Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Telugu"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 || అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన...")
 
 
(3 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{| border=1
 
{| border=1
−
|| '''Time'''
+
| '''Time'''
−
|| '''Narration'''
+
| '''Narration'''
  
 
|-
 
|-
−
||00:01
+
|00:01
−
|| అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన్ Jmol పై ఈ ట్యుటోరియల్కు స్వాగతం.
+
|అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన్ Jmol పై ఈ ట్యుటోరియల్కు స్వాగతం.
 
|-
 
|-
−
||00:08
+
|00:08
−
||ఈ ట్యుటోరియల్ లో, మనము Jmol panel పై Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను Load చేయటం,
+
|ఈ ట్యుటోరియల్ లో, మనము Jmol panel పై Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను Load చేయటం,
 
|-
 
|-
−
||00:16
+
|00:16
−
||ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క డిస్ప్లే ను మార్చటం,
+
|ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క డిస్ప్లే ను మార్చటం,
 
|-
 
|-
−
||00:20
+
|00:20
−
|| amino acid residues ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటం,   
+
|amino acid residues ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటం,   
 
|-
 
|-
−
||00:25
+
|00:25
−
||ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయటం, మరియు
+
|ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయటం మరియు
 
|-
 
|-
−
||00:30
+
|00:30
−
||protein కొరకు Ramachandran plot ను చూడటం నేర్చుకుంటాము.
+
|protein కొరకు Ramachandran plot ను చూడటం నేర్చుకుంటాము.
 
|-
 
|-
−
||00:35
+
|00:35
−
||ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు ప్రాథమిక జీవరసాయన శాస్త్రం గురించి మరియు
+
|ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు ప్రాథమిక జీవరసాయన శాస్త్రం గురించి మరియు
 
|-
 
|-
−
||00:41
+
|00:41
−
||Jmol అప్లికేషన్ విండో నుండి ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి అవగాహన ఉండాలి.
+
|Jmol అప్లికేషన్ విండో నుండి ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి అవగాహన ఉండాలి.
 
|-
 
|-
−
||00:46
+
|00:46
−
||దయచేసి, Jmol అప్లికేషన్ సిరీస్ లో Proteins and Macromolecules ట్యుటోరియల్ ను చుడండి.   
+
|దయచేసి, Jmol అప్లికేషన్ సిరీస్ లో Proteins and Macromolecules ట్యుటోరియల్ ను చుడండి.   
 
|-
 
|-
−
||00:53
+
|00:53
−
||అది ఈ క్రింది లింక్ లో అందుబాటులో ఉంది.
+
|అది ఈ క్రింది లింక్ లో అందుబాటులో ఉంది.
 
|-
 
|-
−
||00:57
+
|00:57
−
||ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేయడానికి, నేను Ubuntu ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్ వర్షన్ 12 .04
+
|ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేయడానికి, నేను Ubuntu ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్ వర్షన్ 12.04
 
|-
 
|-
−
||01:05
+
|01:05
−
||| Jmol వర్షన్ 12.2.2
+
|Jmol వర్షన్ 12.2.2
 
|-
 
|-
−
||01:08
+
|01:08
−
||
+
|Java వర్షన్ 7 మరియు Mozilla Firefox browser 22.0 లను ఉపయోగిస్తున్నాను.
−
Java వర్షన్ 7 మరియు Mozilla Firefox browser 22.0 లను ఉపయోగిస్తున్నాను.
+
 
|-
 
|-
−
||01:16
+
|01:16
−
||Jmol window  ను తెరచి,hexokinase ఎంజైమ్ యొక్క నిర్మాణం ను load చేయండి.
+
|Jmol window  ను తెరచి, hexokinase ఎంజైమ్ యొక్క నిర్మాణం ను load చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||01:22
+
|01:22
−
|| నేను internet కు కనెక్ట్ అయ్యాను. కాబట్టి, నేను నిర్మాణాన్ని PDB website నుంచి నేరుగా load  చేస్తాను.
+
|నేను internet కు కనెక్ట్ అయ్యాను. కాబట్టి, నేను నిర్మాణాన్ని PDB website నుంచి నేరుగా load  చేస్తాను.
 
|-
 
|-
−
||01:28
+
|01:28
−
||అలాచేయుటకు ఫైల్ మెనుని తెరచి, స్క్రోల్ చేసి, Get PDB ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.   
+
|అలాచేయుటకు ఫైల్ మెనుని తెరచి, స్క్రోల్ చేసి, Get PDB ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.   
 
|-
 
|-
−
||01:37
+
|01:37
−
||ఒక Input dialogue-box తెరపై కనిపిస్తుంది. Hexokinase యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB కోడ్ ను అనగా 3IDH  ను టెక్స్ట్ బాక్స్ లో టైప్ చేయండి.   
+
|ఒక Input dialog-box తెరపై కనిపిస్తుంది. Hexokinase యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB కోడ్ ను అనగా 3IDH  ను టెక్స్ట్ బాక్స్ లో టైప్ చేయండి.   
 
|-
 
|-
−
||01:50
+
|01:50
−
||ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank నుండి పొందవచ్చు.
+
|ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank నుండి పొందవచ్చు.
 
|-
 
|-
−
||01:55
+
|01:55
−
|| మీకు ఒక వేళ ఇంటర్నెట్ కనెక్షన్ లేకుంటే, టూల్ బార్ లోని, Open a file ఐకాన్ ను ఉపయోగించి, ఇప్పటికే ఉన్న pdb ఫైల్ ను తెరవండి.
+
|మీకు ఒక వేళ ఇంటర్నెట్ కనెక్షన్ లేకుంటే, టూల్ బార్ లోని, Open a file ఐకాన్ ను ఉపయోగించి, ఇప్పటికే ఉన్న pdb ఫైల్ ను తెరవండి.
 
|-
 
|-
−
||02:06
+
|02:06
−
||OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
+
|OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||02:09
+
|02:09
−
||glucokinase అని కూడా పిలవబడే hexokinase యొక్క 3D  నిర్మాణం స్క్రీన్ పైన తెరుచుకుంటుంది
+
|glucokinase అని కూడా పిలవబడే hexokinase యొక్క 3D  నిర్మాణం స్క్రీన్ పైన తెరుచుకుంటుంది.
−
 
+
 
|-
 
|-
−
||02:16
+
|02:16
−
|| File మెనూ ను ఉపయోగించి, Console విండో ను తెరవండి.
+
|File మెనూ ను ఉపయోగించి, Console విండో ను తెరవండి.
 
|-
 
|-
−
||02:21
+
|02:21
−
||Console పై చూపినట్లుగా, Human Pancreatic Glucokinase ఉపరితలంతో పాటుగా Glucose కొరకు నిర్మాణం ప్యానెల్ పై ఉంది.
+
|Console పై చూపినట్లుగా, Human Pancreatic Glucokinase ఉపరితలంతో పాటుగా Glucose కొరకు నిర్మాణం ప్యానెల్ పై ఉంది.
−
 
+
−
 
+
 
|-
 
|-
−
||02:31
+
|02:31
−
||console ను మూసివేయండి.
+
|console ను మూసివేయండి.
 
|-
 
|-
−
||02:34
+
|02:34
−
||మనం ప్యానల్ పై, hexokinase యొక్క ball and stick మోడల్ ను కలిగి ఉన్నాము.
+
|మనం ప్యానల్ పై, hexokinase యొక్క ball and stick మోడల్ ను కలిగి ఉన్నాము.
 
|-
 
|-
−
||02:40
+
|02:40
−
||ప్యానెల్ పై గల protein model నుండి నీటి అణువులను తొలగించండి.
+
|ప్యానెల్ పై గల protein model నుండి నీటి అణువులను తొలగించండి.
 
|-
 
|-
−
||02:44
+
|02:44
−
||ఈ తొలగించు పద్దతి Jmol ట్యుటోరియల్ Proteins and macromolecules నందు పూర్తిగా వివరించబడింది.
+
|ఈ తొలగించు పద్దతి Jmol ట్యుటోరియల్, Proteins and macromolecules నందు పూర్తిగా వివరించబడింది.
 
|-
 
|-
−
||02:53
+
|02:53
−
||hexokinase ఎంజైమ్ గురించి చెప్పాలంటే,
+
|hexokinase ఎంజైమ్ గురించి చెప్పాలంటే,
−
|
+
 
|-
 
|-
−
||02:56
+
|02:56
−
||Hexokinase 465 అమినో ఆసిడ్స్ గల ఒక monomeric protein.
+
|Hexokinase 465 అమినో ఆసిడ్స్ గల ఒక monomeric protein.
 
|-
 
|-
−
||03:02
+
|03:02
−
||అది రెండు domains ను కలిగి ఉంటుంది. ఒక పెద్ద డొమైన్ మరియు ఒక చిన్న డొమైన్.   
+
|అది రెండు domains ను కలిగి ఉంటుంది. ఒక పెద్ద డొమైన్ మరియు ఒక చిన్న డొమైన్.   
 
|-
 
|-
−
||03:07
+
|03:07
−
|| ఈ enzyme యొక్క active-site, ఈ రెండు డొమైన్ ల మధ్య, cleft నందు ఉంటుంది.
+
|ఈ enzyme యొక్క active-site, ఈ రెండు డొమైన్ ల మధ్య, cleft నందు ఉంటుంది.
 
|-
 
|-
−
||03:14
+
|03:14
−
|| hexokinase యొక్క ఆక్టివ్-సైట్, 204 వద్ద Aspergine , 231 వద్ద Aspergine మరియు 256 వద్ద Glutamic acid అనే మూడు అమినో యాసిడ్  రెసిడ్యూస్ లను కలిగి ఉంటుంది.
+
|hexokinase యొక్క ఆక్టివ్-సైట్, 204 వద్ద Aspergine, 231 వద్ద Aspergine మరియు 256 వద్ద Glutamic acid అనే మూడు అమినో యాసిడ్  రెసిడ్యూస్ లను కలిగి ఉంటుంది.
 
|-
 
|-
−
||03:30
+
|03:30
−
||ఈ ఎంజైమ్ కు Alpha-D-Glucose అనేది substrate
+
|ఈ ఎంజైమ్ కు Alpha-D-Glucose అనేది substrate
 
|-
 
|-
−
||03:34
+
|03:34
−
||ఇప్పుడు Jmol ప్యానెల్ కు తిరిగి వెళ్దాం.
+
|ఇప్పుడు Jmol ప్యానెల్ కు తిరిగి వెళ్దాం.
 
|-
 
|-
−
||03:38
+
|03:38
−
||మనం Substrate, Cofactors లేదా Amino acid residues వంటి ఎంజైమ్స్ యొక్క విభాగాలను ఆక్టివ్ సైట్ వద్ద సెలెక్ట్ చేయవచ్చు మరియు హైలైట్ చేయవచ్చు.
+
|మనం Substrate, Cofactors లేదా Amino acid residues వంటి ఎంజైమ్స్ యొక్క విభాగాలను ఆక్టివ్ సైట్ వద్ద సెలెక్ట్ చేయవచ్చు మరియు హైలైట్ చేయవచ్చు.
 
|-
 
|-
−
|| 03:49
+
| 03:49
−
||ఒక నిర్దిష్ఠ విభాగమును ఎంచుకొనుటకు - రైట్-క్లిక్ చేసి, పాప్-అప్ ను తెరవండి.  
+
|ఒక నిర్దిష్ఠ విభాగమును ఎంచుకొనుటకు - రైట్-క్లిక్ చేసి, పాప్-అప్ ను తెరవండి.  
 
|-
 
|-
−
||03:55
+
|03:55
 
|Select ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి,
 
|Select ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి,
 
|-
 
|-
−
||03:57
+
|03:57
−
||Proteins సబ్-మెనూ నుండి By Residue name ను ఎంచుకోండి.
+
|Proteins సబ్-మెనూ నుండి By Residue name ను ఎంచుకోండి.
 
|-
 
|-
−
||04:04
+
|04:04
−
||ఇక్కడ మనం జాబితాచేయబడిన విడివిడి amino acid residues లను కలిగిఉన్నాము.
+
|ఇక్కడ మనం జాబితా చేయబడిన విడివిడి amino acid residues లను కలిగిఉన్నాము.
 
|-
 
|-
−
||04:10
+
|04:10
−
|| దాన్ని ఎంచుకోవడానికి అమినో యాసిడ్ యొక్క పేరు పై క్లిక్ చేయండి.
+
|దాన్ని ఎంచుకోవడానికి అమినో యాసిడ్ యొక్క పేరు పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||04:14
+
|04:14
−
||అలాగే,అమినో యాసిడ్స్ Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged మొదలైనటునవంటి హెడింగ్స్ క్రిందన సమూహం చేయబడ్డాయి.
+
|అలాగే, అమినో యాసిడ్స్ Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged మొదలైనటునవంటి హెడింగ్స్ క్రిందన సమూహం చేయబడ్డాయి.
 
|-
 
|-
−
||04:26
+
|04:26
−
|| Hetero లో జాబితా చేయబడినవి, అయాన్ లోహం potassium మరియు substrate glucose.
+
|Hetero లో జాబితా చేయబడినవి, అయాన్ లోహం potassium మరియు substrate glucose.
 
|-
 
|-
−
||04:34
+
|04:34
−
||substrate binding site ను సులభంగా గుర్తించడానికి, enzyme యొక్క ప్రదర్శనను మనం సవరించవచ్చు.
+
|substrate binding site ను సులభంగా గుర్తించడానికి, enzyme యొక్క ప్రదర్శనను మనం సవరించవచ్చు.
 
|-
 
|-
−
||04:41
+
|04:41
−
||ప్రోటీన్ యొక్క పరమాణువుల, రంగును మరియు ప్రదర్శనను మార్చుదాం.
+
|ప్రోటీన్ యొక్క పరమాణువుల, రంగును మరియు ప్రదర్శనను మార్చుదాం.
 
|-
 
|-
−
||04:46
+
|04:46
−
||పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, ఆపై Select కు వెళ్లి, Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All పై క్లిక్ చేయండి.
+
|పాప్-అప్ మెనూని  తెరచి, ఆపై Select కు వెళ్ళి, Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-   
 
|-   
−
||04:55
+
|04:55
−
||మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేసి, ఆపై Scheme కు వెళ్ళి, Sticks పై క్లిక్ చేయండి.
+
|మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనూని  తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేసి, ఆపై Scheme కు వెళ్ళి, Sticks పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||05:05
+
|05:05
−
||ఇప్పుడు మనం ప్యానెల్ పై, ప్రోటీన్ ను sticks ప్రదర్శనలో కలిగిఉన్నాము.
+
|ఇప్పుడు మనం ప్యానెల్ పై, ప్రోటీన్ ను sticks ప్రదర్శనలో కలిగి ఉన్నాము.
 
|-
 
|-
−
||05:11
+
|05:11
−
| ఇప్పుడు రంగును మార్చుటకు, పాప్-అప్ మళ్ళీ తెరచి, Color''' >> '''Atoms కు వెళ్ళి Blue ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
+
|ఇప్పుడు రంగును మార్చుటకు, పాప్-అప్ మళ్ళీ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి Blue ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||05:23
+
|05:23
−
||స్క్రీన్ పైన మనం, hexokinase యొక్క నమూనాను నీలం రంగులో మరియు sticks ప్రదర్శనలో కలిగిఉన్నాము.
+
|స్క్రీన్ పైన మనం, hexokinase యొక్క నమూనాను నీలం రంగులో మరియు sticks ప్రదర్శనలో కలిగి ఉన్నాము.
 
|-
 
|-
−
||05:30
+
|05:30
−
||Alfa-D-Glucose ఉపరితలం, క్లెఫ్ట్ లో ball and stick లో ప్రదర్శనను గమనించండి.
+
|Alfa-D-Glucose ఉపరితలం, క్లెఫ్ట్ లో ball and stick లో ప్రదర్శనను గమనించండి.
 
|-
 
|-
−
||05:38
+
|05:38
−
|| substrate ను హైలైట్ చేయుటకు, పాప్-అప్ మెనూ తెరచి,  Select కు వెళ్ళి, ఆపై  Hetero మరియు GLC-ALFA-D-GLUCOSE పై క్లిక్ చేయండి.
+
|substrate ను హైలైట్ చేయుటకు, పాప్-అప్ మెనూ తెరచి,  Select కు వెళ్ళి, ఆపై  Hetero మరియు GLC-ALFA-D-GLUCOSE పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||05:52
+
|05:52
−
||పాప్-అప్ మెనూ ను మళ్ళీ తెరచి, Style >> Scheme వరకు స్క్రోల్ చేసి '''Sticks''' ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
+
|పాప్-అప్ మెనూ ను మళ్ళీ తెరచి, Style >> Scheme వరకు స్క్రోల్ చేసి Sticks ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||06:00
+
|06:00
−
|| రంగును మార్చుటకు, మళ్ళీ పాప్-అప్ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి, White పై క్లిక్ చేయండి.
+
|రంగును మార్చుటకు, మళ్ళీ పాప్-అప్ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి, White పై క్లిక్ చేయండి.
−
||06:12
+
−
||ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క నమూనా substrate యొక్క స్థానంతో స్పష్టంగా హైలైట్ చేయబడింది.
+
 
|-
 
|-
−
||06:20
+
|06:12
−
|| అమినో యాసిడ్స్ ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటానికి మనం వాటి రంగును మార్చవచ్చు.
+
|ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క నమూనా substrate యొక్క స్థానంతో స్పష్టంగా హైలైట్ చేయబడింది.
 
|-
 
|-
−
||06:26
+
|06:20
−
|| అలాచేయటానికి, మనం Console విండో లో కమాండ్స్ ను టైప్ చెయ్యాలి.
+
|అమినో యాసిడ్స్ ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటానికి మనం వాటి రంగును మార్చవచ్చు.
 
|-
 
|-
−
||06:32
+
|06:26
−
||ముందు చెప్పినట్లుగా, యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద చేరియున్న అమినో యాసిడ్స్, 204 స్థానం వద్ద Aspergine, 231 స్థానం వద్ద Aspergine మరియు 256 స్థానం వద్ద Glutamic acid.
+
|అలాచేయటానికి, మనం Console విండో లో కమాండ్స్ ను టైప్ చెయ్యాలి.
 
|-
 
|-
−
||06:50
+
|06:32
−
|| File menu ను ఉపయోగించి, console window ను తెరచి, Console పై క్లిక్ చేయండి.
+
|ముందు చెప్పినట్లుగా, యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద చేరియున్న అమినో యాసిడ్స్, 204 స్థానం వద్ద Aspergine, 231 స్థానం వద్ద Aspergine మరియు 256 స్థానం వద్ద Glutamic acid.
 
|-
 
|-
−
||06:57
+
|06:50
−
|| నేను కన్సోల్ విండో ను మాగ్నిఫై చేయుటకు Kmag స్క్రీన్ మాగ్నిఫైర్ ను ఉపయోగిస్తున్నాను.
+
|File menu ను ఉపయోగించి, console window ను తెరచి, Console పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||07:03
+
|06:57
−
|| $ ప్రాంప్ట్ వద్ద select స్క్వేర్ బ్రాకెట్ లో aspergine కొరకు Asn  బ్రాకెట్ మూసి, స్థానం గా 204 ను, సెమికోలన్ color atoms orange అని టైప్ చేసి,
+
|నేను కన్సోల్ విండో ను మాగ్నిఫై చేయుటకు Kmag స్క్రీన్ మాగ్నిఫైర్ ను ఉపయోగిస్తున్నాను.
 
|-
 
|-
−
||07:25
+
|07:03
−
|| ఎంటర్ నొక్కండి.
+
|$ ప్రాంప్ట్ వద్ద select స్క్వేర్ బ్రాకెట్ లో aspergine కొరకు Asn బ్రాకెట్ మూసి, స్థానం గా 204 ను, సెమికోలన్ color atoms orange అని టైప్ చేసి,
 
|-
 
|-
−
||07:27
+
|07:25
−
||aspargine residue యొక్క పరమాణువులు ఇపుడు ఆరెంజ్ రంగులో ఉండటం గమనించండి.
+
|ఎంటర్ నొక్కండి.
−
.
+
 
|-
 
|-
−
||07:33
+
|07:27
−
||Press up-arrow button on the key board and '''edit''' the command.
+
|aspargine residue యొక్క పరమాణువులు ఇపుడు ఆరెంజ్ రంగులో ఉండటం గమనించండి.
−
| కీ బోర్డ్ నుండి up-arrow బటన్ పై క్లిక్ చేసి, '''edit''' పై క్లిక్ చేయండి.
+
 
|-
 
|-
−
||07:39
+
|07:33
−
||అమినో యాసిడ్ స్థానం ను 231 కు మార్చి, పరమాణువుల రంగును ఎరుపుకు మార్చండి.
+
|కీ బోర్డ్ నుండి up-arrow బటన్ పై క్లిక్ చేసి, edit పై క్లిక్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||07:48
+
|07:39
−
||ఎంటర్ నొక్కండి.
+
|అమినో యాసిడ్ స్థానం ను 231 కు మార్చి, పరమాణువుల రంగును ఎరుపుకు మార్చండి.
 
|-
 
|-
−
||07:51
+
|07:48
−
||అప్ -యారో కీ ని మళ్ళీ నొక్కి, అమినో ఆసిడ్ యొక్క పేరును GLU కు అంటే అది glutamic acid, మరియు స్థానాన్ని 256 కు మార్చండి.
+
|ఎంటర్ నొక్కండి.
 
|-
 
|-
−
||08:06
+
|07:51
−
|| మరియు పరమాణువుల రంగును ఆకుపచ్చ కు మార్చి, ఎంటర్ నొక్కండి.   
+
|అప్-యారో కీ ని మళ్ళీ నొక్కి, అమినో ఆసిడ్ యొక్క పేరును GLU కు అంటే అది glutamic acid మరియు స్థానాన్ని 256 కు మార్చండి.   
 
|-
 
|-
−
||08:13
+
|08:06
−
|| మన ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క 3D model, substrate తో పాటు యాక్టీవ్-సైట్ హైలైట్ చేయబడి ఉన్నది.
+
|మరియు పరమాణువుల రంగును ఆకుపచ్చ కు మార్చి, ఎంటర్ నొక్కండి. 
 +
|-
 +
|08:13
 +
|మన ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క 3D model, substrate తో పాటు యాక్టీవ్-సైట్ హైలైట్ చేయబడి ఉన్నది.
 
|-   
 
|-   
−
||08:23
+
|08:23
−
|| అదేవిధంగా, ఇక్కడ చూపిస్తున్న మోడల్ లో potassium పరమాణువు కూడా ఉదా రంగులో హైలైట్ చేయబడిఉంది.
+
|అదేవిధంగా, ఇక్కడ చూపిస్తున్న మోడల్ లో potassium పరమాణువు కూడా ఉదా రంగులో హైలైట్ చేయబడిఉంది.
 
|-
 
|-
−
||08:30
+
|08:30
−
||మనం jmol లో ఒక నిర్ధిష్ట ప్రోటీన్ కొరకు ramachandran plots ను కూడా చూపవచ్చు.
+
|మనం jmol లో ఒక నిర్ధిష్ట ప్రోటీన్ కొరకు ramachandran plots ను కూడా చూపవచ్చు.
 
|-
 
|-
−
||08:36
+
|08:36
−
||console పై, డాలర్ ప్రాంప్ట్ వద్ద plot ramachandran అని టైప్ చేసి,
+
|console పై, డాలర్ ప్రాంప్ట్ వద్ద plot ramachandran అని టైప్ చేసి,
 
|-
 
|-
−
||08:45
+
|08:45
−
||ఎంటర్ నొక్కండి.
+
|ఎంటర్ నొక్కండి.
 
|-
 
|-
−
||08:47
+
|08:47
−
||తెరపై, మనం hexokinase కొరకు ఒక ramachandran plot ను కలిగి ఉన్నాము.
+
|తెరపై, మనం hexokinase కొరకు ఒక ramachandran plot ను కలిగి ఉన్నాము.
 
|-
 
|-
−
||08:54
+
|08:54
−
||డేటా బేస్ నుండి pdb files ను ఉపయోగించి,వివిధ ఎంజైమ్స్ ను load చేయటానికి ప్రయత్నించండి.
+
|డేటా బేస్ నుండి pdb files ను ఉపయోగించి, వివిధ ఎంజైమ్స్ ను load చేయటానికి ప్రయత్నించండి.
 
|-
 
|-
−
||09:00
+
|09:00
−
|| ద్వితీయ నిర్మాణము యొక్క ప్రదర్శనను మార్చండి.
+
|ద్వితీయ నిర్మాణము యొక్క ప్రదర్శనను మార్చండి.
 
|-
 
|-
−
||09:04
+
|09:04
−
||సారాంశం చూద్దాం. మనం నేర్చుకున్నవి. Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను PDBకోడ్ ను ఉపయోగించి Load చేయటం,
+
|సారాంశం చూద్దాం. మనం నేర్చుకున్నవి.
 +
 
 +
Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను PDB కోడ్ ను ఉపయోగించి Load చేయటం,
 
|-
 
|-
−
||09:14
+
|09:14
−
|| ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క ప్రదర్శనను మార్చడం,
+
|ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క ప్రదర్శనను మార్చడం,
 
|-
 
|-
−
||09:17
+
|09:17
−
|| యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద amino acid residues ను హైలైట్ చేయడం,
+
|యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద amino acid residues ను హైలైట్ చేయడం,
 
|-
 
|-
−
||09:21
+
|09:21
−
|| ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయడం,
+
|ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయడం,
 
|-
 
|-
−
||09:25
+
|09:25
−
|| ప్రోటీన్స్ కొరకు ramachandran ప్లాట్ ను చూపడం.
+
|ప్రోటీన్స్ కొరకు ramachandran ప్లాట్ ను చూపడం.
 
|-
 
|-
−
||09:30
+
|09:30
−
||అసైన్మెంట్ గా, Jmol ప్యానెల్ పై Lysozyme ఎంజైమ్ యొక్క dot pdb ఫైల్ ను లోడ్ చేయండి.
+
|అసైన్మెంట్ గా, Jmol ప్యానెల్ పై Lysozyme ఎంజైమ్ యొక్క dot pdb ఫైల్ ను లోడ్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||09:38
+
|09:38
−
|| ఎంజైమ్ చుట్టూ ఉన్న ఉపరితలాన్ని హైలైట్ చేయండి.
+
|ఎంజైమ్ చుట్టూ ఉన్న ఉపరితలాన్ని హైలైట్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||09:42
+
|09:42
−
|| యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద అమినో యాసిడ్స్ ను హైలైట్ చేయండి.
+
|యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద అమినో యాసిడ్స్ ను హైలైట్ చేయండి.
 
|-
 
|-
−
||09:46
+
|09:46
−
||సూచన: Lysozyme యొక్క pdb ఫైల్ ను PDB database నుండి పొందండి.
+
|సూచన: Lysozyme యొక్క pdb ఫైల్ ను PDB database నుండి పొందండి.
 
|-   
 
|-   
−
||09:52
+
|09:52
−
|| ఈ URL వద్ద ఉన్న వీడియో ను చూడండి.   
+
|ఈ URL వద్ద ఉన్న వీడియో ను చూడండి.   
 
|-
 
|-
−
||09:56
+
|09:56
−
||అది Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ కు సారాంశం ను ఇస్తుంది.
+
|అది Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ కు సారాంశం ను ఇస్తుంది.
 
|-
 
|-
−
||10:00
+
|10:00
−
|| ఒకవేళ మీకు మంచి బ్యాండ్ విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దానిని డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు.
+
|ఒకవేళ మీకు మంచి బ్యాండ్ విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దానిని డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు.
 
|-
 
|-
−
||10:04
+
|10:04
−
||స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్
+
|స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్,
 
|-
 
|-
−
||10:07
+
|10:07
−
||వర్క్ షాప్ లను నిర్వహిస్తుంది మరియు ప్రశంసాపత్రాలను అందిస్తుంది.
+
|వర్క్ షాప్ లను నిర్వహిస్తుంది మరియు ప్రశంసాపత్రాలను అందిస్తుంది.
 
|-
 
|-
−
||10:10
+
|10:10
−
||మరిన్ని వివరాలకు మాకు వ్రాయండి.
+
|మరిన్ని వివరాలకు మాకు వ్రాయండి.
 
|-
 
|-
−
||10:14
+
|10:14
−
|| Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ అనేది, Talk to a Teacher అనే ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం.   
+
|Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ అనేది, Talk to a Teacher అనే ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం.   
 
|-
 
|-
−
||10:19
+
|10:19
−
|| దీనికి NMEICT, MHRD సహకారం అందిస్తుంది.
+
|దీనికి NMEICT, MHRD సహకారం అందిస్తుంది.
 
|-
 
|-
−
||10:25
+
|10:25
−
|| దీనిపై మరిన్ని వివరాలు ఈ లింక్ పై అందుబాటులో ఉన్నవి.
+
|దీని పై మరిన్ని వివరాలు ఈ క్రింది లింక్ పై అందుబాటులో ఉన్నవి.
 
|-
 
|-
−
||10:30
+
|10:30
−
||దీనిని తెలుగులోనికి అనువదించినది స్వామి. మరియు నేను ఉదయలక్ష్మి ధన్యవాదములు.
+
|దీనిని తెలుగులోనికి అనువదించినది స్వామి మరియు నేను ఉదయలక్ష్మి మీకు ధన్యవాదములు.
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Latest revision as of 16:00, 28 October 2020

Time Narration
00:01 అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన్ Jmol పై ఈ ట్యుటోరియల్కు స్వాగతం.
00:08 ఈ ట్యుటోరియల్ లో, మనము Jmol panel పై Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను Load చేయటం,
00:16 ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క డిస్ప్లే ను మార్చటం,
00:20 amino acid residues ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటం,
00:25 ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయటం మరియు
00:30 protein కొరకు Ramachandran plot ను చూడటం నేర్చుకుంటాము.
00:35 ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు ప్రాథమిక జీవరసాయన శాస్త్రం గురించి మరియు
00:41 Jmol అప్లికేషన్ విండో నుండి ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి అవగాహన ఉండాలి.
00:46 దయచేసి, Jmol అప్లికేషన్ సిరీస్ లో Proteins and Macromolecules ట్యుటోరియల్ ను చుడండి.
00:53 అది ఈ క్రింది లింక్ లో అందుబాటులో ఉంది.
00:57 ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేయడానికి, నేను Ubuntu ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్ వర్షన్ 12.04
01:05 Jmol వర్షన్ 12.2.2
01:08 Java వర్షన్ 7 మరియు Mozilla Firefox browser 22.0 లను ఉపయోగిస్తున్నాను.
01:16 Jmol window ను తెరచి, hexokinase ఎంజైమ్ యొక్క నిర్మాణం ను load చేయండి.
01:22 నేను internet కు కనెక్ట్ అయ్యాను. కాబట్టి, నేను నిర్మాణాన్ని PDB website నుంచి నేరుగా load చేస్తాను.
01:28 అలాచేయుటకు ఫైల్ మెనుని తెరచి, స్క్రోల్ చేసి, Get PDB ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
01:37 ఒక Input dialog-box తెరపై కనిపిస్తుంది. Hexokinase యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB కోడ్ ను అనగా 3IDH ను టెక్స్ట్ బాక్స్ లో టైప్ చేయండి.
01:50 ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank నుండి పొందవచ్చు.
01:55 మీకు ఒక వేళ ఇంటర్నెట్ కనెక్షన్ లేకుంటే, టూల్ బార్ లోని, Open a file ఐకాన్ ను ఉపయోగించి, ఇప్పటికే ఉన్న pdb ఫైల్ ను తెరవండి.
02:06 OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
02:09 glucokinase అని కూడా పిలవబడే hexokinase యొక్క 3D నిర్మాణం స్క్రీన్ పైన తెరుచుకుంటుంది.
02:16 File మెనూ ను ఉపయోగించి, Console విండో ను తెరవండి.
02:21 Console పై చూపినట్లుగా, Human Pancreatic Glucokinase ఉపరితలంతో పాటుగా Glucose కొరకు నిర్మాణం ప్యానెల్ పై ఉంది.
02:31 console ను మూసివేయండి.
02:34 మనం ప్యానల్ పై, hexokinase యొక్క ball and stick మోడల్ ను కలిగి ఉన్నాము.
02:40 ప్యానెల్ పై గల protein model నుండి నీటి అణువులను తొలగించండి.
02:44 ఈ తొలగించు పద్దతి Jmol ట్యుటోరియల్, Proteins and macromolecules నందు పూర్తిగా వివరించబడింది.
02:53 hexokinase ఎంజైమ్ గురించి చెప్పాలంటే,
02:56 Hexokinase 465 అమినో ఆసిడ్స్ గల ఒక monomeric protein.
03:02 అది రెండు domains ను కలిగి ఉంటుంది. ఒక పెద్ద డొమైన్ మరియు ఒక చిన్న డొమైన్.
03:07 ఈ enzyme యొక్క active-site, ఈ రెండు డొమైన్ ల మధ్య, cleft నందు ఉంటుంది.
03:14 hexokinase యొక్క ఆక్టివ్-సైట్, 204 వద్ద Aspergine, 231 వద్ద Aspergine మరియు 256 వద్ద Glutamic acid అనే మూడు అమినో యాసిడ్ రెసిడ్యూస్ లను కలిగి ఉంటుంది.
03:30 ఈ ఎంజైమ్ కు Alpha-D-Glucose అనేది substrate
03:34 ఇప్పుడు Jmol ప్యానెల్ కు తిరిగి వెళ్దాం.
03:38 మనం Substrate, Cofactors లేదా Amino acid residues వంటి ఎంజైమ్స్ యొక్క విభాగాలను ఆక్టివ్ సైట్ వద్ద సెలెక్ట్ చేయవచ్చు మరియు హైలైట్ చేయవచ్చు.
03:49 ఒక నిర్దిష్ఠ విభాగమును ఎంచుకొనుటకు - రైట్-క్లిక్ చేసి, పాప్-అప్ ను తెరవండి.
03:55 Select ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి,
03:57 Proteins సబ్-మెనూ నుండి By Residue name ను ఎంచుకోండి.
04:04 ఇక్కడ మనం జాబితా చేయబడిన విడివిడి amino acid residues లను కలిగిఉన్నాము.
04:10 దాన్ని ఎంచుకోవడానికి అమినో యాసిడ్ యొక్క పేరు పై క్లిక్ చేయండి.
04:14 అలాగే, అమినో యాసిడ్స్ Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged మొదలైనటునవంటి హెడింగ్స్ క్రిందన సమూహం చేయబడ్డాయి.
04:26 Hetero లో జాబితా చేయబడినవి, అయాన్ లోహం potassium మరియు substrate glucose.
04:34 substrate binding site ను సులభంగా గుర్తించడానికి, enzyme యొక్క ప్రదర్శనను మనం సవరించవచ్చు.
04:41 ప్రోటీన్ యొక్క పరమాణువుల, రంగును మరియు ప్రదర్శనను మార్చుదాం.
04:46 పాప్-అప్ మెనూని తెరచి, ఆపై Select కు వెళ్ళి, Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All పై క్లిక్ చేయండి.
04:55 మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనూని తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేసి, ఆపై Scheme కు వెళ్ళి, Sticks పై క్లిక్ చేయండి.
05:05 ఇప్పుడు మనం ప్యానెల్ పై, ప్రోటీన్ ను sticks ప్రదర్శనలో కలిగి ఉన్నాము.
05:11 ఇప్పుడు రంగును మార్చుటకు, పాప్-అప్ మళ్ళీ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి Blue ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
05:23 స్క్రీన్ పైన మనం, hexokinase యొక్క నమూనాను నీలం రంగులో మరియు sticks ప్రదర్శనలో కలిగి ఉన్నాము.
05:30 Alfa-D-Glucose ఉపరితలం, క్లెఫ్ట్ లో ball and stick లో ప్రదర్శనను గమనించండి.
05:38 substrate ను హైలైట్ చేయుటకు, పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, Select కు వెళ్ళి, ఆపై Hetero మరియు GLC-ALFA-D-GLUCOSE పై క్లిక్ చేయండి.
05:52 పాప్-అప్ మెనూ ను మళ్ళీ తెరచి, Style >> Scheme వరకు స్క్రోల్ చేసి Sticks ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
06:00 రంగును మార్చుటకు, మళ్ళీ పాప్-అప్ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి, White పై క్లిక్ చేయండి.
06:12 ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క నమూనా substrate యొక్క స్థానంతో స్పష్టంగా హైలైట్ చేయబడింది.
06:20 అమినో యాసిడ్స్ ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటానికి మనం వాటి రంగును మార్చవచ్చు.
06:26 అలాచేయటానికి, మనం Console విండో లో కమాండ్స్ ను టైప్ చెయ్యాలి.
06:32 ముందు చెప్పినట్లుగా, యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద చేరియున్న అమినో యాసిడ్స్, 204 స్థానం వద్ద Aspergine, 231 స్థానం వద్ద Aspergine మరియు 256 స్థానం వద్ద Glutamic acid.
06:50 File menu ను ఉపయోగించి, console window ను తెరచి, Console పై క్లిక్ చేయండి.
06:57 నేను కన్సోల్ విండో ను మాగ్నిఫై చేయుటకు Kmag స్క్రీన్ మాగ్నిఫైర్ ను ఉపయోగిస్తున్నాను.
07:03 $ ప్రాంప్ట్ వద్ద select స్క్వేర్ బ్రాకెట్ లో aspergine కొరకు Asn బ్రాకెట్ మూసి, స్థానం గా 204 ను, సెమికోలన్ color atoms orange అని టైప్ చేసి,
07:25 ఎంటర్ నొక్కండి.
07:27 aspargine residue యొక్క పరమాణువులు ఇపుడు ఆరెంజ్ రంగులో ఉండటం గమనించండి.
07:33 కీ బోర్డ్ నుండి up-arrow బటన్ పై క్లిక్ చేసి, edit పై క్లిక్ చేయండి.
07:39 అమినో యాసిడ్ స్థానం ను 231 కు మార్చి, పరమాణువుల రంగును ఎరుపుకు మార్చండి.
07:48 ఎంటర్ నొక్కండి.
07:51 అప్-యారో కీ ని మళ్ళీ నొక్కి, అమినో ఆసిడ్ యొక్క పేరును GLU కు అంటే అది glutamic acid మరియు స్థానాన్ని 256 కు మార్చండి.
08:06 మరియు పరమాణువుల రంగును ఆకుపచ్చ కు మార్చి, ఎంటర్ నొక్కండి.
08:13 మన ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క 3D model, substrate తో పాటు యాక్టీవ్-సైట్ హైలైట్ చేయబడి ఉన్నది.
08:23 అదేవిధంగా, ఇక్కడ చూపిస్తున్న మోడల్ లో potassium పరమాణువు కూడా ఉదా రంగులో హైలైట్ చేయబడిఉంది.
08:30 మనం jmol లో ఒక నిర్ధిష్ట ప్రోటీన్ కొరకు ramachandran plots ను కూడా చూపవచ్చు.
08:36 console పై, డాలర్ ప్రాంప్ట్ వద్ద plot ramachandran అని టైప్ చేసి,
08:45 ఎంటర్ నొక్కండి.
08:47 తెరపై, మనం hexokinase కొరకు ఒక ramachandran plot ను కలిగి ఉన్నాము.
08:54 డేటా బేస్ నుండి pdb files ను ఉపయోగించి, వివిధ ఎంజైమ్స్ ను load చేయటానికి ప్రయత్నించండి.
09:00 ద్వితీయ నిర్మాణము యొక్క ప్రదర్శనను మార్చండి.
09:04 సారాంశం చూద్దాం. మనం నేర్చుకున్నవి.

Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను PDB కోడ్ ను ఉపయోగించి Load చేయటం,

09:14 ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క ప్రదర్శనను మార్చడం,
09:17 యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద amino acid residues ను హైలైట్ చేయడం,
09:21 ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయడం,
09:25 ప్రోటీన్స్ కొరకు ramachandran ప్లాట్ ను చూపడం.
09:30 అసైన్మెంట్ గా, Jmol ప్యానెల్ పై Lysozyme ఎంజైమ్ యొక్క dot pdb ఫైల్ ను లోడ్ చేయండి.
09:38 ఎంజైమ్ చుట్టూ ఉన్న ఉపరితలాన్ని హైలైట్ చేయండి.
09:42 యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద అమినో యాసిడ్స్ ను హైలైట్ చేయండి.
09:46 సూచన: Lysozyme యొక్క pdb ఫైల్ ను PDB database నుండి పొందండి.
09:52 ఈ URL వద్ద ఉన్న వీడియో ను చూడండి.
09:56 అది Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ కు సారాంశం ను ఇస్తుంది.
10:00 ఒకవేళ మీకు మంచి బ్యాండ్ విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దానిని డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు.
10:04 స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్,
10:07 వర్క్ షాప్ లను నిర్వహిస్తుంది మరియు ప్రశంసాపత్రాలను అందిస్తుంది.
10:10 మరిన్ని వివరాలకు మాకు వ్రాయండి.
10:14 Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ అనేది, Talk to a Teacher అనే ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం.
10:19 దీనికి NMEICT, MHRD సహకారం అందిస్తుంది.
10:25 దీని పై మరిన్ని వివరాలు ఈ క్రింది లింక్ పై అందుబాటులో ఉన్నవి.
10:30 దీనిని తెలుగులోనికి అనువదించినది స్వామి మరియు నేను ఉదయలక్ష్మి మీకు ధన్యవాదములు.

Contributors and Content Editors

Madhurig, PoojaMoolya, Simhadriudaya

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Telugu&oldid=54243"