Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 |'''Time''' | '''Narration''' |- | 00:01 | '''Proteins and Macromolecules.''' પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છ...")
 
 
(4 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 13: Line 13:
 
|-
 
|-
 
|00:09
 
|00:09
−
|* '''Protein Data Bank (PDB).''' થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા.
+
|  '''Protein Data Bank (PDB).''' થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા.
  
 
|-
 
|-
 
|00:13
 
|00:13
−
|* '''.pdb ''' ડેટાબેસ થી  '''PDB'''  ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.  
+
| '''.pdb ''' ડેટાબેસ થી  '''PDB'''  ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.  
  
  
 
|-
 
|-
 
|00:18
 
|00:18
−
|* પ્રોટીન્સના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
+
| પ્રોટીન્સના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
  
 
|-
 
|-
 
|00:24
 
|00:24
−
|*   હાઇડ્રોજન બોન્ડસ અને ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડને હાઈલાઈટ કરતા.
+
|  હાઇડ્રોજન બોન્ડસ અને ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડને હાઈલાઈટ કરતા.
  
  
Line 43: Line 43:
 
|-
 
|-
 
| 00:46
 
| 00:46
−
|* ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ આવૃત્તિ 12.04  
+
|  ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ આવૃત્તિ 12.04  
  
 
|-
 
|-
 
|00:50
 
|00:50
−
|* '''Jmol''' આવૃત્તિ 12.2.2  
+
| '''Jmol''' આવૃત્તિ 12.2.2  
  
 
|-
 
|-
 
|00:54
 
|00:54
−
|* '''Java''' આવૃત્તિ 7  
+
| '''Java''' આવૃત્તિ 7  
  
 
|-
 
|-
 
|00:57
 
|00:57
−
|* '''Mozilla Firefox ''' બ્રાઉઝર 22.0
+
| '''Mozilla Firefox ''' બ્રાઉઝર 22.0
  
 
|-
 
|-
Line 63: Line 63:
 
|-
 
|-
 
|01:06
 
|01:06
−
|* '''Proteins'''  (પ્રોટીન્સ)અને  '''Macromolecules''' (મેક્રોમોલેક્યુલ્સ)
+
| '''Proteins'''  (પ્રોટીન્સ)અને  '''Macromolecules''' (મેક્રોમોલેક્યુલ્સ)
  
 
|-
 
|-
 
|01:10
 
|01:10
−
|* '''Nucleic acids, (ન્યુક્લીક એસીડ) DNA''' અને  '''RNA'''
+
| '''Nucleic acids, (ન્યુક્લીક એસીડ) DNA''' અને  '''RNA'''
  
 
|-
 
|-
 
|01:13
 
|01:13
−
|* '''ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર અને  પોલીમર્સ ''' જેમોલ એપ્લીકેશન નો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે.
+
| '''ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર અને  પોલીમર્સ ''' જેમોલ એપ્લીકેશન નો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે.
  
 
|-
 
|-
Line 111: Line 111:
 
|-
 
|-
 
|02:13
 
|02:13
−
| In the search box type name of the protein as '''Human''' '''Insulin.'''Press Enter key on the keyboard.
+
|   સર્ચ બોક્સમાં પ્રોટીનનું નામ '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન ટાઈપ કરો.કીબોર્ડ પર એન્ટર દબાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:24
 
| 02:24
−
| Now, on the web-page that is displayed, scroll down.
+
| હવે,પ્રદશિત વેબ પુષ્ઠ પર નીચે સ્ક્રોલ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:28
 
| 02:28
−
| A list of known structures of '''Human Insulin''' along with the '''PDB codes '''appear on screen.
+
|   ''''''PDB'''  કોડસના  સાથે  '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન જાણીતા સ્ટ્રક્ચરની યાદી સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:36
 
| 02:36
−
| As an example, let's select''' Human Insulin''' with a code '''4EX1.'''
+
| ઉદાહરણ તરીકે, '''4EX1.''' કોડ સાથે  '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|  02:44
 
|  02:44
−
|Click on the name of the protein.
+
| પ્રોટીનના નામ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:47
 
| 02:47
−
| A window opens with all the details of the structure.
+
| સ્ટ્રક્ચરની બધી વિગતો સાથે  વિન્ડો ખુલે છે.  
  
 
|-
 
|-
 
| 02:52
 
| 02:52
−
| Information like
+
| માહિતીઓ જેવી કે
  
 
|-
 
|-
 
| 02:54
 
| 02:54
−
|* '''Primary Citation'''
+
| '''Primary Citation''' (પ્રાયમરી સાઇટેશન)
  
 
|-
 
|-
 
| 02:56
 
| 02:56
−
|* '''Molecular Description '''and
+
| '''Molecular Description '''અને (મોલેક્યૂલર ડીસ્કરીપશન)
  
 
|-
 
|-
 
|02:58
 
|02:58
−
|* '''Structure Validation'''are available on this page.
+
| '''Structure Validation''' (સ્ટ્રક્ચર વેલિડેશન) આ પુષ્ઠ પર ઉપલબ્ધ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:02
 
| 03:02
−
| We can save the structures of proteins as '''.pdb '''files and view them in 3D mode in '''Jmol.'''
+
|આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રક્ચરને '''.pdb ''' ફાઈલમાં સેવ કરીને તેને જેમોલમાં  3D મોડમાં જોઈ શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
|  03:12
 
|  03:12
−
| Click on the '''Download Files''' link, located at the top right hand corner of the page.  
+
| પુષ્ઠના ટોચે જમણીબાજુમા  '''Download Files''' લીંક પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 03:20
 
| 03:20
−
| From the drop down menu, select '''PDB file (gz) '''option'''. '''
+
| ડ્રોપ ડાઉન મેનુ માંથી  '''PDB''' ફાઈલ  '''(gz) ''' વિકલ્પ પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:28
 
| 03:28
−
|A dialog box opens on the screen.  
+
| સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|  03:32
 
|  03:32
−
|Select '''Save file''' option.  
+
| '''Save file''' વિકલ્પ પસંદ કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
|03:35
 
|03:35
−
|Click on '''OK''' button.
+
| '''OK''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:39
 
| 03:39
−
| The structure of protein will be saved as '''4EX1.pdb.gz,''' in the '''Downloads '''folder.
+
| '''Downloads '''ફોલ્ડરમા પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર  '''4EX1.pdb.gz,''' તરીકે સંગ્રહિત થશે.  
  
 
|-
 
|-
 
|  03:51
 
|  03:51
−
| Similarly, you can download the required '''.pdb '''files of various proteins and save them in separate files.  
+
| તેજ રીતે તમે જોઈતી વિવિધ પ્રોટીન્સની '''.pdb ''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીને તેને અલગ ફાઈલમાં સેવ કરી શકો છો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:02
 
| 04:02
−
| Now, lets switch to '''Jmol''' window to view the 3D structure of '''Insulin'''.
+
|હવે ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચરને જોવા માટે ચાલો જેમોલ વિન્ડો પર જઈએ.
  
 
|-
 
|-
 
|04:09  
 
|04:09  
−
| If you are connected to Internet, you can directly download the protein structure on Jmol panel.
+
| જો તમે ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ હોય તો તમે જેમોલ પેનલ પર  સીધુ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર  ડાઉનલોડ કરી શકો છો.
  
 
|-
 
|-
 
|  04:15
 
|  04:15
−
| Type the 4 letter '''PDB code “4EX1” '''in the text box and click on '''OK''' button.  
+
| ટેક્સ્ટ બોક્સમાં  ચાર અક્ષર '''PDB code “4EX1” ''' ટાઈપ કરો અને  '''OK''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:25
 
| 04:25
−
| If you are not connected to Internet, then click on '''Open a File''' icon on the tool bar.
+
| જો તમે ઈન્ટરનેટ થી જોડાયેલા નથી તો ટૂલ બાર પર '''Open a File''' આઇકન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:34
 
| 04:34
−
| A dialog box opens on the panel.
+
| પેનલ પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|  04:38
 
|  04:38
−
|Navigate to the location of '''4EX1.pdb.gz''' file i.e. to '''Downloads '''folder.
+
| '''4EX1.pdb.gz''' નું સ્થાન એટલેકે  '''Downloads '''ફોલ્ડર પર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
|  04:47
 
|  04:47
−
|Select '''Downloads''' folder and click on '''open '''button.  
+
| '''Downloads''' ફોલ્ડર પસંદ કરો અને  '''open ''' બટન પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
|  04:52
 
|  04:52
−
|Select '''4EX1.pdb.gz''' file and click on '''open''' button.
+
| '''4EX1.pdb.gz''' પસંદ કરો અને  '''open''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:00
 
| 05:00
−
| 3D Structure of Insulin opens on screen.
+
| ઇન્સ્યુલીનનું 3D સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:05
 
| 05:05
−
| The default display of the '''protein''' on the panel, is '''ball and stick.'''
+
| પેનલ પર પ્રોટીન નું મૂળભૂત દેખવ '''ball and stick.''' છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:12
 
| 05:12
−
| The model of protein on the panel is shown without hydrogens atoms.
+
| પેનલ પર પ્રોટીનના  મોડલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ વગર દેખાડ્યું છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:17
 
| 05:17
−
| To show the model with hydrogen atoms, open the '''modelkit''' menu.
+
| હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે મોડેલ દેખાડવા માટે '''modelkit''' મેનુ  ખોલો.
  
 
|-
 
|-
 
|  05:23
 
|  05:23
−
|Scroll down to '''add hydrogens''' option and click on it.
+
| સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને  '''add hydrogens''' વિકલ્પ પસંદ ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:28
 
| 05:28
−
| The model on the panel is now displayed with hydrogen atoms.
+
| હવે પેનલના મોડેલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:33
 
| 05:33
−
| The '''protein''' structure is also shown with water molecules.
+
| પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને પણ પાણીના અણુ સાથે બતાડ્યું છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:38
 
| 05:38
−
| To hide the water molecules, follow the steps as shown.
+
| પાણીના અણુ ને સંતાડવા માટે આપેલ પગલા અનુસરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:43
 
| 05:43
−
| First open the pop-up menu and go to '''Select.'''
+
| પ્રથમ પોપ અપ ને ખોલો અને  '''Select.''' પર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:48
 
| 05:48
−
| From the sub-menu,choose '''Hetero'''and click on '''“All Water''' option.
+
| સબ મેનુમાંથી  '''Hetero''' (હેટરો) પસંદ કરો '''“All Water''' વિકલ્પ પસંદ  કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:55
 
| 05:55
−
| Open the pop-up menu again, go to '''Style''', '''Scheme '''and click on '''CPK spacefill '''option.
+
| ફરીથી પોપ અપ મેનુ ને ખોલો  '''Style''', '''Scheme ''' પર જાઓ અને  '''CPK spacefill ''' વિકલ્પ પસંદ  કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:05
 
| 06:05
−
|This will convert all the water molecules to '''CPK Spacefill '''display.
+
| આ બધા પાણીના અણુઓને  '''CPK Spacefill ''' ડિસ્પ્લે માં  રૂપાંતર કરશે.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:11  
 
| 06:11  
−
| Open the pop-up menu again and go to '''Style''' scroll down to '''Atoms '''and click on '''Off '''option.
+
| પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને  '''Style''' પર જાઓ '''Atoms ''' માટે સ્ક્રોલ કરો અને '''Off ''' વિકલ્પ પસંદ  કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:22
 
| 06:22
−
| Now on panel we have '''Insulin'''structure without any water molecules.
+
| હવે પેનલ પર આપણી પાસે પાણીના અનુ વગર ઇન્સ્યુલીન સ્ટ્રક્ચર છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:27
 
| 06:27
−
| Next, let us learn to display the secondary structure of the '''protein''' in various formats.
+
| આગળ આપણે વિવિધ ફોરમેટસ મા પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર દેખાડવાનું શીખીશું.  
  
 
|-
 
|-
 
|  06:35
 
|  06:35
−
|Open the pop-up menu.  
+
| પોપ-અપ મેનુ ખોલો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 06:37
 
| 06:37
−
| Go to '''Select '''option.  
+
| '''Select '''વિકલ્પ પસંદ કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 06:39
 
| 06:39
−
| Scroll down to '''Protein '''and click on''' All '''option.
+
| પ્રોટીન માટે સ્ક્રોલ કરો અને ''' All ''' વિકલ્પ પસંદ કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 06:44
 
| 06:44
−
|Open the pop-up menu again and scroll down to '''Style, '''then''' Scheme. '''
+
| પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને '''Style, ''' માટે સ્ક્રોલ કરો અને '' Scheme. ''' પર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
|  06:50
 
|  06:50
−
|A sub-menu opens with options like '''CPK Spacefill''', '''Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, etc. '''
+
|સબ મેનુ આપેલ વિકલ્પો સાથે ખુલે છે જેમકે '''CPK Spacefill''', '''Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, વગેરે. '''  
  
 
|-
 
|-
 
|07:02   
 
|07:02   
−
|Click on''' Cartoon '''option from the sub-menu.
+
| સબ મેનુ માંથી ''' Cartoon ''' વિકલ્પ પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|07:07
 
|07:07
−
| This display shows the secondary structure of protein as '''helices, random coils, strands, sheets '''etc.
+
| આ ડિસ્પ્લે પ્રોટીન ના સ્ટ્રક્ચર  જેમકે  '''helices, random coils, strands, sheets ''' વગેરે દેખાડે છે.  
  
 
|-
 
|-
 
| 07:17
 
| 07:17
−
| For more display options,
+
| વધુ ડિસ્પ્લેના વિકલ્પો માટે,
  
 
|-
 
|-
 
| 07:19
 
| 07:19
−
| Open the pop-up menu and scroll down to '''Style,''' then to''' Structures'''.
+
| પોપ અપ મેનુ ને ખોલો અને '''Style,''' માટે  સ્ક્રોલ કરી ''' Structures''' પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:25
 
| 07:25
−
| Here we see many more options to display secondary structure of protein.
+
| અહી આપણે પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરને ડિસ્પ્લે કરવા માટે બીજા ઘણા વિકલ્પો દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:31
 
| 07:31
−
| For example click on '''Strands''' option.
+
| ઉદાહરણ તરીકે  '''Strands''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:35
 
| 07:35
−
| The protein is now displayed as '''Strands''' on the panel.
+
| હવે પેનલ પ્રોટીન '''Strands''' ના જેમ દેખાય છે.  
  
 
|-
 
|-
 
| 07:40
 
| 07:40
−
| To change the color of display, open the Pop-up-menu. Scroll down to '''Color''' select '''Atoms''' and click on '''Blue''' option.
+
| ડિસ્પ્લે નો રંગ બદલવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો  '''Color''' માટે સ્કોલ કરી '''Atoms''' પસંદ કરો અને '''Blue'''વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 07:52
 
| 07:52
−
| Observe the change in color on the panel.
+
| પેનલ પર થતા રંગના ફેરફાર નું અવલોકન કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:56
 
| 07:56
−
| To convert the structure back to '''Ball-and-stick''' display,
+
| સ્ટ્રક્ચરને ફરી '''Ball-and-stick''' મા પાછુ રૂપાંતર કરવા માટે,  
  
 
|-
 
|-
 
| 07:59
 
| 07:59
−
| Open the pop-up menu, select '''Style''', then '''Scheme''' and click on '''Ball and stick '''option.
+
| પોપ -અપ મેનુ ખોલો  '''Style''' પસંદ કરો,અને પછી '''Scheme''' અને  '''Ball and stick ''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 08:08
 
| 08:08
−
| We can also highlight '''hydrogen bonds '''and''' di-sulpfide bonds '''in the protein model.
+
| આપણે પ્રોટીન મોડેલમા '''hydrogen bonds '''અને ''' di-sulpfide bonds ''' હાઈલાઈટ પણ કરી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
| 08:14
 
| 08:14
−
| To display '''hydrogen bonds''': Open the pop-up menu and scroll down to '''Style''' and then to '''Hydrogen Bonds''' option.
+
| '''hydrogen bonds''' ને ડીસ્લ્પે કરવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો '''Style'' માટે સ્ક્રોલ કરો અને પછી ''Hydrogen Bonds''' વિકલ્પ પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|08:25  
 
|08:25  
−
| '''The Hydrogen Bonds''' option in the Pop-up menu has features such as:
+
|   પોપ -અપ મેનુમા ''' Hydrogen Bonds''' વિકલ્પ ઘણા ફીચર ધરાવે છે જેમકે
  
 
|-
 
|-
Line 355: Line 355:
 
|-
 
|-
 
|08:35
 
|08:35
−
|'''Set Hydrogen Bonds in the Backbone.'''
+
|'''Set Hydrogen Bonds in the Backbone.'''અને બોન્ડ્સની જડાઈ બદલવા માટે પણ વિકલ્પ ધરાવે છે.
−
And also has options to change the thickness of the bonds.
+
  
 
|-
 
|-
 
| 08:42
 
| 08:42
−
| Click on '''Calculate''' option to show the '''hydrogen bonds''' in the model.
+
| મોડેલ મા '''hydrogen bonds''' દેખાડવા  માટે  '''Calculate''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|  08:47
 
|  08:47
−
|The '''hydrogen bonds''' are displayed as white and red long dashes.
+
| '''hydrogen bonds''' સફેદ અને લાલ લાંબા ડેશેસ ના જેવું દેખાય છે.  
  
 
|-
 
|-
 
| 08:53
 
| 08:53
−
| To change the thickness of '''hydrogen bonds''', Click on''' 0.10 A '''option from the''' pop-up-menu'''.
+
| '''hydrogen bonds''' ની જડાઈ બદલવા માટે , પોપ -અપ મેનુ માંથી ''' 0.10 A ''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|  09:02
 
|  09:02
−
|Now on the panel we can see thicker''' hydrogen bonds'''.  
+
| હવે પેનલ પર આપણે જાળા ''' hydrogen bonds'''. ફરી જોઈ શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
|09:06
 
|09:06
−
| We can also change the color of hydrogen bonds.  
+
| આપણે ''' hydrogen bonds''' ના રંગો પણ બદલી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
| 09:11
 
| 09:11
−
| From the Pop-up-menu scroll down to '''Color''' then '''Hydrogen Bonds''' then click on '''orange''' option.
+
| પોપ -અપ મેનુમા સ્ક્રોલ કરી '''Color''' અને  '''Hydrogen Bonds''' પસંદ કરીને  '''orange''' વિકલ્પ પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 09:20
 
| 09:20
−
| On the panel, we have all the '''hydrogen bonds''' in orange color.
+
| પેનલ પર આપણી પાસે બધા  '''hydrogen bonds''' નારંગી રંગ મા છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 09:25
 
| 09:25
−
|   '''Disulfide''' bonds, and sulphur atoms are shown in the model in yellow colour.
+
| ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડ્સ અને સલ્ફર પરમાણુ મોડેલમાં પીડા રંગમા દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
|09:31
 
|09:31
−
| To modify disulfide bonds open the option disulfide bonds in pop menu
+
| ડાઈસલ્ફાઇડ  બોન્ડમા સુધારા કરવા માટે પોપ-અપ  મેનુમાં '''disulfide bonds'''  વિકલ્પને ખોલો
  
 
|-
 
|-
 
| 09:38
 
| 09:38
−
| Click on the features you may want to change like size and color etc.
+
| એવા ફીચર પર ક્લિક કરો જેને તમે બદલવા ઇચ્છતા હોય જેમકે માપ અને રંગ વગેરે.
  
 
|-
 
|-
 
| 09:44
 
| 09:44
−
| Similarly try to open '''.pdb '''files of different '''enzymes '''and view their 3D structures.
+
| તેજ પ્રકારે વિવિધ  ''enzymes '''ની  ફાઈલોને  '''.pdb ''' ફોરમેટમા ખોલવાનો પ્રયત્ન કરો અને 3D સ્ટ્રક્ચર મા તેને જુઓ.
  
 
|-
 
|-
 
|09:51
 
|09:51
−
| Let us summarize, in this tutorial we have learnt to:
+
| ચાલો સારાંશ લઈએ આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા:
  
 
|-
 
|-
 
|09:57
 
|09:57
−
|* To Load structures of protein from Protein Data Bank (PDB).
+
| '''Protein Data Bank (PDB).''' થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા
  
 
|-
 
|-
 
|10:00
 
|10:00
−
|* Download '''.pdb''' files from the database.
+
| '''.pdb ''' ડેટાબેસ થી  '''PDB'''  ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.  
  
 
|-
 
|-
 
|10:05
 
|10:05
−
|* View 3D structure of Insulin using '''PDB code.'''  
+
| '''PDB code.''' વાપરીને  ઇન્સ્યુલીનના  3D  સ્ટ્રક્ચર ને જોતા.
  
 
|-
 
|-
 
|10:10
 
|10:10
−
|* View '''Protein''' structure without water molecules.
+
| પાણીના પરમાણુ વગર  પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને જોતા
  
 
|-
 
|-
 
|10:14
 
|10:14
−
|* Display secondary structure in various formats.
+
| સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
  
 
|-
 
|-
 
|10:17
 
|10:17
−
|* Highlight '''hydrogen bonds '''and '''disulfide bonds.'''
+
| '''hydrogen bonds '''અને  '''disulfide bonds.''' ને હાઈલાઈટ કરતા.
  
 
|-
 
|-
 
|10:22
 
|10:22
−
| Here is an assignment for you.
+
| અહીં તમારા માટે અસાઇનમેન્ટ છે.
  
 
|-
 
|-
 
|10:24
 
|10:24
−
|* Download the '''.pdb''' file of '''Human Hemoglobin''' from '''PDB '''database.
+
| '''PDB '''ડેટાબેસ પરથી  '''Human Hemoglobin''' ની '''.pdb'''ફાઈલ ડાઉન લોડ કરો .
  
 
|-
 
|-
 
|10:31
 
|10:31
−
|* Show secondary structure in '''cartoon '''display.
+
| '''cartoon '''ડિસ્પ્લેમા સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર બતાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
|10:35
 
|10:35
−
|* Highlight the “'''porphyrin'''” units of the '''protein'''.  
+
| પ્રોટીનના  “'''porphyrin'''” યુનિટને હાઈલાઈટ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|10:39
 
|10:39
−
|* Refer the following link for the '''PDB code.'''
+
| ''PDB code.''' માટે આપેલ લીનક નો સંદર્ભ લો
  
 
|-
 
|-
 
| 10:42
 
| 10:42
−
| Watch the video available at this URL.
+
| આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો.
 
[http://spoken-tutorial.org/What http://spoken-tutorial.org/What]_is_a_Spoken_ Tutorial
 
[http://spoken-tutorial.org/What http://spoken-tutorial.org/What]_is_a_Spoken_ Tutorial
  
 
|-
 
|-
 
|10:46
 
|10:46
−
|It summarizes the Spoken Tutorial project
+
|તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|10:50
 
|10:50
−
|If you do not have good bandwidth, you can download and watch it
+
|જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
  
 
|-
 
|-
 
| 10:55
 
| 10:55
−
| The Spoken Tutorial Project Team:  
+
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ:  
  
 
|-
 
|-
 
|10:57
 
|10:57
−
|Conducts workshops using spoken tutorials
+
|સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|11:01
 
|11:01
−
|Gives certificates to those who pass an on-line test
+
|જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|11:06
 
|11:06
−
|For more details, please write to  contact@spoken-tutorial.org  
+
|વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરી, '''contact@spoken-tutorial.org''' પર લખો.
  
 
|-
 
|-
 
| 11:13
 
| 11:13
−
| Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project
+
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે.
  
 
|-
 
|-
 
|11:18
 
|11:18
−
|It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India
+
|જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે.
  
 
|-
 
|-
 
|11:25
 
|11:25
−
|More information on this Mission is available at this link [http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro] ]
+
|આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. '''http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro'''
−
 
+
 
|-
 
|-
 
|11:31
 
|11:31
−
|This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.  
+
|IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.  
  
 
|}
 
|}

Latest revision as of 17:01, 24 March 2017

Time Narration
00:01 Proteins and Macromolecules. પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યુટોરીયલમાં, હું આપેલ વિશે સમજાવીશ:
00:09 Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા.
00:13 .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.


00:18 પ્રોટીન્સના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
00:24 હાઇડ્રોજન બોન્ડસ અને ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડને હાઈલાઈટ કરતા.


00:29 આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમે Jmol Application window. બેસિક ઓપરેશન શાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.
00:37 જો નથી તો અમારી વેબ સાઈટ પર ઉપલબ્ધ ટ્યુટોરીયલનો સંદર્ભ લો.
00:42 આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું,
00:46 ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ આવૃત્તિ 12.04
00:50 Jmol આવૃત્તિ 12.2.2
00:54 Java આવૃત્તિ 7
00:57 Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 22.0
01:02 મોટા જૈવિકઅણુઓ ના સ્ટ્રક્ચરના વિશ્લેષણ જેવા
01:06 Proteins (પ્રોટીન્સ)અને Macromolecules (મેક્રોમોલેક્યુલ્સ)
01:10 Nucleic acids, (ન્યુક્લીક એસીડ) DNA અને RNA
01:13 ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર અને પોલીમર્સ જેમોલ એપ્લીકેશન નો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે.
01:19 મેં નવી Jmol વિન્ડો ખોલી છે.
01:24 જૈવિકઅણુઓના 3D સ્ટ્રક્ચરસ ને ડેટાબેસ થી ડાયરેક્ટ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકાય છે.
01:29 આ કરવા માટે File મેનુ પર ક્લોઈક કરો Get PDB. મેળવવા માટે સ્ક્રોલડાઉન કરો.
01:36 ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
01:40 ચોક્કસ પ્રોટીન માટે આપણે ઈનપુટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર ના PDB code કરવા પડશે.
01:48 ' આ કોડ 'Protein Data Bank (PDB) વેબસાઈટ થી મેળવી શકીએ છીએ.
01:53 આ Protein Data Bank. નું વેબ પુષ્ઠ છે.
01:57 આ જૈવિકઅણુઓ વિષે માહિતી ધરવે છે જેમ કે proteins (પ્રોટીન્સ) અને nucleic acids. (ન્યુક્લીક એસીડ)
02:04 દાહરણ તરીકે:હવેPDB વેબસાઈટ થી Pancreatic Enzyme Insulin (પેનક્રીએટીક એન્ઝાઈમ ઇન્સ્યુઇન) માટે PDB code મેળવવાની કોશિશ કરે છે.
02:13 સર્ચ બોક્સમાં પ્રોટીનનું નામ Human ઇન્સ્યુલીન ટાઈપ કરો.કીબોર્ડ પર એન્ટર દબાઓ.
02:24 હવે,પ્રદશિત વેબ પુષ્ઠ પર નીચે સ્ક્રોલ કરો.
02:28 'PDB' કોડસના સાથે Human ઇન્સ્યુલીન જાણીતા સ્ટ્રક્ચરની યાદી સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
02:36 ઉદાહરણ તરીકે, 4EX1. કોડ સાથે Human ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો.
02:44 પ્રોટીનના નામ પર ક્લિક કરો.
02:47 સ્ટ્રક્ચરની બધી વિગતો સાથે વિન્ડો ખુલે છે.
02:52 માહિતીઓ જેવી કે
02:54 Primary Citation (પ્રાયમરી સાઇટેશન)
02:56 Molecular Description અને (મોલેક્યૂલર ડીસ્કરીપશન)
02:58 Structure Validation (સ્ટ્રક્ચર વેલિડેશન) આ પુષ્ઠ પર ઉપલબ્ધ છે.
03:02 આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રક્ચરને .pdb ફાઈલમાં સેવ કરીને તેને જેમોલમાં 3D મોડમાં જોઈ શકીએ છીએ.
03:12 પુષ્ઠના ટોચે જમણીબાજુમા Download Files લીંક પર ક્લિક કરો.
03:20 ડ્રોપ ડાઉન મેનુ માંથી PDB ફાઈલ (gz) વિકલ્પ પસંદ કરો.
03:28 સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:32 Save file વિકલ્પ પસંદ કરો.
03:35 OK બટન પર ક્લિક કરો.
03:39 Downloads ફોલ્ડરમા પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર 4EX1.pdb.gz, તરીકે સંગ્રહિત થશે.
03:51 તેજ રીતે તમે જોઈતી વિવિધ પ્રોટીન્સની .pdb ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીને તેને અલગ ફાઈલમાં સેવ કરી શકો છો.
04:02 હવે ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચરને જોવા માટે ચાલો જેમોલ વિન્ડો પર જઈએ.
04:09 જો તમે ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ હોય તો તમે જેમોલ પેનલ પર સીધુ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર ડાઉનલોડ કરી શકો છો.
04:15 ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર PDB code “4EX1” ટાઈપ કરો અને OK બટન પર ક્લિક કરો.
04:25 જો તમે ઈન્ટરનેટ થી જોડાયેલા નથી તો ટૂલ બાર પર Open a File આઇકન પર ક્લિક કરો.
04:34 પેનલ પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:38 4EX1.pdb.gz નું સ્થાન એટલેકે Downloads ફોલ્ડર પર જાઓ.
04:47 Downloads ફોલ્ડર પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો.
04:52 4EX1.pdb.gz પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો.
05:00 ઇન્સ્યુલીનનું 3D સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
05:05 પેનલ પર પ્રોટીન નું મૂળભૂત દેખવ ball and stick. છે.
05:12 પેનલ પર પ્રોટીનના મોડલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ વગર દેખાડ્યું છે.
05:17 હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે મોડેલ દેખાડવા માટે modelkit મેનુ ખોલો.
05:23 સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને add hydrogens વિકલ્પ પસંદ ક્લિક કરો.
05:28 હવે પેનલના મોડેલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે દેખાય છે.
05:33 પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને પણ પાણીના અણુ સાથે બતાડ્યું છે.
05:38 પાણીના અણુ ને સંતાડવા માટે આપેલ પગલા અનુસરો.
05:43 પ્રથમ પોપ અપ ને ખોલો અને Select. પર જાઓ.
05:48 સબ મેનુમાંથી Hetero (હેટરો) પસંદ કરો “All Water વિકલ્પ પસંદ કરો.
05:55 ફરીથી પોપ અપ મેનુ ને ખોલો Style, Scheme પર જાઓ અને CPK spacefill વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:05 આ બધા પાણીના અણુઓને CPK Spacefill ડિસ્પ્લે માં રૂપાંતર કરશે.
06:11 પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને Style પર જાઓ Atoms માટે સ્ક્રોલ કરો અને Off વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:22 હવે પેનલ પર આપણી પાસે પાણીના અનુ વગર ઇન્સ્યુલીન સ્ટ્રક્ચર છે.
06:27 આગળ આપણે વિવિધ ફોરમેટસ મા પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર દેખાડવાનું શીખીશું.
06:35 પોપ-અપ મેનુ ખોલો.
06:37 Select વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:39 પ્રોટીન માટે સ્ક્રોલ કરો અને All વિકલ્પ પસંદ કરો.
06:44 પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને 'Style, માટે સ્ક્રોલ કરો અને Scheme. પર જાઓ.
06:50 સબ મેનુ આપેલ વિકલ્પો સાથે ખુલે છે જેમકે CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, વગેરે.
07:02 સબ મેનુ માંથી Cartoon વિકલ્પ પસંદ કરો.
07:07 આ ડિસ્પ્લે પ્રોટીન ના સ્ટ્રક્ચર જેમકે helices, random coils, strands, sheets વગેરે દેખાડે છે.
07:17 વધુ ડિસ્પ્લેના વિકલ્પો માટે,
07:19 પોપ અપ મેનુ ને ખોલો અને Style, માટે સ્ક્રોલ કરી Structures પસંદ કરો.
07:25 અહી આપણે પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરને ડિસ્પ્લે કરવા માટે બીજા ઘણા વિકલ્પો દેખાય છે.
07:31 ઉદાહરણ તરીકે Strands વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
07:35 હવે પેનલ પ્રોટીન Strands ના જેમ દેખાય છે.
07:40 ડિસ્પ્લે નો રંગ બદલવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો Color માટે સ્કોલ કરી Atoms પસંદ કરો અને Blueવિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
07:52 પેનલ પર થતા રંગના ફેરફાર નું અવલોકન કરો.
07:56 સ્ટ્રક્ચરને ફરી Ball-and-stick મા પાછુ રૂપાંતર કરવા માટે,
07:59 પોપ -અપ મેનુ ખોલો Style પસંદ કરો,અને પછી Scheme અને Ball and stick વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
08:08 આપણે પ્રોટીન મોડેલમા hydrogen bonds અને di-sulpfide bonds હાઈલાઈટ પણ કરી શકીએ છીએ.
08:14 hydrogen bonds ને ડીસ્લ્પે કરવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો Style માટે સ્ક્રોલ કરો અને પછી Hydrogen Bonds વિકલ્પ પસંદ કરો.
08:25 પોપ -અપ મેનુમા Hydrogen Bonds વિકલ્પ ઘણા ફીચર ધરાવે છે જેમકે
08:30 Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35 Set Hydrogen Bonds in the Backbone.અને બોન્ડ્સની જડાઈ બદલવા માટે પણ વિકલ્પ ધરાવે છે.
08:42 મોડેલ મા hydrogen bonds દેખાડવા માટે Calculate વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
08:47 hydrogen bonds સફેદ અને લાલ લાંબા ડેશેસ ના જેવું દેખાય છે.
08:53 hydrogen bonds ની જડાઈ બદલવા માટે , પોપ -અપ મેનુ માંથી 0.10 A વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
09:02 હવે પેનલ પર આપણે જાળા hydrogen bonds. ફરી જોઈ શકીએ છીએ.
09:06 આપણે hydrogen bonds ના રંગો પણ બદલી શકીએ છીએ.
09:11 પોપ -અપ મેનુમા સ્ક્રોલ કરી Color અને Hydrogen Bonds પસંદ કરીને orange વિકલ્પ પસંદ કરો.
09:20 પેનલ પર આપણી પાસે બધા hydrogen bonds નારંગી રંગ મા છે.
09:25 ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડ્સ અને સલ્ફર પરમાણુ મોડેલમાં પીડા રંગમા દેખાય છે.
09:31 ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડમા સુધારા કરવા માટે પોપ-અપ મેનુમાં disulfide bonds વિકલ્પને ખોલો
09:38 એવા ફીચર પર ક્લિક કરો જેને તમે બદલવા ઇચ્છતા હોય જેમકે માપ અને રંગ વગેરે.
09:44 તેજ પ્રકારે વિવિધ enzymes 'ની ફાઈલોને .pdb ફોરમેટમા ખોલવાનો પ્રયત્ન કરો અને 3D સ્ટ્રક્ચર મા તેને જુઓ.
09:51 ચાલો સારાંશ લઈએ આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા:
09:57 Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા
10:00 .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.
10:05 PDB code. વાપરીને ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચર ને જોતા.
10:10 પાણીના પરમાણુ વગર પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને જોતા
10:14 સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
10:17 hydrogen bonds અને disulfide bonds. ને હાઈલાઈટ કરતા.
10:22 અહીં તમારા માટે અસાઇનમેન્ટ છે.
10:24 PDB ડેટાબેસ પરથી Human Hemoglobin ની .pdbફાઈલ ડાઉન લોડ કરો .
10:31 cartoon ડિસ્પ્લેમા સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર બતાઓ.
10:35 પ્રોટીનના “porphyrin” યુનિટને હાઈલાઈટ કરો.
10:39 PDB code.' માટે આપેલ લીનક નો સંદર્ભ લો
10:42 આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો.

http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial

10:46 તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
10:50 જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
10:55 સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ:
10:57 સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે.
11:01 જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે.
11:06 વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરી, contact@spoken-tutorial.org પર લખો.
11:13 સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે.
11:18 જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે.
11:25 આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
11:31 IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Gujarati&oldid=34082"