Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Bengali"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |-...") |
|||
| Line 218: | Line 218: | ||
|- | |- | ||
| | 05:48 | | | 05:48 | ||
| − | | |মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন। | + | | |Select মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
Latest revision as of 13:31, 31 August 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
| 00:05 | এখানে আমরা শিখব: কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা। হাইড্রোজেন বন্ড দেখানো, নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা। |
| 00:16 | বিভিন্ন rotamers পেতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো। |
| 00:21 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান। |
| 00:30 | এখানে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
| 00:46 | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
| 00:49 | কমান্ড লাইন দ্বারা Squalene Synthase এর একটি কাঠামো খুলুন। এটি pdb কোড 3w7f সহ একটি Transferace এনজাইম। |
| 01:00 | কমান্ড লাইনে লিখুন, Open space 3w7f, Enter টিপুন। |
| 01:09 | এনজাইমের একটি মডেল প্যানেলে দেখায়। |
| 01:12 | Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 1 এ বদলান। |
| 01:18 | প্রোটিন দুটি কপি হিসাবে দেখায়। |
| 01:21 | যে কোনো একটি কপি মুছে ফেলতে লিখুন delete colon dot a, এন্টার টিপুন। |
| 01:29 | কাঠামো থেকে দ্রাবক অণু মুছে ফেলতে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন। |
| 01:37 | এই কাঠামোতে, ligand হল farnesyl thiopyrophosphate. |
| 01:43 | কমান্ড দ্বারা ligand রেসিডিউ লেবেল করুন। লিখুন rlabel স্পেস ligand, এন্টার টিপুন। |
| 01:53 | দুটি farnesyl thiopyrophosphate রয়েছে যা এই কাঠামোতে শর্টে FPS. |
| 02:01 | কাঠামো sticks ডিসপ্লেতে দেখায়। |
| 02:05 | কাঠামোটি ঘোরান এবং জুম ইন করুন। |
| 02:08 | অনেক সাইড চেন রয়েছে যা হাইড্রোজেন বন্ড FPS এর phosphate oxygens এ দান করতে পারে। |
| 02:15 | কার্সারকে সাইড চেন রেসিডিউতে পরমাণুতে রাখুন। |
| 02:21 | Serine 21 রেসিডিউতে যান। |
| 02:23 | এখন, Serine 21 এর অক্সিজেন এবং নিকটতম FPS এর phosphate oxygen এর দূরত্ব পরিমাপ করি। |
| 02:32 | দূরত্ব পরিমাপ করতে Serine 21 রেসিডিউয়ের অক্সিজেন চয়ন করুন। |
| 02:37 | CTRL কী টিপে Serine 21 এর সাইড চেন অক্সিজেনে ক্লিক করুন। |
| 02:43 | CTRL এবং Shift কী একসাথে টিপে, FPS এর নিকটবর্তী ফসফেট অক্সিজেনে ডাবল ক্লিক করুন। |
| 02:52 | কনটেক্সট মেনু থেকে Show Distance চয়ন করুন। |
| 02:56 | প্যানেলটি দেখুন। দুটি পরমাণুর মাঝের দূরত্ব দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন। |
| 03:04 | একইভাবে, Tyrosine এর সাইড চেন অক্সিজেন এবং FPS এর একই ফসফেট অক্সিজেনের মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করুন। |
| 03:15 | হাইড্রোজেন বন্ড সহ দূরত্ব একই রকম দেখায়। |
| 03:20 | হাইড্রোজেন বন্ড ডোনার এবং এক্সেপ্টার দূরত্বের ভিত্তিতে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়: 2.2 থেকে Angstroms হলে শক্তিশালী, 2.5 থেকে 3.2 মধ্যম, 3.2 থেকে 4.0 দুর্বল। |
| 03:36 | এখন, Select মেনু দ্বারা ligand চয়ন করুন। |
| 03:40 | রেসিডিউ বিকল্পে স্ক্রোল করুন, সাব-মেনু থেকে FPS এ ক্লিক করুন। |
| 03:46 | FPS দ্বারা গঠিত হাইড্রোজেন বন্ড খোঁজার সহজ উপায় হল Tools মেনু থেকে Find Hydrogen bond বিশেষতা ব্যবহার করা। |
| 03:55 | Structure Analysis বিকল্পে FindHbond এ ক্লিক করুন। |
| 04:01 | H-Bond Parameters ডায়ালগ খোলে। |
| 04:05 | রঙিন বাক্সে ক্লিক করে হাইড্রোজেন বন্ডের রঙ নিশ্চিত করুন। |
| 04:09 | লাইনের প্রস্থ মোটা লাইনের জন্য 3.0 করুন। |
| 04:13 | Label Hydrogen bond with distance এর সামনের চেক বাক্সে ক্লিক করুন। |
| 04:21 | Only find H-bonds with at least one end selected এ ক্লিক করুন। |
| 04:26 | Write information to reply log এ ক্লিক করুন। |
| 04:31 | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
| 04:33 | প্যানেলটি দেখুন। হাইড্রোজেন বন্ড নির্দিষ্ট রঙ এবং লাইনের প্রস্থ সহ pseudo বন্ড হিসাবে দেখায়। |
| 04:42 | বন্ডের বিবরণ Reply log এ দেখা যাবে। |
| 04:45 | Favorites মেনু ব্যবহার করে Reply log খুলুন। |
| 04:49 | প্রতিটি হাইড্রোজেন বন্ড সম্পর্কে তথ্য এখানে দেওয়া হয়েছে। |
| 04:53 | ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। |
| 04:55 | আপনি কাঠামো থেকে হাইড্রোজেন বন্ধ সরাতে চাইলে, কমান্ড লাইনে লিখুন: Tilda চিহ্নের পর hbond, এন্টার টিপুন। |
| 05:07 | Structure Analysis বিকল্পে Tools মেনুতে আরেকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে। |
| 05:13 | এটি হল Findclashes/contacts. একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
| 05:19 | এই বৈশিষ্ট্য নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন যেমন Clashes এবং Contacts সনাক্ত করে। |
| 05:26 | Clashes প্রতিকূল ইন্টারঅ্যাকশন হয় যেখানে পরমাণু একে অপরের খুব কাছাকাছি হয়। |
| 05:33 | Contacts সকল সরাসরি ইন্টারঅ্যাকশন হয়: পোলার এবং নন-পোলার, অনুকূল এবং প্রতিকূল (clashes সহ) |
| 05:43 | এখন সকল অন্যান্য পরমাণু সহ FPS রেসিডিউয়ের contacts সনাক্ত করুন। |
| 05:48 | Select মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন। |
| 05:52 | Find Clashes/Contacts ডায়লগ বাক্সে Designate এ ক্লিক করুন। |
| 05:58 | এটি 48 atoms designated দেখায়। |
| 06:02 | All other atoms এর সামনের রেডিও বোতামে ক্লিক করুন। |
| 06:06 | Clash/Contact Parameters প্যারামিটার ডিফল্ট Contact এ নির্ধারণ করুন। |
| 06:11 | Treatment of Clash/Contact Atoms এ, নিম্ন চেক বাক্সে ক্লিক করুন: Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden এবং Write information to reply log. |
| 06:27 | OK বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন। |
| 06:32 | FPS এর সকল কন্টাক্ট দেখায়। |
| 06:37 | Reply Log খুলুন। Atom-atom contacts এখানে তালিকাভুক্ত। |
| 06:44 | ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন। |
| 06:46 | এখন কিছু clashes দেখাই। |
| 06:49 | এখন Tyrosine 248 রেসিডিউতে ফোকাস করুন। |
| 06:54 | কমান্ড লাইনে লিখুন: focus space colon 248 এন্টার টিপুন। |
| 07:03 | চয়ন clear করুন। |
| 07:06 | এখন Tyrosine 248 রেসিডিউ চয়ন করুন। |
| 07:10 | CTRL কী টিপে থেকে Tyrosine 248 এ যে কোনো একটি পরমাণুতে ক্লিক করুন। |
| 07:15 | সমগ্র অণু চয়ন করতে কীবোর্ডে আপ অ্যারো কী টিপুন। |
| 07:20 | এখন আমরা সাইড চেন Tyrosine 248 ইন্টারঅ্যাক্টিভভাবে ঘোরাবো এবং Clashes এর জন্য চেক করব। |
| 07:27 | Tyrosine 248 এর 4 Angstroms এর ভিতরে রেসিডিউ দেখান। |
| 07:32 | কমান্ড লাইনে লিখুন ডিসপ্লে disp স্পেস কোলন 248 স্পেস z less than four(disp :248 z<4) Enter টিপুন। |
| 07:45 | clashes দেখাতে, Tools মেনু থেকে FindClashes/Contacts বিকল্প চয়ন করুন। |
| 07:53 | Designate এ ক্লিক করুন। |
| 07:55 | All other atoms এর সামনের বোতামে ক্লিক করুন। |
| 07:59 | Clash এর জন্য Clash/Contact Parameters সেট করুন। Treatment of Clash/Contact Atoms কে Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden সৎ করুন। |
| 08:11 | Frequency of Checking কে Continuously সেট করুন। |
| 08:15 | ডায়ালগ বাক্স সরান। |
| 08:18 | ইন্টারেক্টিভভাবে Tyrosine 248 এর সাইড চেন ঘোরাতে। |
| 08:22 | CTRL কী টিপে থেকে ribbon এর সাথে যুক্ত বন্ডে ডাবল ক্লিক করুন। |
| 08:29 | কনটেক্সট মেনু থেকে rotate bond বিকল্প চয়ন করুন। |
| 08:33 | Build structure ডায়ালগ খোলে। |
| 08:36 | ডায়ালে পয়েন্টার ড্রেগ করে বন্ড ঘোরান। |
| 08:41 | বিকল্পভাবে, এঙ্গেল ভ্যালু এডিট করতে কালো অ্যারো হেডে ক্লিক করুন। |
| 08:47 | প্যানেলটি দেখুন। যেই সাইড চেন ঘোরে নতুন pseudo-bonds তৈরী হয় বা অদৃশ্য হয়ে যায়। |
| 08:55 | বন্ডকে মূল স্থানে ফিরিয়ে আনতে Bond এ এন্ট্রিতে ক্লিক করুন। Revert চয়ন করুন। |
| 09:03 | বন্ড অধিক সময় পর্যন্ত না ঘোরাতে আবার bond এ ক্লিক করুন এবং তারপর Deactivate এ ক্লিক করুন। |
| 09:09 | ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন। |
| 09:11 | Tools মেনুতে বিকল্প দ্বারা Tyrosine 248 এর সকল rotamers তুলনা করতে পারি। |
| 09:18 | প্রথমে Tryrosine 248 চয়ন করুন। |
| 09:22 | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing এ স্ক্রোল করুন। |
| 09:26 | Rotamers বিকল্পে ক্লিক করুন। |
| 09:29 | Rotamer ডায়ালগ বাক্সে, rotamer library থেকে Dunbrack চয়ন করুন। |
| 09:36 | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
| 09:38 | প্যানেলে rotamers, wire এর মত দেখায়। |
| 09:43 | আরেকটি ডায়ালগ খোলে। rotamer দেখাতে ডায়ালগ বাক্সে লাইনে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন। |
| 09:52 | আমরা rotamers এর জন্য Clash এবং hydrogen bonds ও সনাক্ত করতে পারি। |
| 09:58 | Columns এ ক্লিক করুন তারপর Add. Clashes চয়ন করুন। |
| 10:03 | ডায়ালগ বাক্সে OK তে টিপুন। |
| 10:06 | এখন হাইড্রোজেন বন্ড জুড়তে Columns এ ক্লিক করুন, Add এ স্ক্রোল করুন এবং hydrogen bonds চয়ন করুন। |
| 10:15 | Hydrogen bonds ডায়লগ বাক্সে OK তে ক্লিক করুন। |
| 10:19 | ডায়ালগটি দেখুন, দুটি নতুন কলাম জুড়েছে। |
| 10:24 | প্রতিটি rotamer কিছু Clashes বানায় কিন্তু hydrogen bonds বানায় না। |
| 10:30 | ভিন্ন ভিন্ন রেসিডিউতে বন্ড ঘুরিয়ে rotamers খোঁজার চেষ্টা করুন। |
| 10:35 | সংক্ষিপ্তকরণ করি. এখানে আমরা শিখেছি- কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা। |
| 10:43 | Hydrogen bonds দেখানো। নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা. |
| 10:48 | clashes এবং contacts খুঁজতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং ভিন্ন rotamers তুলনা করা। |
| 10:56 | অনুশীলনীর জন্য Squalene Synthasepdb code 3w7f এর একটি কাঠামো খুলুন। |
| 11:03 | Clashes এবং Contacts নির্ধারণ করতে Tyrosine 41 রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং rotamers তুলনা করা। |
| 11:11 | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
| 11:17 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
| 11:27 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
| 11:37 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |
