acid sugars এবং bases, tube এবং slab উপস্থাপনা হিসাবে দেখায়। |
06:46 | presets মেনুটি স্ক্রোল করুন এবং interactive 2 বিকল্পে ক্লিক করুন। |
06:53 | এটি DNA কে wire এবং netropsin কে spheres হিসাবে দেখাবে। |
06:59 | সলভেন্ট মুছে ফেলতে কমান্ড লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন। |
07:09 | এই স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখাতে, Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন।
সাব-মেনু থেকে, show চয়ন করুন। |
07:20 | প্যানেলটি দেখুন। DNA স্ট্রাকচার এখন সার্ফেসের সাথে দেখায়। |
07:27 | মেজর groove এবং মাইনর groove স্পষ্টরূপে ছবিতে দেখায়। |
07:33 | ligand, nitropsin মাইনর groove এ আবদ্ধ দেখায়। |
07:38 | সার্ফেস দেখানোর 3 টি ভিন্ন উপায় রয়েছে। |
07:41 | Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। সাব-মেনুতে 3 টি বিকল্প রয়েছে: Solid, mesh এবং dot. |
07:52 | ডিফল্টরূপে, সার্ফেস solid হিসাবে দেখায়। |
07:57 | মেশ সার্ফেস দেখতে mesh এ ক্লিক করুন। |
08:02 | ডট সার্ফেস দেখতে dot এ ক্লিক করুন। |
08:07 | সলিড সার্ফেসে ফিরে ফিরে solid এ ক্লিক করুন। |
08:11 | আমরা সলিড সার্ফেসের জন্য স্বচ্ছতার মাত্রা সামঞ্জস্য করতে পারি। |
08:16 | আবার Actions মেনুতে যান, Surface এ ক্লিক করুন। |
08:20 | Transparency বিকল্প চয়ন করুন এবং percentage বিকল্প চয়ন করুন। |
08:25 | বর্ণনের জন্য জন্য, আমি 50% চয়ন করব। |
08:29 | প্যানেলটি দেখুন। |
08:31 | সার্ফেসে একটি ভিন্ন রঙ দিতে: Actions মেনুতে Color বিকল্পে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং all options এ ক্লিক করুন। |
08:41 | একটি color Actions ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
08:45 | coloring applies to সেটিংকে surfaces এ বদলান। |
08:51 | surfaces এর পাশে রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
08:55 | কলর প্যানেল থেকে যে কোনো রঙে ক্লিক করুন। আমি dim gray চয়ন করব। |
09:02 | প্যানেলটি দেখুন। পৃষ্ঠের রঙ এখন dim gray তে বদলে গেছে।
ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। |
09:11 | File মেনুতে Save Image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন। |
09:16 | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো শিখেছি। |
09:30 | ভিন্ন ভিউইং সেটিংস দ্বারা প্রকাশনার জন্য উচ্চ মানের ইমেজ বানানো। |
09:37 | এখন, অনুশীলনী হিসাবে: human hemoglobin (pdb code: 2dn1) স্ট্রাকটারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি সার্ফেস এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখান। |
09:51 | hem ligand কে সবুজ রঙ করুন। আপনার সম্পন্ন কাজ এইরকম হওয়া উচিত। |
10:11 | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
10:18 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
10:28 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
10:39 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |